max/ourMELONS
1
0
Fork 0
Code Issues 1 Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Removed global variables from argument lists

Browse source
This commit is contained in:
Waldir Leoncio 2020-11-19 14:29:37 +01:00
parent 13446958aa
commit 19e212b137
15 changed files with 33 additions and 88 deletions
Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

13
man/admix1.Rd
View file

@ -4,21 +4,10 @@
\alias{admix1}
\title{Admixture analysis}
\usage{
admix1(
tietue,
PARTITION = matrix(NA, 0, 0),
COUNTS = matrix(NA, 0, 0),
SUMCOUNTS = NA
)
admix1(tietue)
}
\arguments{
\item{tietue}{tietue}
\item{PARTITION}{PARTITION}
\item{COUNTS}{COUNTS}
\item{SUMCOUNTS}{SUMCOUNTS}
}
\description{
Admixture analysis

6
man/computeAllFreqs2.Rd
View file

@ -4,14 +4,10 @@
\alias{computeAllFreqs2}
\title{Compute all freqs - version 2}
\usage{
computeAllFreqs2(noalle, COUNTS = matrix(NA, 0, 0), SUMCOUNTS = NA)
computeAllFreqs2(noalle)
}
\arguments{
\item{noalle}{noalle}
\item{COUNTS}{counts}
\item{SUMCOUNTS}{sumcounts}
}
\description{
Lisää a priori jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen

6
man/computePersonalAllFreqs.Rd
View file

@ -4,7 +4,7 @@
\alias{computePersonalAllFreqs}
\title{Compute Personal Freqs}
\usage{
computePersonalAllFreqs(ind, data, allFreqs, rowsFromInd, COUNTS = matrix(0))
computePersonalAllFreqs(ind, data, allFreqs, rowsFromInd)
}
\arguments{
\item{ind}{ind}
@ -14,12 +14,10 @@ computePersonalAllFreqs(ind, data, allFreqs, rowsFromInd, COUNTS = matrix(0))
\item{allFreqs}{allFreqs}
\item{rowsFromInd}{rowsFromInd}
\item{COUNTS}{COUNTS}
}
\description{
Laskee npops*(rowsFromInd*nloci) taulukon, jonka kutakin
saraketta vastaa yksilön ind alleeli. Eri rivit ovat alleelin
alkuperäfrekvenssit eri populaatioissa. Jos yksilölt?puuttuu jokin alleeli,
alkuperäfrekvenssit eri populaatioissa. Jos yksilölt?puuttuu jokin alleeli,
niin vastaavaan kohtaa tulee sarake ykkösi?
}

4
man/laskeMuutokset4.Rd
View file

@ -4,7 +4,7 @@
\alias{laskeMuutokset4}
\title{Calculate changes (?)}
\usage{
laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0))
laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
}
\arguments{
\item{osuus}{Percentages?}
@ -14,8 +14,6 @@ laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0))
\item{omaFreqs}{own Freqs?}
\item{logml}{log maximum likelihood}
\item{COUNTS}{COUNTS}
}
\description{
Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on

15
man/poistaLiianPienet.Rd
View file

@ -4,14 +4,7 @@
\alias{poistaLiianPienet}
\title{Remove too small}
\usage{
poistaLiianPienet(
npops,
rowsFromInd,
alaraja,
PARTITION = matrix(NA, 0, 0),
COUNTS = matrix(NA, 0, 0),
SUMCOUNTS = NA
)
poistaLiianPienet(npops, rowsFromInd, alaraja)
}
\arguments{
\item{npops}{npops}
@ -19,12 +12,6 @@ poistaLiianPienet(
\item{rowsFromInd}{rowsFromInd}
\item{alaraja}{alaraja}
\item{PARTITION}{PARTITION}
\item{COUNTS}{COUNTS}
\item{SUMCOUNTS}{SUMCOUNTS}
}
\description{
Muokkaa tulokset muotoon, jossa outlier yksilöt on poistettu.

4
man/simulateAllFreqs.Rd
View file

@ -4,12 +4,10 @@
\alias{simulateAllFreqs}
\title{Simulate All Frequencies}
\usage{
simulateAllFreqs(noalle, COUNTS = matrix(NA, 0, 0))
simulateAllFreqs(noalle)
}
\arguments{
\item{noalle}{noalle}
\item{COUNTS}{COUNTS}
}
\description{
Lisää jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen j1/noalle(j) verran. Näin saatuja counts:eja vastaavista Dirichlet-jakaumista simuloidaan arvot populaatioiden alleelifrekvensseille.

4
man/suoritaMuutos.Rd
View file

@ -4,7 +4,7 @@
\alias{suoritaMuutos}
\title{suoritaMuutos}
\usage{
suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0))
suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi)
}
\arguments{
\item{osuusTaulu}{Percentage table?}
@ -12,8 +12,6 @@ suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0))
\item{osuus}{percentage?}
\item{indeksi}{index}
\item{COUNTS}{counts}
}
\description{
Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.