max/ourMELONS
1
0
Fork 0
Code Issues 1 Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Refactored laskeMuutokset4() as an R6 method

Browse source
This commit is contained in:
Waldir Leoncio 2022-08-25 12:54:55 +02:00
parent 06dd1a74ee
commit 1667682c5e
8 changed files with 113 additions and 58 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

2
DESCRIPTION
View file

@ -40,4 +40,4 @@ RoxygenNote: 7.2.1
Suggests:
testthat (>= 2.1.0)
Imports:
methods, ape, vcfR, Rsamtools, adegenet, matlab2r
methods, ape, vcfR, Rsamtools, adegenet, matlab2r, R6

2
NAMESPACE
View file

@ -15,7 +15,6 @@ export(greedyPopMix)
export(handleData)
export(handlePopData)
export(initPopNames)
export(laskeMuutokset4)
export(learn_partition_modified)
export(learn_simple_partition)
export(linkage)
@ -40,6 +39,7 @@ export(testaaOnkoKunnollinenBapsData)
export(testaaPop)
export(writeMixtureInfo)
export(writeMixtureInfoPop)
importFrom(R6,R6Class)
importFrom(Rsamtools,scanBam)
importFrom(adegenet,.readExt)
importFrom(adegenet,read.genepop)

3
R/etsiParas.R
View file

@ -8,7 +8,8 @@
etsiParas <- function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
ready <- 0
while (ready != 1) {
muutokset <- laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
muutokset <- admix1_muutokset$new()
muutokset <- muutokset$laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
# Work around R's base::max() limitation on complex numbers
if (any(vapply(muutokset, class, vector("character", 1)) == "complex")) {

12
R/laskeMuutokset12345.R
View file

@ -3,12 +3,15 @@
#' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
#' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
#' siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
#' @importFrom R6 R6Class
#' @param osuus Percentages?
#' @param omaFreqs own Freqs?
#' @param osuusTaulu Percentage table?
#' @param omaFreqs own Freqs?
#' @param logml log maximum likelihood
#' @export
laskeMuutokset4 <- function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
admix1_muutokset <- R6Class(
classname = "admix1_muutokset",
public = list(
laskeMuutokset4 = function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
if (isGlobalEmpty(COUNTS)) {
npops <- 1
} else {
@ -39,6 +42,9 @@ laskeMuutokset4 <- function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
}
return(muutokset)
}
)
)
# Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik<69> olisi
# muutos logml:ss<73>, mik<69>li yksil<69> ind siirret<65><74>n koriin i.

13
R/laskeVarmuus.R Normal file
View file

@ -0,0 +1,13 @@
laskeVarmuus <- function(
rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators, ninds
) {
varmuus <- zeros(ninds, 1)
for (ind in 1:ninds) {
# muutokset <- spatialMixture()
# muutokset <- muutokset$laskeMuutokset(
# ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators
# )
# varmuus[ind] <- 1 / sum(exp(muutokset))
}
return(varmuus)
}

58
man/admix1_muutokset.Rd Normal file
View file

@ -0,0 +1,58 @@
% Generated by roxygen2: do not edit by hand
% Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
\name{admix1_muutokset}
\alias{admix1_muutokset}
\title{Calculate changes (?)}
\description{
Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
}
\section{Methods}{
\subsection{Public methods}{
\itemize{
\item \href{#method-admix1_muutokset-laskeMuutokset4}{\code{admix1_muutokset$laskeMuutokset4()}}
\item \href{#method-admix1_muutokset-clone}{\code{admix1_muutokset$clone()}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-admix1_muutokset-laskeMuutokset4"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-admix1_muutokset-laskeMuutokset4}{}}}
\subsection{Method \code{laskeMuutokset4()}}{
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{admix1_muutokset$laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)}\if{html}{\out{</div>}}
}
\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{osuus}}{Percentages?}
\item{\code{osuusTaulu}}{Percentage table?}
\item{\code{omaFreqs}}{own Freqs?}
\item{\code{logml}}{log maximum likelihood}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-admix1_muutokset-clone"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-admix1_muutokset-clone}{}}}
\subsection{Method \code{clone()}}{
The objects of this class are cloneable with this method.
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{admix1_muutokset$clone(deep = FALSE)}\if{html}{\out{</div>}}
}
\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{deep}}{Whether to make a deep clone.}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
}

23
man/laskeMuutokset4.Rd
View file

@ -1,23 +0,0 @@
% Generated by roxygen2: do not edit by hand
% Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
\name{laskeMuutokset4}
\alias{laskeMuutokset4}
\title{Calculate changes (?)}
\usage{
laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
}
\arguments{
\item{osuus}{Percentages?}
\item{osuusTaulu}{Percentage table?}
\item{omaFreqs}{own Freqs?}
\item{logml}{log maximum likelihood}
}
\description{
Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
}

4
tests/testthat/test-admix1.R
View file

@ -147,9 +147,9 @@ test_that("suoritaMuutos works like on Matlab", {
})
test_that("laskeMuutokset4 works like on Matlab", {
mx1 <- t(c(.4, 7))
x <- admix1_muutokset$new()
expect_equivalent(
object = laskeMuutokset4(2, mx1, c(8, 2), 3),
object = x$laskeMuutokset4(2, t(c(.4, 7)), c(8, 2), 3),
expected = t(c(0, .3742)),
tol = .0001
)