diff --git a/R/greedyMix.R b/R/greedyMix.R index cbd32b3..2e2b552 100644 --- a/R/greedyMix.R +++ b/R/greedyMix.R @@ -1,9 +1,11 @@ #' @title Clustering of individuals #' @param data data file -#' @param format Format of the data c("FASTA", "VCF" ,"SAM", or "GenePop") +#' @param format Format of the data c("FASTA", "VCF" ,"BAM", or "GenePop") #' @param verbose if \code{TRUE}, prints extra output information #' @importFrom utils read.delim #' @importFrom vcfR read.vcfR +#' @references Samtools: a suite of programs for interacting +#' with high-throughput sequencing data. #' @export greedyMix <- function(data, format, verbose = TRUE) { format <- tolower(format) @@ -12,9 +14,15 @@ greedyMix <- function(data, format, verbose = TRUE) { } else if (format == "vcf") { out <- vcfR::read.vcfR(data, verbose = verbose) } else if (format == "sam") { - stop("SAM files not yet supported." ) - # TODO #18: implement load_sam() - } else if(format == "genepop") { + stop( + "SAM files not directly supported. ", + "Install the samtools software and execute ", + "'samtools view -b in_file.sam > out_file.bam' to convert to BAM ", + "and try running this function again with 'format=BAM'" + ) + } else if (format == "bam") { + out <- Rsamtools::scanBam(data) + } else if (format == "genepop") { # TODO #19: implement load_genepop() stop("GenePop files not yet supported." ) } else { diff --git a/inst/ext/bam_example.bam b/inst/ext/bam_example.bam new file mode 100644 index 0000000..853843d Binary files /dev/null and b/inst/ext/bam_example.bam differ diff --git a/inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam b/inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam new file mode 100644 index 0000000..55a52f9 --- /dev/null +++ b/inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam @@ -0,0 +1,1879 @@ +@HD VN:1.4 +@SQ SN:211000022279114 LN:14983 +@SQ SN:211000022280270 LN:13108 +@SQ SN:211000022280187 LN:13079 +@SQ SN:211000022280742 LN:12513 +@SQ SN:211000022280763 LN:12001 +@SQ SN:211000022280476 LN:6900 +@SQ SN:211000022280437 LN:5968 +@SQ SN:211000022280046 LN:6062 +@SQ SN:211000022278493 LN:2442 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_58_D1862 LN:10091 +@SQ SN:211000022278317 LN:1970 +@SQ SN:3Cen_mapped_Scaffold_50_D1686 LN:23238 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_54_D1776 LN:12632 +@SQ SN:211000022278276 LN:1063 +@SQ SN:211000022278096 LN:1148 +@SQ SN:211000022278415 LN:25840 +@SQ SN:211000022278676 LN:1378 +@SQ SN:211000022279156 LN:1227 +@SQ SN:211000022278926 LN:4465 +@SQ SN:211000022279576 LN:1117 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_60_D1601 LN:24503 +@SQ SN:211000022280126 LN:1225 +@SQ SN:211000022280446 LN:3970 +@SQ SN:211000022280596 LN:13501 +@SQ SN:211000022278106 LN:1058 +@SQ SN:211000022278343 LN:2113 +@SQ SN:211000022278136 LN:1232 +@SQ SN:211000022278888 LN:2200 +@SQ SN:211000022278166 LN:1178 +@SQ SN:211000022279735 LN:7722 +@SQ SN:211000022278216 LN:2076 +@SQ SN:211000022278176 LN:1571 +@SQ SN:211000022278498 LN:13940 +@SQ SN:211000022278578 LN:2412 +@SQ SN:211000022279756 LN:2117 +@SQ SN:211000022278196 LN:1214 +@SQ SN:211000022278206 LN:2090 +@SQ SN:211000022278256 LN:1380 +@SQ SN:211000022280296 LN:3252 +@SQ SN:211000022278286 LN:1446 +@SQ SN:211000022278296 LN:1163 +@SQ SN:211000022278396 LN:3553 +@SQ SN:211000022278049 LN:27456 +@SQ SN:211000022280269 LN:1962 +@SQ SN:211000022278406 LN:1926 +@SQ SN:211000022278608 LN:2201 +@SQ SN:211000022279898 LN:2516 +@SQ SN:211000022280008 LN:3209 +@SQ SN:211000022278416 LN:1157 +@SQ SN:211000022278426 LN:2636 +@SQ SN:211000022278446 LN:1945 +@SQ SN:211000022278306 LN:1710 +@SQ SN:211000022280176 LN:2129 +@SQ SN:211000022278356 LN:1272 +@SQ SN:211000022278279 LN:12714 +@SQ SN:X3X4_mapped_Scaffold_6_D1712 LN:33320 +@SQ SN:211000022278366 LN:1416 +@SQ SN:211000022278376 LN:1594 +@SQ SN:211000022278185 LN:12681 +@SQ SN:211000022278386 LN:1029 +@SQ SN:211000022279856 LN:1261 +@SQ SN:211000022278456 LN:1475 +@SQ SN:211000022278526 LN:1067 +@SQ SN:3Cen_mapped_Scaffold_31_D1643_D1653_D1791 LN:87365 +@SQ SN:211000022278536 LN:2304 +@SQ SN:211000022278546 LN:2668 +@SQ SN:211000022278576 LN:1001 +@SQ SN:211000022278686 LN:11126 +@SQ SN:211000022280655 LN:5952 +@SQ SN:211000022278716 LN:2383 +@SQ SN:211000022278776 LN:1076 +@SQ SN:3Cen_mapped_Scaffold_36_D1605 LN:36913 +@SQ SN:211000022278786 LN:1504 +@SQ SN:211000022278946 LN:1158 +@SQ SN:211000022278853 LN:2166 +@SQ SN:211000022278966 LN:4225 +@SQ SN:211000022278996 LN:1043 +@SQ SN:211000022279016 LN:1001 +@SQ SN:211000022279056 LN:2547 +@SQ SN:211000022279126 LN:2487 +@SQ SN:211000022278032 LN:6936 +@SQ SN:X3X4_mapped_Scaffold_14_D1732 LN:27447 +@SQ SN:211000022279726 LN:1154 +@SQ SN:211000022279246 LN:1538 +@SQ SN:211000022279336 LN:1094 +@SQ SN:211000022279356 LN:1031 +@SQ SN:211000022279396 LN:4370 +@SQ SN:211000022279406 LN:1186 +@SQ SN:211000022279634 LN:5281 +@SQ SN:211000022279416 LN:2795 +@SQ SN:211000022279436 LN:2421 +@SQ SN:211000022279456 LN:12095 +@SQ SN:3Cen_mapped_Scaffold_41_D1641 LN:22604 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_4_D1555_D1692 LN:86267 +@SQ SN:211000022279476 LN:2187 +@SQ SN:211000022279506 LN:1053 +@SQ SN:211000022278821 LN:2823 +@SQ SN:XY_mapped_Scaffold_42_D1648 LN:47411 +@SQ SN:211000022279516 LN:1323 +@SQ SN:211000022279526 LN:1023 +@SQ SN:211000022279606 LN:3284 +@SQ SN:211000022279626 LN:1016 +@SQ SN:211000022279656 LN:1274 +@SQ SN:211000022278812 LN:1916 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_5_D1748_D1610 LN:73091 +@SQ SN:211000022279666 LN:1115 +@SQ SN:211000022279696 LN:1464 +@SQ SN:211000022278908 LN:2389 +@SQ SN:211000022279446 LN:13234 +@SQ SN:211000022279676 LN:12187 +@SQ SN:211000022279955 LN:5555 +@SQ SN:211000022279736 LN:1016 +@SQ SN:211000022280156 LN:3519 +@SQ SN:211000022279966 LN:2326 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_9_D1573 LN:66731 +@SQ SN:211000022279896 LN:1703 +@SQ SN:211000022279906 LN:1033 +@SQ SN:211000022279926 LN:1279 +@SQ SN:211000022279946 LN:1011 +@SQ SN:211000022279956 LN:1171 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_8_D1580_D1567 LN:88768 +@SQ SN:211000022280026 LN:3622 +@SQ SN:211000022280056 LN:1152 +@SQ SN:211000022280076 LN:1193 +@SQ SN:211000022280086 LN:2982 +@SQ SN:211000022279268 LN:1961 +@SQ SN:211000022280266 LN:1028 +@SQ SN:211000022280106 LN:1150 +@SQ SN:211000022280196 LN:1555 +@SQ SN:211000022280206 LN:1339 +@SQ SN:211000022278217 LN:14687 +@SQ SN:211000022280226 LN:1625 +@SQ SN:211000022280042 LN:13394 +@SQ SN:211000022280256 LN:1096 +@SQ SN:211000022280316 LN:2926 +@SQ SN:211000022278726 LN:1645 +@SQ SN:211000022280676 LN:1385 +@SQ SN:211000022280241 LN:5387 +@SQ SN:211000022280436 LN:2848 +@SQ SN:211000022280706 LN:1410 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_12_D1771 LN:66439 +@SQ SN:211000022280326 LN:1801 +@SQ SN:211000022280336 LN:1406 +@SQ SN:211000022280346 LN:1386 +@SQ SN:211000022280456 LN:3171 +@SQ SN:211000022278549 LN:11743 +@SQ SN:211000022280696 LN:2577 +@SQ SN:211000022280516 LN:4336 +@SQ SN:211000022280536 LN:2924 +@SQ SN:211000022280556 LN:3386 +@SQ SN:211000022280566 LN:3389 +@SQ SN:211000022278556 LN:5323 +@SQ SN:211000022280606 LN:3660 +@SQ SN:211000022278866 LN:1566 +@SQ SN:211000022278886 LN:1114 +@SQ SN:211000022279106 LN:1316 +@SQ SN:211000022279286 LN:1048 +@SQ SN:211000022280594 LN:2009 +@SQ SN:211000022278236 LN:1092 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_15_D1727 LN:33316 +@SQ SN:211000022278326 LN:1097 +@SQ SN:211000022278816 LN:1741 +@SQ SN:211000022278346 LN:1899 +@SQ SN:211000022278466 LN:1195 +@SQ SN:211000022280612 LN:1936 +@SQ SN:211000022278164 LN:3073 +@SQ SN:211000022279096 LN:2060 +@SQ SN:211000022278476 LN:1355 +@SQ SN:211000022278653 LN:14006 +@SQ SN:211000022278486 LN:1084 +@SQ SN:211000022278516 LN:1133 +@SQ SN:211000022278596 LN:1036 +@SQ SN:211000022278626 LN:1018 +@SQ SN:211000022280466 LN:5232 +@SQ SN:211000022278636 LN:1865 +@SQ SN:211000022278646 LN:1408 +@SQ SN:211000022278826 LN:1895 +@SQ SN:211000022278836 LN:1380 +@SQ SN:211000022278856 LN:1271 +@SQ SN:211000022280586 LN:2439 +@SQ SN:211000022278860 LN:2253 +@SQ SN:211000022278876 LN:1813 +@SQ SN:211000022278896 LN:3523 +@SQ SN:211000022278906 LN:1131 +@SQ SN:211000022278976 LN:1980 +@SQ SN:211000022279006 LN:1163 +@SQ SN:211000022279486 LN:1068 +@SQ SN:211000022279066 LN:1489 +@SQ SN:211000022279076 LN:1573 +@SQ SN:211000022279086 LN:1049 +@SQ SN:211000022279296 LN:1747 +@SQ SN:211000022279306 LN:1063 +@SQ SN:211000022278916 LN:12399 +@SQ SN:211000022279316 LN:1623 +@SQ SN:211000022279536 LN:1186 +@SQ SN:211000022279686 LN:1534 +@SQ SN:211000022279836 LN:11522 +@SQ SN:211000022279846 LN:1798 +@SQ SN:211000022280016 LN:4072 +@SQ SN:211000022278858 LN:2435 +@SQ SN:211000022278765 LN:4400 +@SQ SN:211000022278436 LN:2815 +@SQ SN:211000022278586 LN:2799 +@SQ SN:211000022278736 LN:1116 +@SQ SN:211000022278756 LN:1260 +@SQ SN:211000022278936 LN:1142 +@SQ SN:211000022278956 LN:1041 +@SQ SN:211000022279026 LN:1712 +@SQ SN:211000022279046 LN:2642 +@SQ SN:211000022279186 LN:3102 +@SQ SN:211000022279236 LN:1110 +@SQ SN:211000022279266 LN:1166 +@SQ SN:211000022278711 LN:2084 +@SQ SN:211000022279688 LN:5520 +@SQ SN:211000022279496 LN:1270 +@SQ SN:211000022279546 LN:1116 +@SQ SN:211000022279586 LN:1098 +@SQ SN:211000022279646 LN:1010 +@SQ SN:211000022279876 LN:1440 +@SQ SN:211000022279936 LN:1690 +@SQ SN:211000022279986 LN:1163 +@SQ SN:211000022280116 LN:1383 +@SQ SN:211000022280686 LN:2922 +@SQ SN:211000022278974 LN:14199 +@SQ SN:211000022279514 LN:2220 +@SQ SN:211000022280735 LN:6860 +@SQ SN:XY_mapped_Scaffold_7_D1574 LN:50625 +@SQ SN:211000022278226 LN:2078 +@SQ SN:211000022278581 LN:3010 +@SQ SN:211000022279146 LN:12856 +@SQ SN:211000022279257 LN:5360 +@SQ SN:211000022279380 LN:5465 +@SQ SN:211000022279420 LN:12654 +@SQ SN:211000022279503 LN:12536 +@SQ SN:211000022279523 LN:11807 +@SQ SN:211000022279559 LN:5189 +@SQ SN:211000022279637 LN:12142 +@SQ SN:211000022279829 LN:12424 +@SQ SN:211000022279884 LN:5915 +@SQ SN:211000022279892 LN:13553 +@SQ SN:211000022279092 LN:2322 +@SQ SN:211000022280233 LN:4865 +@SQ SN:211000022280259 LN:13935 +@SQ SN:211000022280445 LN:4903 +@SQ SN:211000022280447 LN:6698 +@SQ SN:211000022280465 LN:7123 +@SQ SN:211000022280518 LN:6041 +@SQ SN:211000022280519 LN:6193 +@SQ SN:211000022280541 LN:14028 +@SQ SN:211000022280615 LN:5000 +@SQ SN:211000022280637 LN:5316 +@SQ SN:211000022280656 LN:5324 +@SQ SN:211000022280699 LN:6825 +@SQ SN:211000022280727 LN:5383 +@SQ SN:211000022280734 LN:7003 +@SQ SN:211000022280668 LN:3498 +@SQ SN:211000022278840 LN:2096 +@SQ SN:211000022280427 LN:564 +@SQ SN:211000022280577 LN:3013 +@SQ SN:211000022278695 LN:2035 +@SQ SN:211000022280720 LN:5061 +@SQ SN:211000022278489 LN:2557 +@SQ SN:211000022279883 LN:5057 +@SQ SN:211000022279942 LN:2079 +@SQ SN:211000022278823 LN:2283 +@SQ SN:211000022280459 LN:5098 +@SQ SN:211000022280461 LN:4996 +@SQ SN:211000022278462 LN:1902 +@SQ SN:211000022280462 LN:5772 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_11_D1754 LN:36482 +@SQ SN:211000022279370 LN:3622 +@SQ SN:211000022280295 LN:3348 +@SQ SN:211000022280289 LN:2375 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_13_D1782 LN:25537 +@SQ SN:211000022280568 LN:2234 +@SQ SN:211000022278627 LN:1928 +@SQ SN:211000022278612 LN:2273 +@SQ SN:211000022278557 LN:2293 +@SQ SN:211000022278365 LN:1920 +@SQ SN:211000022278359 LN:2192 +@SQ SN:211000022278353 LN:2114 +@SQ SN:211000022278316 LN:2639 +@SQ SN:211000022279276 LN:15522 +@SQ SN:211000022278611 LN:3648 +@SQ SN:211000022279070 LN:2447 +@SQ SN:211000022278890 LN:1926 +@SQ SN:211000022278528 LN:1962 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_18_D1698 LN:34521 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_53_D1765 LN:44104 +@SQ SN:211000022278506 LN:2059 +@SQ SN:211000022278399 LN:11951 +@SQ SN:211000022278254 LN:2006 +@SQ SN:211000022278178 LN:2266 +@SQ SN:211000022279556 LN:13256 +@SQ SN:211000022279479 LN:2248 +@SQ SN:211000022279366 LN:1924 +@SQ SN:211000022279719 LN:13455 +@SQ SN:211000022280761 LN:18299 +@SQ SN:211000022280328 LN:14098 +@SQ SN:rDNA LN:76973 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_44_D1670 LN:25698 +@SQ SN:X LN:23542271 +@SQ SN:211000022278712 LN:5060 +@SQ SN:211000022278588 LN:1030 +@SQ SN:211000022280551 LN:3737 +@SQ SN:211000022280503 LN:4701 +@SQ SN:211000022280105 LN:3277 +@SQ SN:211000022280070 LN:2108 +@SQ SN:211000022279711 LN:2438 +@SQ SN:211000022279539 LN:6237 +@SQ SN:211000022279521 LN:2795 +@SQ SN:211000022279463 LN:4381 +@SQ SN:211000022279372 LN:3913 +@SQ SN:211000022279308 LN:1019 +@SQ SN:211000022279157 LN:2670 +@SQ SN:211000022279116 LN:2529 +@SQ SN:211000022279715 LN:2060 +@SQ SN:211000022279563 LN:5832 +@SQ SN:211000022279245 LN:1933 +@SQ SN:211000022280589 LN:4933 +@SQ SN:211000022279062 LN:2505 +@SQ SN:211000022279009 LN:13549 +@SQ SN:211000022278831 LN:2520 +@SQ SN:211000022278229 LN:1956 +@SQ SN:211000022280517 LN:5463 +@SQ SN:211000022280750 LN:9865 +@SQ SN:211000022280633 LN:2328 +@SQ SN:211000022280112 LN:2603 +@SQ SN:211000022279879 LN:6396 +@SQ SN:211000022278643 LN:1935 +@SQ SN:211000022278513 LN:2228 +@SQ SN:211000022278319 LN:1947 +@SQ SN:211000022279189 LN:11958 +@SQ SN:211000022279177 LN:6076 +@SQ SN:211000022279094 LN:13317 +@SQ SN:211000022280236 LN:6294 +@SQ SN:211000022280237 LN:15068 +@SQ SN:211000022278215 LN:8346 +@SQ SN:211000022279449 LN:4815 +@SQ SN:211000022279866 LN:2470 +@SQ SN:211000022279746 LN:2793 +@SQ SN:211000022279376 LN:2046 +@SQ SN:211000022279850 LN:2431 +@SQ SN:211000022280128 LN:4378 +@SQ SN:211000022280227 LN:2860 +@SQ SN:211000022280533 LN:3402 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_20_D1762_D1719 LN:39041 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_21_D1683_D1693 LN:34359 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_23_D1638 LN:31460 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_26_D1717 LN:21921 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_30_D1720 LN:25805 +@SQ SN:Y_mapped_Scaffold_34_D1584 LN:24380 +@SQ SN:211000022278033 LN:1143 +@SQ SN:211000022278170 LN:1160 +@SQ SN:211000022279889 LN:1966 +@SQ SN:211000022279353 LN:1006 +@SQ SN:211000022279488 LN:2911 +@SQ SN:211000022278260 LN:1061 +@SQ SN:211000022279573 LN:2520 +@SQ SN:211000022278123 LN:1126 +@SQ SN:211000022278127 LN:1343 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_17_D1756_D1775 LN:62570 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_22_D1753 LN:45120 +@SQ SN:211000022278174 LN:1153 +@SQ SN:211000022278179 LN:1001 +@SQ SN:211000022278207 LN:1025 +@SQ SN:211000022278273 LN:12027 +@SQ SN:211000022278412 LN:1126 +@SQ SN:211000022279018 LN:6860 +@SQ SN:211000022279130 LN:1990 +@SQ SN:211000022280198 LN:2612 +@SQ SN:211000022278645 LN:2689 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_24_D1707 LN:22882 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_28_D1723 LN:46986 +@SQ SN:211000022278807 LN:1139 +@SQ SN:211000022278884 LN:1027 +@SQ SN:211000022278977 LN:1131 +@SQ SN:211000022279000 LN:2394 +@SQ SN:211000022279151 LN:1090 +@SQ SN:211000022279217 LN:1966 +@SQ SN:211000022279247 LN:2382 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_29_D1705 LN:37106 +@SQ SN:211000022279262 LN:1022 +@SQ SN:211000022279284 LN:3196 +@SQ SN:211000022278431 LN:2089 +@SQ SN:211000022278460 LN:1944 +@SQ SN:211000022278461 LN:2209 +@SQ SN:211000022278463 LN:2841 +@SQ SN:211000022279063 LN:2094 +@SQ SN:211000022278464 LN:2087 +@SQ SN:211000022278488 LN:1007 +@SQ SN:211000022278616 LN:2161 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_32_D1773 LN:16157 +@SQ SN:211000022278669 LN:1023 +@SQ SN:211000022278775 LN:2177 +@SQ SN:211000022278818 LN:1037 +@SQ SN:211000022278820 LN:1993 +@SQ SN:211000022279792 LN:1014 +@SQ SN:211000022278732 LN:2617 +@SQ SN:211000022279851 LN:1976 +@SQ SN:211000022279118 LN:2198 +@SQ SN:211000022279960 LN:2400 +@SQ SN:211000022279980 LN:2476 +@SQ SN:211000022280002 LN:4231 +@SQ SN:211000022280028 LN:1943 +@SQ SN:211000022280033 LN:2479 +@SQ SN:211000022279373 LN:2536 +@SQ SN:211000022280084 LN:1079 +@SQ SN:211000022280153 LN:2198 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_35_D1599 LN:57785 +@SQ SN:211000022279571 LN:1962 +@SQ SN:211000022280272 LN:2893 +@SQ SN:211000022280470 LN:3582 +@SQ SN:211000022280622 LN:1916 +@SQ SN:211000022280642 LN:2830 +@SQ SN:211000022278201 LN:1101 +@SQ SN:211000022278538 LN:1035 +@SQ SN:211000022278710 LN:1020 +@SQ SN:211000022278233 LN:1978 +@SQ SN:211000022278297 LN:1220 +@SQ SN:211000022280331 LN:1110 +@SQ SN:211000022280548 LN:2618 +@SQ SN:211000022280554 LN:3365 +@SQ SN:211000022280631 LN:2119 +@SQ SN:211000022278522 LN:2086 +@SQ SN:211000022279190 LN:2575 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_37_D1608 LN:20763 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_38_D1625 LN:28305 +@SQ SN:211000022280500 LN:2157 +@SQ SN:211000022278225 LN:2432 +@SQ SN:211000022278844 LN:2363 +@SQ SN:211000022279084 LN:2132 +@SQ SN:211000022279287 LN:2751 +@SQ SN:211000022279291 LN:1051 +@SQ SN:211000022280621 LN:2216 +@SQ SN:211000022279117 LN:1029 +@SQ SN:211000022280058 LN:2325 +@SQ SN:211000022279302 LN:1209 +@SQ SN:211000022279832 LN:1100 +@SQ SN:211000022279902 LN:2475 +@SQ SN:211000022279917 LN:2635 +@SQ SN:211000022279391 LN:1136 +@SQ SN:211000022278933 LN:1129 +@SQ SN:211000022280643 LN:2425 +@SQ SN:211000022279139 LN:1849 +@SQ SN:211000022279147 LN:5891 +@SQ SN:211000022279148 LN:1146 +@SQ SN:211000022279155 LN:1076 +@SQ SN:211000022279158 LN:1900 +@SQ SN:211000022279540 LN:1487 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_45_D1673 LN:29583 +@SQ SN:211000022279159 LN:1747 +@SQ SN:211000022279191 LN:2549 +@SQ SN:211000022279265 LN:3197 +@SQ SN:211000022279309 LN:1156 +@SQ SN:211000022279310 LN:2103 +@SQ SN:211000022279371 LN:1375 +@SQ SN:211000022279389 LN:4436 +@SQ SN:211000022279480 LN:1208 +@SQ SN:211000022279522 LN:1445 +@SQ SN:211000022279538 LN:1863 +@SQ SN:211000022278650 LN:1007 +@SQ SN:211000022279575 LN:1696 +@SQ SN:211000022279578 LN:1083 +@SQ SN:211000022279613 LN:3503 +@SQ SN:211000022279645 LN:1227 +@SQ SN:2R2_mapped_Scaffold_56_D1828 LN:13157 +@SQ SN:3Cen_mapped_Scaffold_1_D1896_D1895 LN:76224 +@SQ SN:211000022279647 LN:1219 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_46_D1675 LN:25560 +@SQ SN:211000022279691 LN:1577 +@SQ SN:211000022279692 LN:1286 +@SQ SN:211000022279693 LN:1014 +@SQ SN:211000022279694 LN:1391 +@SQ SN:211000022279695 LN:8007 +@SQ SN:211000022280051 LN:1086 +@SQ SN:211000022279699 LN:1294 +@SQ SN:211000022279700 LN:3157 +@SQ SN:211000022279743 LN:3806 +@SQ SN:211000022279744 LN:1133 +@SQ SN:211000022279745 LN:1806 +@SQ SN:211000022279849 LN:2510 +@SQ SN:211000022280015 LN:4820 +@SQ SN:211000022280037 LN:2928 +@SQ SN:211000022279858 LN:1776 +@SQ SN:211000022279869 LN:9341 +@SQ SN:211000022279872 LN:1218 +@SQ SN:211000022279948 LN:2796 +@SQ SN:211000022279953 LN:3227 +@SQ SN:211000022279964 LN:2822 +@SQ SN:211000022280080 LN:3044 +@SQ SN:211000022280081 LN:1219 +@SQ SN:211000022280093 LN:3009 +@SQ SN:211000022280098 LN:4081 +@SQ SN:211000022280127 LN:3553 +@SQ SN:211000022280131 LN:1586 +@SQ SN:211000022280137 LN:2611 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_48_D1678 LN:26115 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_51_D1697 LN:13455 +@SQ SN:Unmapped_Scaffold_52_D1739 LN:43383 +@SQ SN:211000022280149 LN:1048 +@SQ SN:211000022280202 LN:4273 +@SQ SN:211000022280214 LN:2794 +@SQ SN:211000022280251 LN:2914 +@SQ SN:211000022280284 LN:2644 +@SQ SN:211000022280314 LN:1209 +@SQ SN:3Cen_mapped_Scaffold_27_D1777 LN:11983 +@SQ SN:211000022280473 LN:4289 +@SQ SN:211000022280490 LN:7314 +@SQ SN:211000022280498 LN:3818 +@SQ SN:211000022280508 LN:4182 +@SQ SN:211000022280520 LN:2577 +@SQ SN:211000022280524 LN:3268 +@SQ SN:211000022280560 LN:4135 +@SQ SN:211000022280564 LN:3302 +@SQ SN:211000022278592 LN:1081 +@SQ SN:211000022278593 LN:1391 +@SQ SN:211000022278594 LN:1502 +@SQ SN:211000022278641 LN:1047 +@SQ SN:211000022278597 LN:1567 +@SQ SN:211000022278599 LN:1042 +@SQ SN:211000022278600 LN:1072 +@SQ SN:211000022278602 LN:3681 +@SQ SN:211000022278604 LN:1280 +@SQ SN:211000022278678 LN:1966 +@SQ SN:211000022278651 LN:1222 +@SQ SN:211000022278652 LN:2185 +@SQ SN:211000022278668 LN:1190 +@SQ SN:211000022278675 LN:3950 +@SQ SN:211000022278680 LN:1030 +@SQ SN:2L LN:23513712 +@SQ SN:2R LN:25286936 +@SQ SN:3L LN:28110227 +@SQ SN:3R LN:32079331 +@SQ SN:4 LN:1348131 +@SQ SN:Y LN:3667352 +@SQ SN:2Cen_mapped_Scaffold_10_D1684 LN:19956 +@SQ SN:2Cen_mapped_Scaffold_43_D1668 LN:44411 +@SQ SN:211000022279762 LN:11498 +@SQ SN:211000022278089 LN:4222 +@SQ SN:211000022280772 LN:15417 +@SQ SN:211000022278224 LN:1650 +@SQ SN:211000022278269 LN:11430 +@SQ SN:211000022278354 LN:21074 +@SQ SN:211000022278391 LN:1152 +@SQ SN:211000022280653 LN:4150 +@SQ SN:211000022280654 LN:3574 +@SQ SN:211000022280688 LN:1153 +@SQ SN:211000022280659 LN:14503 +@SQ SN:211000022279579 LN:13416 +@SQ SN:211000022279098 LN:12368 +@SQ SN:211000022278031 LN:1021 +@SQ SN:211000022278098 LN:2820 +@SQ SN:211000022278038 LN:1395 +@SQ SN:211000022278047 LN:2020 +@SQ SN:211000022278072 LN:1127 +@SQ SN:211000022278074 LN:1003 +@SQ SN:211000022278090 LN:1097 +@SQ SN:211000022278091 LN:1185 +@SQ SN:211000022278100 LN:3924 +@SQ SN:211000022279288 LN:2858 +@SQ SN:211000022279289 LN:1022 +@SQ SN:211000022279311 LN:2790 +@SQ SN:211000022279317 LN:1178 +@SQ SN:211000022279358 LN:1185 +@SQ SN:211000022279318 LN:1287 +@SQ SN:211000022279324 LN:1369 +@SQ SN:211000022279325 LN:1114 +@SQ SN:211000022279329 LN:1041 +@SQ SN:211000022279337 LN:1734 +@SQ SN:211000022279343 LN:1315 +@SQ SN:211000022279345 LN:12459 +@SQ SN:211000022279351 LN:1026 +@SQ SN:211000022279354 LN:1304 +@SQ SN:211000022279355 LN:1105 +@SQ SN:211000022279359 LN:1105 +@SQ SN:211000022279360 LN:1173 +@SQ SN:211000022279361 LN:1142 +@SQ SN:211000022279362 LN:1311 +@SQ SN:211000022279365 LN:1356 +@SQ SN:211000022279612 LN:2328 +@SQ SN:211000022279369 LN:1080 +@SQ SN:211000022279374 LN:1088 +@SQ SN:211000022279375 LN:1179 +@SQ SN:211000022279378 LN:1271 +@SQ SN:211000022279384 LN:1005 +@SQ SN:211000022279393 LN:1377 +@SQ SN:211000022279394 LN:3201 +@SQ SN:211000022279400 LN:1118 +@SQ SN:211000022279405 LN:1066 +@SQ SN:211000022279409 LN:1004 +@SQ SN:211000022279411 LN:1278 +@SQ SN:211000022279412 LN:1235 +@SQ SN:211000022279413 LN:1202 +@SQ SN:211000022279414 LN:1108 +@SQ SN:211000022279415 LN:1347 +@SQ SN:211000022279417 LN:1233 +@SQ SN:211000022279430 LN:1070 +@SQ SN:211000022279418 LN:1139 +@SQ SN:211000022279444 LN:1193 +@SQ SN:211000022279421 LN:1339 +@SQ SN:211000022279422 LN:1139 +@SQ SN:211000022279423 LN:11220 +@SQ SN:211000022279424 LN:1049 +@SQ SN:211000022279425 LN:1203 +@SQ SN:211000022279533 LN:1088 +@SQ SN:211000022279431 LN:3434 +@SQ SN:211000022279433 LN:1377 +@SQ SN:211000022279441 LN:1266 +@SQ SN:211000022279442 LN:2922 +@SQ SN:211000022279443 LN:1039 +@SQ SN:211000022278271 LN:1974 +@SQ SN:211000022279445 LN:1203 +@SQ SN:211000022279448 LN:1156 +@SQ SN:211000022279453 LN:4888 +@SQ SN:211000022279454 LN:1408 +@SQ SN:211000022279462 LN:1197 +@SQ SN:211000022280626 LN:2419 +@SQ SN:211000022279498 LN:1192 +@SQ SN:211000022279464 LN:1411 +@SQ SN:211000022279469 LN:1154 +@SQ SN:211000022279470 LN:2105 +@SQ SN:211000022279473 LN:1901 +@SQ SN:211000022279474 LN:1154 +@SQ SN:211000022279477 LN:3716 +@SQ SN:211000022279481 LN:1770 +@SQ SN:211000022279483 LN:2574 +@SQ SN:211000022279487 LN:1151 +@SQ SN:211000022279490 LN:1685 +@SQ SN:211000022279493 LN:1118 +@SQ SN:211000022279507 LN:1422 +@SQ SN:211000022279509 LN:1461 +@SQ SN:211000022279510 LN:1107 +@SQ SN:211000022279513 LN:2556 +@SQ SN:211000022279527 LN:2787 +@SQ SN:211000022279549 LN:1166 +@SQ SN:211000022279551 LN:1087 +@SQ SN:211000022279554 LN:1212 +@SQ SN:211000022279562 LN:2736 +@SQ SN:211000022279564 LN:1126 +@SQ SN:211000022279569 LN:1083 +@SQ SN:211000022279572 LN:1053 +@SQ SN:211000022279574 LN:1854 +@SQ SN:211000022279580 LN:1285 +@SQ SN:211000022279584 LN:1063 +@SQ SN:211000022278172 LN:2464 +@SQ SN:211000022279609 LN:1015 +@SQ SN:211000022278137 LN:1004 +@SQ SN:211000022279590 LN:1224 +@SQ SN:211000022279591 LN:1205 +@SQ SN:211000022279592 LN:1069 +@SQ SN:211000022279593 LN:1379 +@SQ SN:211000022279599 LN:1032 +@SQ SN:211000022279603 LN:1140 +@SQ SN:211000022278114 LN:2665 +@SQ SN:211000022278119 LN:1163 +@SQ SN:211000022278120 LN:2008 +@SQ SN:211000022278132 LN:1714 +@SQ SN:211000022278134 LN:1152 +@SQ SN:211000022278138 LN:2088 +@SQ SN:211000022278139 LN:1432 +@SQ SN:211000022278140 LN:1132 +@SQ SN:211000022278143 LN:1140 +@SQ SN:211000022278257 LN:1115 +@SQ SN:211000022278258 LN:1013 +@SQ SN:211000022278144 LN:1330 +@SQ SN:211000022278145 LN:1123 +@SQ SN:211000022278151 LN:1334 +@SQ SN:211000022278152 LN:1006 +@SQ SN:211000022278157 LN:1346 +@SQ SN:211000022278158 LN:1036 +@SQ SN:211000022278167 LN:1404 +@SQ SN:211000022278182 LN:1504 +@SQ SN:211000022278184 LN:1160 +@SQ SN:211000022278191 LN:1148 +@SQ SN:211000022278194 LN:1315 +@SQ SN:211000022279305 LN:2109 +@SQ SN:211000022278195 LN:3806 +@SQ SN:211000022278197 LN:1099 +@SQ SN:211000022278199 LN:1052 +@SQ SN:211000022278200 LN:1112 +@SQ SN:211000022278202 LN:1184 +@SQ SN:211000022278253 LN:1063 +@SQ SN:211000022278203 LN:3463 +@SQ SN:211000022278204 LN:1310 +@SQ SN:211000022278210 LN:1508 +@SQ SN:211000022278211 LN:1956 +@SQ SN:211000022278212 LN:1337 +@SQ SN:211000022279332 LN:2044 +@SQ SN:211000022278219 LN:3162 +@SQ SN:211000022278221 LN:1135 +@SQ SN:211000022278223 LN:1086 +@SQ SN:211000022278240 LN:1045 +@SQ SN:211000022278244 LN:1540 +@SQ SN:211000022278248 LN:1114 +@SQ SN:211000022278262 LN:1436 +@SQ SN:211000022278263 LN:1144 +@SQ SN:211000022278265 LN:1178 +@SQ SN:211000022278267 LN:1163 +@SQ SN:211000022278272 LN:1010 +@SQ SN:211000022278274 LN:1893 +@SQ SN:211000022278280 LN:3089 +@SQ SN:211000022278281 LN:1259 +@SQ SN:211000022278282 LN:2511 +@SQ SN:211000022278283 LN:1155 +@SQ SN:211000022278452 LN:2575 +@SQ SN:211000022278285 LN:1107 +@SQ SN:211000022278287 LN:1020 +@SQ SN:211000022278290 LN:1195 +@SQ SN:211000022278291 LN:1038 +@SQ SN:211000022278294 LN:1138 +@SQ SN:211000022278295 LN:1154 +@SQ SN:211000022278301 LN:1078 +@SQ SN:211000022278302 LN:1262 +@SQ SN:211000022278304 LN:1928 +@SQ SN:211000022278311 LN:1071 +@SQ SN:211000022278312 LN:3458 +@SQ SN:211000022278313 LN:1162 +@SQ SN:211000022278327 LN:2576 +@SQ SN:211000022278328 LN:1123 +@SQ SN:211000022278333 LN:1136 +@SQ SN:211000022278334 LN:1552 +@SQ SN:211000022278335 LN:2390 +@SQ SN:211000022278345 LN:1105 +@SQ SN:211000022278348 LN:1277 +@SQ SN:211000022278349 LN:1088 +@SQ SN:211000022278351 LN:4183 +@SQ SN:211000022278357 LN:1051 +@SQ SN:211000022278362 LN:1998 +@SQ SN:211000022278369 LN:1234 +@SQ SN:211000022278370 LN:1189 +@SQ SN:211000022278371 LN:1078 +@SQ SN:211000022278372 LN:4163 +@SQ SN:211000022278377 LN:1025 +@SQ SN:211000022278378 LN:2905 +@SQ SN:211000022278384 LN:1001 +@SQ SN:211000022278385 LN:1062 +@SQ SN:211000022278387 LN:2354 +@SQ SN:211000022278388 LN:1732 +@SQ SN:211000022278390 LN:11985 +@SQ SN:211000022278392 LN:3650 +@SQ SN:211000022278395 LN:2999 +@SQ SN:211000022278398 LN:3100 +@SQ SN:211000022278401 LN:1147 +@SQ SN:211000022278403 LN:1159 +@SQ SN:211000022278404 LN:2849 +@SQ SN:211000022278407 LN:1190 +@SQ SN:211000022278409 LN:1206 +@SQ SN:211000022278410 LN:1050 +@SQ SN:211000022278413 LN:1366 +@SQ SN:211000022278419 LN:1051 +@SQ SN:211000022278420 LN:1416 +@SQ SN:211000022278421 LN:2697 +@SQ SN:211000022278423 LN:1165 +@SQ SN:211000022278894 LN:1303 +@SQ SN:211000022278978 LN:12424 +@SQ SN:211000022279169 LN:3120 +@SQ SN:211000022279344 LN:4573 +@SQ SN:211000022278673 LN:1165 +@SQ SN:211000022279450 LN:1719 +@SQ SN:211000022279594 LN:12148 +@SQ SN:211000022280087 LN:4986 +@SQ SN:211000022280171 LN:2784 +@SQ SN:211000022280583 LN:5026 +@SQ SN:211000022280652 LN:4581 +@SQ SN:211000022278095 LN:1008 +@SQ SN:211000022278171 LN:1193 +@SQ SN:211000022278521 LN:1549 +@SQ SN:211000022278535 LN:1045 +@SQ SN:211000022279689 LN:2289 +@SQ SN:211000022278859 LN:1081 +@SQ SN:211000022278889 LN:1262 +@SQ SN:211000022279011 LN:2291 +@SQ SN:211000022279095 LN:1189 +@SQ SN:211000022279097 LN:1832 +@SQ SN:211000022280062 LN:2603 +@SQ SN:211000022278424 LN:1014 +@SQ SN:211000022278427 LN:1044 +@SQ SN:211000022278429 LN:1181 +@SQ SN:211000022278430 LN:1200 +@SQ SN:211000022278432 LN:1171 +@SQ SN:211000022278435 LN:1900 +@SQ SN:211000022278438 LN:3159 +@SQ SN:211000022278439 LN:2043 +@SQ SN:211000022278440 LN:2744 +@SQ SN:211000022278441 LN:1070 +@SQ SN:211000022278445 LN:1130 +@SQ SN:211000022278451 LN:1533 +@SQ SN:211000022278497 LN:1175 +@SQ SN:211000022278503 LN:1199 +@SQ SN:211000022278507 LN:2390 +@SQ SN:211000022278511 LN:1123 +@SQ SN:211000022278514 LN:1118 +@SQ SN:211000022278515 LN:1986 +@SQ SN:211000022278517 LN:1038 +@SQ SN:211000022278520 LN:1162 +@SQ SN:211000022278525 LN:1586 +@SQ SN:211000022280177 LN:1246 +@SQ SN:211000022280178 LN:1032 +@SQ SN:211000022280179 LN:1229 +@SQ SN:211000022280180 LN:1144 +@SQ SN:211000022280181 LN:1377 +@SQ SN:211000022280183 LN:1177 +@SQ SN:211000022280191 LN:1291 +@SQ SN:211000022280192 LN:2006 +@SQ SN:211000022280193 LN:1102 +@SQ SN:211000022280194 LN:1182 +@SQ SN:211000022280195 LN:1961 +@SQ SN:211000022280208 LN:2368 +@SQ SN:211000022280210 LN:1231 +@SQ SN:211000022280212 LN:3025 +@SQ SN:211000022280218 LN:2541 +@SQ SN:211000022280220 LN:1832 +@SQ SN:211000022280221 LN:1520 +@SQ SN:211000022280224 LN:1261 +@SQ SN:211000022280225 LN:1178 +@SQ SN:211000022280230 LN:1220 +@SQ SN:211000022280232 LN:1137 +@SQ SN:211000022280235 LN:1471 +@SQ SN:211000022280240 LN:1084 +@SQ SN:211000022280247 LN:1715 +@SQ SN:211000022280255 LN:3299 +@SQ SN:211000022280257 LN:1167 +@SQ SN:211000022280260 LN:2982 +@SQ SN:211000022280261 LN:3043 +@SQ SN:211000022280262 LN:1274 +@SQ SN:211000022278748 LN:1208 +@SQ SN:211000022279804 LN:2087 +@SQ SN:211000022278750 LN:1134 +@SQ SN:211000022278751 LN:1124 +@SQ SN:211000022278754 LN:1610 +@SQ SN:211000022278755 LN:1225 +@SQ SN:211000022278757 LN:1347 +@SQ SN:211000022278758 LN:1223 +@SQ SN:211000022278759 LN:1018 +@SQ SN:211000022278761 LN:1084 +@SQ SN:211000022278768 LN:3477 +@SQ SN:211000022278769 LN:1194 +@SQ SN:211000022278773 LN:1263 +@SQ SN:211000022278777 LN:12354 +@SQ SN:211000022278781 LN:1167 +@SQ SN:211000022278785 LN:3080 +@SQ SN:211000022278788 LN:1130 +@SQ SN:211000022278790 LN:2733 +@SQ SN:211000022278928 LN:1139 +@SQ SN:211000022278793 LN:1344 +@SQ SN:211000022278794 LN:2783 +@SQ SN:211000022278804 LN:1047 +@SQ SN:211000022278808 LN:1240 +@SQ SN:211000022278848 LN:1251 +@SQ SN:211000022278929 LN:1905 +@SQ SN:211000022278849 LN:11569 +@SQ SN:211000022278862 LN:1103 +@SQ SN:211000022278865 LN:1328 +@SQ SN:211000022278870 LN:1150 +@SQ SN:211000022278875 LN:13906 +@SQ SN:211000022278883 LN:2984 +@SQ SN:211000022278887 LN:1258 +@SQ SN:211000022278891 LN:1550 +@SQ SN:211000022278899 LN:1304 +@SQ SN:211000022278901 LN:1160 +@SQ SN:211000022278903 LN:1075 +@SQ SN:211000022278915 LN:1302 +@SQ SN:211000022278917 LN:1075 +@SQ SN:211000022278919 LN:2081 +@SQ SN:211000022278922 LN:2033 +@SQ SN:211000022278923 LN:2791 +@SQ SN:211000022278927 LN:2521 +@SQ SN:211000022278932 LN:1262 +@SQ SN:211000022278934 LN:2344 +@SQ SN:211000022278937 LN:2626 +@SQ SN:211000022278940 LN:1168 +@SQ SN:211000022278943 LN:1241 +@SQ SN:211000022278944 LN:1117 +@SQ SN:211000022278945 LN:3864 +@SQ SN:211000022278947 LN:1521 +@SQ SN:211000022278948 LN:1029 +@SQ SN:211000022278949 LN:1412 +@SQ SN:211000022278952 LN:2903 +@SQ SN:211000022278953 LN:2227 +@SQ SN:211000022278958 LN:1133 +@SQ SN:211000022278960 LN:5182 +@SQ SN:211000022278962 LN:1293 +@SQ SN:211000022278968 LN:2105 +@SQ SN:211000022278969 LN:1608 +@SQ SN:211000022278970 LN:1035 +@SQ SN:211000022279583 LN:2096 +@SQ SN:211000022278972 LN:1025 +@SQ SN:211000022278973 LN:1264 +@SQ SN:211000022278979 LN:1611 +@SQ SN:211000022278980 LN:1278 +@SQ SN:211000022278982 LN:1976 +@SQ SN:211000022278983 LN:1041 +@SQ SN:211000022278988 LN:1872 +@SQ SN:211000022278989 LN:1056 +@SQ SN:211000022278992 LN:1728 +@SQ SN:211000022278993 LN:1263 +@SQ SN:211000022279015 LN:1263 +@SQ SN:211000022279001 LN:12002 +@SQ SN:211000022279002 LN:1826 +@SQ SN:211000022279003 LN:2588 +@SQ SN:211000022279013 LN:1076 +@SQ SN:211000022279014 LN:1109 +@SQ SN:211000022279017 LN:1219 +@SQ SN:211000022279021 LN:2881 +@SQ SN:211000022279022 LN:12632 +@SQ SN:211000022279029 LN:1882 +@SQ SN:211000022279050 LN:1035 +@SQ SN:211000022279040 LN:1581 +@SQ SN:211000022279042 LN:1117 +@SQ SN:211000022279044 LN:2092 +@SQ SN:211000022279048 LN:1299 +@SQ SN:211000022279049 LN:1754 +@SQ SN:211000022279051 LN:1097 +@SQ SN:211000022279052 LN:4188 +@SQ SN:211000022279053 LN:1035 +@SQ SN:211000022279057 LN:1098 +@SQ SN:211000022279058 LN:2352 +@SQ SN:211000022279061 LN:2884 +@SQ SN:211000022279069 LN:1157 +@SQ SN:211000022279087 LN:1289 +@SQ SN:211000022279088 LN:1132 +@SQ SN:211000022279089 LN:544 +@SQ SN:211000022279091 LN:4377 +@SQ SN:211000022279100 LN:1352 +@SQ SN:211000022279102 LN:1110 +@SQ SN:211000022279115 LN:1135 +@SQ SN:211000022279120 LN:1026 +@SQ SN:211000022279121 LN:1785 +@SQ SN:211000022279124 LN:1236 +@SQ SN:211000022279125 LN:1132 +@SQ SN:211000022279127 LN:1200 +@SQ SN:211000022279128 LN:1225 +@SQ SN:211000022279132 LN:1005 +@SQ SN:211000022279135 LN:1159 +@SQ SN:211000022279141 LN:1076 +@SQ SN:211000022279143 LN:1304 +@SQ SN:211000022279144 LN:1231 +@SQ SN:211000022279149 LN:1064 +@SQ SN:211000022279152 LN:1468 +@SQ SN:211000022279154 LN:1079 +@SQ SN:211000022278534 LN:1063 +@SQ SN:211000022279160 LN:1103 +@SQ SN:211000022279162 LN:1998 +@SQ SN:211000022279168 LN:1045 +@SQ SN:211000022279172 LN:1253 +@SQ SN:211000022279175 LN:1144 +@SQ SN:211000022279178 LN:2438 +@SQ SN:211000022279179 LN:3073 +@SQ SN:211000022279180 LN:1011 +@SQ SN:211000022279182 LN:1277 +@SQ SN:211000022279183 LN:1231 +@SQ SN:211000022279185 LN:1210 +@SQ SN:211000022279203 LN:1116 +@SQ SN:211000022279192 LN:1843 +@SQ SN:211000022279193 LN:2462 +@SQ SN:211000022279195 LN:1022 +@SQ SN:211000022279198 LN:2030 +@SQ SN:211000022279199 LN:1872 +@SQ SN:211000022279207 LN:1484 +@SQ SN:211000022279208 LN:1761 +@SQ SN:211000022279214 LN:2555 +@SQ SN:211000022279215 LN:1012 +@SQ SN:211000022279218 LN:1246 +@SQ SN:211000022279221 LN:1119 +@SQ SN:211000022279228 LN:1933 +@SQ SN:211000022279229 LN:3490 +@SQ SN:211000022279230 LN:1775 +@SQ SN:211000022279232 LN:1148 +@SQ SN:211000022279285 LN:1903 +@SQ SN:211000022279233 LN:2647 +@SQ SN:211000022279237 LN:2010 +@SQ SN:211000022279239 LN:2937 +@SQ SN:211000022279240 LN:1119 +@SQ SN:211000022279242 LN:1062 +@SQ SN:211000022279243 LN:3807 +@SQ SN:211000022279252 LN:1077 +@SQ SN:211000022279258 LN:1048 +@SQ SN:211000022279259 LN:2379 +@SQ SN:211000022279267 LN:1234 +@SQ SN:211000022279274 LN:1333 +@SQ SN:211000022279282 LN:1975 +@SQ SN:211000022279615 LN:1260 +@SQ SN:211000022279618 LN:1116 +@SQ SN:211000022279619 LN:1492 +@SQ SN:211000022279623 LN:2788 +@SQ SN:211000022279624 LN:1070 +@SQ SN:211000022278459 LN:1055 +@SQ SN:211000022278340 LN:1441 +@SQ SN:211000022278342 LN:1412 +@SQ SN:211000022278350 LN:1018 +@SQ SN:211000022278352 LN:1869 +@SQ SN:211000022278355 LN:1186 +@SQ SN:211000022278360 LN:1121 +@SQ SN:211000022278361 LN:3254 +@SQ SN:211000022278382 LN:1258 +@SQ SN:211000022278411 LN:1888 +@SQ SN:211000022278414 LN:1461 +@SQ SN:211000022278417 LN:1056 +@SQ SN:211000022278458 LN:1012 +@SQ SN:211000022278465 LN:1813 +@SQ SN:211000022278468 LN:1906 +@SQ SN:211000022278469 LN:1678 +@SQ SN:211000022278470 LN:1327 +@SQ SN:211000022278471 LN:1683 +@SQ SN:211000022278472 LN:1643 +@SQ SN:211000022278473 LN:1743 +@SQ SN:211000022278474 LN:1022 +@SQ SN:211000022278475 LN:1818 +@SQ SN:211000022278477 LN:1159 +@SQ SN:211000022278478 LN:1244 +@SQ SN:211000022278479 LN:1189 +@SQ SN:211000022278480 LN:1927 +@SQ SN:211000022278481 LN:1843 +@SQ SN:211000022278482 LN:1998 +@SQ SN:211000022278483 LN:1011 +@SQ SN:211000022278484 LN:1657 +@SQ SN:211000022278485 LN:1130 +@SQ SN:211000022278487 LN:1295 +@SQ SN:211000022278490 LN:2113 +@SQ SN:211000022278491 LN:1703 +@SQ SN:211000022278638 LN:1019 +@SQ SN:211000022278492 LN:1315 +@SQ SN:211000022278502 LN:1841 +@SQ SN:211000022278505 LN:1240 +@SQ SN:211000022278512 LN:1478 +@SQ SN:211000022278524 LN:1078 +@SQ SN:211000022278544 LN:3206 +@SQ SN:211000022278555 LN:2189 +@SQ SN:211000022278584 LN:1577 +@SQ SN:211000022278607 LN:1296 +@SQ SN:211000022278609 LN:1355 +@SQ SN:211000022278639 LN:2269 +@SQ SN:211000022278610 LN:1174 +@SQ SN:211000022278613 LN:1785 +@SQ SN:211000022278614 LN:1829 +@SQ SN:211000022278615 LN:2637 +@SQ SN:211000022278617 LN:1037 +@SQ SN:211000022278618 LN:1452 +@SQ SN:211000022278619 LN:1986 +@SQ SN:211000022278620 LN:1637 +@SQ SN:211000022278621 LN:1704 +@SQ SN:211000022278622 LN:2500 +@SQ SN:211000022278623 LN:1082 +@SQ SN:211000022278624 LN:1223 +@SQ SN:211000022278625 LN:1818 +@SQ SN:211000022278628 LN:2196 +@SQ SN:211000022278629 LN:2259 +@SQ SN:211000022278630 LN:2641 +@SQ SN:211000022278631 LN:1241 +@SQ SN:211000022278632 LN:1228 +@SQ SN:211000022278633 LN:1787 +@SQ SN:211000022278634 LN:1786 +@SQ SN:211000022278635 LN:1067 +@SQ SN:211000022278637 LN:1221 +@SQ SN:211000022278640 LN:1238 +@SQ SN:211000022278644 LN:1381 +@SQ SN:211000022278647 LN:1051 +@SQ SN:211000022278648 LN:2605 +@SQ SN:211000022278649 LN:2335 +@SQ SN:211000022278654 LN:1233 +@SQ SN:211000022278715 LN:1040 +@SQ SN:211000022278655 LN:1550 +@SQ SN:211000022278670 LN:1622 +@SQ SN:211000022278671 LN:1546 +@SQ SN:211000022278677 LN:1716 +@SQ SN:211000022278690 LN:1452 +@SQ SN:211000022278692 LN:1525 +@SQ SN:211000022278693 LN:1519 +@SQ SN:211000022278694 LN:1891 +@SQ SN:211000022278704 LN:1074 +@SQ SN:211000022278705 LN:1048 +@SQ SN:211000022278724 LN:2904 +@SQ SN:211000022278725 LN:1107 +@SQ SN:211000022278774 LN:1842 +@SQ SN:211000022278810 LN:2307 +@SQ SN:211000022278811 LN:1005 +@SQ SN:211000022278813 LN:1075 +@SQ SN:211000022278814 LN:1238 +@SQ SN:211000022278815 LN:1895 +@SQ SN:211000022278817 LN:2021 +@SQ SN:211000022278819 LN:1775 +@SQ SN:211000022278822 LN:1386 +@SQ SN:211000022278824 LN:1038 +@SQ SN:211000022278825 LN:2147 +@SQ SN:211000022279901 LN:1144 +@SQ SN:211000022279907 LN:1382 +@SQ SN:211000022279908 LN:1037 +@SQ SN:211000022279910 LN:1122 +@SQ SN:211000022279918 LN:1227 +@SQ SN:211000022279932 LN:2206 +@SQ SN:211000022279935 LN:1146 +@SQ SN:211000022279937 LN:2063 +@SQ SN:211000022279663 LN:2124 +@SQ SN:211000022279664 LN:1462 +@SQ SN:211000022279668 LN:1169 +@SQ SN:211000022279671 LN:1532 +@SQ SN:211000022279672 LN:1089 +@SQ SN:211000022279675 LN:3858 +@SQ SN:211000022279682 LN:1224 +@SQ SN:211000022279684 LN:1129 +@SQ SN:211000022279685 LN:1332 +@SQ SN:211000022279710 LN:2517 +@SQ SN:211000022279712 LN:1988 +@SQ SN:211000022279722 LN:1148 +@SQ SN:211000022279723 LN:1290 +@SQ SN:211000022279724 LN:1270 +@SQ SN:211000022279727 LN:1064 +@SQ SN:211000022279728 LN:1234 +@SQ SN:211000022279729 LN:1208 +@SQ SN:211000022279733 LN:2050 +@SQ SN:211000022279737 LN:1384 +@SQ SN:211000022279738 LN:1189 +@SQ SN:211000022279740 LN:1042 +@SQ SN:211000022279741 LN:1016 +@SQ SN:211000022279742 LN:1069 +@SQ SN:211000022279747 LN:1134 +@SQ SN:211000022279748 LN:1430 +@SQ SN:211000022279749 LN:1424 +@SQ SN:211000022279782 LN:1058 +@SQ SN:211000022279750 LN:3871 +@SQ SN:211000022279754 LN:12827 +@SQ SN:211000022279758 LN:1193 +@SQ SN:211000022279761 LN:2957 +@SQ SN:211000022279769 LN:1117 +@SQ SN:211000022279770 LN:1280 +@SQ SN:211000022279771 LN:1043 +@SQ SN:211000022279777 LN:3123 +@SQ SN:211000022279778 LN:1226 +@SQ SN:211000022279780 LN:2428 +@SQ SN:211000022279781 LN:1083 +@SQ SN:211000022279784 LN:3058 +@SQ SN:211000022279787 LN:2308 +@SQ SN:211000022279788 LN:1667 +@SQ SN:211000022279789 LN:1191 +@SQ SN:211000022279793 LN:1451 +@SQ SN:211000022279805 LN:1275 +@SQ SN:211000022279807 LN:2102 +@SQ SN:211000022279809 LN:1021 +@SQ SN:211000022279811 LN:1174 +@SQ SN:211000022279812 LN:3466 +@SQ SN:211000022279814 LN:1055 +@SQ SN:211000022278530 LN:1052 +@SQ SN:211000022278533 LN:1114 +@SQ SN:211000022278537 LN:1090 +@SQ SN:211000022278539 LN:1005 +@SQ SN:211000022278540 LN:1062 +@SQ SN:211000022278541 LN:1033 +@SQ SN:211000022278547 LN:1195 +@SQ SN:211000022278548 LN:1415 +@SQ SN:211000022278550 LN:1466 +@SQ SN:211000022278558 LN:1416 +@SQ SN:211000022278559 LN:1719 +@SQ SN:211000022278568 LN:1432 +@SQ SN:211000022278569 LN:1198 +@SQ SN:211000022278573 LN:1082 +@SQ SN:211000022278574 LN:1297 +@SQ SN:211000022278575 LN:1374 +@SQ SN:211000022278580 LN:1270 +@SQ SN:211000022278582 LN:1229 +@SQ SN:211000022278585 LN:1020 +@SQ SN:211000022278688 LN:1173 +@SQ SN:211000022278689 LN:1373 +@SQ SN:211000022278738 LN:2570 +@SQ SN:211000022278697 LN:3708 +@SQ SN:211000022278699 LN:1063 +@SQ SN:211000022278702 LN:1179 +@SQ SN:211000022278707 LN:2027 +@SQ SN:211000022278708 LN:1161 +@SQ SN:211000022278714 LN:1308 +@SQ SN:211000022278717 LN:1247 +@SQ SN:211000022278718 LN:1006 +@SQ SN:211000022278720 LN:1059 +@SQ SN:211000022278721 LN:1490 +@SQ SN:211000022278723 LN:4295 +@SQ SN:211000022278727 LN:1231 +@SQ SN:211000022278729 LN:1205 +@SQ SN:211000022278730 LN:1074 +@SQ SN:211000022278733 LN:1518 +@SQ SN:211000022278735 LN:1294 +@SQ SN:211000022278740 LN:2491 +@SQ SN:211000022278744 LN:2991 +@SQ SN:211000022278745 LN:1140 +@SQ SN:211000022278747 LN:1120 +@SQ SN:211000022280162 LN:1340 +@SQ SN:211000022280164 LN:1166 +@SQ SN:211000022280165 LN:1005 +@SQ SN:211000022280168 LN:1042 +@SQ SN:211000022280174 LN:1271 +@SQ SN:211000022279819 LN:1207 +@SQ SN:211000022279824 LN:1080 +@SQ SN:211000022279837 LN:2971 +@SQ SN:211000022279839 LN:1610 +@SQ SN:211000022279842 LN:1543 +@SQ SN:211000022279845 LN:1116 +@SQ SN:211000022279853 LN:1205 +@SQ SN:211000022279855 LN:4272 +@SQ SN:211000022279867 LN:2860 +@SQ SN:211000022279871 LN:1337 +@SQ SN:211000022279874 LN:1114 +@SQ SN:211000022279875 LN:1446 +@SQ SN:211000022279877 LN:3373 +@SQ SN:211000022279880 LN:1091 +@SQ SN:211000022279885 LN:1053 +@SQ SN:211000022279887 LN:4310 +@SQ SN:211000022279890 LN:1381 +@SQ SN:211000022279893 LN:12034 +@SQ SN:211000022279904 LN:1467 +@SQ SN:211000022279909 LN:2429 +@SQ SN:211000022279934 LN:1643 +@SQ SN:211000022279940 LN:4361 +@SQ SN:211000022279943 LN:1089 +@SQ SN:211000022279949 LN:2232 +@SQ SN:211000022279952 LN:1059 +@SQ SN:211000022279954 LN:1021 +@SQ SN:211000022279959 LN:1074 +@SQ SN:211000022279961 LN:3557 +@SQ SN:211000022279969 LN:1907 +@SQ SN:211000022279970 LN:1675 +@SQ SN:211000022279971 LN:1819 +@SQ SN:211000022279973 LN:2669 +@SQ SN:211000022279979 LN:1226 +@SQ SN:211000022279982 LN:3218 +@SQ SN:211000022279987 LN:1141 +@SQ SN:211000022279990 LN:1248 +@SQ SN:211000022280000 LN:1109 +@SQ SN:211000022280009 LN:1424 +@SQ SN:211000022280010 LN:2889 +@SQ SN:211000022280011 LN:1029 +@SQ SN:211000022280012 LN:2882 +@SQ SN:211000022280014 LN:1031 +@SQ SN:211000022280018 LN:1142 +@SQ SN:211000022280020 LN:1251 +@SQ SN:211000022280030 LN:1368 +@SQ SN:211000022280069 LN:1048 +@SQ SN:211000022280031 LN:1473 +@SQ SN:211000022280032 LN:3932 +@SQ SN:211000022280035 LN:2943 +@SQ SN:211000022280043 LN:1050 +@SQ SN:211000022280045 LN:1251 +@SQ SN:211000022280050 LN:4608 +@SQ SN:211000022280053 LN:1240 +@SQ SN:211000022280054 LN:1074 +@SQ SN:211000022280064 LN:11148 +@SQ SN:211000022280065 LN:1087 +@SQ SN:211000022280068 LN:4256 +@SQ SN:211000022280071 LN:1377 +@SQ SN:211000022280074 LN:1641 +@SQ SN:211000022280075 LN:1090 +@SQ SN:211000022280079 LN:1101 +@SQ SN:211000022280083 LN:1191 +@SQ SN:211000022280085 LN:1225 +@SQ SN:211000022280089 LN:2628 +@SQ SN:211000022280097 LN:1105 +@SQ SN:211000022280102 LN:1494 +@SQ SN:211000022280108 LN:2664 +@SQ SN:211000022280123 LN:1105 +@SQ SN:211000022280110 LN:4030 +@SQ SN:211000022280114 LN:3080 +@SQ SN:211000022280115 LN:3234 +@SQ SN:211000022280117 LN:1040 +@SQ SN:211000022280120 LN:1201 +@SQ SN:211000022280121 LN:1199 +@SQ SN:211000022280124 LN:1148 +@SQ SN:211000022280130 LN:1147 +@SQ SN:211000022280133 LN:2161 +@SQ SN:211000022280135 LN:2124 +@SQ SN:211000022280139 LN:1225 +@SQ SN:211000022280140 LN:1333 +@SQ SN:211000022280584 LN:2964 +@SQ SN:211000022280141 LN:2584 +@SQ SN:211000022280143 LN:2062 +@SQ SN:211000022280144 LN:2385 +@SQ SN:211000022280150 LN:1102 +@SQ SN:211000022280151 LN:2014 +@SQ SN:211000022280152 LN:1276 +@SQ SN:211000022278802 LN:2477 +@SQ SN:211000022280154 LN:1203 +@SQ SN:211000022280159 LN:1533 +@SQ SN:211000022280160 LN:1716 +@SQ SN:211000022280161 LN:1797 +@SQ SN:211000022280268 LN:1123 +@SQ SN:211000022280283 LN:4305 +@SQ SN:211000022280290 LN:1014 +@SQ SN:211000022280291 LN:1090 +@SQ SN:211000022280292 LN:1560 +@SQ SN:211000022280293 LN:1890 +@SQ SN:211000022280294 LN:2063 +@SQ SN:211000022280297 LN:1597 +@SQ SN:211000022280298 LN:1738 +@SQ SN:211000022280301 LN:1931 +@SQ SN:211000022280302 LN:2385 +@SQ SN:211000022280303 LN:1225 +@SQ SN:211000022280304 LN:1239 +@SQ SN:211000022280305 LN:3964 +@SQ SN:211000022280308 LN:1223 +@SQ SN:211000022280311 LN:2882 +@SQ SN:211000022280312 LN:1116 +@SQ SN:211000022280315 LN:1629 +@SQ SN:211000022280318 LN:1227 +@SQ SN:211000022280319 LN:1190 +@SQ SN:211000022280330 LN:2247 +@SQ SN:211000022280439 LN:3921 +@SQ SN:211000022280442 LN:2210 +@SQ SN:211000022280453 LN:2379 +@SQ SN:211000022280479 LN:4085 +@SQ SN:211000022280495 LN:3730 +@SQ SN:211000022280507 LN:2357 +@SQ SN:211000022280529 LN:4013 +@SQ SN:211000022280526 LN:9368 +@SQ SN:211000022280532 LN:3059 +@SQ SN:211000022280534 LN:2353 +@SQ SN:211000022280537 LN:2819 +@SQ SN:211000022280538 LN:3100 +@SQ SN:211000022280539 LN:4012 +@SQ SN:211000022280542 LN:2996 +@SQ SN:211000022280578 LN:3602 +@SQ SN:211000022280585 LN:1868 +@SQ SN:211000022280587 LN:3123 +@SQ SN:211000022280592 LN:2829 +@SQ SN:211000022280593 LN:3913 +@SQ SN:211000022280597 LN:3473 +@SQ SN:211000022280603 LN:3941 +@SQ SN:211000022278135 LN:1237 +@SQ SN:211000022280620 LN:3603 +@SQ SN:211000022280624 LN:4395 +@SQ SN:211000022280625 LN:3745 +@SQ SN:211000022280628 LN:1903 +@SQ SN:211000022278142 LN:1186 +@SQ SN:211000022280629 LN:3775 +@SQ SN:211000022280639 LN:2910 +@SQ SN:211000022280641 LN:3065 +@SQ SN:211000022280645 LN:4879 +@SQ SN:211000022280649 LN:4917 +@SQ SN:211000022280657 LN:1903 +@SQ SN:211000022280669 LN:3201 +@SQ SN:211000022278743 LN:2521 +@SQ SN:211000022278153 LN:1297 +@SQ SN:211000022278214 LN:1459 +@SQ SN:211000022278218 LN:3213 +@SQ SN:211000022278278 LN:2688 +@SQ SN:211000022278405 LN:1284 +@SQ SN:211000022278418 LN:1282 +@SQ SN:211000022278449 LN:1947 +@SQ SN:211000022278450 LN:1134 +@SQ SN:211000022278495 LN:1001 +@SQ SN:211000022278499 LN:1155 +@SQ SN:211000022278509 LN:2565 +@SQ SN:211000022278510 LN:2473 +@SQ SN:211000022278565 LN:1751 +@SQ SN:211000022278577 LN:2303 +@SQ SN:211000022278601 LN:3537 +@SQ SN:211000022278682 LN:1049 +@SQ SN:211000022278683 LN:2508 +@SQ SN:211000022278684 LN:5984 +@SQ SN:211000022278709 LN:1683 +@SQ SN:211000022278722 LN:1303 +@SQ SN:211000022278734 LN:2762 +@SQ SN:211000022278760 LN:1144 +@SQ SN:211000022278772 LN:1033 +@SQ SN:211000022278787 LN:1063 +@SQ SN:211000022278791 LN:1268 +@SQ SN:211000022278795 LN:3375 +@SQ SN:211000022278798 LN:1224 +@SQ SN:211000022278803 LN:1086 +@SQ SN:211000022278872 LN:1485 +@SQ SN:211000022278873 LN:1109 +@SQ SN:211000022279627 LN:1929 +@SQ SN:211000022279628 LN:1961 +@SQ SN:211000022279631 LN:1185 +@SQ SN:211000022279632 LN:1117 +@SQ SN:211000022279633 LN:1800 +@SQ SN:211000022279635 LN:2385 +@SQ SN:211000022279641 LN:2064 +@SQ SN:211000022279644 LN:1018 +@SQ SN:211000022279648 LN:1209 +@SQ SN:211000022279652 LN:1124 +@SQ SN:211000022279653 LN:2688 +@SQ SN:211000022279654 LN:1995 +@SQ SN:211000022279655 LN:1163 +@SQ SN:211000022279657 LN:1917 +@SQ SN:211000022279659 LN:1103 +@SQ SN:211000022279660 LN:1186 +@SQ SN:211000022278231 LN:1195 +@SQ SN:211000022278232 LN:1541 +@SQ SN:211000022278235 LN:2999 +@SQ SN:211000022278237 LN:1049 +@SQ SN:211000022278249 LN:2259 +@SQ SN:211000022278252 LN:1453 +@SQ SN:211000022278268 LN:1312 +@SQ SN:211000022278277 LN:1869 +@SQ SN:211000022278299 LN:2591 +@SQ SN:211000022278314 LN:1737 +@SQ SN:211000022278315 LN:1560 +@SQ SN:211000022278318 LN:1870 +@SQ SN:211000022278320 LN:2113 +@SQ SN:211000022278321 LN:1964 +@SQ SN:211000022278322 LN:1424 +@SQ SN:211000022278323 LN:1575 +@SQ SN:211000022278324 LN:1283 +@SQ SN:211000022278325 LN:1843 +@SQ SN:211000022278895 LN:3077 +@SQ SN:211000022278935 LN:1222 +@SQ SN:211000022278939 LN:1029 +@SQ SN:211000022278941 LN:1775 +@SQ SN:211000022278959 LN:1126 +@SQ SN:211000022278965 LN:1032 +@SQ SN:211000022278984 LN:2005 +@SQ SN:211000022278987 LN:1129 +@SQ SN:211000022278990 LN:1192 +@SQ SN:211000022278995 LN:1152 +@SQ SN:211000022278997 LN:1443 +@SQ SN:211000022279005 LN:1106 +@SQ SN:211000022279007 LN:1073 +@SQ SN:211000022279025 LN:1690 +@SQ SN:211000022279030 LN:3502 +@SQ SN:211000022279031 LN:1060 +@SQ SN:211000022279034 LN:1059 +@SQ SN:211000022279047 LN:1224 +@SQ SN:211000022279090 LN:1619 +@SQ SN:211000022279104 LN:1890 +@SQ SN:211000022279755 LN:2694 +@SQ SN:211000022279123 LN:1766 +@SQ SN:211000022279137 LN:1064 +@SQ SN:211000022279164 LN:1159 +@SQ SN:211000022279709 LN:2728 +@SQ SN:211000022279725 LN:1243 +@SQ SN:211000022279791 LN:1029 +@SQ SN:211000022279799 LN:1132 +@SQ SN:211000022279800 LN:1131 +@SQ SN:211000022279801 LN:1058 +@SQ SN:211000022279802 LN:1029 +@SQ SN:211000022279813 LN:1111 +@SQ SN:211000022279831 LN:1181 +@SQ SN:211000022279835 LN:1283 +@SQ SN:211000022279870 LN:1525 +@SQ SN:211000022280320 LN:1802 +@SQ SN:211000022280322 LN:1394 +@SQ SN:211000022280325 LN:1527 +@SQ SN:211000022280327 LN:1351 +@SQ SN:211000022280333 LN:2855 +@SQ SN:211000022280335 LN:3396 +@SQ SN:211000022280338 LN:1487 +@SQ SN:211000022280340 LN:2804 +@SQ SN:211000022280341 LN:1371 +@SQ SN:211000022280343 LN:1340 +@SQ SN:211000022280344 LN:1851 +@SQ SN:211000022280345 LN:1197 +@SQ SN:211000022280347 LN:1870 +@SQ SN:211000022280350 LN:1067 +@SQ SN:211000022280440 LN:3262 +@SQ SN:211000022280443 LN:2575 +@SQ SN:211000022280448 LN:4006 +@SQ SN:211000022280455 LN:3717 +@SQ SN:211000022280457 LN:4471 +@SQ SN:211000022280463 LN:3638 +@SQ SN:211000022280469 LN:2811 +@SQ SN:211000022280497 LN:2745 +@SQ SN:211000022280471 LN:3755 +@SQ SN:211000022280472 LN:5698 +@SQ SN:211000022280474 LN:2927 +@SQ SN:211000022280480 LN:3259 +@SQ SN:211000022280485 LN:2529 +@SQ SN:211000022280501 LN:2828 +@SQ SN:211000022280511 LN:3085 +@SQ SN:211000022280522 LN:3603 +@SQ SN:211000022280525 LN:3554 +@SQ SN:211000022280535 LN:2583 +@SQ SN:211000022280605 LN:1936 +@SQ SN:211000022280607 LN:4785 +@SQ SN:211000022280544 LN:2919 +@SQ SN:211000022280545 LN:6000 +@SQ SN:211000022280553 LN:2561 +@SQ SN:211000022280555 LN:3174 +@SQ SN:211000022280557 LN:3190 +@SQ SN:211000022280558 LN:4994 +@SQ SN:211000022280562 LN:3593 +@SQ SN:211000022279101 LN:2217 +@SQ SN:211000022280565 LN:3646 +@SQ SN:211000022280570 LN:3313 +@SQ SN:211000022280588 LN:3223 +@SQ SN:211000022280595 LN:3308 +@SQ SN:211000022280598 LN:2511 +@SQ SN:211000022280599 LN:2205 +@SQ SN:211000022280610 LN:2876 +@SQ SN:211000022280617 LN:2112 +@SQ SN:211000022280618 LN:4705 +@SQ SN:211000022280623 LN:3991 +@SQ SN:211000022280640 LN:6546 +@SQ SN:211000022280644 LN:1391 +@SQ SN:211000022280671 LN:4310 +@SQ SN:211000022280678 LN:1242 +@SQ SN:211000022280679 LN:2421 +@SQ SN:211000022280681 LN:1019 +@SQ SN:211000022280684 LN:3960 +@SQ SN:211000022280685 LN:1099 +@SQ SN:211000022280687 LN:3259 +@SQ SN:211000022280689 LN:1189 +@SQ SN:211000022280691 LN:1213 +@SQ SN:211000022279103 LN:1004 +@SQ SN:211000022280692 LN:3527 +@SQ SN:211000022280694 LN:1553 +@SQ SN:211000022280698 LN:2270 +@SQ SN:211000022280700 LN:1733 +@SQ SN:211000022280702 LN:1112 +@SQ SN:211000022280703 LN:3906 +@SQ SN:211000022280704 LN:1143 +@SQ SN:211000022280707 LN:2708 +@SQ SN:211000022280743 LN:4452 +@SQ SN:211000022280747 LN:2378 +@SQ SN:211000022280762 LN:4202 +@SQ SN:211000022278161 LN:1250 +@SQ SN:211000022278241 LN:1077 +@SQ SN:211000022278242 LN:1226 +@SQ SN:211000022278298 LN:1614 +@SQ SN:211000022278307 LN:1525 +@SQ SN:211000022278338 LN:1278 +@SQ SN:211000022278339 LN:1047 +@SQ SN:211000022278408 LN:1301 +@SQ SN:211000022278453 LN:1033 +@SQ SN:211000022280580 LN:2295 +@SQ SN:211000022278501 LN:1049 +@SQ SN:211000022278554 LN:2916 +@SQ SN:211000022278603 LN:1105 +@SQ SN:211000022278660 LN:1084 +@SQ SN:211000022278663 LN:1146 +@SQ SN:211000022278664 LN:2451 +@SQ SN:211000022278869 LN:2381 +@SQ SN:211000022278874 LN:2094 +@SQ SN:211000022278877 LN:1125 +@SQ SN:211000022278878 LN:1080 +@SQ SN:211000022278881 LN:1060 +@SQ SN:211000022278897 LN:1167 +@SQ SN:211000022278920 LN:1127 +@SQ SN:211000022278942 LN:2384 +@SQ SN:211000022278951 LN:1192 +@SQ SN:211000022278975 LN:2793 +@SQ SN:211000022278985 LN:1044 +@SQ SN:211000022279055 LN:1123 +@SQ SN:211000022279122 LN:2383 +@SQ SN:211000022279134 LN:1012 +@SQ SN:211000022279204 LN:1458 +@SQ SN:211000022279222 LN:1136 +@SQ SN:211000022279271 LN:1040 +@SQ SN:211000022279342 LN:1011 +@SQ SN:211000022279399 LN:1114 +@SQ SN:211000022279529 LN:1407 +@SQ SN:211000022279555 LN:1198 +@SQ SN:211000022279600 LN:1429 +@SQ SN:211000022279602 LN:2629 +@SQ SN:211000022278230 LN:1004 +@SQ SN:211000022279667 LN:4222 +@SQ SN:211000022279701 LN:4553 +@SQ SN:211000022279708 LN:1275 +@SQ SN:211000022279810 LN:2381 +@SQ SN:211000022279945 LN:3527 +@SQ SN:211000022279975 LN:1096 +@SQ SN:211000022279991 LN:1211 +@SQ SN:211000022280091 LN:1260 +@SQ SN:211000022280142 LN:1062 +@SQ SN:211000022280467 LN:3129 +@SQ SN:211000022280492 LN:2438 +@SQ SN:211000022278099 LN:1625 +@SQ SN:211000022278122 LN:1311 +@SQ SN:211000022278125 LN:1709 +@SQ SN:211000022278165 LN:1713 +@SQ SN:211000022278187 LN:1258 +@SQ SN:211000022278208 LN:2956 +@SQ SN:211000022278209 LN:2781 +@SQ SN:211000022278227 LN:1516 +@SQ SN:211000022278228 LN:1793 +@SQ SN:211000022278827 LN:1482 +@SQ SN:211000022278828 LN:2425 +@SQ SN:211000022278829 LN:1488 +@SQ SN:211000022278830 LN:1323 +@SQ SN:211000022278832 LN:1336 +@SQ SN:211000022278833 LN:1091 +@SQ SN:211000022278834 LN:1028 +@SQ SN:211000022278835 LN:1052 +@SQ SN:211000022278837 LN:1419 +@SQ SN:211000022279911 LN:2703 +@SQ SN:211000022279913 LN:4939 +@SQ SN:211000022279921 LN:1869 +@SQ SN:211000022279923 LN:1106 +@SQ SN:211000022279927 LN:1060 +@SQ SN:211000022279928 LN:4967 +@SQ SN:211000022279929 LN:2207 +@SQ SN:211000022279931 LN:1724 +@SQ SN:211000022279933 LN:1108 +@SQ SN:211000022278838 LN:1423 +@SQ SN:211000022278839 LN:1630 +@SQ SN:211000022278841 LN:1055 +@SQ SN:211000022278842 LN:1747 +@SQ SN:211000022278843 LN:1251 +@SQ SN:211000022278845 LN:2079 +@SQ SN:211000022278850 LN:1544 +@SQ SN:211000022278846 LN:2877 +@SQ SN:211000022278851 LN:1476 +@SQ SN:211000022278852 LN:1062 +@SQ SN:211000022278854 LN:1856 +@SQ SN:211000022278855 LN:1376 +@SQ SN:211000022278857 LN:1558 +@SQ SN:211000022278861 LN:1509 +@SQ SN:211000022279083 LN:1042 +@SQ SN:211000022278868 LN:2871 +@SQ SN:211000022278879 LN:1963 +@SQ SN:211000022278880 LN:1100 +@SQ SN:211000022278882 LN:1238 +@SQ SN:211000022278892 LN:1155 +@SQ SN:211000022279085 LN:2287 +@SQ SN:211000022278905 LN:1829 +@SQ SN:211000022278907 LN:1724 +@SQ SN:211000022279080 LN:1841 +@SQ SN:211000022279081 LN:3002 +@SQ SN:211000022279082 LN:2822 +@SQ SN:211000022279093 LN:1792 +@SQ SN:211000022279108 LN:1115 +@SQ SN:211000022279109 LN:3076 +@SQ SN:211000022279111 LN:1027 +@SQ SN:211000022279112 LN:1425 +@SQ SN:211000022279113 LN:1015 +@SQ SN:211000022279188 LN:3347 +@SQ SN:211000022279227 LN:1098 +@SQ SN:211000022279244 LN:1556 +@SQ SN:211000022279277 LN:2945 +@SQ SN:211000022279290 LN:1185 +@SQ SN:211000022279295 LN:1529 +@SQ SN:211000022279297 LN:1708 +@SQ SN:211000022279298 LN:2765 +@SQ SN:211000022279299 LN:2237 +@SQ SN:211000022279300 LN:1211 +@SQ SN:211000022279301 LN:1830 +@SQ SN:211000022279303 LN:1871 +@SQ SN:211000022279304 LN:1161 +@SQ SN:211000022279307 LN:2126 +@SQ SN:211000022279315 LN:1031 +@SQ SN:211000022279322 LN:1769 +@SQ SN:211000022279327 LN:1057 +@SQ SN:211000022279328 LN:1284 +@SQ SN:211000022279339 LN:1184 +@SQ SN:211000022279340 LN:2366 +@SQ SN:211000022280024 LN:2232 +@SQ SN:211000022279388 LN:1309 +@SQ SN:211000022279408 LN:2825 +@SQ SN:211000022279437 LN:1432 +@SQ SN:211000022279438 LN:1046 +@SQ SN:211000022279460 LN:3024 +@SQ SN:211000022279467 LN:1078 +@SQ SN:211000022279497 LN:3275 +@SQ SN:211000022279499 LN:3478 +@SQ SN:211000022279501 LN:1175 +@SQ SN:211000022279502 LN:2814 +@SQ SN:211000022279504 LN:2317 +@SQ SN:211000022279505 LN:1178 +@SQ SN:211000022279515 LN:1510 +@SQ SN:211000022279518 LN:1037 +@SQ SN:211000022279528 LN:1260 +@SQ SN:211000022279530 LN:2372 +@SQ SN:211000022279704 LN:2355 +@SQ SN:211000022279531 LN:1200 +@SQ SN:211000022279537 LN:2420 +@SQ SN:211000022279542 LN:1595 +@SQ SN:211000022279543 LN:1135 +@SQ SN:211000022279552 LN:2834 +@SQ SN:211000022279553 LN:2284 +@SQ SN:211000022279570 LN:1235 +@SQ SN:211000022279601 LN:2068 +@SQ SN:211000022279604 LN:1102 +@SQ SN:211000022279605 LN:1086 +@SQ SN:211000022279608 LN:2937 +@SQ SN:211000022279610 LN:1257 +@SQ SN:211000022279673 LN:3926 +@SQ SN:211000022279674 LN:1315 +@SQ SN:211000022279690 LN:1145 +@SQ SN:211000022279698 LN:2844 +@SQ SN:211000022279703 LN:2833 +@SQ SN:211000022279705 LN:4515 +@SQ SN:211000022279720 LN:1008 +@SQ SN:211000022279721 LN:1265 +@SQ SN:211000022279730 LN:3553 +@SQ SN:211000022279731 LN:3984 +@SQ SN:211000022279732 LN:2282 +@SQ SN:211000022279764 LN:1269 +@SQ SN:211000022279767 LN:1306 +@SQ SN:211000022279772 LN:3290 +@SQ SN:211000022279773 LN:1158 +@SQ SN:211000022278589 LN:2005 +@SQ SN:211000022279774 LN:2318 +@SQ SN:211000022279803 LN:1173 +@SQ SN:211000022279830 LN:1184 +@SQ SN:211000022279833 LN:1161 +@SQ SN:211000022279834 LN:2139 +@SQ SN:211000022279857 LN:1159 +@SQ SN:211000022279859 LN:1109 +@SQ SN:211000022279860 LN:1212 +@SQ SN:211000022279861 LN:1053 +@SQ SN:211000022279862 LN:1208 +@SQ SN:211000022279881 LN:1153 +@SQ SN:211000022279882 LN:1071 +@SQ SN:211000022279888 LN:1402 +@SQ SN:211000022279944 LN:1310 +@SQ SN:211000022279957 LN:1586 +@SQ SN:211000022279967 LN:2413 +@SQ SN:211000022279968 LN:2846 +@SQ SN:211000022279978 LN:1271 +@SQ SN:211000022279984 LN:1301 +@SQ SN:211000022279994 LN:2463 +@SQ SN:211000022279998 LN:1281 +@SQ SN:211000022280007 LN:1294 +@SQ SN:211000022278284 LN:2017 +@SQ SN:211000022280017 LN:1134 +@SQ SN:211000022280019 LN:1084 +@SQ SN:211000022280022 LN:1361 +@SQ SN:211000022280023 LN:1112 +@SQ SN:211000022280029 LN:1556 +@SQ SN:211000022278780 LN:2033 +@SQ SN:211000022280034 LN:1326 +@SQ SN:211000022280060 LN:1803 +@SQ SN:211000022280061 LN:1636 +@SQ SN:211000022280077 LN:1181 +@SQ SN:211000022280088 LN:2223 +@SQ SN:211000022280095 LN:2671 +@SQ SN:211000022280125 LN:1058 +@SQ SN:211000022280148 LN:2686 +@SQ SN:211000022280173 LN:1112 +@SQ SN:211000022280243 LN:1710 +@SQ SN:211000022279938 LN:1140 +@SQ SN:211000022279941 LN:1136 +@SQ SN:211000022279950 LN:1429 +@SQ SN:211000022279951 LN:3374 +@SQ SN:211000022279963 LN:1456 +@SQ SN:211000022279972 LN:1014 +@SQ SN:211000022279974 LN:1182 +@SQ SN:211000022279988 LN:1072 +@SQ SN:211000022279989 LN:1756 +@SQ SN:211000022279995 LN:1141 +@SQ SN:211000022279999 LN:1171 +@SQ SN:211000022280040 LN:1051 +@SQ SN:211000022280044 LN:1341 +@SQ SN:211000022280057 LN:1030 +@SQ SN:211000022280072 LN:1039 +@SQ SN:211000022280090 LN:1202 +@SQ SN:211000022280138 LN:2709 +@SQ SN:211000022280157 LN:1277 +@SQ SN:211000022280481 LN:3713 +@SQ SN:211000022280483 LN:3341 +@SQ SN:211000022280494 LN:4197 +@SQ SN:211000022280504 LN:4059 +@SQ SN:211000022280619 LN:3195 +@SQ SN:211000022280748 LN:5564 +@SQ SN:211000022279387 LN:1044 +@SQ SN:211000022278205 LN:2176 +@SQ SN:211000022278672 LN:2221 +@SQ SN:211000022279165 LN:1118 +@SQ SN:211000022279174 LN:1195 +@SQ SN:211000022279181 LN:1148 +@SQ SN:211000022279211 LN:1056 +@SQ SN:211000022279224 LN:3173 +@SQ SN:211000022279261 LN:2522 +@SQ SN:211000022279264 LN:1019 +@SQ SN:211000022279269 LN:1271 +@SQ SN:211000022279272 LN:1027 +@SQ SN:211000022279279 LN:1393 +@SQ SN:211000022279280 LN:1162 +@SQ SN:211000022279314 LN:1054 +@SQ SN:211000022279319 LN:1297 +@SQ SN:211000022279333 LN:1166 +@SQ SN:211000022279334 LN:2342 +@SQ SN:211000022279335 LN:1218 +@SQ SN:211000022279352 LN:1147 +@SQ SN:211000022279377 LN:1056 +@SQ SN:211000022279382 LN:2836 +@SQ SN:211000022279385 LN:1063 +@SQ SN:211000022279392 LN:1356 +@SQ SN:211000022279403 LN:1087 +@SQ SN:211000022279404 LN:1322 +@SQ SN:211000022279410 LN:1169 +@SQ SN:211000022279452 LN:1176 +@SQ SN:211000022279458 LN:1139 +@SQ SN:211000022279459 LN:1075 +@SQ SN:211000022279468 LN:3499 +@SQ SN:211000022279484 LN:1360 +@SQ SN:211000022279485 LN:1330 +@SQ SN:211000022279491 LN:1241 +@SQ SN:211000022279492 LN:1042 +@SQ SN:211000022279494 LN:1863 +@SQ SN:211000022279511 LN:1158 +@SQ SN:211000022279532 LN:2899 +@SQ SN:211000022279550 LN:1333 +@SQ SN:211000022279560 LN:1304 +@SQ SN:211000022279582 LN:1683 +@SQ SN:211000022279589 LN:1012 +@SQ SN:211000022279639 LN:1010 +@SQ SN:211000022279642 LN:3046 +@SQ SN:211000022279649 LN:3154 +@SQ SN:211000022279661 LN:1090 +@SQ SN:211000022279669 LN:1170 +@SQ SN:211000022279670 LN:1012 +@SQ SN:211000022279677 LN:1053 +@SQ SN:211000022279678 LN:1230 +@SQ SN:211000022279679 LN:1171 +@SQ SN:211000022279680 LN:1637 +@SQ SN:211000022279681 LN:11763 +@SQ SN:211000022279517 LN:2060 +@SQ SN:211000022279868 LN:3156 +@SQ SN:211000022278910 LN:1184 +@SQ SN:211000022278911 LN:1843 +@SQ SN:211000022278921 LN:2698 +@SQ SN:211000022278925 LN:1189 +@SQ SN:211000022278938 LN:1679 +@SQ SN:211000022278971 LN:1238 +@SQ SN:211000022279008 LN:12848 +@SQ SN:211000022279010 LN:1013 +@SQ SN:211000022279012 LN:1178 +@SQ SN:211000022279045 LN:1268 +@SQ SN:211000022279064 LN:1637 +@SQ SN:211000022279065 LN:1687 +@SQ SN:211000022279067 LN:1093 +@SQ SN:211000022279068 LN:1421 +@SQ SN:211000022279071 LN:1253 +@SQ SN:211000022279072 LN:1904 +@SQ SN:211000022279073 LN:1340 +@SQ SN:211000022279074 LN:1492 +@SQ SN:211000022279075 LN:1939 +@SQ SN:211000022279077 LN:1680 +@SQ SN:211000022279078 LN:1800 +@SQ SN:211000022279079 LN:1326 +@SQ SN:211000022278305 LN:1040 +@SQ SN:211000022278562 LN:1035 +@SQ SN:211000022278571 LN:1054 +@SQ SN:211000022280205 LN:2882 +@SQ SN:211000022280211 LN:3144 +@SQ SN:211000022280223 LN:2173 +@SQ SN:211000022280228 LN:2342 +@SQ SN:211000022278691 LN:1252 +@SQ SN:211000022279785 LN:1019 +@SQ SN:211000022279820 LN:1990 +@SQ SN:211000022279844 LN:3649 +@SQ SN:211000022279899 LN:1129 +@SQ SN:211000022279900 LN:1947 +@SQ SN:211000022279651 LN:2434 +@SQ SN:211000022279407 LN:1125 +@SQ SN:211000022279432 LN:1249 +@SQ SN:211000022279465 LN:1045 +@SQ SN:211000022279508 LN:1188 +@SQ SN:211000022278220 LN:2330 +@SQ SN:211000022278247 LN:1013 +@SQ SN:211000022278341 LN:2286 +@SQ SN:211000022279985 LN:1117 +@SQ SN:211000022280632 LN:2750 +@SQ SN:211000022279153 LN:1155 +@SQ SN:211000022279235 LN:1010 +@SQ SN:211000022278898 LN:1025 +@SQ SN:211000022278963 LN:2541 +@SQ SN:211000022278467 LN:2189 +@SQ SN:211000022279023 LN:1374 +@SQ SN:211000022279039 LN:2190 +@SQ SN:211000022279197 LN:2369 +@SQ SN:211000022279200 LN:1008 +@SQ SN:211000022279212 LN:1126 +@SQ SN:211000022279622 LN:1179 +@SQ SN:211000022278504 LN:1047 +@SQ SN:211000022279795 LN:1946 +@SQ SN:211000022280561 LN:2417 +@SQ SN:211000022278309 LN:1110 +@SQ SN:211000022280025 LN:1039 +@SQ SN:211000022279965 LN:1101 +@SQ SN:211000022278909 LN:1088 +@SQ SN:211000022278950 LN:1164 +@SQ SN:mitochondrion_genome LN:19524 +@PG ID:STAR PN:STAR VN:STAR_2.4.0j_modified CL:/var/local/milchevs/Paul_Bertone/STAR-STAR_2.4.0k/bin/Linux_x86_64_static/STAR --runThreadN 6 --genomeDir /var/local/milchevs/databases/sequences/Ensembl/star/Dmel/ --genomeLoad NoSharedMemory --readFilesIn /var/local/milchevs/ALIGNED/DroGene1/FASTA/example_drosophila.fasta --limitBAMsortRAM 128000000000 --outFileNamePrefix example_drosophila. --outStd BAM_SortedByCoordinate --outReadsUnmapped Fastx --outSAMmode Full --outSAMstrandField intronMotif --outSAMattributes Standard --outBAMcompression 1 --outBAMsortingThreadN 6 --outFilterType BySJout --outFilterMultimapNmax 20 --outFilterMultimapScoreRange 1 --outFilterScoreMinOverLread 0 --outFilterMatchNmin 16 --outFilterMatchNminOverLread 0 --outFilterMismatchNmax 1 --outFilterMismatchNoverLmax 0.04 --alignIntronMin 20 --alignIntronMax 500000 --alignSJoverhangMin 8 --alignSJDBoverhangMin 1 --alignSoftClipAtReferenceEnds No --chimSegmentMin 20 --quantMode TranscriptomeSAM +@CO user command line: /var/local/milchevs/Paul_Bertone/STAR-STAR_2.4.0k/bin/Linux_x86_64_static/STAR --genomeDir /var/local/milchevs/databases/sequences/Ensembl/star/Dmel/ --readFilesIn /var/local/milchevs/ALIGNED/DroGene1/FASTA/example_drosophila.fasta --runThreadN 6 --genomeLoad NoSharedMemory --limitBAMsortRAM 128000000000 --outFilterMultimapNmax 20 --outFilterMultimapScoreRange 1 --outFilterMismatchNmax 1 --outFilterMismatchNoverLmax 0.04 --outFilterMatchNmin 16 --outFilterMatchNminOverLread 0 --outFilterScoreMinOverLread 0 --outFilterType BySJout --alignIntronMin 20 --alignIntronMax 500000 --alignSJoverhangMin 8 --alignSJDBoverhangMin 1 --alignSoftClipAtReferenceEnds No --chimSegmentMin 20 --quantMode TranscriptomeSAM --outFileNamePrefix example_drosophila. --outSAMattributes Standard --outSAMmode Full --outSAMstrandField intronMotif --outReadsUnmapped Fastx --outBAMcompression 1 --outBAMsortingThreadN 6 --outStd BAM_SortedByCoordinate +1 0 2L 16366640 255 25M * 0 0 GTAAAGGCCATTTGTCCTTTTCTTG * NH:i:1 HI:i:1 AS:i:24 nM:i:0 +2 0 X 9159575 255 25M * 0 0 CGACAGGATTTTTCCGAAGGGTCCA * NH:i:1 HI:i:1 AS:i:24 nM:i:0 +3 0 3L 21289477 255 25M * 0 0 AGACCGACTAGGATTGGCCCTAGGG * NH:i:1 HI:i:1 AS:i:24 nM:i:0 +4 0 3L 17475786 255 25M * 0 0 AAACTAAACCCACAGTTCAAGAGAG * NH:i:1 HI:i:1 AS:i:24 nM:i:0 +5 0 3L 144893 255 25M * 0 0 ACCTTTAAGCTACAGTAATTAAGTG * NH:i:1 HI:i:1 AS:i:24 nM:i:0 +6 0 2R 19459325 255 25M * 0 0 AAATTCCCCATTCATTGGGATTCCG * NH:i:1 HI:i:1 AS:i:24 nM:i:0 diff --git a/inst/ext/sam_example.sam b/inst/ext/sam_example.sam new file mode 100644 index 0000000..e7988a6 --- /dev/null +++ b/inst/ext/sam_example.sam @@ -0,0 +1,12 @@ +@HD VN:1.0 SO:coordinate +@SQ SN:1 LN:249250621 AS:NCBI37 UR:file:/data/local/ref/GATK/human_g1k_v37.fasta M5:1b22b98cdeb4a9304cb5d48026a85128 +@SQ SN:2 LN:243199373 AS:NCBI37 UR:file:/data/local/ref/GATK/human_g1k_v37.fasta M5:a0d9851da00400dec1098a9255ac712e +@SQ SN:3 LN:198022430 AS:NCBI37 UR:file:/data/local/ref/GATK/human_g1k_v37.fasta M5:fdfd811849cc2fadebc929bb925902e5 +@RG ID:UM0098:1 PL:ILLUMINA PU:HWUSI-EAS1707-615LHAAXX-L001 LB:80 DT:2010-05-05T20:00:00-0400 SM:SD37743 CN:UMCORE +@RG ID:UM0098:2 PL:ILLUMINA PU:HWUSI-EAS1707-615LHAAXX-L002 LB:80 DT:2010-05-05T20:00:00-0400 SM:SD37743 CN:UMCORE +@PG ID:bwa VN:0.5.4 +@PG ID:GATK TableRecalibration VN:1.0.3471 CL:Covariates=[ReadGroupCovariate, QualityScoreCovariate, CycleCovariate, DinucCovariate, TileCovariate], default_read_group=null, default_platform=null, force_read_group=null, force_platform=null, solid_recal_mode=SET_Q_ZERO, window_size_nqs=5, homopolymer_nback=7, exception_if_no_tile=false, ignore_nocall_colorspace=false, pQ=5, maxQ=40, smoothing=1 +1:497:R:-272+13M17D24M 113 1 497 37 37M 15 100338662 0 CGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAG 0;==-==9;>>>>>=>>>>>>>>>>>=>>>>>>>>>> XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:37 +19:20389:F:275+18M2D19M 99 1 17644 0 37M = 17919 314 TATGACTGCTAATAATACCTACACATGTTAGAACCAT >>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<>>><<>>4::>>:<9 RG:Z:UM0098:1 XT:A:R NM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:4 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:37 +19:20389:F:275+18M2D19M 147 1 17919 0 18M2D19M = 17644 -314 GTAGTACCAACTGTAAGTCCTTATCTTCATACTTTGT ;44999;499<8<8<<<8<<><<<<><7<;<<<>><< XT:A:R NM:i:2 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:4 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:18^CA19 +9:21597+10M2I25M:R:-209 83 1 21678 0 8M2I27M = 21469 -244 CACCACATCACATATACCAAGCCTGGCTGTGTCTTCT <;9<<5><<<<><<<>><<><>><9>><>>>9>>><> XT:A:R NM:i:2 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:5 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:35 diff --git a/man/greedyMix.Rd b/man/greedyMix.Rd index 3d5fc15..b4d6bce 100644 --- a/man/greedyMix.Rd +++ b/man/greedyMix.Rd @@ -9,10 +9,14 @@ greedyMix(data, format, verbose = TRUE) \arguments{ \item{data}{data file} -\item{format}{Format of the data c("FASTA", "VCF" ,"SAM", or "GenePop")} +\item{format}{Format of the data c("FASTA", "VCF" ,"BAM", or "GenePop")} \item{verbose}{if \code{TRUE}, prints extra output information} } \description{ Clustering of individuals } +\references{ +Samtools: a suite of programs for interacting +with high-throughput sequencing data. +} diff --git a/tests/testthat/test-greedyMix.R b/tests/testthat/test-greedyMix.R index 9104176..dbb9395 100644 --- a/tests/testthat/test-greedyMix.R +++ b/tests/testthat/test-greedyMix.R @@ -38,20 +38,29 @@ test_that("handleData works as expected", { context("Opening files on greedyMix") df_fasta <- greedyMix( - data = paste(path_inst, "FASTA_clustering_haploid.fasta", sep="/"), + data = file.path(path_inst, "FASTA_clustering_haploid.fasta"), format = "FASTA" ) df_vcf <- greedyMix( - data = paste(path_inst, "vcf_example.vcf", sep="/"), + data = file.path(path_inst, "vcf_example.vcf"), format = "VCF", verbose = FALSE ) -# TODO #17: add example reading VCF -# TODO #18: add example reading SAM +df_bam <- greedyMix( + data = file.path(path_inst, "bam_example.bam"), + format = "BAM", +) # TODO #19: add example reading Genpop test_that("Files are imported correctly", { expect_equal(dim(df_fasta), c(5, 99)) expect_equal(dim(df_vcf), c(variants = 2, fix_cols = 8, gt_cols = 3)) + expect_error( + greedyMix( + data = paste(path_inst, "sam_example.sam", sep="/"), + format = "SAM", + ) + ) + expect_equal(length(df_bam[[1]]), 13) }) context("Linkage")