Merge branch 'testaaGenePopData' into dev

NAMESPACE

@@ -21,14 +21,18 @@ export(questdlg)
 export(rand)
 export(randdir)
 export(repmat)
+export(rivinSisaltamienMjonojenLkm)
 export(simulateAllFreqs)
 export(simulateIndividuals)
 export(simuloiAlleeli)
 export(size)
 export(strcmp)
 export(suoritaMuutos)
+export(testaaOnkoKunnollinenBapsData)
+export(testaaPop)
 export(times)
 export(uigetfile)
 export(uiputfile)
 importFrom(methods,is)
 importFrom(stats,runif)
+importFrom(utils,read.delim)

R/greedyMix.R

@@ -1,7 +1,9 @@
 #' @title Clustering of individuals
-#' @param tietue Record
+#' @param tietue File
 #' @param format Format of the data ("BAPS", "GenePop" or "Preprocessed")
 #' @param savePreProcessed Save the pre-processed data?
+#' @param filePreProcessed Is the file already processed?
+#' @importFrom utils read.delim
 #' @export
 greedyMix <- function(
 	tietue,
@@ -51,7 +53,9 @@ greedyMix <- function(
 			stop('Invalid alternative')
 		} else if (input_type_name == 'BAPS-format') {
 			if (!is(tietue, "character")) {
-				pathname_filename <- uigetfile("*.txt", "Loaddata in BAPS-format")
+				pathname_filename <- uigetfile(
+					"*.txt", "Load data in BAPS-format"
+				)
 			} else {
 				pathname_filename <- tietue
 			}
@@ -62,8 +66,8 @@ greedyMix <- function(
 			# end
 
 			data <- read.delim(pathname_filename) # ASK: what is the delimiter?
-			# ninds <- testaaOnkoKunnollinenBapsData(data)  #TESTAUS # TODO: trans
+			ninds <- testaaOnkoKunnollinenBapsData(data)  # testing
-			# if (ninds == 0) stop('Incorrect Data-file')
+			if (ninds == 0) stop('Incorrect Data-file')
 
 			# ASK: remove?
 			# h0 = findobj('Tag','filename1_text');
@@ -1542,30 +1546,6 @@ greedyMix <- function(
 
 # 	%-------------------------------------------------------
 
-# 	function pal = testaaPop(rivi)
-# 	% pal=1, mik<69>li rivi alkaa jollain seuraavista
-# 	% kirjainyhdistelmist? Pop, pop, POP. Kaikissa muissa
-# 	% tapauksissa pal=0.
-
-# 	if length(rivi)<3
-# 		pal = 0;
-# 		return
-# 	end
-# 	if (all(rivi(1:3)=='Pop') | ...
-# 		all(rivi(1:3)=='pop') | ...
-# 		all(rivi(1:3)=='POP'))
-# 		pal = 1;
-# 		return
-# 	else
-# 		pal = 0;
-# 		return
-# 	end
-
-
-
-# 	%----------------------------------------------------------------------------
-
-
 # 	function dist2 = laskeOsaDist(inds2, dist, ninds)
 # 	% Muodostaa dist vektorista osavektorin, joka sis<69>lt<6C><74> yksil<69>iden inds2
 # 	% v<>liset et<65>isyydet. ninds=kaikkien yksil<69>iden lukum<75><6D>r?
@@ -1706,30 +1686,6 @@ greedyMix <- function(
 
 # 	%------------------------------------------------------
 
-
-# 	function count = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
-# 	% Palauttaa line:n sis<69>lt<6C>mien mjonojen lukum<75><6D>r<EFBFBD>n.
-# 	% Mjonojen v<>liss?t<>ytyy olla v<>lily<6C>nti.
-# 	count = 0;
-# 	pit = length(line);
-# 	tila = 0;    %0, jos odotetaan v<>lily<6C>ntej? 1 jos odotetaan muita merkkej?
-# 	for i=1:pit
-# 		merkki = line(i);
-# 		if (isspace(merkki) & tila==0)
-# 			%Ei tehd?mit<69><74>n.
-# 		elseif (isspace(merkki) & tila==1)
-# 			tila = 0;
-# 		elseif (~isspace(merkki) & tila==0)
-# 			tila = 1;
-# 			count = count+1;
-# 		elseif (~isspace(merkki) & tila==1)
-# 			%Ei tehd?mit<69><74>n
-# 		end
-# 	end
-
-
-# 	%-------------------------------------------------------
-
 # 	function nimi = lueNimi(line)
 # 	%Palauttaa line:n alusta sen osan, joka on ennen pilkkua.
 # 	n = 1;

R/rivinSisaltamienMjonojenLkm.R

@@ -0,0 +1,25 @@
+#' @title Number of M queues
+#' @param line line number
+#' @return count
+#' @export
+rivinSisaltamienMjonojenLkm <- function(line) {
+	# Palauttaa line:n sis<69>lt<6C>mien mjonojen lukum<75><6D>r<EFBFBD>n.
+	# Mjonojen v<>liss?t<>ytyy olla v<>lily<6C>nti.
+	count <- 0
+	pit <- length(line)
+	tila <- 0 # 0, jos odotetaan v<>lily<6C>ntej? 1 jos odotetaan muita merkkej?
+	for (i in seq_len(pit)) {
+		merkki <- line[i]
+		if (merkki == " " & tila == 0) {
+			# Ei tehd?mit<69><74>n.
+		} else if (merkki == " " & tila == 1) {
+			tila <- 0
+		} else if (merkki != " " & tila == 0) {
+			tila <- 1
+			count <- count + 1
+		} else if (merkki != " " & tila == 1) {
+			# %Ei tehd?mit<69><74>n
+		}
+	}
+	return(count)
+}

R/testaaGenePopData.R

@@ -1,4 +1,5 @@
 #' @title Tests GenePop data
+#' @param tiedostonNimi Filename
 testaaGenePopData <- function(tiedostonNimi) {
 	# kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
 	# Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
@@ -16,7 +17,7 @@ testaaGenePopData <- function(tiedostonNimi) {
 	if (line1 == -1 | line2 == -1 | line3 == -1) {
 		stop('Incorrect file format 1168')
 	}
-	if (testaaPop(line1) == 1 | testaaPop(line2) == 1) { # TODO: translate function
+	if (testaaPop(line1) == 1 | testaaPop(line2) == 1) {
 		stop('Incorrect file format 1172')
 	}
 	if (testaaPop(line3) == 1) {

R/testaaPop.R

@@ -0,0 +1,27 @@
+#' @title Test population
+#' @description Test a line in the population
+#' @param rivi Line
+#' @return pal
+#' @export
+testaaPop <- function(rivi) {
+	# pal=1, mik<69>li rivi alkaa jollain seuraavista
+	# kirjainyhdistelmist? Pop, pop, POP. Kaikissa muissa
+	# tapauksissa pal=0.
+
+	if (length(rivi) < 3) {
+		pal <- 0
+		return(pal)
+	}
+	if (
+		all(rivi[1:3] == 'Pop') |
+		all(rivi[1:3] == 'pop') |
+		all(rivi(1:3)=='POP')
+	) {
+		pal <- 1
+		return(pal)
+	} else {
+		pal <- 0;
+		return(pal)
+	}
+	return(pal)
+}

man/greedyMix.Rd

@@ -12,11 +12,13 @@ greedyMix(
 )
 }
 \arguments{
-\item{tietue}{Record}
+\item{tietue}{File}
 
 \item{format}{Format of the data ("BAPS", "GenePop" or "Preprocessed")}
 
 \item{savePreProcessed}{Save the pre-processed data?}
+
+\item{filePreProcessed}{Is the file already processed?}
 }
 \description{
 Clustering of individuals

man/rivinSisaltamienMjonojenLkm.Rd

@@ -0,0 +1,17 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/rivinSisaltamienMjonojenLkm.R
+\name{rivinSisaltamienMjonojenLkm}
+\alias{rivinSisaltamienMjonojenLkm}
+\title{Number of M queues}
+\usage{
+rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
+}
+\arguments{
+\item{line}{line number}
+}
+\value{
+count
+}
+\description{
+Number of M queues
+}

man/testaaGenePopData.Rd

@@ -6,6 +6,9 @@
 \usage{
 testaaGenePopData(tiedostonNimi)
 }
+\arguments{
+\item{tiedostonNimi}{Filename}
+}
 \description{
 Tests GenePop data
 }

man/testaaOnkoKunnollinenBapsData.Rd

@@ -0,0 +1,17 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/testaaOnkoKunnollinenBapsData.R
+\name{testaaOnkoKunnollinenBapsData}
+\alias{testaaOnkoKunnollinenBapsData}
+\title{TestBAPS data}
+\usage{
+testaaOnkoKunnollinenBapsData(data)
+}
+\arguments{
+\item{data}{dataset}
+}
+\value{
+ninds
+}
+\description{
+Test if loaded BAPS data is proper
+}

man/testaaPop.Rd

@@ -0,0 +1,17 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/testaaPop.R
+\name{testaaPop}
+\alias{testaaPop}
+\title{Test population}
+\usage{
+testaaPop(rivi)
+}
+\arguments{
+\item{rivi}{Line}
+}
+\value{
+pal
+}
+\description{
+Test a line in the population
+}

tests/testthat/test.greedyMix.R

@@ -0,0 +1,11 @@
+# library(devtools)#TEMP
+# library(testthat)#TEMP
+# library(rBAPS)#TEMP
+
+context("Opening files on greedyMix")
+
+# greedyMix(
+# 	tietue = "data/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt",
+# 	format = "GenePop",
+# 	savePreProcessed = FALSE
+# )