Merge branch 'laskeMuutokset' into dev

R/laskeMuutokset4.R

@@ -0,0 +1,29 @@
+#' @title laskeMuutokset4
+#' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
+#' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
+#' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään 
+#' siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
+#' @param osuus osuus
+#' @param osuusTaulu osuusTaulu
+#' @param omaFreqs omaFreqs
+#' @param logml logml
+#' @param COUNTS COUNTS
+#' 
+laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS) {
+    npops <- dim(COUNTS)[3]
+    notEmpty <- osuusTaulu > 0.005
+    muutokset <- zeros(npops)
+    empties <- !notEmpty
+
+    for (i1 in notEmpty) {
+        osuusTaulu[i1] <- osuusTaulu[i1] - osuus
+        for (i2 in c(1:(i1 - 1), (i1 + 1):npops)) {
+            osuusTaulu[i2] <- osuusTaulu[i2] + osuus
+            loggis <- computeIndLogml(omaFreqs, osuusTaulu)
+            muutokset[i1, i2] <- loggis - logml
+            osuusTaulu[i2] <- osuusTaulu[i2] - osuus
+        } 
+        osuusTaulu[i1] <- osuusTaulu[i1] + osuus
+    }
+    return (muutokset)
+}

man/laskeMuutokset4.Rd

@@ -0,0 +1,25 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/laskeMuutokset4.R
+\name{laskeMuutokset4}
+\alias{laskeMuutokset4}
+\title{laskeMuutokset4}
+\usage{
+laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS)
+}
+\arguments{
+\item{osuus}{osuus}
+
+\item{osuusTaulu}{osuusTaulu}
+
+\item{omaFreqs}{omaFreqs}
+
+\item{logml}{logml}
+
+\item{COUNTS}{COUNTS}
+}
+\description{
+Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
+muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
+todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään 
+siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
+}