diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore index d7cab3b..42e6711 100644 --- a/.Rbuildignore +++ b/.Rbuildignore @@ -4,7 +4,6 @@ PITFALLS.md CHANGELOG.md CITATION.cff .travis.yml -inst/ext/ExamplesDataFormatting +inst/testdata .github aux - diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 6e84839..de86792 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: rBAPS Title: Bayesian Analysis of Population Structure -Version: 0.0.0.9020 +Version: 0.0.0.9022 Date: 2020-11-09 Authors@R: c( diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index c80ffba..a0b3bf9 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -1,45 +1,8 @@ # Generated by roxygen2: do not edit by hand -export(addAlleles) -export(admix1) -export(calculatePopLogml) -export(computeAllFreqs2) -export(computeIndLogml) -export(computePersonalAllFreqs) -export(computeRows) -export(etsiParas) -export(fgetl) -export(fopen) export(greedyMix) -export(greedyPopMix) export(handleData) -export(handlePopData) -export(initPopNames) -export(learn_partition_modified) -export(learn_simple_partition) -export(linkage) -export(load_fasta) -export(logml2String) -export(lueGenePopData) -export(lueGenePopDataPop) -export(lueNimi) -export(noIndex) -export(ownNum2Str) -export(poistaLiianPienet) -export(proportion2str) -export(randdir) -export(rivinSisaltamienMjonojenLkm) -export(selvitaDigitFormat) -export(simulateAllFreqs) -export(simulateIndividuals) -export(simuloiAlleeli) -export(suoritaMuutos) -export(takeLine) -export(testaaKoordinaatit) -export(testaaOnkoKunnollinenBapsData) -export(testaaPop) -export(writeMixtureInfo) -export(writeMixtureInfoPop) +export(importFile) importFrom(R6,R6Class) importFrom(Rsamtools,scanBam) importFrom(adegenet,.readExt) diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md new file mode 100644 index 0000000..f09f421 --- /dev/null +++ b/NEWS.md @@ -0,0 +1,6 @@ +# rBAPS (development version) + +# rBAPS 0.0.0.9021 + +* Added a `NEWS.md` file to track changes to the package. +* Exported `greedyMix()` and `load_fasta()` functions. diff --git a/R/addAlleles.R b/R/addAlleles.R index 8f08341..9854027 100644 --- a/R/addAlleles.R +++ b/R/addAlleles.R @@ -4,7 +4,6 @@ #' @param line line #' @param divider divider #' @return data (after alleles were added) -#' @export addAlleles <- function(data, ind, line, divider) { # Lisaa BAPS-formaatissa olevaan datataulukkoon # yksil�� ind vastaavat rivit. Yksil�n alleelit diff --git a/R/admix1.R b/R/admix1.R index 689c5c2..a91e616 100644 --- a/R/admix1.R +++ b/R/admix1.R @@ -6,7 +6,6 @@ #' alleleCodes, adjprior, popnames, rowsFromInd, data, npops, noalle #' @param tietue tietue #' @importFrom methods is -#' @export admix1 <- function(tietue) { if (!is.list(tietue)) { message("Load mixture result file. These are the files in this directory:") diff --git a/R/calculatePopLogml.R b/R/calculatePopLogml.R index 2803697..c10bd63 100644 --- a/R/calculatePopLogml.R +++ b/R/calculatePopLogml.R @@ -4,7 +4,6 @@ #' for the mean parameter. #' @param points points #' @param fii fii -#' @export calculatePopLogml <- function(points, fii) { n <- length(points) fuzzy_ones <- sum(points) diff --git a/R/comparePartitions.R b/R/comparePartitions.R new file mode 100644 index 0000000..82b325c --- /dev/null +++ b/R/comparePartitions.R @@ -0,0 +1,23 @@ +comparePartitions <- function(data, c.rows, partitionCompare.partitions, ninds, rowsFromInd, noalle, adjprior) { + stop("Comparing partitions not yet implemented") # TODO: implement + # nsamplingunits = size(c.rows,1); + # partitions = partitionCompare.partitions; + # npartitions = size(partitions,2); + # partitionLogml = zeros(1,npartitions); + # for i = 1:npartitions + # % number of unique partition lables + # npops = length(unique(partitions(:,i))); + + # partitionInd = zeros(ninds*rowsFromInd,1); + # partitionSample = partitions(:,i); + # for j = 1:nsamplingunits + # partitionInd([c.rows(j,1):c.rows(j,2)]) = partitionSample(j); + # end + # partitionLogml(i) = initialCounts(partitionInd, data(:,1:end-1), npops, c.rows, noalle, adjprior); + + # end + # % return the logml result + # partitionCompare.logmls = partitionLogml; + # set(h1, 'userdata', partitionCompare); + # return +} diff --git a/R/computeAllFreqs2.R b/R/computeAllFreqs2.R index d6f623a..bb89bd2 100644 --- a/R/computeAllFreqs2.R +++ b/R/computeAllFreqs2.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @description Lisää a priori jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen #' j 1/noalle(j) verran. #' @param noalle noalle -#' @export computeAllFreqs2 <- function(noalle) { COUNTS <- ifelse(isGlobalEmpty(COUNTS), vector(), COUNTS) SUMCOUNTS <- ifelse(isGlobalEmpty(SUMCOUNTS), vector(), COUNTS) diff --git a/R/computeIndLogml.R b/R/computeIndLogml.R index d928e6b..d1095e7 100644 --- a/R/computeIndLogml.R +++ b/R/computeIndLogml.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' määritellyiksi kuten osuusTaulu:ssa. #' @param omaFreqs own Freqs? #' @param osuusTaulu Percentage table? -#' @export computeIndLogml <- function(omaFreqs, osuusTaulu) { omaFreqs <- as.matrix(omaFreqs) osuusTaulu <- as.matrix(osuusTaulu) diff --git a/R/computePersonalAllFreqs.R b/R/computePersonalAllFreqs.R index 4b91327..142bffe 100644 --- a/R/computePersonalAllFreqs.R +++ b/R/computePersonalAllFreqs.R @@ -7,8 +7,6 @@ #' @param data data #' @param allFreqs allFreqs #' @param rowsFromInd rowsFromInd -#' @export - computePersonalAllFreqs <- function(ind, data, allFreqs, rowsFromInd) { if (isGlobalEmpty(COUNTS)) { nloci <- npops <- 1 diff --git a/R/computePopulationLogml.R b/R/computePopulationLogml.R index 32abb3f..9114a87 100644 --- a/R/computePopulationLogml.R +++ b/R/computePopulationLogml.R @@ -4,9 +4,13 @@ computePopulationLogml <- function(pops, adjprior, priorTerm) { # ======================================================== # # Limiting COUNTS size # # ======================================================== # - COUNTS <- COUNTS[ - seq_len(nrow(adjprior)), seq_len(ncol(adjprior)), pops, drop = FALSE - ] + if (!is.null(adjprior)) { + nr <- seq_len(nrow(adjprior)) + nc <- seq_len(ncol(adjprior)) + COUNTS <- COUNTS[nr, nc, pops, drop = FALSE] + } else { + COUNTS <- NA + } x <- size(COUNTS, 1) y <- size(COUNTS, 2) @@ -15,25 +19,24 @@ computePopulationLogml <- function(pops, adjprior, priorTerm) { # ======================================================== # # Computation # # ======================================================== # - isarray <- length(dim(repmat(adjprior, c(1, 1, length(pops))))) > 2 - term1 <- squeeze( - sum( + term1 <- NULL + if (!is.null(adjprior)) { + isarray <- length(dim(repmat(adjprior, c(1, 1, length(pops))))) > 2 + term1 <- squeeze( sum( - reshape( - lgamma( - repmat(adjprior, c(1, 1, length(pops))) + - COUNTS[ - seq_len(nrow(adjprior)), seq_len(ncol(adjprior)), pops, - drop = !isarray - ] + sum( + reshape( + lgamma( + repmat(adjprior, c(1, 1, length(pops))) + COUNTS[nr, nc, pops, drop = !isarray] + ), + c(x, y, z) ), - c(x, y, z) + 1 ), - 1 - ), - 2 + 2 + ) ) - ) + } if (is.null(priorTerm)) priorTerm <- 0 popLogml <- term1 - sum(lgamma(1 + SUMCOUNTS[pops, ]), 2) - priorTerm return(popLogml) diff --git a/R/computeRows.R b/R/computeRows.R index ab95da9..7221fd6 100644 --- a/R/computeRows.R +++ b/R/computeRows.R @@ -4,7 +4,6 @@ #' @param rowsFromInd rowsFromInd #' @param inds matrix #' @param ninds ninds -#' @export computeRows <- function(rowsFromInd, inds, ninds) { if (!is(inds, "matrix")) inds <- as.matrix(inds) if (identical(dim(inds), c(nrow(inds), 1L))) { diff --git a/R/etsiParas.R b/R/etsiParas.R index 80ee063..da03d73 100644 --- a/R/etsiParas.R +++ b/R/etsiParas.R @@ -1,4 +1,3 @@ -#' @export #' @title Etsi Paras #' @description Search for the best? #' @param osuus Percentages? diff --git a/R/fgetl-fopen.R b/R/fgetl-fopen.R index 6442fbf..8b255ee 100644 --- a/R/fgetl-fopen.R +++ b/R/fgetl-fopen.R @@ -6,7 +6,6 @@ #' fgetl returns tline as a numeric value -1. #' @author Waldir Leoncio #' @seealso fopen -#' @export fgetl <- function(file) { # ========================================================================== # Validation @@ -27,5 +26,4 @@ fgetl <- function(file) { #' @return The same as `readLines(filename)` #' @author Waldir Leoncio #' @seealso fgetl -#' @export fopen <- function(filename) readLines(filename) diff --git a/R/greedyMix.R b/R/greedyMix.R index 624c529..6642290 100644 --- a/R/greedyMix.R +++ b/R/greedyMix.R @@ -1,6 +1,16 @@ #' @title Clustering of individuals #' @param data data file #' @param format Data format. Format supported: "FASTA", "VCF" ,"BAM", "GenePop" +#' @param partitionCompare a list of partitions to compare +#' @param ninds number of individuals +#' @param npops number of populations +#' @param counts counts +#' @param sumcounts sumcounts +#' @param max_iter maximum number of iterations +#' @param alleleCodes allele codes +#' @param inp input file +#' @param popnames population names +#' @param fixedK if \code{TRUE}, the number of populations is fixed #' @param verbose if \code{TRUE}, prints extra output information #' @importFrom utils read.delim #' @importFrom vcfR read.vcfR @@ -9,41 +19,59 @@ #' @references Samtools: a suite of programs for interacting #' with high-throughput sequencing data. #' @export -greedyMix <- function(data, format, verbose = TRUE) { - # Parsing data format ------------------------------------------------------ +#' @examples +#' data <- system.file("extdata", "FASTA_clustering_haploid.fasta", package = "rBAPS") +#' greedyMix(data, "fasta") +greedyMix <- function( + data, format, partitionCompare = NULL, ninds = 1L, npops = 1L, + counts = NULL, sumcounts = NULL, max_iter = 100L, alleleCodes = NULL, + inp = NULL, popnames = NULL, fixedK = FALSE, verbose = FALSE +) { + # Importing and handling data ================================================ + data <- importFile(data, format, verbose) + data <- handleData(data, tolower(format)) + c <- list( + noalle = data[["noalle"]], + data = data[["newData"]], + adjprior = data[["adjprior"]], + priorTerm = data[["priorTerm"]], + rowsFromInd = data[["rowsFromInd"]] + ) - if (missing(format)) { - format <- gsub(".*\\.(.+)$", "\\1", data) - message("Format not provided. Guessing from file extension: ", format) - } - format <- tolower(format) - - # Dispatching to proper loading function ----------------------------------- - - if (format == "fasta") { - out <- load_fasta(data) - } else if (format == "vcf") { - out <- vcfR::read.vcfR(data, verbose = verbose) - } else if (format == "sam") { - stop( - "SAM files not directly supported. ", - "Install the samtools software and execute\n\n", - "samtools view -b ", data, " > out_file.bam\n\nto convert to BAM ", - "and try running this function again with 'format=BAM'" + # Comparing partitions ======================================================= + if (!is.null(partitionCompare)) { + logmls <- comparePartitions( + c[["data"]], nrow(c[["data"]]), partitionCompare[["partitions"]], ninds, + c[["rowsFromInd"]], c[["noalle"]], c[["adjprior"]] ) - } else if (format == "bam") { - out <- Rsamtools::scanBam(data) - } else if (format == "genepop") { - if (toupper(adegenet::.readExt(data)) == "TXT") { - message("Creating a copy of the file with the .gen extension") - dataGen <- gsub("txt", "gen", data) - file.copy(data, dataGen) - out <- adegenet::read.genepop(dataGen) - } else { - out <- adegenet::read.genepop(data) - } - } else { - stop("Format not supported.") } - return(out) + + + # Generating partition summary =============================================== + ekat <- seq(1L, c[["rowsFromInd"]], ninds * c[["rowsFromInd"]]) # ekat = (1:rowsFromInd:ninds*rowsFromInd)'; + c[["rows"]] <- c(ekat, ekat + c[["rowsFromInd"]] - 1L) # c.rows = [ekat ekat+rowsFromInd-1] + logml_npops_partitionSummary <- indMixWrapper(c, npops, counts, sumcounts, max_iter, fixedK, verbose) + logml <- logml_npops_partitionSummary[["logml"]] + npops <- logml_npops_partitionSummary[["npops"]] + partitionSummary <- logml_npops_partitionSummary[["partitionSummary"]] + + # Generating output object =================================================== + out <- list( + "alleleCodes" = alleleCodes, "adjprior" = c[["adjprior"]], + "popnames" = popnames, "rowsFromInd" = c[["rowsFromInd"]], + "data" = c[["data"]], "npops" = npops, "noalle" = c[["noalle"]], + "mixtureType" = "mix", "logml" = logml + ) + if (logml == 1) { + return(out) + } + + # Writing mixture info ======================================================= + changesInLogml <- writeMixtureInfo( + logml, c[["rowsFromInd"]], c[["data"]], c[["adjprior"]], c[["priorTerm"]], + NULL, inp, partitionSummary, popnames, fixedK + ) + + # Updateing results ========================================================== + return(c(out, "changesInLogml" = changesInLogml)) } diff --git a/R/greedyPopMix.R b/R/greedyPopMix.R index fcb02db..d2114c7 100644 --- a/R/greedyPopMix.R +++ b/R/greedyPopMix.R @@ -11,7 +11,6 @@ #' @importFrom matlab2r uiputfile #' @references Samtools: a suite of programs for interacting #' with high-throughput sequencing data. -#' @export greedyPopMix <- function(data, format, partitionCompare = NULL, verbose = TRUE ) { # Replacing original file reading code with greedyMix() diff --git a/R/handleData.R b/R/handleData.R index 637d62a..6b4a209 100644 --- a/R/handleData.R +++ b/R/handleData.R @@ -1,5 +1,6 @@ #' @title Handle Data -#' @param raw_data Raw data +#' @param raw_data Raw data in Genepop or BAPS format +#' @param format data format #' @details The last column of the original data tells you from which #' individual that line is from. The function first examines how many line #' maximum is from one individual giving know if it is haploid, diploid, etc. @@ -7,9 +8,9 @@ #' maximum. If the code of an allele is = 0, the function changes that allele #' code to the smallest code that is larger than any code in use. After this, #' the function changes the allele codes so that one locus j -#' codes get values between? 1, ..., Noah (j). +#' codes get values between? 1, ..., noalle(j). #' @export -handleData <- function(raw_data) { +handleData <- function(raw_data, format = "Genepop") { # Alkuper?isen datan viimeinen sarake kertoo, milt?yksil?lt? # kyseinen rivi on per?isin. Funktio tutkii ensin, ett?montako # rivi?maksimissaan on per?isin yhdelt?yksil?lt? jolloin saadaan @@ -20,28 +21,29 @@ handleData <- function(raw_data) { # koodi pienimm?ksi koodiksi, joka isompi kuin mik??n k?yt?ss?oleva koodi. # T?m?n j?lkeen funktio muuttaa alleelikoodit siten, ett?yhden lokuksen j # koodit saavat arvoja v?lill?1,...,noalle(j). + nloci <- switch( + tolower(format), + "genepop" = ncol(raw_data) - 1L, + "baps" = ncol(raw_data) - 1L, + "fasta" = ncol(raw_data), + "vcf" = stop("VCF format not supported for processing yet"), + "bam" = stop("BAM format not supported for processing yet") + ) data <- as.matrix(raw_data) - nloci <- size(raw_data, 2) - 1 - dataApu <- data[, 1:nloci] nollat <- matlab2r::find(dataApu == 0) if (!isempty(nollat)) { - isoinAlleeli <- base::max(max(dataApu)) + isoinAlleeli <- base::max(base::max(dataApu)) dataApu[nollat] <- isoinAlleeli + 1 data[, 1:nloci] <- dataApu } - # dataApu <- [] - # nollat <- [] - # isoinAlleeli <- [] noalle <- zeros(1, nloci) alleelitLokuksessa <- cell(nloci, 1, expandable = TRUE) for (i in 1:nloci) { alleelitLokuksessaI <- unique(data[, i]) alleelitLokuksessa[[i]] <- sort(alleelitLokuksessaI[ - matlab2r::find( - alleelitLokuksessaI >= 0 - ) + matlab2r::find(alleelitLokuksessaI >= 0) ]) noalle[i] <- length(alleelitLokuksessa[[i]]) } @@ -49,9 +51,7 @@ handleData <- function(raw_data) { for (i in 1:nloci) { alleelitLokuksessaI <- alleelitLokuksessa[[i]] puuttuvia <- base::max(noalle) - length(alleelitLokuksessaI) - alleleCodes[, i] <- as.matrix( - c(alleelitLokuksessaI, zeros(puuttuvia, 1)) - ) + alleleCodes[, i] <- as.matrix(c(alleelitLokuksessaI, zeros(puuttuvia, 1))) } for (loc in seq_len(nloci)) { @@ -60,7 +60,7 @@ handleData <- function(raw_data) { } } - nind <- base::max(data[, ncol(data)]) + nind <- as.integer(base::max(data[, ncol(data)])) nrows <- size(data, 1) ncols <- size(data, 2) rowsFromInd <- zeros(nind, 1) @@ -71,11 +71,11 @@ handleData <- function(raw_data) { a <- -999 emptyRow <- repmat(a, c(1, ncols)) lessThanMax <- matlab2r::find(rowsFromInd < maxRowsFromInd) - missingRows <- maxRowsFromInd * nind - nrows + missingRows <- max(maxRowsFromInd * nind - nrows, 0L) data <- rbind(data, zeros(missingRows, ncols)) pointer <- 1 for (ind in t(lessThanMax)) { # K?y l?pi ne yksil?t, joilta puuttuu rivej? - miss <- maxRowsFromInd - rowsFromInd(ind) # T?lt?yksil?lt?puuttuvien lkm. + miss <- maxRowsFromInd - rowsFromInd[ind] # T?lt?yksil?lt?puuttuvien lkm. } data <- sortrows(data, ncols) # Sorttaa yksil?iden mukaisesti newData <- data diff --git a/R/handlePopData.R b/R/handlePopData.R index eba3873..7d3815e 100644 --- a/R/handlePopData.R +++ b/R/handlePopData.R @@ -4,7 +4,6 @@ #' codes so that the codes for one locus have values between 1 and noalle[j]. #' Before this change, an allele whose code is zero is changed. #' @param raw_data raw data -#' @export handlePopData <- function(raw_data) { # Alkuperäisen datan viimeinen sarake kertoo, milt?yksilölt? # kyseinen rivi on peräisin. Funktio muuttaa alleelikoodit diff --git a/R/importFile.R b/R/importFile.R new file mode 100644 index 0000000..2ed9c75 --- /dev/null +++ b/R/importFile.R @@ -0,0 +1,49 @@ +#' @title Import data file +#' @description Imports data from several formats (FASTA, VCF, SAM, BAM, +#' Genepop). +#' @param data raw dataset +#' @param format data format (guesses from extension if not provided) +#' @param verbose if \code{TRUE}, prints extra output information +#' @return The data in a format that can be used by the other functions +#' @export +#' @examples +#' path_inst <- system.file("extdata", "", package = "rBAPS") +#' importFile(file.path(path_inst, "FASTA_clustering_haploid.fasta")) +importFile <- function(data, format, verbose) { + # Parsing data format ------------------------------------------------------ + + if (missing(format)) { + format <- gsub(".*\\.(.+)$", "\\1", data) + message("Format not provided. Guessing from file extension: ", format) + } + format <- tolower(format) + + # Dispatching to proper loading function ----------------------------------- + + if (format == "fasta") { + out <- load_fasta(data) + } else if (format == "vcf") { + out <- vcfR::read.vcfR(data, verbose = verbose) + } else if (format == "sam") { + stop( + "SAM files not directly supported. ", + "Install the samtools software and execute\n\n", + "samtools view -b ", data, " > out_file.bam\n\nto convert to BAM ", + "and try running this function again with 'format=BAM'" + ) + } else if (format == "bam") { + out <- Rsamtools::scanBam(data) + } else if (format == "genepop") { + if (toupper(adegenet::.readExt(data)) == "TXT") { + message("Creating a copy of the file with the .gen extension") + dataGen <- gsub("txt", "gen", data) + file.copy(data, dataGen) + out <- adegenet::read.genepop(dataGen) + } else { + out <- adegenet::read.genepop(data) + } + } else { + stop("Format not supported.") + } + return(out) +} diff --git a/R/indMix.R b/R/indMix.R index 883d19a..6d2a1ad 100644 --- a/R/indMix.R +++ b/R/indMix.R @@ -1,4 +1,4 @@ -indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { +indMix <- function(c, npops, counts = NULL, sumcounts = NULL, max_iter = 100L, dispText = FALSE) { # Greedy search algorithm with unknown number of classes for regular # clustering. # Input npops is not used if called by greedyMix or greedyPopMix. @@ -17,8 +17,11 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { if (isfield(c, "dist")) { dist <- c$dist Z <- c$Z + } else { + Z <- NULL } + rm(c) nargin <- length(as.list(match.call())) - 1 if (nargin < 2) { @@ -65,14 +68,14 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { nruns <- length(npopsTaulu) initData <- data - data <- data[, 1:(ncol(data) - 1)] + data <- data[, seq_along(noalle)] # Original code always dropped last column. logmlBest <- -1e50 partitionSummary <- -1e50 * ones(30, 2) # Tiedot 30 parhaasta partitiosta (npops ja logml) partitionSummary[, 1] <- zeros(30, 1) worstLogml <- -1e50 worstIndex <- 1 - for (run in 1:nruns) { + for (run in seq_along(nruns)) { npops <- npopsTaulu[[run]] if (dispText) { dispLine() @@ -84,6 +87,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { ) } ninds <- size(rows, 1) + initialPartition <- admixture_initialization(initData, npops, Z) sumcounts_counts_logml <- initialCounts( initialPartition, data, npops, rows, noalle, adjprior @@ -93,16 +97,15 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { logml <- sumcounts_counts_logml$logml PARTITION <- zeros(ninds, 1) - for (i in 1:ninds) { + for (i in seq_len(ninds)) { apu <- rows[i] PARTITION[i] <- initialPartition[apu[1]] } COUNTS <- counts SUMCOUNTS <- sumcounts - POP_LOGML <- computePopulationLogml(1:npops, adjprior, priorTerm) + POP_LOGML <- computePopulationLogml(seq_len(npops), adjprior, priorTerm) LOGDIFF <- repmat(-Inf, c(ninds, npops)) - rm(initialPartition, counts, sumcounts) # PARHAAN MIXTURE-PARTITION ETSIMINEN nRoundTypes <- 7 @@ -120,30 +123,34 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { ) } + iter <- 1L while (ready != 1) { - # FIXME: loop caught in here + iter <- iter + 1L + if (iter > max_iter) { + warning("max_iter reached. Stopping prematurely.") + break + } muutoksia <- 0 if (dispText) { - message(paste("\nPerforming steps:", as.character(roundTypes))) + message("Performing steps: ", paste(roundTypes, collapse = " ")) } - for (n in 1:length(roundTypes)) { + for (n in seq_along(roundTypes)) { round <- roundTypes[n] kivaluku <- 0 if (kokeiltu[round] == 1) { # Askelta kokeiltu viime muutoksen j�lkeen } else if (round == 0 | round == 1) { # Yksil�n siirt�minen toiseen populaatioon. - inds <- 1:ninds - aputaulu <- cbind(inds, rand(ninds, 1)) - aputaulu <- sortrows(aputaulu, 2) + inds <- seq_len(ninds) + aputaulu <- cbind(t(inds), rand(ninds, 1)) + aputaulu <- matrix(sortrows(aputaulu, 2), nrow = nrow(aputaulu)) inds <- t(aputaulu[, 1]) muutosNyt <- 0 for (ind in inds) { i1 <- PARTITION[ind] muutokset_diffInCounts <- greedyMix_muutokset$new() - # FIXME: using 100-length global variables instead of the ones in this function muutokset_diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$laskeMuutokset( ind, rows, data, adjprior, priorTerm ) @@ -190,7 +197,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { } } else if (round == 2) { # Populaation yhdist�minen toiseen. maxMuutos <- 0 - for (pop in 1:npops) { + for (pop in seq_len(npops)) { muutokset_diffInCounts <- greedyMix_muutokset$new() muutokset_diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$laskeMuutokset2( pop, rows, data, adjprior, priorTerm @@ -234,7 +241,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { } else if (round == 3 || round == 4) { # Populaation jakaminen osiin. maxMuutos <- 0 ninds <- size(rows, 1) - for (pop in 1:npops) { + for (pop in seq_len(npops)) { inds2 <- matlab2r::find(PARTITION == pop) ninds2 <- length(inds2) if (ninds2 > 2) { @@ -265,7 +272,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { muutoksia <- 1 kokeiltu <- zeros(nRoundTypes, 1) rivit <- list() - for (i in 1:length(muuttuvat)) { + for (i in seq_len(muuttuvat)) { ind <- muuttuvat[i] lisa <- rows[ind, 1]:rows[ind, 2] rivit <- rbind(rivit, t(lisa)) @@ -421,7 +428,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { totalMuutos <- muutokset(1, emptyPop) rivit <- list() - for (i in 1:length(muuttuvat)) { + for (i in seq_len(muuttuvat)) { ind <- muuttuvat[i] lisa <- rows[ind, 1]:rows[ind, 2] rivit <- c(rivit, lisa) @@ -506,8 +513,6 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { } } } - # FIXME: muutoksia is never 0, so vaihe never equals 5 and ready 1 - print(paste("i1 =", i1, "i2 =", i2, "maxMuutos =", maxMuutos)) # TEMP if (muutoksia == 0) { if (vaihe <= 4) { vaihe <= vaihe + 1 @@ -536,11 +541,10 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) { # TALLENNETAAN npops <- poistaTyhjatPopulaatiot(npops) - POP_LOGML <- computePopulationLogml(1:npops, adjprior, priorTerm) + POP_LOGML <- computePopulationLogml(seq_len(npops), adjprior, priorTerm) if (dispText) { - print(paste("Found partition with", as.character(npops), "populations.")) - print(paste("Log(ml) =", as.character(logml))) - print(" ") + message("Found partition with ", as.character(npops), " populations.") + message("Log(ml) = ", as.character(logml)) } if (logml > logmlBest) { diff --git a/R/indMixWrapper.R b/R/indMixWrapper.R new file mode 100644 index 0000000..60c9077 --- /dev/null +++ b/R/indMixWrapper.R @@ -0,0 +1,7 @@ +indMixWrapper <- function(c, npops, counts, sumcounts, max_iter, fixedK = FALSE, verbose = FALSE) { + if (fixedK) { + stop("indMix_fixK() not yet implemented.") # TODO: translate indMix_fixK.m + } else { + indMix(c, npops, counts, sumcounts, max_iter, verbose) + } +} diff --git a/R/initPopNames.R b/R/initPopNames.R index 3a01e15..749808a 100644 --- a/R/initPopNames.R +++ b/R/initPopNames.R @@ -1,7 +1,6 @@ #' @title Initialize Pop Names #' @param nameFile nameFile #' @param indexFile indexFile -#' @export initPopNames <- function(nameFile, indexFile) { # Palauttaa tyhj�n, mik�li nimitiedosto ja indeksitiedosto # eiv�t olleet yht?pitki? diff --git a/R/initialCounts.R b/R/initialCounts.R index b40df09..5d7188c 100644 --- a/R/initialCounts.R +++ b/R/initialCounts.R @@ -2,7 +2,7 @@ initialCounts <- function(partition, data, npops, rows, noalle, adjprior) { nloci <- size(data, 2) ninds <- size(rows, 1) - koot <- rows[, 1] - rows[, 2] + 1 + koot <- rows[1] - rows[2] + 1 maxSize <- base::max(koot) counts <- zeros(base::max(noalle), nloci, npops) diff --git a/R/laskeLoggis.R b/R/laskeLoggis.R index aa147eb..bb6ced9 100644 --- a/R/laskeLoggis.R +++ b/R/laskeLoggis.R @@ -1,7 +1,7 @@ laskeLoggis <- function(counts, sumcounts, adjprior) { npops <- size(counts, 3) - - sum1 <- sum(sum(sum(lgamma(counts + repmat(adjprior, c(1, 1, npops)))))) + replicated_adjprior <- array(adjprior, c(nrow(adjprior), ncol(adjprior), npops)) + sum1 <- sum(sum(sum(lgamma(counts + replicated_adjprior)))) sum3 <- sum(sum(lgamma(adjprior))) - sum(sum(lgamma(1 + sumcounts))) logml2 <- sum1 - npops * sum3 loggis <- logml2 diff --git a/R/laskeMuutokset12345.R b/R/laskeMuutokset12345.R index df9bf11..78d2276 100644 --- a/R/laskeMuutokset12345.R +++ b/R/laskeMuutokset12345.R @@ -349,12 +349,15 @@ greedyMix_muutokset <- R6Class( i1_logml <- POP_LOGML[i1] muutokset[i1] <- 0 - rows <- globalRows[ind, 1]:globalRows[ind, 2] + if (is.null(dim(globalRows))) { + rows <- globalRows[1]:globalRows[2] + } else { + rows <- globalRows[ind, 1]:globalRows[ind, 2] + } diffInCounts <- computeDiffInCounts( rows, size(COUNTS, 1), size(COUNTS, 2), data ) diffInSumCounts <- colSums(diffInCounts) - COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] - diffInCounts SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] - diffInSumCounts new_i1_logml <- computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm) diff --git a/R/learn_partition_modified.R b/R/learn_partition_modified.R index 03f8e5a..d89df43 100644 --- a/R/learn_partition_modified.R +++ b/R/learn_partition_modified.R @@ -1,5 +1,4 @@ #' @title Learn partition (modified) -#' @export #' @param ordered ordered #' @return part #' @description This function is called only if some individual has less than diff --git a/R/learn_simple_partition.R b/R/learn_simple_partition.R index d85d4e3..46323f6 100644 --- a/R/learn_simple_partition.R +++ b/R/learn_simple_partition.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' @param fii fii #' @description Goes through all the ways to divide the points into two or #' three groups. Chooses the partition which obtains highest logml. -#' @export learn_simple_partition <- function(ordered_points, fii) { npoints <- length(ordered_points) diff --git a/R/linkage.R b/R/linkage.R index 37dddce..d030ff1 100644 --- a/R/linkage.R +++ b/R/linkage.R @@ -13,7 +13,6 @@ #' that BAPS should use this function instead of the base one, so this is why #' this function is part of this package (instead of a MATLAB-replicating #' package such as matlab2r) -#' @export linkage <- function(Y, method = "co") { k <- size(Y)[1] n <- size(Y)[2] diff --git a/R/load_fasta.R b/R/load_fasta.R index efd0411..494bb6e 100644 --- a/R/load_fasta.R +++ b/R/load_fasta.R @@ -4,18 +4,19 @@ #' running the hierBAPS algorithm. #' #' @param msa Either the location of a fasta file or ape DNAbin object containing the multiple sequence alignment data to be clustered -#' @param keep.singletons A logical indicating whether to consider singleton mutations in calculating the clusters +#' @param keep_singletons A logical indicating whether to consider singleton mutations in calculating the clusters +#' @param output_numbers A logical indicating whether to output the data as +#' numbers (TRUE) or letters (FALSE) #' #' @return A character matrix with filtered SNP data #' #' @examples -#' msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package = "rBAPS") -#' snp.matrix <- load_fasta(msa) +#' msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rBAPS") +#' snp.matrix <- rBAPS:::load_fasta(msa) #' @author Gerry Tonkin-Hill, Waldir Leoncio #' @seealso rhierbaps::load_fasta #' @importFrom ape read.FASTA as.DNAbin -#' @export -load_fasta <- function(msa, keep.singletons = FALSE) { +load_fasta <- function(msa, keep_singletons = FALSE, output_numbers = TRUE) { # Check inputs if (is(msa, "character")) { @@ -28,7 +29,9 @@ load_fasta <- function(msa, keep.singletons = FALSE) { } else { stop("incorrect input for msa!") } - if (!is.logical(keep.singletons)) stop("Invalid keep.singletons! Must be on of TRUE/FALSE.") + if (!is.logical(keep_singletons)) { + stop("Invalid keep_singletons! Must be one of TRUE/FALSE.") + } # Load sequences using ape. This does a lot of the checking for us. seq_names <- labels(seqs) @@ -46,8 +49,8 @@ load_fasta <- function(msa, keep.singletons = FALSE) { conserved <- colSums(t(t(seqs) == seqs[1, ])) == nrow(seqs) seqs <- seqs[, !conserved] - if (!keep.singletons) { - # remove singletons as they are uninformative in the algorithm + if (!keep_singletons) { + # remove_singletons as they are uninformative in the algorithm is_singleton <- apply(seqs, 2, function(x) { tab <- table(x) return(x %in% names(tab)[tab == 1]) @@ -58,5 +61,11 @@ load_fasta <- function(msa, keep.singletons = FALSE) { # Convert gaps and unknowns to same symbol seqs[seqs == "n"] <- "-" + # Replace letters with numbers, dashes with zeros + if (output_numbers) { + seqs <- matrix(match(seqs, c("a", "c", "g", "t")), nrow(seqs)) + seqs[is.na(seqs)] <- 0 + } + return(seqs) } diff --git a/R/logml2String.R b/R/logml2String.R index f1ce392..bc47ce4 100644 --- a/R/logml2String.R +++ b/R/logml2String.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @description Returns a string representation of a logml #' @param logml input Logml #' @return String version of logml -#' @export logml2String <- function(logml) { # Palauttaa logml:n string-esityksen. mjono <- " " diff --git a/R/lueGenePopData.R b/R/lueGenePopData.R index e85cd8a..0f7f87d 100644 --- a/R/lueGenePopData.R +++ b/R/lueGenePopData.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @description Reads GenePop-formatted data #' @param tiedostonNimi Name of the file #' @return list containing data and popnames -#' @export lueGenePopData <- function(tiedostonNimi) { fid <- readLines(tiedostonNimi) line <- fid[1] # ensimmäinen rivi diff --git a/R/lueGenePopDataPop.R b/R/lueGenePopDataPop.R index e906853..73f2c7e 100644 --- a/R/lueGenePopDataPop.R +++ b/R/lueGenePopDataPop.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' group. popnames are as before. #' @param tiedostonNimi Name of the file #' @return List containing data and popnames -#' @export lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) { # Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän. # popnames on kuten ennenkin. diff --git a/R/lueNimi.R b/R/lueNimi.R index 0154ddc..614c1f7 100644 --- a/R/lueNimi.R +++ b/R/lueNimi.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @description Returns the part of the line from the beginning that is before the comma. Useful for returning the name of a GenePop area #' @param line line #' @return nimi -#' @export lueNimi <- function(line) { # ========================================================================== # Validation diff --git a/R/noIndex.R b/R/noIndex.R index 3159238..82cce38 100644 --- a/R/noIndex.R +++ b/R/noIndex.R @@ -5,7 +5,6 @@ #' @return puredata: a data contains no index column. #' @param data data #' @param noalle noalle -#' @export noIndex <- function(data, noalle) { limit <- ifelse(is(noalle, "matrix"), ncol(noalle), length(noalle)) if (size(data, 2) == limit + 1) { diff --git a/R/ownNum2Str.R b/R/ownNum2Str.R index df7ac1e..3897c48 100644 --- a/R/ownNum2Str.R +++ b/R/ownNum2Str.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @description Converts numbers to strings #' @param number number #' @note On Matlab, if number is NaN the output is 'NaN'. Here, the output will be an error. Also, the function belo expects "number" to have length one, whereas Matlab accepts vectors. -#' @export ownNum2Str <- function(number) { absolute <- abs(number) if (absolute < 1000) { diff --git a/R/poistaLiianPienet.R b/R/poistaLiianPienet.R index a07c700..a063cdc 100644 --- a/R/poistaLiianPienet.R +++ b/R/poistaLiianPienet.R @@ -5,7 +5,6 @@ #' @param npops npops #' @param rowsFromInd rowsFromInd #' @param alaraja alaraja -#' @export poistaLiianPienet <- function(npops, rowsFromInd, alaraja) { popSize <- zeros(1, npops) if (npops > 0) { diff --git a/R/poistaTyhjatPopulaatiot.R b/R/poistaTyhjatPopulaatiot.R index c1974f6..0635e9a 100644 --- a/R/poistaTyhjatPopulaatiot.R +++ b/R/poistaTyhjatPopulaatiot.R @@ -1,13 +1,13 @@ poistaTyhjatPopulaatiot <- function(npops) { # % Poistaa tyhjentyneet populaatiot COUNTS:ista ja # % SUMCOUNTS:ista. P�ivitt�� npops:in ja PARTITION:in. - notEmpty <- matlab2r::find(any(SUMCOUNTS, 2)) + notEmpty <- matlab2r::find(apply(SUMCOUNTS, 1, function(x) any(x > 0))) COUNTS <- COUNTS[, , notEmpty] SUMCOUNTS <- SUMCOUNTS[notEmpty, ] LOGDIFF <- LOGDIFF[, notEmpty] for (n in 1:length(notEmpty)) { - apu <- matlab2r::find(PARTITION == notEmpty(n)) + apu <- matlab2r::find(PARTITION == notEmpty[n]) PARTITION[apu] <- n } npops <- length(notEmpty) diff --git a/R/proportion2str.R b/R/proportion2str.R index bac1ed4..207a97b 100644 --- a/R/proportion2str.R +++ b/R/proportion2str.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' @return a 4-mark presentation of proportion #' @note The `round` function in R, being ISO-compliant, rounds 8.5 to 8. The #' Matlab equivalent rounds it to 9. -#' @export proportion2str <- function(prob) { if (abs(prob) < 1e-3) { str <- "0.00" diff --git a/R/randdir.R b/R/randdir.R index 19eceae..7ee626d 100644 --- a/R/randdir.R +++ b/R/randdir.R @@ -1,10 +1,9 @@ #' @title Generates random numbers #' @return vector of length `nc` with r.v. realizations from Gamma(rate=1) -#' @examples randdir(matrix(c(10, 30, 60), 3), 3) +#' @examples rBAPS:::randdir(matrix(c(10, 30, 60), 3), 3) #' @param counts shape parameter #' @param nc number of rows on output #' @seealso randga -#' @export randdir <- function(counts, nc) { svar <- zeros(nc, 1) for (i in 1:nc) { diff --git a/R/rivinSisaltamienMjonojenLkm.R b/R/rivinSisaltamienMjonojenLkm.R index 88b4248..8023162 100644 --- a/R/rivinSisaltamienMjonojenLkm.R +++ b/R/rivinSisaltamienMjonojenLkm.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @param line line number #' @return count #' @description Returns the number of queues contained in the line. There must be a space between the queues. -#' @export rivinSisaltamienMjonojenLkm <- function(line) { # Palauttaa line:n sis�lt�mien mjonojen lukum��r�n. # Mjonojen v�liss?t�ytyy olla v�lily�nti. diff --git a/R/selvitaDigitFormat.R b/R/selvitaDigitFormat.R index ac179f1..4f82e0d 100644 --- a/R/selvitaDigitFormat.R +++ b/R/selvitaDigitFormat.R @@ -1,7 +1,6 @@ #' @title Find out the Digit Format #' @param line the first line after the "pop" word from data in Genepop format. # @note Function clarified based on the line format whether the alleles of the data are given using 2 or 3 numbers. #' @return df -#' @export selvitaDigitFormat <- function(line) { # line on ensimm�inen pop-sanan j�lkeinen rivi # Genepop-formaatissa olevasta datasta. funktio selvitt�� diff --git a/R/simulateAllFreqs.R b/R/simulateAllFreqs.R index 7d2e138..6e518f2 100644 --- a/R/simulateAllFreqs.R +++ b/R/simulateAllFreqs.R @@ -2,8 +2,6 @@ #' @description Lisää jokaista alleelia joka populaation joka lokukseen j1/noalle(j) verran. Näin saatuja counts:eja vastaavista Dirichlet-jakaumista simuloidaan arvot populaatioiden alleelifrekvensseille. #' Add each allele to each locus in each population by j 1 / noalle(j). The Dirichlet distributions corresponding to the counts thus obtained simulate values for the allele frequencies of the populations. #' @param noalle noalle -#' @export - simulateAllFreqs <- function(noalle) { if (isGlobalEmpty(COUNTS)) { max_noalle <- 0 diff --git a/R/simulateIndividuals.R b/R/simulateIndividuals.R index a630ac1..779ba3c 100644 --- a/R/simulateIndividuals.R +++ b/R/simulateIndividuals.R @@ -6,8 +6,6 @@ #' @param allfreqs allfreqs #' @param pop pop #' @param missing_level missing_level -#' @export - simulateIndividuals <- function(n, rowsFromInd, allfreqs, pop, missing_level) { nloci <- size(allfreqs, 2) diff --git a/R/simuloiAlleeli.R b/R/simuloiAlleeli.R index 0ec5c02..21582b1 100644 --- a/R/simuloiAlleeli.R +++ b/R/simuloiAlleeli.R @@ -5,8 +5,6 @@ #' @param allfreqs allfreqa #' @param pop pop #' @param loc loc -#' @export - simuloiAlleeli <- function(allfreqs, pop, loc) { if (length(dim(allfreqs)) == 0) { freqs <- 1 diff --git a/R/suoritaMuutos.R b/R/suoritaMuutos.R index f45a397..09368ef 100644 --- a/R/suoritaMuutos.R +++ b/R/suoritaMuutos.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' @param osuusTaulu Percentage table? #' @param osuus percentage? #' @param indeksi index -#' @export suoritaMuutos <- function(osuusTaulu, osuus, indeksi) { if (isGlobalEmpty(COUNTS)) { npops <- 1 diff --git a/R/takeLine.R b/R/takeLine.R index 8208eaf..1105e6a 100644 --- a/R/takeLine.R +++ b/R/takeLine.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' @param description description #' @param width width #' @return newline -#' @export takeLine <- function(description, width) { # Returns one line from the description: line ends to the first # space after width:th mark. diff --git a/R/testaaKoordinaatit.R b/R/testaaKoordinaatit.R index d56cd6e..1c87852 100644 --- a/R/testaaKoordinaatit.R +++ b/R/testaaKoordinaatit.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' @param coordinates coordinates #' @param interactive prompt user for relevant questions during execution #' @return a list of defectives ("viallinen") and coordinates -#' @export testaaKoordinaatit <- function(ninds, coordinates, interactive = TRUE) { # Testaa onko koordinaatit kunnollisia. # modified by Lu Cheng, 05.12.2012 diff --git a/R/testaaOnkoKunnollinenBapsData.R b/R/testaaOnkoKunnollinenBapsData.R index 5296dcb..83633c4 100644 --- a/R/testaaOnkoKunnollinenBapsData.R +++ b/R/testaaOnkoKunnollinenBapsData.R @@ -2,7 +2,6 @@ #' @description Test if loaded BAPS data is proper #' @param data dataset #' @return ninds -#' @export testaaOnkoKunnollinenBapsData <- function(data) { # Tarkastaa onko viimeisess?sarakkeessa kaikki # luvut 1,2,...,n johonkin n:��n asti. diff --git a/R/testaaPop.R b/R/testaaPop.R index 91f9a82..5e709af 100644 --- a/R/testaaPop.R +++ b/R/testaaPop.R @@ -3,7 +3,6 @@ #' @param rivi Line #' @return pal = 1 if the line starts with one of the following # letter combinations: Pop, pop, POP. In all others cases, pal = 0 -#' @export testaaPop <- function(rivi) { # pal=1, mik�li rivi alkaa jollain seuraavista # kirjainyhdistelmist? Pop, pop, POP. Kaikissa muissa diff --git a/R/writeMixtureInfo.R b/R/writeMixtureInfo.R index 4c5d553..54e4556 100644 --- a/R/writeMixtureInfo.R +++ b/R/writeMixtureInfo.R @@ -10,7 +10,6 @@ #' @param partitionSummary partitionSummary #' @param popnames popnames #' @param fixedK fixedK -#' @export writeMixtureInfo <- function( logml, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, outPutFile, inputFile, partitionSummary, popnames, fixedK @@ -27,17 +26,18 @@ writeMixtureInfo <- function( fid <- load(outPutFile) } else { fid <- -1 - # TODO: replace sink with option that will record input and output - sink("baps4_output.baps", split = TRUE) # save in text anyway. + outPutFile <- file.path(tempdir(), "baps4_output.baps") + message("Output saved to", outPutFile) + sink(outPutFile, split = TRUE) # save in text anyway. } dispLine() - cat("RESULTS OF INDIVIDUAL LEVEL MIXTURE ANALYSIS:") - cat(c("Data file: ", inputFile)) - cat("Model: independent") - cat(c("Number of clustered individuals: ", ownNum2Str(ninds))) - cat(c("Number of groups in optimal partition: ", ownNum2Str(npops))) - cat(c("Log(marginal likelihood) of optimal partition: ", ownNum2Str(logml))) + cat("RESULTS OF INDIVIDUAL LEVEL MIXTURE ANALYSIS:\n") + cat("Data file: ", inputFile, "\n") + cat("Model: independent\n") + cat("Number of clustered individuals: ", ownNum2Str(ninds), "\n") + cat("Number of groups in optimal partition: ", ownNum2Str(npops), "\n") + cat("Log(marginal likelihood) of optimal partition: ", ownNum2Str(logml), "\n") cat(" ") if (fid != -1) { append(fid, "RESULTS OF INDIVIDUAL LEVEL MIXTURE ANALYSIS:\n") @@ -88,10 +88,10 @@ writeMixtureInfo <- function( "Cluster ", as.character(m), ": {", as.character(indsInM[1]) ) for (k in 2:cluster_size) { - text <- c(text, ", ", as.character(indsInM[k])) + text <- c(text, ",", as.character(indsInM[k])) } } - text <- c(text, "}") + text <- c(text, "}\n") while (length(text) > 58) { # Take one line and display it. new_line <- takeLine(text, 58) @@ -107,7 +107,7 @@ writeMixtureInfo <- function( text <- "" } } - if (text != "") { + if (any(text != "")) { cat(text) if (fid != -1) { append(fid, text) @@ -117,11 +117,11 @@ writeMixtureInfo <- function( } if (npops > 1) { - cat(" ") - cat(" ") + cat("\n") + cat("\n") cat( "Changes in log(marginal likelihood)", - " if indvidual i is moved to group j:" + " if indvidual i is moved to group j:\n" ) if (fid != -1) { append(fid, " ") @@ -132,7 +132,7 @@ writeMixtureInfo <- function( fid, c( "Changes in log(marginal likelihood)", - "if indvidual i is moved to group j:" + "if indvidual i is moved to group j:\n" ) ) append(fid, "\n") @@ -168,9 +168,9 @@ writeMixtureInfo <- function( if (names) { nimi <- as.character(popnames[ind]) - rivi <- c(blanks(maxSize - length(nimi)), nimi, ":") + rivi <- c(blanks(maxSize - length(nimi)), nimi, ":\n") } else { - rivi <- c(blanks(4 - floor(log10(ind))), ownNum2Str(ind), ":") + rivi <- c("\n", blanks(4 - floor(log10(ind))), ownNum2Str(ind), ":\n") } for (j in 1:npops) { rivi <- c(rivi, " ", logml2String(omaRound(muutokset[j]))) @@ -182,9 +182,9 @@ writeMixtureInfo <- function( } } - cat(" ") - cat(" ") - cat("KL-divergence matrix in PHYLIP format:") + cat("\n") + cat("\n") + cat("KL-divergence matrix in PHYLIP format:\n") dist_mat <- zeros(npops, npops) if (fid != -1) { @@ -194,6 +194,7 @@ writeMixtureInfo <- function( append(fid, "\n") } + COUNTS <- COUNTS[seq_len(nrow(adjprior)), seq_len(ncol(adjprior)), , drop = FALSE] maxnoalle <- size(COUNTS, 1) nloci <- size(COUNTS, 2) d <- zeros(maxnoalle, nloci, npops) @@ -205,8 +206,8 @@ writeMixtureInfo <- function( prior[1, nollia] <- 1 for (pop1 in 1:npops) { - d[, , pop1] <- (squeeze(COUNTS[, , pop1]) + prior) / - repmat(sum(squeeze(COUNTS[, , pop1]) + prior), c(maxnoalle, 1)) + squeezed_COUNTS_prior <- squeeze(COUNTS[, , pop1]) + prior + d[, , pop1] <- squeezed_COUNTS_prior / sum(squeezed_COUNTS_prior) } ekarivi <- as.character(npops) cat(ekarivi) @@ -216,14 +217,14 @@ writeMixtureInfo <- function( } for (pop1 in 1:npops) { - for (pop2 in 1:(pop1 - 1)) { + for (pop2 in seq_len(pop1 - 1)) { dist1 <- d[, , pop1] dist2 <- d[, , pop2] div12 <- sum( - sum(dist1 * log2((dist1 + 10^-10) / (dist2 + 10^-10))) + sum(dist1 * base::log2((dist1 + 10^-10) / (dist2 + 10^-10))) ) / nloci div21 <- sum( - sum(dist2 * log2((dist2 + 10^-10) / (dist1 + 10^-10))) + sum(dist2 * base::log2((dist2 + 10^-10) / (dist1 + 10^-10))) ) / nloci div <- (div12 + div21) / 2 dist_mat[pop1, pop2] <- div @@ -233,9 +234,9 @@ writeMixtureInfo <- function( dist_mat <- dist_mat + t(dist_mat) # make it symmetric for (pop1 in 1:npops) { - rivi <- c("Cluster_", as.character(pop1), " ") + rivi <- c("\nCluster_", as.character(pop1), "\n") for (pop2 in 1:npops) { - rivi <- c(rivi, kldiv2str(dist_mat[pop1, pop2]), " ") + rivi <- c(rivi, kldiv2str(dist_mat[pop1, pop2])) } cat(rivi) if (fid != -1) { @@ -245,11 +246,11 @@ writeMixtureInfo <- function( } } - cat(" ") - cat(" ") + cat("\n") + cat("\n") cat( "List of sizes of 10 best visited partitions", - "and corresponding log(ml) values" + "and corresponding log(ml) values\n" ) if (fid != -1) { @@ -279,7 +280,7 @@ writeMixtureInfo <- function( line <- c( as.character(partitionSummary[part, 1]), " ", - as.character(partitionSummary(part, 2)) + as.character(partitionSummary[part, 2]) ) cat(line) if (fid != -1) { @@ -289,9 +290,9 @@ writeMixtureInfo <- function( } if (!fixedK) { - cat(" ") - cat(" ") - cat("Probabilities for number of clusters") + cat("\n") + cat("\n") + cat("Probabilities for number of clusters\n") if (fid != -1) { append(fid, " ") @@ -323,7 +324,7 @@ writeMixtureInfo <- function( line <- c( as.character(npopsTaulu[i]), " ", as.character(probs[i]) ) - cat(line) + cat(line, "\n") if (fid != -1) { append(fid, line) append(fid, "\n") @@ -331,5 +332,9 @@ writeMixtureInfo <- function( } } } + # Closing sink(s) + while (sink.number() > 0L) { + sink() + } return(changesInLogml) } diff --git a/R/writeMixtureInfoPop.R b/R/writeMixtureInfoPop.R index 3bade59..41ffe8e 100644 --- a/R/writeMixtureInfoPop.R +++ b/R/writeMixtureInfoPop.R @@ -10,7 +10,6 @@ #' @param partitionSummary partitionSummary #' @param popnames popnames #' @param fixedK fixedK -#' @export writeMixtureInfoPop <- function(logml, rows, data, adjprior, priorTerm, outPutFile, inputFile, partitionSummary, popnames, fixedK) { diff --git a/inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt b/inst/extdata/BAPS_format_clustering_diploid.txt similarity index 97% rename from inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt rename to inst/extdata/BAPS_format_clustering_diploid.txt index c4b064e..1bf943e 100644 --- a/inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt +++ b/inst/extdata/BAPS_format_clustering_diploid.txt @@ -1,10 +1,10 @@ --9 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1 --9 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1 -88 104 56 84 102 -9 120 90 88 100 2 -86 102 56 80 102 -9 116 90 86 100 2 -88 102 54 80 102 90 116 92 -9 100 3 -88 102 56 80 100 90 118 90 -9 104 3 -80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 4 -88 104 56 84 102 92 120 90 88 100 4 -86 102 56 80 -9 90 116 90 86 100 5 -88 102 54 80 -9 90 116 92 86 100 5 +-9 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1 +-9 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1 +88 104 56 84 102 -9 120 90 88 100 2 +86 102 56 80 102 -9 116 90 86 100 2 +88 102 54 80 102 90 116 92 -9 100 3 +88 102 56 80 100 90 118 90 -9 104 3 +80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 4 +88 104 56 84 102 92 120 90 88 100 4 +86 102 56 80 -9 90 116 90 86 100 5 +88 102 54 80 -9 90 116 92 86 100 5 diff --git a/inst/ext/FASTA_clustering_haploid.fasta b/inst/extdata/FASTA_clustering_haploid.fasta similarity index 96% rename from inst/ext/FASTA_clustering_haploid.fasta rename to inst/extdata/FASTA_clustering_haploid.fasta index 9501482..3f877e7 100644 --- a/inst/ext/FASTA_clustering_haploid.fasta +++ b/inst/extdata/FASTA_clustering_haploid.fasta @@ -1,20 +1,20 @@ ->1 -AACGAAACGATCGCGTCACCGGAACGTTGTCCGTCTCGAATAGCACTGTGGGAACGTGTTTTACATTCGT -TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT - ->2 -ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG -AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG - ->3 -GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT -GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG - ->4 -ACCTGGACCTCTGTATTAACGGCTGTGATTCTGAGGGGGGTATCGCAGCGCACTTTCTAGCTATATCACG -CAAGGATAAAGTTCACCCATCACGTTGACC - ->5 -ACAATACGTCATCCACACCGCGCCTATGGAAGAATTTGCCCTTTCGGCGACAGCCCATGCTGTCAAGGAG -GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA - +>1 +AACGAAACGATCGCGTCACCGGAACGTTGTCCGTCTCGAATAGCACTGTGGGAACGTGTTTTACATTCGT +TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT + +>2 +ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG +AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG + +>3 +GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT +GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG + +>4 +ACCTGGACCTCTGTATTAACGGCTGTGATTCTGAGGGGGGTATCGCAGCGCACTTTCTAGCTATATCACG +CAAGGATAAAGTTCACCCATCACGTTGACC + +>5 +ACAATACGTCATCCACACCGCGCCTATGGAAGAATTTGCCCTTTCGGCGACAGCCCATGCTGTCAAGGAG +GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA + diff --git a/inst/ext/bam_example.bam b/inst/extdata/bam_example.bam similarity index 100% rename from inst/ext/bam_example.bam rename to inst/extdata/bam_example.bam diff --git a/inst/ext/sam_example.sam b/inst/extdata/sam_example.sam similarity index 100% rename from inst/ext/sam_example.sam rename to inst/extdata/sam_example.sam diff --git a/inst/ext/seqs.fa b/inst/extdata/seqs.fa similarity index 98% rename from inst/ext/seqs.fa rename to inst/extdata/seqs.fa index d27a8b7..fe5dc84 100644 --- a/inst/ext/seqs.fa +++ b/inst/extdata/seqs.fa @@ -1,22145 +1,22145 @@ ->1 -GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA -AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC -AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA -TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT -TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT -CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG -CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG -AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT -ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA -GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG -GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA -AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC -TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC -TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT -TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT -ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG -GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC -AGTAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT -TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA -TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA -CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC -TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG -GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA -TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC -GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT -TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG -TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA -TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA -TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG -TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC -GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGCTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG -TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG -TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG -GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA -AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT -ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA -AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA -TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC -AGAAGTTGTTTCTCCAGCTGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC -ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT -CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA - ->2 -GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA -AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC -AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA -TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT -TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT -CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG -CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG -AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT -ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA -GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG -GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA -AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC -TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC -TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT -TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT -ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG -GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC -AGCAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT -TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA -TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA -CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC -TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG -GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA -TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC -GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT -TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG -TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA -TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA -TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG -TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC -GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGTTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG -TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG -TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG -GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA -AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT -ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA -AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA -TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC -AGAAGTTGTTTCTCCAGCTGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC -ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT -CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA - ->3 -GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA -AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC -AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA -TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGACCACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT -TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT -CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG -CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG -AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT -ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA -GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG -GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA -AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC -TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC -TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT -TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT -ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG -GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC 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b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt @@ -1,108 +1,108 @@ -Baseline data for trained clustering -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 -POP -Area1_1, 1717 1111 0000 0404 0505 0606 0707 1212 0707 1212 -Area1_2, 0909 1010 0505 0404 0505 1010 0707 1111 0707 1212 -Area1_3, 0000 1010 1414 0404 0505 0606 1111 1212 0707 1212 -Area1_4, 1111 1010 1515 0404 0101 0606 1313 1111 0707 0808 -Area1_5, 0101 1010 1212 0404 0505 0606 0909 1212 0707 1212 -Area1_6, 1111 1010 1414 0404 0505 0606 1111 1212 0707 1010 -Area1_7, 1515 1010 0707 0404 0505 0606 0707 1212 0707 1212 -Area1_8, 1515 1212 0606 0404 0505 0606 1616 1212 0707 1010 -Area1_9, 0909 1010 1010 0404 0505 0606 1919 1212 0707 1010 -Area1_10, 0000 0000 0000 0404 0505 0606 1111 1010 0707 0000 -Area1_11, 0000 0000 0000 0404 0505 0505 1919 1212 0404 1111 -Area1_12, 1515 1010 0606 0404 0505 0606 1616 1212 0202 1212 -Area1_13, 1515 1010 1515 0404 0505 0606 0707 0606 0707 1212 -Area1_14, 0505 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a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt similarity index 98% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt index 185807b..6f9b587 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt @@ -1,16 +1,16 @@ -CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1 -GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1 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-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC ->RecA-3 -CTAACGC--GAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC ->RecA-4 -CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-1 +CTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-2 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-3 +CTAACGC--GAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-4 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt similarity index 100% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt similarity index 66% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt index 3a0dcd0..121dc21 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt @@ -1,10 +1,10 @@ -1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 +1 +1 +2 +2 +2 +2 +2 +3 +3 +3 diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt similarity index 97% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt index 410b2cc..8f4515f 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt @@ -1,5 +1,5 @@ -ST Isolate Species Adk GyrB Hsp60 Mdh Pgi RecA -1 1A1 My. splendidone 1 1 1 1 1 1 -2 1B1 A. dent 2 2 2 2 2 2 -3 1B2 A. dent 3 3 3 3 3 3 -4 1A5 D. gently 4 4 4 4 4 4 +ST Isolate Species Adk GyrB Hsp60 Mdh Pgi RecA +1 1A1 My. splendidone 1 1 1 1 1 1 +2 1B1 A. dent 2 2 2 2 2 2 +3 1B2 A. dent 3 3 3 3 3 3 +4 1A5 D. gently 4 4 4 4 4 4 diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa similarity index 98% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa index d27a8b7..fe5dc84 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa @@ -1,22145 +1,22145 @@ ->1 -GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA -AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC -AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA -TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT -TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT -CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG -CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG -AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT -ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA -GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG -GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA -AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC -TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC 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formatted data.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population index file to be used with BAPS formatted data.txt index 54bb89a..403ec31 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of sample population index file to be used with BAPS formatted data.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population index file to be used with BAPS formatted data.txt @@ -1,3 +1,3 @@ -1 -3 -5 +1 +3 +5 diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt similarity index 96% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt index 4fac7c3..50ad08f 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt @@ -1,3 +1,3 @@ -Example population 1 -Example population 2 +Example population 1 +Example population 2 Example population 3 \ No newline at end of file diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt similarity index 97% rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt index c6bf197..4510614 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt @@ -1,25 +1,25 @@ -Sample data for trained clustering -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 -POP -AreaUnknown_11, 1717 1010 1717 0404 0505 0606 0808 1010 0707 1212 -AreaUnknown_12, 1515 1212 1414 0404 0505 0606 1919 1010 0707 1414 -AreaUnknown_13, 1717 0303 1515 0404 0505 0606 1414 1010 0707 1212 -POP -AreaUnknown_24, 1311 1205 1212 0302 0505 0606 1313 1005 0707 1107 -AreaUnknown_25, 1306 0707 1212 0505 0603 0808 1109 1003 0000 0806 -POP -AreaUnknown_36, 0909 0606 1212 0404 0606 0808 1717 1001 0909 1308 -POP -AreaUnknown_47, 1507 1208 1212 0404 0202 0101 1915 1510 0202 0705 -AreaUnknown_48, 1507 1313 1212 0202 0202 0101 1414 1510 0202 0704 -AreaUnknown_49, 0907 0907 1212 0404 0202 0101 1908 0000 0202 1507 -AreaUnknown_410, 1109 1918 1512 0505 0505 0000 1605 0706 0707 0505 +Sample data for trained clustering +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7 +8 +9 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GENEPOP format for Trained clustering.txt rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt index 8ecdc0d..d3c9d52 100644 --- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt +++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt @@ -1,31 +1,31 @@ -Sample data for trained clustering -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 -POP -AreaUnknown1, 1717 1010 1717 0404 0505 0606 0808 1010 0707 1212 -POP -AreaUnknown2, 1515 1212 1414 0404 0505 0606 1919 1010 0707 1414 -POP -AreaUnknown3, 1717 0303 1515 0404 0505 0606 1414 1010 0707 1212 -POP -AreaUnknown4, 1311 1205 1212 0302 0505 0606 1313 1005 0707 1107 -POP -AreaUnknown5, 1306 0707 1212 0505 0603 0808 1109 1003 0000 0806 -POP -AreaUnknown6, 0909 0606 1212 0404 0606 0808 1717 1001 0909 1308 -POP -AreaUnknown7, 1507 1208 1212 0404 0202 0101 1915 1510 0202 0705 -POP -AreaUnknown8, 1507 1313 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1413 +Area2_2, 1511 0707 1209 0404 0602 0808 1111 1004 0902 1310 +Area2_3, 1711 0000 1412 0402 0000 0000 1913 1002 0000 1313 +Area2_4, 1715 1515 1412 0404 0505 0604 1313 1010 1007 1309 +Area2_5, 1515 1515 1412 0404 0505 0606 1515 1111 0707 0908 +Area2_6, 1309 0000 1212 0404 0603 0802 1311 1204 0903 1309 +Area2_7, 1313 0505 1212 0404 0606 0808 1616 1414 0909 1206 +Area2_8, 1307 0707 1212 0404 0606 0808 1313 1004 0909 1313 +Area2_9, 0000 1212 1209 0404 0505 0606 0000 1106 0707 1208 +Area2_10, 1307 0000 1212 0404 0606 0806 1313 1005 0909 1111 +Area2_11, 0000 0707 1409 0505 0606 0808 1616 1110 0909 1309 +Area2_12, 1807 0000 1212 0505 0606 0000 0909 0401 0909 1309 +Area2_13, 1511 1212 1212 0404 0505 0604 1313 1110 0707 1210 +Area2_14, 1111 1515 1412 0505 0606 0808 1414 1004 0909 1313 +Area2_15, 1817 0707 1212 0505 0707 0909 1111 1004 0909 1313 +Area2_16, 1913 1511 1212 0404 0606 0000 0909 1212 0909 1313 +Area2_17, 1515 0000 0000 0000 0505 1006 1313 1005 0707 1212 +Area2_18, 0707 0606 1408 0404 0202 0101 1313 1615 0202 1307 +Area2_19, 0707 1309 0909 0502 0202 0101 2009 1510 0202 0704 +POP +Area3_1, 1507 0706 1212 0202 0202 0000 0905 1409 0202 0707 +Area3_2, 1507 1313 1212 0202 0202 0101 1613 1510 0202 0807 +Area3_3, 1313 1414 1212 0404 0202 0101 1909 1510 0202 0704 +Area3_4, 1515 0909 1212 0502 0202 0101 1409 1210 0202 0807 +Area3_5, 1515 0808 1212 0502 0202 0101 1111 1510 0202 1007 +Area3_6, 1306 0909 1212 0202 0202 0101 0807 1512 0202 0707 +Area3_7, 0000 1009 1212 0404 0202 0101 1109 0702 0202 0808 +Area3_8, 1507 0606 1212 0404 0202 0101 1908 1409 0202 0707 +Area3_9, 1515 0606 1212 0202 0202 0101 0909 1510 0202 1207 +Area3_10, 1307 1010 1412 0202 0202 0101 1709 1615 0202 1207 +Area3_11, 1307 1005 1212 0404 0202 0101 1709 1510 0202 0703 +Area3_12, 1109 0902 1212 0404 0202 0101 0909 1002 0202 1207 +Area3_13, 1307 0606 1412 0404 0202 0101 0807 1515 0202 1207 +Area3_14, 1717 1407 1212 0404 0202 0101 1107 1409 0202 0805 +Area3_15, 1307 1007 1412 0404 0505 0101 0909 0000 0202 0807 +Area3_16, 1811 0000 1212 0404 0505 0000 1515 0707 0000 1212 +Area3_17, 1907 1414 1512 0402 0705 0000 0000 0000 0909 1212 +POP +Area4_1, 1311 2019 1212 0404 0505 0000 1919 0707 0707 1109 +Area4_2, 1309 2018 1512 0404 0505 0000 1919 0808 0707 1111 +Area4_3, 1509 2118 1212 0404 0505 0000 1515 0707 0707 1107 +Area4_4, 1715 2221 1512 0404 0505 0000 1919 0707 0707 1111 +Area4_5, 1515 2121 1512 0404 0505 0000 1515 0707 0606 0707 +Area4_6, 1717 2222 1512 0404 0505 0000 1913 0707 0707 0907 +Area4_7, 1715 2221 1512 0404 0505 0000 1313 0707 0606 1111 +Area4_8, 1813 2320 1512 0404 0505 0000 1515 0707 0707 1107 +Area4_9, 1311 2019 1512 0404 0505 0000 1515 0707 0707 1111 +Area4_10, 1311 2019 1512 0000 0505 0000 1313 0707 0707 0909 +Area4_11, 1111 2625 0000 0000 0505 0606 0707 0903 0505 0505 +Area4_12, 0907 2724 0000 0404 0505 0605 1914 1105 0505 0707 +Area4_13, 1511 1610 1212 0404 0505 0605 1513 1105 1107 0704 +Area4_14, 1513 0404 1111 0404 0505 0606 1515 1111 1207 1107 +Area4_15, 1311 1616 1212 0404 0505 0606 1313 1111 0707 1107 +Area4_16, 1109 0606 1212 0404 0000 0000 1515 0902 0807 0505 +Area4_17, 1107 1004 1506 0404 0505 0606 1515 1212 0707 1108 +Area4_18, 1107 0904 1512 0404 0505 0606 1913 1105 1107 1107 +Area4_19, 1109 1313 1212 0404 0505 0606 1915 1111 1007 1107 +Area4_20, 1711 1604 1212 0404 0505 0606 1915 1212 1107 1007 +Area4_21, 1111 0606 1515 0404 0505 0606 1707 1009 0807 0502 +Area4_22, 1311 0603 1512 0404 0505 0606 1714 0707 0807 0501 +POP +Area5_1, 0711 1212 1513 0202 0707 0808 1408 0000 0909 1210 +Area5_2, 1118 0101 1212 0202 0803 0901 0808 0000 1101 1211 +Area5_3, 1518 0000 1512 0404 0707 0806 0909 0000 0909 1212 +Area5_4, 1309 0000 1512 0202 0606 0707 1508 0000 0808 1204 +Area5_5, 0718 0000 1512 0402 0707 0806 0707 0000 0909 1208 +Area5_6, 1818 1414 1212 0404 0707 0000 1916 0000 0909 1208 +Area5_7, 1318 1313 1212 0404 0606 0000 1908 0000 0808 1008 +Area5_8, 1818 0000 1212 0404 0000 0806 1616 0000 0808 1212 diff --git a/inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam b/inst/testdata/datasets-for-future-releases/example_drosophila.Aligned.out.sam similarity index 100% rename from inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam rename to inst/testdata/datasets-for-future-releases/example_drosophila.Aligned.out.sam diff --git a/man/greedyMix.Rd b/man/greedyMix.Rd index eb5eabf..b3e4d2b 100644 --- a/man/greedyMix.Rd +++ b/man/greedyMix.Rd @@ -4,18 +4,56 @@ \alias{greedyMix} \title{Clustering of individuals} \usage{ -greedyMix(data, format, verbose = TRUE) +greedyMix( + data, + format, + partitionCompare = NULL, + ninds = 1L, + npops = 1L, + counts = NULL, + sumcounts = NULL, + max_iter = 100L, + alleleCodes = NULL, + inp = NULL, + popnames = NULL, + fixedK = FALSE, + verbose = FALSE +) } \arguments{ \item{data}{data file} \item{format}{Data format. Format supported: "FASTA", "VCF" ,"BAM", "GenePop"} +\item{partitionCompare}{a list of partitions to compare} + +\item{ninds}{number of individuals} + +\item{npops}{number of populations} + +\item{counts}{counts} + +\item{sumcounts}{sumcounts} + +\item{max_iter}{maximum number of iterations} + +\item{alleleCodes}{allele codes} + +\item{inp}{input file} + +\item{popnames}{population names} + +\item{fixedK}{if \code{TRUE}, the number of populations is fixed} + \item{verbose}{if \code{TRUE}, prints extra output information} } \description{ Clustering of individuals } +\examples{ +data <- system.file("extdata", "FASTA_clustering_haploid.fasta", package = "rBAPS") +greedyMix(data, "fasta") +} \references{ Samtools: a suite of programs for interacting with high-throughput sequencing data. diff --git a/man/handleData.Rd b/man/handleData.Rd index 527cc32..4a20a8c 100644 --- a/man/handleData.Rd +++ b/man/handleData.Rd @@ -4,10 +4,12 @@ \alias{handleData} \title{Handle Data} \usage{ -handleData(raw_data) +handleData(raw_data, format = "Genepop") } \arguments{ -\item{raw_data}{Raw data} +\item{raw_data}{Raw data in Genepop or BAPS format} + +\item{format}{data format} } \description{ Handle Data @@ -20,5 +22,5 @@ After this function. Add blank lines for individuals with fewer rows as maximum. If the code of an allele is = 0, the function changes that allele code to the smallest code that is larger than any code in use. After this, the function changes the allele codes so that one locus j -codes get values between? 1, ..., Noah (j). +codes get values between? 1, ..., noalle(j). } diff --git a/man/importFile.Rd b/man/importFile.Rd new file mode 100644 index 0000000..9adb584 --- /dev/null +++ b/man/importFile.Rd @@ -0,0 +1,26 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/importFile.R +\name{importFile} +\alias{importFile} +\title{Import data file} +\usage{ +importFile(data, format, verbose) +} +\arguments{ +\item{data}{raw dataset} + +\item{format}{data format (guesses from extension if not provided)} + +\item{verbose}{if \code{TRUE}, prints extra output information} +} +\value{ +The data in a format that can be used by the other functions +} +\description{ +Imports data from several formats (FASTA, VCF, SAM, BAM, +Genepop). +} +\examples{ +path_inst <- system.file("extdata", "", package = "rBAPS") +importFile(file.path(path_inst, "FASTA_clustering_haploid.fasta")) +} diff --git a/man/load_fasta.Rd b/man/load_fasta.Rd index 3a0c455..2ac662f 100644 --- a/man/load_fasta.Rd +++ b/man/load_fasta.Rd @@ -4,12 +4,15 @@ \alias{load_fasta} \title{load_fasta} \usage{ -load_fasta(msa, keep.singletons = FALSE) +load_fasta(msa, keep_singletons = FALSE, output_numbers = TRUE) } \arguments{ \item{msa}{Either the location of a fasta file or ape DNAbin object containing the multiple sequence alignment data to be clustered} -\item{keep.singletons}{A logical indicating whether to consider singleton mutations in calculating the clusters} +\item{keep_singletons}{A logical indicating whether to consider singleton mutations in calculating the clusters} + +\item{output_numbers}{A logical indicating whether to output the data as +numbers (TRUE) or letters (FALSE)} } \value{ A character matrix with filtered SNP data @@ -19,8 +22,8 @@ Loads a fasta file into matrix format ready for running the hierBAPS algorithm. } \examples{ -msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package = "rBAPS") -snp.matrix <- load_fasta(msa) +msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rBAPS") +snp.matrix <- rBAPS:::load_fasta(msa) } \seealso{ rhierbaps::load_fasta diff --git a/man/randdir.Rd b/man/randdir.Rd index 15489e5..59c69b4 100644 --- a/man/randdir.Rd +++ b/man/randdir.Rd @@ -18,7 +18,7 @@ vector of length `nc` with r.v. realizations from Gamma(rate=1) Generates random numbers } \examples{ -randdir(matrix(c(10, 30, 60), 3), 3) +rBAPS:::randdir(matrix(c(10, 30, 60), 3), 3) } \seealso{ randga diff --git a/matlab/independent/indMix.m b/matlab/independent/indMix.m index 2296a45..98ea2be 100644 --- a/matlab/independent/indMix.m +++ b/matlab/independent/indMix.m @@ -87,7 +87,7 @@ for run = 1:nruns apu = rows(i); PARTITION(i) = initialPartition(apu(1)); end - + COUNTS = counts; SUMCOUNTS = sumcounts; POP_LOGML = computePopulationLogml(1:npops, adjprior, priorTerm); LOGDIFF = repmat(-Inf,ninds,npops); @@ -98,7 +98,7 @@ for run = 1:nruns kokeiltu = zeros(nRoundTypes, 1); roundTypes = [1 1]; %Ykkösvaiheen sykli kahteen kertaan. ready = 0; vaihe = 1; - + if dispText disp(' '); disp(['Mixture analysis started with initial ' num2str(npops) ' populations.']); @@ -106,11 +106,11 @@ for run = 1:nruns while ready ~= 1 muutoksia = 0; - + if dispText disp(['Performing steps: ' num2str(roundTypes)]); end - + for n = 1:length(roundTypes) round = roundTypes(n); @@ -465,7 +465,7 @@ for run = 1:nruns npops = poistaTyhjatPopulaatiot(npops); POP_LOGML = computePopulationLogml(1:npops, adjprior, priorTerm); - if dispText + if dispText disp(['Found partition with ' num2str(npops) ' populations.']); disp(['Log(ml) = ' num2str(logml)]); disp(' '); @@ -491,7 +491,7 @@ COUNTS = countsBest; SUMCOUNTS = sumCountsBest; POP_LOGML = pop_logmlBest; LOGDIFF = logdiffbest; - + %-------------------------------------------------------------------------- function clearGlobalVars @@ -509,9 +509,9 @@ function Z = linkage(Y, method) [k, n] = size(Y); m = (1+sqrt(1+8*n))/2; if k ~= 1 | m ~= fix(m) - error('The first input has to match the output of the PDIST function in size.'); + error('The first input has to match the output of the PDIST function in size.'); end -if nargin == 1 % set default switch to be 'co' +if nargin == 1 % set default switch to be 'co' method = 'co'; end method = lower(method(1:2)); % simplify the switch string. @@ -519,19 +519,19 @@ monotonic = 1; Z = zeros(m-1,3); % allocate the output matrix. N = zeros(1,2*m-1); N(1:m) = 1; -n = m; % since m is changing, we need to save m in n. +n = m; % since m is changing, we need to save m in n. R = 1:n; for s = 1:(n-1) X = Y; [v, k] = min(X); i = floor(m+1/2-sqrt(m^2-m+1/4-2*(k-1))); j = k - (i-1)*(m-i/2)+i; - Z(s,:) = [R(i) R(j) v]; % update one more row to the output matrix A + Z(s,:) = [R(i) R(j) v]; % update one more row to the output matrix A I1 = 1:(i-1); I2 = (i+1):(j-1); I3 = (j+1):m; % these are temp variables. U = [I1 I2 I3]; I = [I1.*(m-(I1+1)/2)-m+i i*(m-(i+1)/2)-m+I2 i*(m-(i+1)/2)-m+I3]; J = [I1.*(m-(I1+1)/2)-m+j I2.*(m-(I2+1)/2)-m+j j*(m-(j+1)/2)-m+I3]; - + switch method case 'si' %single linkage Y(I) = min(Y(I),Y(J)); @@ -548,12 +548,12 @@ for s = 1:(n-1) end J = [J i*(m-(i+1)/2)-m+j]; Y(J) = []; % no need for the cluster information about j. - + % update m, N, R - m = m-1; + m = m-1; N(n+s) = N(R(i)) + N(R(j)); R(i) = n+s; - R(j:(n-1))=R((j+1):n); + R(j:(n-1))=R((j+1):n); end @@ -623,7 +623,7 @@ function [muutokset, diffInCounts] = ... % % Lisäys 25.9.2007: % Otettu käyttöön globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset -% logml:ssä siirrettäessä yksilöitä toisiin populaatioihin. +% logml:ssä siirrettäessä yksilöitä toisiin populaatioihin. global COUNTS; global SUMCOUNTS; global PARTITION; global POP_LOGML; @@ -647,7 +647,7 @@ COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)+diffInCounts; SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)+diffInSumCounts; i2 = find(muutokset==-Inf); % Etsitään populaatiot jotka muuttuneet viime kerran jälkeen. -i2 = setdiff(i2,i1); +i2 = setdiff(i2,i1); i2_logml = POP_LOGML(i2); ni2 = length(i2); @@ -668,19 +668,19 @@ LOGDIFF(ind,:) = muutokset; function diffInCounts = computeDiffInCounts(rows, max_noalle, nloci, data) % Muodostaa max_noalle*nloci taulukon, jossa on niiden alleelien -% lukumäärät (vastaavasti kuin COUNTS:issa), jotka ovat data:n +% lukumäärät (vastaavasti kuin COUNTS:issa), jotka ovat data:n % riveillä rows. rows pitää olla vaakavektori. diffInCounts = zeros(max_noalle, nloci); for i=rows row = data(i,:); notEmpty = find(row>=0); - + if length(notEmpty)>0 diffInCounts(row(notEmpty) + (notEmpty-1)*max_noalle) = ... diffInCounts(row(notEmpty) + (notEmpty-1)*max_noalle) + 1; end -end +end %------------------------------------------------------------------------ @@ -693,8 +693,8 @@ function updateGlobalVariables(ind, i2, diffInCounts, ... % Suorittaa globaalien muuttujien muutokset, kun yksilö ind % on siirretään koriin i2. -global PARTITION; -global COUNTS; +global PARTITION; +global COUNTS; global SUMCOUNTS; global POP_LOGML; global LOGDIFF; @@ -724,7 +724,7 @@ function [muutokset, diffInCounts] = laskeMuutokset2( ... i1, globalRows, data, adjprior, priorTerm); % Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mikä olisi % muutos logml:ssä, mikäli korin i1 kaikki yksilöt siirretään -% koriin i. +% koriin i. global COUNTS; global SUMCOUNTS; global PARTITION; global POP_LOGML; @@ -839,7 +839,7 @@ for pop2 = 1:npops2 i2 = [1:i1-1 , i1+1:npops]; i2_logml = POP_LOGML(i2)'; - + COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)+repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]); SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)+repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]); new_i2_logml = computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm)'; @@ -848,7 +848,7 @@ for pop2 = 1:npops2 muutokset(pop2,i2) = new_i1_logml - i1_logml ... + new_i2_logml - i2_logml; - end + end end %------------------------------------------------------------------------------------ @@ -858,7 +858,7 @@ function muutokset = laskeMuutokset5(inds, globalRows, data, adjprior, ... % Palauttaa length(inds)*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mikä olisi % muutos logml:ssä, mikäli yksilö i vaihtaisi koria i1:n ja i2:n välillä. - + global COUNTS; global SUMCOUNTS; global PARTITION; global POP_LOGML; @@ -885,14 +885,14 @@ for i = 1:ninds SUMCOUNTS(pop1,:) = SUMCOUNTS(pop1,:)-diffInSumCounts; COUNTS(:,:,pop2) = COUNTS(:,:,pop2)+diffInCounts; SUMCOUNTS(pop2,:) = SUMCOUNTS(pop2,:)+diffInSumCounts; - + new_logmls = computePopulationLogml([i1 i2], adjprior, priorTerm); muutokset(i) = sum(new_logmls); - + COUNTS(:,:,pop1) = COUNTS(:,:,pop1)+diffInCounts; SUMCOUNTS(pop1,:) = SUMCOUNTS(pop1,:)+diffInSumCounts; COUNTS(:,:,pop2) = COUNTS(:,:,pop2)-diffInCounts; - SUMCOUNTS(pop2,:) = SUMCOUNTS(pop2,:)-diffInSumCounts; + SUMCOUNTS(pop2,:) = SUMCOUNTS(pop2,:)-diffInSumCounts; end muutokset = muutokset - i1_logml - i2_logml; @@ -952,7 +952,7 @@ dist2 = dist(apu); function npops = poistaTyhjatPopulaatiot(npops) -% Poistaa tyhjentyneet populaatiot COUNTS:ista ja +% Poistaa tyhjentyneet populaatiot COUNTS:ista ja % SUMCOUNTS:ista. Päivittää npops:in ja PARTITION:in. global COUNTS; @@ -1006,7 +1006,7 @@ if abs(logml)<10000 end if logml<0 mjono(pointer-1) = '-'; - end + end else suurinYks = 4; while abs(logml)/(10^(suurinYks+1)) >= 1 @@ -1035,8 +1035,8 @@ end function digit = palautaYks(num,yks) % palauttaa luvun num 10^yks termin kertoimen -% string:inä -% yks täytyy olla kokonaisluku, joka on +% string:inä +% yks täytyy olla kokonaisluku, joka on % vähintään -1:n suuruinen. Pienemmillä % luvuilla tapahtuu jokin pyöristysvirhe. @@ -1063,7 +1063,7 @@ if abs(div)<100 if arvo>0 mjono(1) = num2str(arvo); end - + else suurinYks = floor(log10(div)); mjono(6) = num2str(suurinYks); @@ -1125,7 +1125,7 @@ T = zeros(m,1); end end end - + function T = clusternum(X, T, k, c) m = size(X,1)+1; while(~isempty(k)) @@ -1136,7 +1136,7 @@ while(~isempty(k)) % Assign this node number to leaf children t = (children<=m); T(children(t)) = c; - + % Move to next level k = children(~t) - m; end diff --git a/tests/testthat/test-greedyMix.R b/tests/testthat/test-greedyMix.R index 749dafb..ebef7e2 100644 --- a/tests/testthat/test-greedyMix.R +++ b/tests/testthat/test-greedyMix.R @@ -1,11 +1,11 @@ context("Auxiliary functions to greedyMix") # Defining the relative path to current inst ----------------------------------- -path_inst <- system.file("ext", "", package = "rBAPS") +path_inst <- system.file("extdata", "", package = "rBAPS") # Reading datasets ------------------------------------------------------------- baps_diploid <- read.delim( - file = paste(path_inst, "BAPS_format_clustering_diploid.txt", sep = "/"), + file = file.path(path_inst, "BAPS_format_clustering_diploid.txt"), sep = " ", header = FALSE ) @@ -31,26 +31,27 @@ test_that("handleData works as expected", { expect_equal(data_obs, data_exp) }) -context("Opening files on greedyMix") +context("Processing files through greedyMix") -df_fasta <- greedyMix( +raw_fasta <- importFile( data = file.path(path_inst, "FASTA_clustering_haploid.fasta"), format = "FASTA" ) -df_vcf <- greedyMix( +raw_vcf <- importFile( data = file.path(path_inst, "vcf_example.vcf"), format = "VCF", verbose = FALSE ) -df_bam <- greedyMix( +df_bam <- importFile( data = file.path(path_inst, "bam_example.bam"), format = "BAM", ) + test_that("Files are imported correctly", { - expect_equal(dim(df_fasta), c(5, 99)) - expect_equal(dim(df_vcf), c(variants = 2, fix_cols = 8, gt_cols = 3)) + expect_equal(dim(raw_fasta), c(5, 99)) + expect_equal(dim(raw_vcf), c(variants = 2, fix_cols = 8, gt_cols = 3)) expect_error( - greedyMix( + importFile( data = paste(path_inst, "sam_example.sam", sep = "/"), format = "SAM", ) @@ -58,6 +59,15 @@ test_that("Files are imported correctly", { expect_equal(length(df_bam[[1]]), 13) }) +df_fasta <- greedyMix( + data = file.path(path_inst, "FASTA_clustering_haploid.fasta"), + format = "FASTA" +) +test_that("greedyMix() works", { + expect_error(greedyMix(file.path(path_inst, "vcf_example.vcf"))) + expect_error(greedyMix(file.path(path_inst, "bam_example.bam"))) +}) + context("Linkage") test_that("Linkages are properly calculated", { diff --git a/tests/testthat/test-spatialMixture.R b/tests/testthat/test-spatialMixture.R index d07881a..702099b 100644 --- a/tests/testthat/test-spatialMixture.R +++ b/tests/testthat/test-spatialMixture.R @@ -79,7 +79,7 @@ test_that("lakseKlitik() and subfunctions produce expected output", { }) test_that("testFastaData() produces same output as on MATLAB", { - msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package = "rBAPS") + msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rBAPS") test_msa <- testFastaData(msa) expect_equal(test_msa$ninds, 515) expect_equal(dim(test_msa$data), c(515, 745))