From c72d2b6896c05dd9f8b55dad0252060ee15cf76f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Waldir Leoncio <waldir.leoncio@gmail.com>
Date: Tue, 14 Jan 2020 13:06:36 +0100
Subject: [PATCH 1/2] Translated function into R

---
 R/admix1.R    | 20 +-------------------
 R/etsiParas.R | 14 ++++++++++++++
 2 files changed, 15 insertions(+), 19 deletions(-)
 create mode 100644 R/etsiParas.R

diff --git a/R/admix1.R b/R/admix1.R
index a7e9b9b..2d5c52e 100644
--- a/R/admix1.R
+++ b/R/admix1.R
@@ -536,22 +536,4 @@ admix1 <- function(tietue) {
 # i2 = ceil(indeksi / npops);
 
 # osuusTaulu(i1) = osuusTaulu(i1)-osuus;
-# osuusTaulu(i2) = osuusTaulu(i2)+osuus;
-
-
-# %-------------------------------------------------------------------------
-
-
-# function [osuusTaulu, logml] = etsiParas(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
-
-# ready = 0;
-# while ready ~= 1
-#     muutokset = laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml);
-#     [maxMuutos, indeksi] = max(muutokset(1:end));
-#     if maxMuutos>0
-#         osuusTaulu = suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi);
-#         logml = logml + maxMuutos;
-#     else
-#         ready = 1;
-#     end
-# end
\ No newline at end of file
+# osuusTaulu(i2) = osuusTaulu(i2)+osuus;
\ No newline at end of file
diff --git a/R/etsiParas.R b/R/etsiParas.R
new file mode 100644
index 0000000..22eda5e
--- /dev/null
+++ b/R/etsiParas.R
@@ -0,0 +1,14 @@
+etsiParas <- function = (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
+    ready <- 0;
+    while (ready != 1) {
+        muutokset <- laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
+        [maxMuutos, indeksi] = max(muutokset[1:end]) # TODO: how does this work on Matlab?
+        if (maxMuutos > 0) {
+            osuusTaulu <- suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi)
+            logml <- logml + maxMuutos
+        } else {
+            ready <- 1
+        }
+    }
+    return (c(osuusTaulu, logml))
+}
\ No newline at end of file

From 9e434c25e53a469f7f7fa2493aa95e2cac3ef043 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Waldir Leoncio <waldir.leoncio@gmail.com>
Date: Tue, 14 Jan 2020 13:50:37 +0100
Subject: [PATCH 2/2] Translated function, added tests

---
 NAMESPACE                    |  1 +
 R/admix1.R                   | 18 +-----------------
 R/suoritaMuutos.R            | 19 +++++++++++++++++++
 man/suoritaMuutos.Rd         | 20 ++++++++++++++++++++
 tests/testthat/test-admix1.R | 14 ++++++++++++++
 5 files changed, 55 insertions(+), 17 deletions(-)
 create mode 100644 R/suoritaMuutos.R
 create mode 100644 man/suoritaMuutos.Rd

diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE
index 82c7796..e97e44b 100644
--- a/NAMESPACE
+++ b/NAMESPACE
@@ -9,4 +9,5 @@ export(ownNum2Str)
 export(proportion2str)
 export(randdir)
 export(repmat)
+export(suoritaMuutos)
 importFrom(stats,runif)
diff --git a/R/admix1.R b/R/admix1.R
index 2d5c52e..86d2a13 100644
--- a/R/admix1.R
+++ b/R/admix1.R
@@ -520,20 +520,4 @@ admix1 <- function(tietue) {
 #         end
 #         pointer = pointer+1;
 #     end
-# end
-
-# %--------------------------------------------------------------------------
-
-
-# function osuusTaulu = suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi)
-# % Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.
-
-# global COUNTS;
-# npops = size(COUNTS,3);
-
-# i1 = rem(indeksi,npops);
-# if i1==0, i1 = npops; end;
-# i2 = ceil(indeksi / npops);
-
-# osuusTaulu(i1) = osuusTaulu(i1)-osuus;
-# osuusTaulu(i2) = osuusTaulu(i2)+osuus;
\ No newline at end of file
+# end
\ No newline at end of file
diff --git a/R/suoritaMuutos.R b/R/suoritaMuutos.R
new file mode 100644
index 0000000..daa48f9
--- /dev/null
+++ b/R/suoritaMuutos.R
@@ -0,0 +1,19 @@
+#' @title suoritaMuutos
+#' @description Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.
+#' @param osuusTaulu Percentage table?
+#' @param osuus percentage?
+#' @param indeksi index
+#' @param COUNTS counts
+#' @export
+suoritaMuutos <- function (osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0)) {
+    npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
+
+    i1 <- indeksi %% npops
+    if (is.na(i1) | i1 == 0) i1 <- npops
+    i2 <- ceiling(indeksi / npops)
+
+    osuusTaulu[i1] <- osuusTaulu[i1] - osuus
+    osuusTaulu[i2] <- osuusTaulu[i2] + osuus
+
+    return (osuusTaulu)
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/man/suoritaMuutos.Rd b/man/suoritaMuutos.Rd
new file mode 100644
index 0000000..fb58a04
--- /dev/null
+++ b/man/suoritaMuutos.Rd
@@ -0,0 +1,20 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/suoritaMuutos.R
+\name{suoritaMuutos}
+\alias{suoritaMuutos}
+\title{suoritaMuutos}
+\usage{
+suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0))
+}
+\arguments{
+\item{osuusTaulu}{Percentage table?}
+
+\item{osuus}{percentage?}
+
+\item{indeksi}{index}
+
+\item{COUNTS}{counts}
+}
+\description{
+Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.
+}
diff --git a/tests/testthat/test-admix1.R b/tests/testthat/test-admix1.R
index 2d4962e..1c427eb 100644
--- a/tests/testthat/test-admix1.R
+++ b/tests/testthat/test-admix1.R
@@ -117,4 +117,18 @@ test_that("computeIndLogml works like on Matlab", {
     expect_equivalent(computeIndLogml(-pi, -8), 3.2242, tol = .0001)
     expect_equivalent(computeIndLogml(2:3, 2), 2.3026, tol = .0001)    
     expect_equivalent(computeIndLogml(matrix(8:5, 2), 100), 14.316, tol = .001)
+})
+
+test_that("suoritaMuutos works like on Matlab", {
+    mx1 <- c(10, 5, 8)
+    mx2 <- matrix(c(10, 9, 5, 8, 8, -7), 2)
+    expect_equal(suoritaMuutos(10, 3, 1), 10)
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 3, 1), c(10, 5, 8))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 3, 2), c(7, 8, 8))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 3, 3), c(7, 5, 11))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 2, 3), c(8, 5, 10))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, -7, 3), c(17, 5, 1))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx2, 0, 5), mx2)
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx2, 0, 5), mx2)
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx2, -3, 6), matrix(c(13, 9, 5, 8, 8, -10), 2))
 })
\ No newline at end of file