66 lines
1.6 KiB
R
66 lines
1.6 KiB
R
|
#' @title Read GenePop Data
|
|||
|
|
#' @description Reads GenePop-formatted data
|
|||
|
|
#' @param tiedostonNimi Name of the file
|
|||
|
|
#' @return list containing data and popnames
|
|||
|
|
#' @export
|
|||
|
|
lueGenePopData <- function (tiedostonNimi) {
|
|||
|
|
|
|||
|
|
fid <- load(tiedostonNimi)
|
|||
|
|
line1 <- readLines(fid)[1] # ensimmäinen rivi
|
|||
|
|
line2 <- readLines(fid)[2] # toinen rivi
|
|||
|
|
count <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
|
|||
|
|
|
|||
|
|
line <- readLines(fid)[3]
|
|||
|
|
lokusRiveja <- 1
|
|||
|
|
while (testaaPop(line) == 0) {
|
|||
|
|
lokusRiveja <- lokusRiveja + 1 # locus row
|
|||
|
|
line <- readLines(fid)[3 + lokusRiveja]
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
if (lokusRiveja > 1) {
|
|||
|
|
nloci <- lokusRiveja
|
|||
|
|
} else {
|
|||
|
|
nloci <- count
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
popnames <- cell(10, 2)
|
|||
|
|
data <- zeros(100, nloci + 1)
|
|||
|
|
nimienLkm <- 0
|
|||
|
|
ninds <- 0
|
|||
|
|
poimiNimi <- 1
|
|||
|
|
digitFormat <- -1
|
|||
|
|
while (line != -1) {
|
|||
|
|
line <- readLines(fid)[lokusRiveja + 1]
|
|||
|
|
lokusRiveja <- lokusRiveja + 1
|
|||
|
|
|
|||
|
|
if (poimiNimi == 1) {
|
|||
|
|
# Edellinen rivi oli 'pop'
|
|||
|
|
nimienLkm <- nimienLkm + 1
|
|||
|
|
ninds <- ninds + 1
|
|||
|
|
if (nimienLkm > size(popnames, 1)) {
|
|||
|
|
popnames <- c(popnames, cell(10, 2))
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
nimi <- lueNimi(line)
|
|||
|
|
if (digitFormat == -1) {
|
|||
|
|
digitFormat <- selvitaDigitFormat(line)
|
|||
|
|
divider <- 10 ^ digitFormat
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
popnames[nimienLkm, 1] <- nimi #N<>in se on greedyMix:iss<73>kin?!?
|
|||
|
|
popnames[nimienLkm, 2] <- ninds
|
|||
|
|
poimiNimi <- 0
|
|||
|
|
|
|||
|
|
data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
|
|||
|
|
|
|||
|
|
} else if (testaaPop(line)) {
|
|||
|
|
poimiNimi <- 1
|
|||
|
|
|
|||
|
|
} else if (line != -1) {
|
|||
|
|
ninds <- ninds + 1
|
|||
|
|
data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
data <- data[1:(ninds * 2),]
|
|||
|
|
popnames <- popnames[seq_len(nimienLkm),]
|
|||
|
|
return(list(data = data, popnames = popnames))
|
|||
|
|
}
|