diff --git a/R/admix1.R b/R/admix1.R index 8c41234..460511a 100644 --- a/R/admix1.R +++ b/R/admix1.R @@ -571,100 +571,4 @@ admix1 <- function(tietue) { # else # ready = 1; # end -# end - - - -# %--------------------------------------------------------------------------- - - -# function muutokset = laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) -# % Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on -# % muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran -# % todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole -# % mitään siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia. - -# global COUNTS; -# npops = size(COUNTS,3); - -# notEmpty = find(osuusTaulu>0.005); -# muutokset = zeros(npops); -# empties = ~notEmpty; - -# for i1=notEmpty - -# osuusTaulu(i1) = osuusTaulu(i1)-osuus; - -# for i2 = [1:i1-1 i1+1:npops] -# osuusTaulu(i2) = osuusTaulu(i2)+osuus; -# loggis = computeIndLogml(omaFreqs, osuusTaulu); -# muutokset(i1,i2) = loggis-logml; -# osuusTaulu(i2) = osuusTaulu(i2)-osuus; -# end - -# osuusTaulu(i1) = osuusTaulu(i1)+osuus; -# end - - -# %--------------------------------------------------------------- - - -# function tulostaAdmixtureTiedot(proportions, uskottavuus, alaRaja, niter) -# h0 = findobj('Tag','filename1_text'); -# inputf = get(h0,'String'); -# h0 = findobj('Tag','filename2_text'); -# outf = get(h0,'String'); clear h0; - -# if length(outf)>0 -# fid = fopen(outf,'a'); -# else -# fid = -1; -# diary('baps4_output.baps'); % save in text anyway. -# end - -# ninds = length(uskottavuus); -# npops = size(proportions,2); -# disp(' '); -# dispLine; -# disp('RESULTS OF ADMIXTURE ANALYSIS BASED'); -# disp('ON MIXTURE CLUSTERING OF INDIVIDUALS'); -# disp(['Data file: ' inputf]); -# disp(['Number of individuals: ' num2str(ninds)]); -# disp(['Results based on ' num2str(niter) ' simulations from posterior allele frequencies.']); -# disp(' '); -# if fid ~= -1 -# fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid,'%s \n', ['--------------------------------------------']); fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid,'%s \n', ['RESULTS OF ADMIXTURE ANALYSIS BASED']); fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid,'%s \n', ['ON MIXTURE CLUSTERING OF INDIVIDUALS']); fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid,'%s \n', ['Data file: ' inputf]); fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid,'%s \n', ['Number of individuals: ' num2str(ninds)]); fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid,'%s \n', ['Results based on ' num2str(niter) ' simulations from posterior allele frequencies.']); fprintf(fid, '\n'); -# fprintf(fid, '\n'); -# end - -# ekaRivi = blanks(6); -# for pop = 1:npops -# ekaRivi = [ekaRivi blanks(3-floor(log10(pop))) num2str(pop) blanks(2)]; -# end -# ekaRivi = [ekaRivi blanks(1) 'p']; % Added on 29.08.06 -# disp(ekaRivi); -# for ind = 1:ninds -# rivi = [num2str(ind) ':' blanks(4-floor(log10(ind)))]; -# if any(proportions(ind,:)>0) -# for pop = 1:npops-1 -# rivi = [rivi proportion2str(proportions(ind,pop)) blanks(2)]; -# end -# rivi = [rivi proportion2str(proportions(ind,npops)) ': ']; -# rivi = [rivi ownNum2Str(uskottavuus(ind))]; -# end -# disp(rivi); -# if fid ~= -1 -# fprintf(fid,'%s \n',[rivi]); fprintf(fid,'\n'); -# end -# end -# if fid ~= -1 -# fclose(fid); -# else -# diary off # end \ No newline at end of file