Translated handlePopData (#2)

matlab/independent/greedyPopMix.m

@@ -251,100 +251,6 @@ else
     end
 end
 
-%--------------------------------------------------------------------------
-
-
-function [newData, rows, alleleCodes, noalle, adjprior, priorTerm] = handlePopData(raw_data)
-% Alkuperäisen datan viimeinen sarake kertoo, milt?yksilölt?
-% kyseinen rivi on peräisin. Funktio muuttaa alleelikoodit
-% siten, ett?yhden lokuksen j koodit saavat arvoja
-% välill?1,...,noalle(j). Ennen tät?muutosta alleeli, jonka
-% koodi on nolla muutetaan.
-
-
-data = raw_data;
-nloci=size(raw_data,2)-1;
-
-dataApu = data(:,1:nloci);
-nollat = find(dataApu==0);
-if ~isempty(nollat)
-   isoinAlleeli = max(max(dataApu));
-   dataApu(nollat) = isoinAlleeli+1;
-   data(:,1:nloci) = dataApu;
-end
-dataApu = []; nollat = []; isoinAlleeli = [];
-
-noalle=zeros(1,nloci);
-alleelitLokuksessa = cell(nloci,1);
-for i=1:nloci
-    alleelitLokuksessaI = unique(data(:,i));
-    alleelitLokuksessa{i,1} = alleelitLokuksessaI(find(alleelitLokuksessaI>=0));
-    noalle(i) = length(alleelitLokuksessa{i,1});
-end
-alleleCodes = zeros(max(noalle),nloci);
-for i=1:nloci
-    alleelitLokuksessaI = alleelitLokuksessa{i,1};
-    puuttuvia = max(noalle)-length(alleelitLokuksessaI);
-    alleleCodes(:,i) = [alleelitLokuksessaI; zeros(puuttuvia,1)];
-end
-
-for loc = 1:nloci
-    for all = 1:noalle(loc)
-        data(find(data(:,loc)==alleleCodes(all,loc)), loc)=all;
-    end;
-end;
-
-nind = max(data(:,end));
-%rows = cell(nind,1);
-rows = zeros(nind,2);
-for i=1:nind
-    rivit = find(data(:,end)==i)';
-    rows(i,1) = min(rivit);
-    rows(i,2) = max(rivit);
-end
-newData = data;
-
-adjprior = zeros(max(noalle),nloci);
-priorTerm = 0;
-for j=1:nloci
-    adjprior(:,j) = [repmat(1/noalle(j), [noalle(j),1]) ; ones(max(noalle)-noalle(j),1)];
-    priorTerm = priorTerm + noalle(j)*gammaln(1/noalle(j));
-end
-
-
-%--------------------------------------------------------------------
-
-function [Z,distances] = getPopDistancesByKL(adjprior)
-% Laskee populaatioille etäisyydet
-% käyttäen KL-divergenssi?
-global COUNTS;
-maxnoalle = size(COUNTS,1);
-nloci = size(COUNTS,2);
-npops = size(COUNTS,3);
-distances = zeros(nchoosek(npops,2),1);
-
-d = zeros(maxnoalle, nloci, npops);
-prior = adjprior;
-prior(find(prior==1))=0;
-nollia = find(all(prior==0));  %Lokukset, joissa oli havaittu vain yht?alleelia.
-prior(1,nollia)=1;
-for pop1 = 1:npops
-    d(:,:,pop1) = (squeeze(COUNTS(:,:,pop1))+prior) ./ repmat(sum(squeeze(COUNTS(:,:,pop1))+prior),maxnoalle,1);
-    %dist1(pop1) = (squeeze(COUNTS(:,:,pop1))+adjprior) ./ repmat((SUMCOUNTS(pop1,:)+adjprior), maxnoalle, 1);
-end
-pointer = 1;
-for pop1 = 1:npops-1
-    for pop2 = pop1+1:npops
-        dist1 = d(:,:,pop1); dist2 = d(:,:,pop2);
-        div12 = sum(sum(dist1.*log2((dist1+10^-10) ./ (dist2+10^-10))))/nloci;
-        div21 = sum(sum(dist2.*log2((dist2+10^-10) ./ (dist1+10^-10))))/nloci;
-        div = (div12+div21)/2;
-        distances(pointer) = div;
-        pointer = pointer+1;
-    end
-end
-Z=linkage(distances');
-
 %--------------------------------------------------------------------