Merge branch 'issue-2' into develop

DESCRIPTION

@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: rBAPS
 Title: Bayesian Analysis of Population Structure
-Version: 0.0.0.9006
+Version: 0.0.0.9007
 Date: 2020-11-09
 Authors@R:
     c(

NAMESPACE

@@ -21,6 +21,7 @@ export(linkage)
 export(load_fasta)
 export(logml2String)
 export(lueGenePopData)
+export(lueGenePopDataPop)
 export(lueNimi)
 export(noIndex)
 export(ownNum2Str)

R/lueGenePopDataPop.R

@@ -0,0 +1,83 @@
+#' @title Read GenePop Data
+#' @note The data is given in the form where the last column tells the
+#' group. popnames are as before.
+#' @param tiedostonNimi Name of the file
+#' @return List containing data and popnames
+#' @export
+lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) {
+  # Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän.
+  # popnames on kuten ennenkin.
+
+  fid <- readLines(tiedostonNimi)
+  line <- fid[1]  # ensimmäinen rivi
+  line <- fid[2]  # toinen rivi
+  count <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
+
+  line <- fid[3]
+  lokusRiveja <- 1
+  while (testaaPop(line) == 0) {
+      lokusRiveja <- lokusRiveja + 1
+      line <- fid[2 + lokusRiveja]
+  }
+
+  if (lokusRiveja > 1) {
+      nloci <- lokusRiveja
+  } else {
+      nloci <- count
+  }
+
+  popnames <- cell(10, 2)
+  data <- zeros(100, nloci + 1)
+  nimienLkm <- 0
+  ninds <- 0
+  poimiNimi <- 1
+  digitFormat = -1
+  while (lokusRiveja < length(fid) - 2) {
+    lokusRiveja <- lokusRiveja + 1 # Keeps the loop moving along
+    line <- fid[lokusRiveja + 2]
+      if (poimiNimi == 1) {
+          # Edellinen rivi oli 'pop'
+          nimienLkm <- nimienLkm + 1
+          ninds <- ninds + 1
+          if (nimienLkm > size(popnames, 1)) {
+              popnames <- c(popnames, cell(10, 2))
+          }
+          nimi <- lueNimi(line)
+          if (digitFormat == -1) {
+              digitFormat <- selvitaDigitFormat(line)
+              divider <- 10 ^ digitFormat
+          }
+          popnames[nimienLkm, 1] <- nimi   # Näin se on greedyMix:issäkin?!?
+          popnames[nimienLkm, 2] <- ninds
+          poimiNimi <- 0
+
+          data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
+
+      } else if (testaaPop(line)) {
+          poimiNimi <- 1
+
+      } else if (!is.na(line)) {
+          ninds <- ninds + 1
+          data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
+      }
+  }
+
+  data <- data[1:(ninds * 2), ]
+  popnames <- popnames[seq_len(nimienLkm), ]
+  npops <- size(popnames, 1)
+  ind <- 1
+  for (pop in 1:npops) {
+      if (pop < npops) {
+          while (ind < popnames[pop + 1, 2]) {
+              data[c(ind * 2 - 1, ind * 2), ncol(data)] <- pop
+              ind <- ind + 1
+          }
+      } else {
+          while (ind <= ninds) {
+              data[c(ind * 2 - 1, ind * 2), ncol(data)] <- pop
+              ind <- ind + 1
+          }
+      }
+  }
+	return(list(data = data, popnames = popnames))
+}

man/lueGenePopDataPop.Rd

@@ -0,0 +1,21 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/lueGenePopDataPop.R
+\name{lueGenePopDataPop}
+\alias{lueGenePopDataPop}
+\title{Read GenePop Data}
+\usage{
+lueGenePopDataPop(tiedostonNimi)
+}
+\arguments{
+\item{tiedostonNimi}{Name of the file}
+}
+\value{
+List containing data and popnames
+}
+\description{
+Read GenePop Data
+}
+\note{
+The data is given in the form where the last column tells the
+group. popnames are as before.
+}

matlab/independent/greedyPopMix.m

@@ -251,86 +251,6 @@ else
     end
 end
 
-%--------------------------------------------------------------------
-
-
-function [data, popnames] = lueGenePopDataPop(tiedostonNimi)
-% Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän.
-% popnames on kuten ennenkin.
-
-fid = fopen(tiedostonNimi);
-line = fgetl(fid);  %ensimmäinen rivi
-line = fgetl(fid);  %toinen rivi
-count = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line);
-
-line = fgetl(fid);
-lokusRiveja = 1;
-while (testaaPop(line)==0)
-    lokusRiveja = lokusRiveja+1;
-    line = fgetl(fid);
-end
-
-if lokusRiveja>1
-    nloci = lokusRiveja;
-else
-    nloci = count;
-end
-
-popnames = cell(10,2);
-data = zeros(100, nloci+1);
-nimienLkm=0;
-ninds=0;
-poimiNimi=1;
-digitFormat = -1;
-while line ~= -1
-    line = fgetl(fid);
-
-    if poimiNimi==1
-        %Edellinen rivi oli 'pop'
-        nimienLkm = nimienLkm+1;
-        ninds = ninds+1;
-        if nimienLkm>size(popnames,1);
-            popnames = [popnames; cell(10,2)];
-        end
-        nimi = lueNimi(line);
-        if digitFormat == -1
-            digitFormat = selvitaDigitFormat(line);
-            divider = 10^digitFormat;
-        end
-        popnames{nimienLkm, 1} = {nimi};   %Näin se on greedyMix:issäkin?!?
-        popnames{nimienLkm, 2} = ninds;
-        poimiNimi=0;
-
-        data = addAlleles(data, ninds, line, divider);
-
-    elseif testaaPop(line)
-        poimiNimi = 1;
-
-    elseif line ~= -1
-        ninds = ninds+1;
-        data = addAlleles(data, ninds, line, divider);
-    end
-end
-
-fclose(fid);
-data = data(1:ninds*2,:);
-popnames = popnames(1:nimienLkm,:);
-npops = size(popnames,1);
-ind = 1;
-for pop = 1:npops
-    if pop<npops
-        while ind<popnames{pop+1,2}
-            data([ind*2-1 ind*2],end) = pop;
-            ind = ind+1;
-        end
-    else
-        while ind<=ninds
-            data([ind*2-1 ind*2],end) = pop;
-            ind = ind+1;
-        end
-    end
-end
-
 %-------------------------------------------------------------------