max/ourMELONS
1
0
Fork 0
Code Issues 1 Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Removed global variables from argument lists

Browse source
This commit is contained in:
Waldir Leoncio 2020-11-19 14:29:37 +01:00
parent 13446958aa
commit 19e212b137
15 changed files with 33 additions and 88 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

8
R/admix1.R
View file

@ -5,13 +5,9 @@
#' `tietue`should contain the following elements: PARTITION, COUNTS, SUMCOUNTS, #' `tietue`should contain the following elements: PARTITION, COUNTS, SUMCOUNTS,
#' alleleCodes, adjprior, popnames, rowsFromInd, data, npops, noalle #' alleleCodes, adjprior, popnames, rowsFromInd, data, npops, noalle
#' @param tietue tietue #' @param tietue tietue
#' @param PARTITION PARTITION
#' @param COUNTS COUNTS
#' @param SUMCOUNTS SUMCOUNTS
#' @importFrom methods is #' @importFrom methods is
#' @export #' @export
admix1 <- function(tietue, PARTITION = matrix(NA, 0, 0), admix1 <- function(tietue) {
COUNTS = matrix(NA, 0, 0), SUMCOUNTS = NA) {
if (!is.list(tietue)) { if (!is.list(tietue)) {
message('Load mixture result file. These are the files in this directory:') message('Load mixture result file. These are the files in this directory:')
print(list.files()) print(list.files())
@ -270,7 +266,7 @@ admix1 <- function(tietue, PARTITION = matrix(NA, 0, 0),
for (level in 1:n_missing_levels[pop]) { for (level in 1:n_missing_levels[pop]) {
potential_inds_in_this_pop_and_level <- potential_inds_in_this_pop_and_level <-
find( find(
PARTITION == pop & missing_level_partition == level & PARTITION == pop & missing_level_partition == level &
likelihood > 3 likelihood > 3

5
R/computeAllFreqs2.R
View file

@ -2,11 +2,8 @@
#' @description Lisää a priori jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen #' @description Lisää a priori jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen
#' j 1/noalle(j) verran. #' j 1/noalle(j) verran.
#' @param noalle noalle #' @param noalle noalle
#' @param COUNTS counts
#' @param SUMCOUNTS sumcounts
#' @export #' @export
computeAllFreqs2 <- function (noalle, COUNTS = matrix(NA, 0, 0), computeAllFreqs2 <- function (noalle) {
SUMCOUNTS = NA) {
max_noalle <- size(COUNTS, 1) max_noalle <- size(COUNTS, 1)
nloci <- size(COUNTS,2) nloci <- size(COUNTS,2)

6
R/computePersonalAllFreqs.R
View file

@ -1,17 +1,15 @@
#' @title Compute Personal Freqs #' @title Compute Personal Freqs
#' @description Laskee npops*(rowsFromInd*nloci) taulukon, jonka kutakin #' @description Laskee npops*(rowsFromInd*nloci) taulukon, jonka kutakin
#' saraketta vastaa yksilön ind alleeli. Eri rivit ovat alleelin #' saraketta vastaa yksilön ind alleeli. Eri rivit ovat alleelin
#' alkuperäfrekvenssit eri populaatioissa. Jos yksilölt?puuttuu jokin alleeli, #' alkuperäfrekvenssit eri populaatioissa. Jos yksilölt?puuttuu jokin alleeli,
#' niin vastaavaan kohtaa tulee sarake ykkösi? #' niin vastaavaan kohtaa tulee sarake ykkösi?
#' @param ind ind #' @param ind ind
#' @param data data #' @param data data
#' @param allFreqs allFreqs #' @param allFreqs allFreqs
#' @param rowsFromInd rowsFromInd #' @param rowsFromInd rowsFromInd
#' @param COUNTS COUNTS
#' @export #' @export
computePersonalAllFreqs <- function(ind, data, allFreqs, rowsFromInd, computePersonalAllFreqs <- function(ind, data, allFreqs, rowsFromInd) {
COUNTS = matrix(0)) {
nloci <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[2]), 1, dim(COUNTS)[2]) nloci <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[2]), 1, dim(COUNTS)[2])
npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3]) npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])

5
R/laskeMuutokset12345.R
View file

@ -7,11 +7,8 @@
#' @param omaFreqs own Freqs? #' @param omaFreqs own Freqs?
#' @param osuusTaulu Percentage table? #' @param osuusTaulu Percentage table?
#' @param logml log maximum likelihood #' @param logml log maximum likelihood
#' @param COUNTS COUNTS
#' @export #' @export
laskeMuutokset4 <- function ( laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0)
) {
npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3]) npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005) notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005)
muutokset <- zeros(npops) muutokset <- zeros(npops)

7
R/poistaLiianPienet.R
View file

@ -5,13 +5,8 @@
#' @param npops npops #' @param npops npops
#' @param rowsFromInd rowsFromInd #' @param rowsFromInd rowsFromInd
#' @param alaraja alaraja #' @param alaraja alaraja
#' @param PARTITION PARTITION
#' @param COUNTS COUNTS
#' @param SUMCOUNTS SUMCOUNTS
#' @export #' @export
poistaLiianPienet <- function (npops, rowsFromInd, alaraja, poistaLiianPienet <- function (npops, rowsFromInd, alaraja) {
PARTITION = matrix(NA, 0, 0), COUNTS = matrix(NA, 0, 0),
SUMCOUNTS = NA) {
popSize <- zeros(1,npops) popSize <- zeros(1,npops)
if (npops > 0) { if (npops > 0) {
for (i in 1:npops) { for (i in 1:npops) {

3
R/simulateAllFreqs.R
View file

@ -2,10 +2,9 @@
#' @description Lisää jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen j1/noalle(j) verran. Näin saatuja counts:eja vastaavista Dirichlet-jakaumista simuloidaan arvot populaatioiden alleelifrekvensseille. #' @description Lisää jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen j1/noalle(j) verran. Näin saatuja counts:eja vastaavista Dirichlet-jakaumista simuloidaan arvot populaatioiden alleelifrekvensseille.
#' Add each allele to each locus in each population by j 1 / noalle(j). The Dirichlet distributions corresponding to the counts thus obtained simulate values for the allele frequencies of the populations. #' Add each allele to each locus in each population by j 1 / noalle(j). The Dirichlet distributions corresponding to the counts thus obtained simulate values for the allele frequencies of the populations.
#' @param noalle noalle #' @param noalle noalle
#' @param COUNTS COUNTS
#' @export #' @export
simulateAllFreqs <- function(noalle, COUNTS = matrix(NA, 0, 0)) { simulateAllFreqs <- function(noalle) {
max_noalle <- size(COUNTS, 1) max_noalle <- size(COUNTS, 1)
nloci <- size(COUNTS, 2) nloci <- size(COUNTS, 2)
npops <- size(COUNTS, 3) npops <- size(COUNTS, 3)

3
R/suoritaMuutos.R
View file

@ -3,9 +3,8 @@
#' @param osuusTaulu Percentage table? #' @param osuusTaulu Percentage table?
#' @param osuus percentage? #' @param osuus percentage?
#' @param indeksi index #' @param indeksi index
#' @param COUNTS counts
#' @export #' @export
suoritaMuutos <- function (osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0)) { suoritaMuutos <- function (osuusTaulu, osuus, indeksi) {
npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3]) npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
i1 <- indeksi %% npops i1 <- indeksi %% npops

32
R/viewPartition.R
View file

@ -1,9 +1,9 @@
viewPartition <- function(osuudet, popnames, COUNTS = matrix(0, 0, 0)) { viewPartition <- function(osuudet, popnames) {
npops <- size(COUNTS, 3) npops <- size(COUNTS, 3)
nind <- size(osuudet,1) nind <- size(osuudet,1)
# TODO: translate if necessary. Remove if this function won't be used # TODO: translate if necessary. Remove if this function won't be used
# disp(['Number of populations: ' num2str(npops)]); # disp(['Number of populations: ' num2str(npops)]);
# if npops>30 # if npops>30
# disp(' '); # disp(' ');
@ -12,27 +12,27 @@ viewPartition <- function(osuudet, popnames, COUNTS = matrix(0, 0, 0)) {
# disp(' '); # disp(' ');
# return; # return;
# end # end
# varit = givecolors(npops); # varit = givecolors(npops);
# korkeinviiva = 1.05; # korkeinviiva = 1.05;
# pieninarvo = -korkeinviiva; # pieninarvo = -korkeinviiva;
# h0 = figure; # h0 = figure;
# set(h0, 'NumberTitle', 'off'); %image_figure; %Muutettu # set(h0, 'NumberTitle', 'off'); %image_figure; %Muutettu
# tiedot.popnames = popnames; # tiedot.popnames = popnames;
# tiedot.info = osuudet; # tiedot.info = osuudet;
# set(h0,'UserData',tiedot); # set(h0,'UserData',tiedot);
# set(gca, 'Xlim', [-.5 ,nind+.5], 'YLim', [pieninarvo ,korkeinviiva], ... # set(gca, 'Xlim', [-.5 ,nind+.5], 'YLim', [pieninarvo ,korkeinviiva], ...
# 'XTick', [], 'XTickLabel', [], 'YTick', [], 'YTickLabel', []); # 'XTick', [], 'XTickLabel', [], 'YTick', [], 'YTickLabel', []);
# for i=1:nind # for i=1:nind
# if any(osuudet(i,:)>0) # if any(osuudet(i,:)>0)
# cumOsuudet = cumsum(osuudet(i,:)); # cumOsuudet = cumsum(osuudet(i,:));
# % Pylv<6C><76>n piirt<72>minen # % Pylv<6C><76>n piirt<72>minen
# for j=1:npops # for j=1:npops
# if j==1 # if j==1
@ -50,21 +50,21 @@ viewPartition <- function(osuudet, popnames, COUNTS = matrix(0, 0, 0)) {
# end # end
# end # end
# end # end
# if ~isempty(popnames) # if ~isempty(popnames)
# npops = size(popnames,1); # npops = size(popnames,1);
# for i=1:npops # for i=1:npops
# firstInd = popnames{i,2}; # firstInd = popnames{i,2};
# line([firstInd-1, firstInd-1], [0,1], 'Color', 'k'); %Populaatioiden rajat # line([firstInd-1, firstInd-1], [0,1], 'Color', 'k'); %Populaatioiden rajat
# if i<npops # if i<npops
# x_paikka = popnames{i,2}-1+(popnames{i+1,2}-popnames{i,2})/2; # x_paikka = popnames{i,2}-1+(popnames{i+1,2}-popnames{i,2})/2;
# else # else
# x_paikka = popnames{i,2}-1+(nind+1-popnames{i,2})/2; # x_paikka = popnames{i,2}-1+(nind+1-popnames{i,2})/2;
# end # end
# korkeuskerroin = pieninarvo / -0.2; # korkeuskerroin = pieninarvo / -0.2;
# suhdekerroin = npops/6; # suhdekerroin = npops/6;
# for letter_num = 1:length(popnames{i,1}{1}) # for letter_num = 1:length(popnames{i,1}{1})
@ -105,7 +105,7 @@ giveColors <- function(n) {
0.4, 0, 0, 0, 0.4, 0, 0, 0, 0.4, 0.4, 0.4, 0, 0.4, 0, 0.4, 0, 0, 0, 0.4, 0, 0, 0, 0.4, 0.4, 0.4, 0, 0.4, 0,
0.4, 0, 0.4, 0.4, 0.2, 0, 0, 0, 0.2, 0, 0, 0, 0.2, 0.2, 0.4, 0, 0.4, 0.4, 0.2, 0, 0, 0, 0.2, 0, 0, 0, 0.2, 0.2,
0.2, 0, 0.2, 0, 0.2, 0, 0.2, 0.2, 0.8, 0, 0, 0, 0.8, 0, 0.2, 0, 0.2, 0, 0.2, 0, 0.2, 0.2, 0.8, 0, 0, 0, 0.8, 0,
0, 0, 0.8, 0.8, 0.8, 0, 0.8, 0, 0.8, 0, 0.8, 0.8, 0, 0, 0.8, 0.8, 0.8, 0, 0.8, 0, 0.8, 0, 0.8, 0.8,
0.6, 0, 0, 0, 0.6, 0, 0, 0, 0.6, 0.6, 0.6, 0, 0.6, 0, 0.6, 0, 0, 0, 0.6, 0, 0, 0, 0.6, 0.6, 0.6, 0, 0.6, 0,
0.6, 0, 0.6, 0.6, 0.6, 0.2, 0.4, 0.2, 0.4, 0.8, 0.8, 0.6, 0, 0.6, 0.6, 0.6, 0.2, 0.4, 0.2, 0.4, 0.8, 0.8,
0.4, 0.2, 0, 0.6, 0.2, 0.2, 0.8, 0.6, 0.5, 0.2, 0.1, 0.4, 0.2, 0, 0.6, 0.2, 0.2, 0.8, 0.6, 0.5, 0.2, 0.1,

13
man/admix1.Rd
View file

@ -4,21 +4,10 @@
\alias{admix1} \alias{admix1}
\title{Admixture analysis} \title{Admixture analysis}
\usage{ \usage{
admix1( admix1(tietue)
tietue,
PARTITION = matrix(NA, 0, 0),
COUNTS = matrix(NA, 0, 0),
SUMCOUNTS = NA
)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{tietue}{tietue} \item{tietue}{tietue}
\item{PARTITION}{PARTITION}
\item{COUNTS}{COUNTS}
\item{SUMCOUNTS}{SUMCOUNTS}
} }
\description{ \description{
Admixture analysis Admixture analysis

6
man/computeAllFreqs2.Rd
View file

@ -4,14 +4,10 @@
\alias{computeAllFreqs2} \alias{computeAllFreqs2}
\title{Compute all freqs - version 2} \title{Compute all freqs - version 2}
\usage{ \usage{
computeAllFreqs2(noalle, COUNTS = matrix(NA, 0, 0), SUMCOUNTS = NA) computeAllFreqs2(noalle)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{noalle}{noalle} \item{noalle}{noalle}
\item{COUNTS}{counts}
\item{SUMCOUNTS}{sumcounts}
} }
\description{ \description{
Lisää a priori jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen Lisää a priori jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen

6
man/computePersonalAllFreqs.Rd
View file

@ -4,7 +4,7 @@
\alias{computePersonalAllFreqs} \alias{computePersonalAllFreqs}
\title{Compute Personal Freqs} \title{Compute Personal Freqs}
\usage{ \usage{
computePersonalAllFreqs(ind, data, allFreqs, rowsFromInd, COUNTS = matrix(0)) computePersonalAllFreqs(ind, data, allFreqs, rowsFromInd)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{ind}{ind} \item{ind}{ind}
@ -14,12 +14,10 @@ computePersonalAllFreqs(ind, data, allFreqs, rowsFromInd, COUNTS = matrix(0))
\item{allFreqs}{allFreqs} \item{allFreqs}{allFreqs}
\item{rowsFromInd}{rowsFromInd} \item{rowsFromInd}{rowsFromInd}
\item{COUNTS}{COUNTS}
} }
\description{ \description{
Laskee npops*(rowsFromInd*nloci) taulukon, jonka kutakin Laskee npops*(rowsFromInd*nloci) taulukon, jonka kutakin
saraketta vastaa yksilön ind alleeli. Eri rivit ovat alleelin saraketta vastaa yksilön ind alleeli. Eri rivit ovat alleelin
alkuperäfrekvenssit eri populaatioissa. Jos yksilölt?puuttuu jokin alleeli, alkuperäfrekvenssit eri populaatioissa. Jos yksilölt?puuttuu jokin alleeli,
niin vastaavaan kohtaa tulee sarake ykkösi? niin vastaavaan kohtaa tulee sarake ykkösi?
} }

4
man/laskeMuutokset4.Rd
View file

@ -4,7 +4,7 @@
\alias{laskeMuutokset4} \alias{laskeMuutokset4}
\title{Calculate changes (?)} \title{Calculate changes (?)}
\usage{ \usage{
laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0)) laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{osuus}{Percentages?} \item{osuus}{Percentages?}
@ -14,8 +14,6 @@ laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0))
\item{omaFreqs}{own Freqs?} \item{omaFreqs}{own Freqs?}
\item{logml}{log maximum likelihood} \item{logml}{log maximum likelihood}
\item{COUNTS}{COUNTS}
} }
\description{ \description{
Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on

15
man/poistaLiianPienet.Rd
View file

@ -4,14 +4,7 @@
\alias{poistaLiianPienet} \alias{poistaLiianPienet}
\title{Remove too small} \title{Remove too small}
\usage{ \usage{
poistaLiianPienet( poistaLiianPienet(npops, rowsFromInd, alaraja)
npops,
rowsFromInd,
alaraja,
PARTITION = matrix(NA, 0, 0),
COUNTS = matrix(NA, 0, 0),
SUMCOUNTS = NA
)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{npops}{npops} \item{npops}{npops}
@ -19,12 +12,6 @@ poistaLiianPienet(
\item{rowsFromInd}{rowsFromInd} \item{rowsFromInd}{rowsFromInd}
\item{alaraja}{alaraja} \item{alaraja}{alaraja}
\item{PARTITION}{PARTITION}
\item{COUNTS}{COUNTS}
\item{SUMCOUNTS}{SUMCOUNTS}
} }
\description{ \description{
Muokkaa tulokset muotoon, jossa outlier yksilöt on poistettu. Muokkaa tulokset muotoon, jossa outlier yksilöt on poistettu.

4
man/simulateAllFreqs.Rd
View file

@ -4,12 +4,10 @@
\alias{simulateAllFreqs} \alias{simulateAllFreqs}
\title{Simulate All Frequencies} \title{Simulate All Frequencies}
\usage{ \usage{
simulateAllFreqs(noalle, COUNTS = matrix(NA, 0, 0)) simulateAllFreqs(noalle)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{noalle}{noalle} \item{noalle}{noalle}
\item{COUNTS}{COUNTS}
} }
\description{ \description{
Lisää jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen j1/noalle(j) verran. Näin saatuja counts:eja vastaavista Dirichlet-jakaumista simuloidaan arvot populaatioiden alleelifrekvensseille. Lisää jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen j1/noalle(j) verran. Näin saatuja counts:eja vastaavista Dirichlet-jakaumista simuloidaan arvot populaatioiden alleelifrekvensseille.

4
man/suoritaMuutos.Rd
View file

@ -4,7 +4,7 @@
\alias{suoritaMuutos} \alias{suoritaMuutos}
\title{suoritaMuutos} \title{suoritaMuutos}
\usage{ \usage{
suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0)) suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi)
} }
\arguments{ \arguments{
\item{osuusTaulu}{Percentage table?} \item{osuusTaulu}{Percentage table?}
@ -12,8 +12,6 @@ suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0))
\item{osuus}{percentage?} \item{osuus}{percentage?}
\item{indeksi}{index} \item{indeksi}{index}
\item{COUNTS}{counts}
} }
\description{ \description{
Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen. Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.