ourMELONS/R/addAlleles.R

#' @title Add Alleles
#' @param data data
#' @param ind ind
#' @param line line
#' @param divider divider
#' @return data (after alleles were added)
#' @export
addAlleles <- function(data, ind, line, divider) {
	# Lisaa BAPS-formaatissa olevaan datataulukkoon
	# yksil<69><6C> ind vastaavat rivit. Yksil<69>n alleelit
	# luetaan genepop-formaatissa olevasta rivist?
	# line. Jos data on 3 digit formaatissa on divider=1000.
	# Jos data on 2 digit formaatissa on divider=100.

	nloci <- size(data, 2) # added 1 from original code
	if (size(data, 1) < (2 * ind)) {
		data <- rbind(data, zeros(100, nloci)) # subtracted 1 from original code
	}

	k <- 1
	merkki <- substring(line, k, k)
	while (merkki != ',') {
		k <- k + 1
		merkki <- substring(line, k, k)
	}
	line <- substring(line, k + 1)
	# clear k; clear merkki;

	if (grepl(" ", line)) {
		alleeliTaulu <- as.numeric(strsplit(line, split = " ")[[1]])
	} else if (grepl("\t", line)) {
		alleeliTaulu <- as.numeric(strsplit(line, split = "\t")[[1]])
	}

	if (length(alleeliTaulu) != nloci) {
		stop('Incorrect data format.')
	}

	for (j in seq_len(nloci)) {
		ekaAlleeli <- floor(alleeliTaulu[j] / divider)
		if (is.na(ekaAlleeli) | ekaAlleeli == 0) ekaAlleeli <- -999
		tokaAlleeli <- alleeliTaulu[j] %% divider
		if (is.na(tokaAlleeli) | tokaAlleeli == 0) tokaAlleeli <- -999

		data[2 * ind - 1, j] <- ekaAlleeli
		data[2 * ind, j] <- tokaAlleeli
	}

	data[2 * ind - 1, ncol(data)] <- ind
	data[2 * ind, ncol(data)] <- ind
	return(data)
}