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<- function(g) { return(sum(g) == 0 & sd(g) == 0) diff --git a/R/load_fasta.R b/R/load_fasta.R index fe15345..8d6a547 100644 --- a/R/load_fasta.R +++ b/R/load_fasta.R @@ -9,11 +9,12 @@ #' @return A character matrix with filtered SNP data #' #' @examples -#' msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rhierbaps") +#' msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package="rBAPS") #' snp.matrix <- load_fasta(msa) #' #' @author Gerry Tonkin-Hill #' @seealso rhierbaps::load_fasta +#' @importFrom ape read.FASTA as.DNAbin #' @export load_fasta <- function(msa, keep.singletons=FALSE) { diff --git a/inst/ext/seqs.fa b/inst/ext/seqs.fa new file mode 100644 index 0000000..d27a8b7 --- /dev/null +++ b/inst/ext/seqs.fa @@ -0,0 +1,22145 @@ +>1 +GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA +AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC +AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA 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+TTGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA +AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA +TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC +AGAAGCTGTTTCTCCAGAAGCTGCAGAAGCTGTTCGTATTCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC +ATTAAAGAGTATATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT +CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA + diff --git a/man/load_fasta.Rd b/man/load_fasta.Rd index bef0895..171bfb3 100644 --- a/man/load_fasta.Rd +++ b/man/load_fasta.Rd @@ -19,7 +19,7 @@ Loads a fasta file into matrix format ready for running the hierBAPS algorithm. } \examples{ -msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rhierbaps") +msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package="rBAPS") snp.matrix <- load_fasta(msa) } diff --git a/tests/testthat/test-greedyMix.R b/tests/testthat/test-greedyMix.R index d2ee3e0..eaedf24 100644 --- a/tests/testthat/test-greedyMix.R +++ b/tests/testthat/test-greedyMix.R @@ -2,12 +2,14 @@ context("Auxiliary functions to greedyMix") # Defining the relative path to current inst ------------- # if (interactive()) { - path_inst <- "../../inst/ext/" + path_inst <- "../../inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt" } else { - path_inst <- "inst/ext/" + path_inst <- system.file( + "ext", "BAPS_format_clustering_diploid.txt", package="rBAPS" + ) } baps_diploid <- read.delim( - file = file.path(path_inst, "BAPS_format_clustering_diploid.txt"), + file = path_inst, sep = " ", header = FALSE )