From 58a5e5a2fd794314b396675948669db41d4e216f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Waldir Leoncio <w.l.netto@medisin.uio.no>
Date: Wed, 10 Apr 2024 14:25:22 +0200
Subject: [PATCH] `laskeMuutokset()` reads `npop` from parent functions (#24)

---
 R/indMix.R                 | 2 +-
 R/laskeMuutokset12345.R    | 3 +--
 man/greedyMix_muutokset.Rd | 9 ++++++++-
 3 files changed, 10 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/R/indMix.R b/R/indMix.R
index 33c6e83..d17853f 100644
--- a/R/indMix.R
+++ b/R/indMix.R
@@ -149,7 +149,7 @@ indMix <- function(c, npops, counts = NULL, sumcounts = NULL, max_iter = 100L, d
             i1 <- baps.globals$PARTITION[ind]
             muutokset_diffInCounts <- greedyMix_muutokset$new()
             muutokset_diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$laskeMuutokset(
-              ind, rows, data, adjprior, priorTerm
+              ind, rows, data, adjprior, priorTerm, npops
             )
             muutokset <- muutokset_diffInCounts$muutokset
             diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$diffInCounts
diff --git a/R/laskeMuutokset12345.R b/R/laskeMuutokset12345.R
index 2b8a9fe..32c95fa 100644
--- a/R/laskeMuutokset12345.R
+++ b/R/laskeMuutokset12345.R
@@ -341,8 +341,7 @@ greedyMix_muutokset <- R6Class(
     #' @param data data
     #' @param adjprior adjprior
     #' @param priorTerm priorTerm
-    laskeMuutokset = function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
-      npops <- size(COUNTS, 3)
+    laskeMuutokset = function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm, npops) {
       muutokset <- baps.globals$LOGDIFF[ind, ]
 
       i1 <- baps.globals$PARTITION[ind]
diff --git a/man/greedyMix_muutokset.Rd b/man/greedyMix_muutokset.Rd
index b720e58..3868f55 100644
--- a/man/greedyMix_muutokset.Rd
+++ b/man/greedyMix_muutokset.Rd
@@ -28,7 +28,14 @@ logml:ss� siirrett�ess� yksil�it� toisiin populaatioihin.
 \if{latex}{\out{\hypertarget{method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset}{}}}
 \subsection{Method \code{laskeMuutokset()}}{
 \subsection{Usage}{
-\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm)}\if{html}{\out{</div>}}
+\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset(
+  ind,
+  globalRows,
+  data,
+  adjprior,
+  priorTerm,
+  npops
+)}\if{html}{\out{</div>}}
 }
 
 \subsection{Arguments}{