diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
index d7cab3b..42e6711 100644
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -4,7 +4,6 @@ PITFALLS.md
 CHANGELOG.md
 CITATION.cff
 .travis.yml
-inst/ext/ExamplesDataFormatting
+inst/testdata
 .github
 aux
-
diff --git a/R/greedyMix.R b/R/greedyMix.R
index 624c529..30bb81f 100644
--- a/R/greedyMix.R
+++ b/R/greedyMix.R
@@ -9,6 +9,9 @@
 #' @references Samtools: a suite of programs for interacting
 #' with high-throughput sequencing data. <http://www.htslib.org/>
 #' @export
+#' @examples
+#' data <- system.file("extdata", "FASTA_clustering_haploid.fasta", package = "rBAPS")
+#' greedyMix(data)
 greedyMix <- function(data, format, verbose = TRUE) {
   # Parsing data format ------------------------------------------------------
 
diff --git a/R/load_fasta.R b/R/load_fasta.R
index efd0411..8007471 100644
--- a/R/load_fasta.R
+++ b/R/load_fasta.R
@@ -9,7 +9,7 @@
 #' @return A character matrix with filtered SNP data
 #'
 #' @examples
-#' msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package = "rBAPS")
+#' msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rBAPS")
 #' snp.matrix <- load_fasta(msa)
 #' @author Gerry Tonkin-Hill, Waldir Leoncio
 #' @seealso rhierbaps::load_fasta
diff --git a/inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt b/inst/extdata/BAPS_format_clustering_diploid.txt
similarity index 97%
rename from inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt
rename to inst/extdata/BAPS_format_clustering_diploid.txt
index c4b064e..1bf943e 100644
--- a/inst/ext/BAPS_format_clustering_diploid.txt
+++ b/inst/extdata/BAPS_format_clustering_diploid.txt
@@ -1,10 +1,10 @@
--9 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1
--9 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1
-88 104 56 84 102 -9 120 90 88 100 2
-86 102 56 80 102 -9 116 90 86 100 2
-88 102 54 80 102 90 116 92 -9 100 3
-88 102 56 80 100 90 118 90 -9 104 3
-80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 4
-88 104 56 84 102 92 120 90 88 100 4
-86 102 56 80 -9 90 116 90 86 100 5
-88 102 54 80 -9 90 116 92 86 100 5
+-9 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1
+-9 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1
+88 104 56 84 102 -9 120 90 88 100 2
+86 102 56 80 102 -9 116 90 86 100 2
+88 102 54 80 102 90 116 92 -9 100 3
+88 102 56 80 100 90 118 90 -9 104 3
+80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 4
+88 104 56 84 102 92 120 90 88 100 4
+86 102 56 80 -9 90 116 90 86 100 5
+88 102 54 80 -9 90 116 92 86 100 5
diff --git a/inst/ext/FASTA_clustering_haploid.fasta b/inst/extdata/FASTA_clustering_haploid.fasta
similarity index 96%
rename from inst/ext/FASTA_clustering_haploid.fasta
rename to inst/extdata/FASTA_clustering_haploid.fasta
index 9501482..3f877e7 100644
--- a/inst/ext/FASTA_clustering_haploid.fasta
+++ b/inst/extdata/FASTA_clustering_haploid.fasta
@@ -1,20 +1,20 @@
->1
-AACGAAACGATCGCGTCACCGGAACGTTGTCCGTCTCGAATAGCACTGTGGGAACGTGTTTTACATTCGT
-TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT
-
->2
-ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG
-AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG
-
->3
-GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT
-GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG
-
->4
-ACCTGGACCTCTGTATTAACGGCTGTGATTCTGAGGGGGGTATCGCAGCGCACTTTCTAGCTATATCACG
-CAAGGATAAAGTTCACCCATCACGTTGACC
-
->5
-ACAATACGTCATCCACACCGCGCCTATGGAAGAATTTGCCCTTTCGGCGACAGCCCATGCTGTCAAGGAG
-GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA
-
+>1
+AACGAAACGATCGCGTCACCGGAACGTTGTCCGTCTCGAATAGCACTGTGGGAACGTGTTTTACATTCGT
+TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT
+
+>2
+ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG
+AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG
+
+>3
+GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT
+GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG
+
+>4
+ACCTGGACCTCTGTATTAACGGCTGTGATTCTGAGGGGGGTATCGCAGCGCACTTTCTAGCTATATCACG
+CAAGGATAAAGTTCACCCATCACGTTGACC
+
+>5
+ACAATACGTCATCCACACCGCGCCTATGGAAGAATTTGCCCTTTCGGCGACAGCCCATGCTGTCAAGGAG
+GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA
+
diff --git a/inst/ext/bam_example.bam b/inst/extdata/bam_example.bam
similarity index 100%
rename from inst/ext/bam_example.bam
rename to inst/extdata/bam_example.bam
diff --git a/inst/ext/sam_example.sam b/inst/extdata/sam_example.sam
similarity index 100%
rename from inst/ext/sam_example.sam
rename to inst/extdata/sam_example.sam
diff --git a/inst/ext/seqs.fa b/inst/extdata/seqs.fa
similarity index 98%
rename from inst/ext/seqs.fa
rename to inst/extdata/seqs.fa
index d27a8b7..fe5dc84 100644
--- a/inst/ext/seqs.fa
+++ b/inst/extdata/seqs.fa
@@ -1,22145 +1,22145 @@
->1
-GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA
-AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC
-TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC
-TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT
-TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT
-ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG
-GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC
-AGTAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT
-TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA
-TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA
-CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC
-TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG
-GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA
-TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC
-GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT
-TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG
-TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA
-TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA
-TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG
-TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC
-GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGCTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG
-TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG
-TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG
-GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA
-AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT
-ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA
-AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA
-TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC
-AGAAGTTGTTTCTCCAGCTGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC
-ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT
-CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
-
->2
-GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA
-AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC
-TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC
-TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT
-TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT
-ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG
-GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC
-AGCAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT
-TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA
-TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA
-CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC
-TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG
-GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA
-TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC
-GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT
-TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG
-TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA
-TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA
-TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG
-TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC
-GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGTTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG
-TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG
-TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG
-GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA
-AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT
-ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA
-AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA
-TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC
-AGAAGTTGTTTCTCCAGCTGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC
-ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT
-CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
-
->3
-GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGACCACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA
-AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC
-TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC
-TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT
-TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT
-ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG
-GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC
-AGTAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT
-TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA
-TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA
-CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC
-TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG
-GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA
-TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC
-GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT
-TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG
-TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA
-TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA
-TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG
-TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC
-GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGCTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG
-TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG
-TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG
-GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA
-AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT
-ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA
-AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA
-TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC
-AGAAGTTGTTTCTCCAGCTGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC
-ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT
-CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
-
->4
-GCAGCGTATGCGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTAACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGAGCGACGTACCAGGTTATATCGTAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGAACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGGCCTTCTGGGGTTGGAAAAGGGACGGTTCGTAAAGAG
-CTGTTTAGCCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCTATTTCAGTAACGACACGTAAGCCGCGTGAAGGTG
-AAGTAGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAAAGAGAAGAATTCGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCGATTGACTATGTTGAAAAAACATTACAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAGCCGTATTGTCGGACGTGGTACAGA
-GACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACTGTAGCGAAAGAAGAAATCGAGATGATGGACGCTTACGAC
-TATGTAGTAGAAAACGATCAAGTTGAATTAGCTTGTGAAGAGGGGGGCTTACGTATATTAAAAGGAAATC
-TTGCTAAAGATGGAGCGGTTATTAAAAGCGGTGCAACAGAGGTAAAGCGTTTTGAAGGGCCTTGCGTTAT
-TTTTAATTCACAAGATGAGGCACTTGCGGGCATTATGCTTGGGAAAGTGAAAAAAGGAGATGTAGTTGTC
-ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGTGGGCCTGGTATGCCAGAAATGTTAGCCCCAACATCAGCAATTGCTG
-GAATGGGATTAGGTGCTGAGGTTGCATTATTAACAGATGGACGTTTTTCTGGAGCTTCACGTGGAATTTC
-AGTAGGACATATTTCACCAGAAGCAGCAGCGGGCGGGATGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATTGTA
-TGTATTGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGACCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA
-TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACTGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA
-CGAAAACTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC
-TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG
-GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTCGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA
-CAGCCAAGATTTAGCTGAAATCGGTATCGAAAGTGCGAAAACTGCTGAGTTATTCGGCATTGATCCACGC
-GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT
-TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG
-TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAGGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCGGCAACTTCTTCTGTTGCA
-TACGCAGAACAATTACACGGTAAAGAATTATCGTATAACAATATTAATGATGCAGACGCAGCACTTAGCA
-TCGTAAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCAGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG
-ATACTATGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAATGCGCCTCATACAGAGGTATATATGCATGAAATGCCGGGT
-GGGCAGTATAGTAATCTTCAGCAACAAGCGAAGGCGGTTGGTTTAGGAGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG
-TAATGTACCGCCGTGTGAATGACATGTTTGGAGATATTGTAAAAGTAACGCCATCATCAAAAGTTGTTGG
-TGATATGGCATTATTTATGGTTCAAAACCATCTGACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATGCTATG
-GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGTGATTTAGGTCAACCGTACGGTGGTTTCCCGAAAG
-AATTACAAAAGATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATCGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT
-ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA
-AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA
-TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC
-AGAAGCTGTTTCTCCAGAAGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC
-ATTAAAGAGTATATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT
-CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
-
->5
-GCAGCATATGCGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTAACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGAGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACATTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGCGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGAACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGGGTTGGTAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTATTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCGCGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTACAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA
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->73
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->82
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->83
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-
->84
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->90
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->510
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+CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
+
diff --git a/inst/ext/vcf_example.vcf b/inst/extdata/vcf_example.vcf
similarity index 100%
rename from inst/ext/vcf_example.vcf
rename to inst/extdata/vcf_example.vcf
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls
similarity index 100%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt
similarity index 98%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt
index 13a426b..92659e8 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt	
@@ -1,108 +1,108 @@
-Baseline data for trained clustering							
-1										
-2										
-3										
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-5										
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-7										
-8										
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-POP										
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-POP										
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-POP										
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+Baseline data for trained clustering							
+1										
+2										
+3										
+4										
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+6										
+7										
+8										
+9										
+10										
+POP										
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similarity index 97%
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index 11a0739..18a9fd8 100644
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\ No newline at end of file
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering.txt
similarity index 96%
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index 806b269..01148b6 100644
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-  0	0
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similarity index 97%
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index c4b064e..1bf943e 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of diploid individuals.txt	
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similarity index 97%
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index e0ed559..4623678 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of haploid individuals.txt	
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+88 102 -9 80 102 90 116 92 86 100 5
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt
similarity index 97%
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index 00f03f1..a94449d 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt	
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index 57cff17..b3988c6 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of diploid individuals.txt	
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diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt
similarity index 97%
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index afd5492..1fe2135 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt	
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diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt
similarity index 97%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt
index 3450819..17d8ef0 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt	
@@ -1,20 +1,20 @@
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similarity index 96%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in FASTA format for clustering of haploid individuals.fasta
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index 9501482..3f877e7 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example data in FASTA format for clustering of haploid individuals.fasta	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example data in FASTA format for clustering of haploid individuals.fasta	
@@ -1,20 +1,20 @@
->1
-AACGAAACGATCGCGTCACCGGAACGTTGTCCGTCTCGAATAGCACTGTGGGAACGTGTTTTACATTCGT
-TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT
-
->2
-ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG
-AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG
-
->3
-GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT
-GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG
-
->4
-ACCTGGACCTCTGTATTAACGGCTGTGATTCTGAGGGGGGTATCGCAGCGCACTTTCTAGCTATATCACG
-CAAGGATAAAGTTCACCCATCACGTTGACC
-
->5
-ACAATACGTCATCCACACCGCGCCTATGGAAGAATTTGCCCTTTCGGCGACAGCCCATGCTGTCAAGGAG
-GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA
-
+>1
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+TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT
+
+>2
+ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG
+AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG
+
+>3
+GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT
+GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG
+
+>4
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+
+>5
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+GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA
+
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt
similarity index 98%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt
index c68df31..0c92cfe 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt	
@@ -1,8 +1,8 @@
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1
-GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1
-GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 2
-GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 2
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3
-GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 3
-GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 4
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+GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 3
+GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 4
+GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt
similarity index 98%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt
index 352b02b..f8c942f 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt	
@@ -1,4 +1,4 @@
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1
-GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 2
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3
-GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4
+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1
+GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 2
+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3
+GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt
similarity index 98%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt
index 185807b..6f9b587 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt	
@@ -1,16 +1,16 @@
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1
-GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1
-GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 1
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-GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 2
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3
-GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 3
-GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 3
-GTTATTGACTCGGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 3
-TATCTAC--GAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 4
-GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 4
-GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 4
-GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4
+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1
+GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1
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+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3
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+GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt
similarity index 98%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt
index 8be8051..65869fa 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt	
@@ -1,8 +1,8 @@
->RecA-1
-CTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
->RecA-2
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
->RecA-3
-CTAACGC--GAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
->RecA-4
-CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
+>RecA-1
+CTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
+>RecA-2
+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
+>RecA-3
+CTAACGC--GAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
+>RecA-4
+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt
similarity index 100%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt
similarity index 66%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt
index 3a0dcd0..121dc21 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt	
@@ -1,10 +1,10 @@
-1
-1
-2
-2
-2
-2
-2
-3
-3
-3
+1
+1
+2
+2
+2
+2
+2
+3
+3
+3
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt
similarity index 97%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt
index 410b2cc..8f4515f 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt	
@@ -1,5 +1,5 @@
-ST	Isolate	Species	Adk	GyrB	Hsp60	Mdh	Pgi	RecA
-1	1A1	My. splendidone	1	1	1	1	1	1
-2	1B1	A. dent		2	2	2	2	2	2
-3	1B2	A. dent		3	3	3	3	3	3
-4	1A5	D. gently		4	4	4	4	4	4
+ST	Isolate	Species	Adk	GyrB	Hsp60	Mdh	Pgi	RecA
+1	1A1	My. splendidone	1	1	1	1	1	1
+2	1B1	A. dent		2	2	2	2	2	2
+3	1B2	A. dent		3	3	3	3	3	3
+4	1A5	D. gently		4	4	4	4	4	4
diff --git a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa
similarity index 98%
rename from inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa
rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa
index d27a8b7..fe5dc84 100644
--- a/inst/ext/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa	
+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa	
@@ -1,22145 +1,22145 @@
->1
-GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA
-AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC
-TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC
-TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT
-TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT
-ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG
-GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC
-AGTAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT
-TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA
-TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA
-CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC
-TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG
-GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA
-TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC
-GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT
-TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG
-TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA
-TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA
-TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG
-TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC
-GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGCTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG
-TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG
-TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG
-GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA
-AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT
-ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA
-AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA
-TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC
-AGAAGTTGTTTCTCCAGCTGCTGCAGAAGCTGTTCGTATCCAATACGGCGGTAGCGTAAAACCAGAAAAC
-ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT
-CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
-
->2
-GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGAACACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA
-GAAGGAAAAGATGTATTCTTAGAAATTGAAGTGCAAGGAGCAATTCAAGTTAAGAAAGCTTTCCCAGAAG
-GTGTATTTATTTTCTTAGCACCTCCAAGTTTATCTGAACTAAAGAACCGAATTGTCGGTCGTGGTACAGA
-AACTGAAGATGTTATTGAAAATCGTTTAACGGTAGCGAAAGAAGAAATTGATATGATGGACGCTTACGAC
-TACGTTGTAGAAAACGACCAAGTTGAACTAGCTTGTGAAGAAGGTGGATTACGTATATTAAAAGGAAACC
-TTGCGAAAGACGGAGCAGTTATTAAAAGCGGGGCAACTGAAGTAAAACGATTTGAAGGACCTTGTGTTAT
-TTTTAATTCACAAGATGAGGCGCTTGCCGGCATTATGCTTGGGAAGGTTAAGAAAGGAGATGTAGTTGTT
-ATTCGTTATGAAGGACCAAGAGGCGGTCCTGGTATGCCGGAAATGTTAGCACCAACGTCAGCGATTGCTG
-GCATGGGATTAGGTGCAGATGTTGCGTTATTAACCGATGGTCGTTTCTCTGGTGCTTCACGTGGTATTTC
-AGCAGGTCATATTTCGCCAGAAGCAGCTGCGGGCGGAACGATTGCACTTCTTGAACAAGGGGATATCGTT
-TGTATCGATAATTTAACATTAGCAGGCGTTGATATTTACGATCCAGCTACATACGAAGAAATGGATGCAA
-TGGTAGCATCTTTCGTTGAACGCCGTAAAGGTAAAGCAACAGAAGAAGACGCTCGCAAAATCCTTAAAGA
-CGAAAATTACTTCGGTACAATGCTTGTATACATGGGCAAAGCACACGGTTTAGTAAGTGGTGCAGCTCAC
-TCTACAGCTGATACAGTTCGTCCAGCACTTCAAATTATTAAAACAAAACCAGGCGTTACAAAAACTTCTG
-GCGTATTCATCATGGTACGTGAAGAAGAGAAATATGTATTTGCTGATTGCGCAATTAACATTGCACCAAA
-TAGCCAAGATTTAGCTGAAATTGGTATCGAGAGTGCGAAAACTGCTGAACTATTCGGTATTGACCCACGC
-GTTAAACGTAAACTAGCAGCGAAAGTATTCCGTCATACAGCAGCGTATGATGCGTTAATTTCTAACTACT
-TAACAGAGCAAATGGGTGAAGAAAGTCCAGAAACATTAACTGTGACATTTGAGAAAAAGCAAGACTTACG
-TTATGGCGAGAACCCACATCAAAAAGCAACTTTCTATAAAGCGCCATTCGCAGCAACTTCTTCTGTTGCA
-TACGCAGAACAATTACATGGCAAGGAATTATCGTATAACAATATTAACGATGCAGATGCAGCGCTTAGTA
-TCGTGAAAGAATTTACAGAACCAGCAGTAGTAGCGGTAAAACATATGAATCCATGTGGTGTTGGAGTAGG
-TTACTACGCACCGTTTGAAAGTGGTATGAACGCTCCTCATACAGAGGTATATATGCACGAAATGCCAGGC
-GGACAGTACAGTAATTTACAACAACAAGCGAAAGTGGTTGGTTTAGGCGATCGCTTCGATGAAGTGAAAG
-TAATGTATCGCCGTGTGAATGATATGTTTGGTGATATTGTTAAAGTAACGCCATCATCTAAAGTTGTCGG
-TGATATGGCATTATTCATGGTTCAAAATCACTTAACAGAACAAGATGTTTTAGAGCGTGGACATTCTATG
-GACTTCCCAGGATCTGTTGTTGAAATGTTCTCTGGAGACTTAGGACAACCATATGGTGGTTTCCCGAAAA
-AGTTACAAGAAATTGAGTCAGTAAACAAAAAGACTATTGCAGCATTTGAACATGGTTTAACACCAATCGT
-ATGTTGTGGTGAGACTTTAGAAGAGCGCGAAAGCGGAAAAACATTTGATCTAGTAGCAGGTCAAGTGACA
-AAAGCACTTGCAGGTTTAACAGAAGAGCAAGTTAAAGCAACTGTTATCGCTTATGAGCCAATCTGGGCTA
-TCGGTACAGGTAAATCTTCTTCTTCTGCAGATGCAAACGAAGTATGTGCGCACATCCGTAAAGTTGTTGC
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-ATTAAAGAGTACATGGCACAATCTGACATCGACGGCGCTTTAGTTGGCGGTGCTAGCTTAGAGCCTGCTT
-CGTTCTTAGGTCTTCTGGGGGCGGTAAAA
-
->3
-GCAGCGTACGTGGTTGGATCAATTAGTGGGGCACATTTGAATCCAGCTTTGACGATAGGATTAGCATTTA
-AGGGAGCGTTCCCATGGGGTGACGTACCTGGTTATATCGCAGCACAAATGATTGGGGCAATTATCGGGGC
-AGTTATCGTATATTTACATTACTTACCACACTGGAAAGAAACAGAAGATCCAGGAACAAAGTTAGGTGTA
-TTTGCAACAGGTCCAGCAATTCCGACCACATTTGCAAACCTTTTAAGTGAAATGATTGGGACATTCGTTT
-TAGTATTTGGTATATTAGCAATTGGTGCAAATAAATTTGCAGATGGATTAAATCCATTTATCGTAGGTTT
-CTTAATTGTAAGTATTGGTTTAGTTCTTTCAGGACCTTCTGGTGTTGGGAAAGGAACGGTTCGAAAAGAG
-CTGTTTAGTCATGAGGATACACGTTTTCAGTACTCCATTTCAGTAACGACACGTAAGCCACGTGAAGGTG
-AAGTGGATGGTGTGGATTATTTCTTTAAAGAGAGAGAAGAATTTGAGGAAATGATTCGTAATGAAAAATT
-ACTTGAGTGGGCTGAGTTCGTAGGTAATTATTACGGAACACCAATTGACTATGTTGAAAAAACATTGCAA
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->82
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->83
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->88
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->204
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->363
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->508
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similarity index 96%
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rename to inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt
index 4fac7c3..50ad08f 100644
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+++ b/inst/testdata/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt	
@@ -1,3 +1,3 @@
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 Example population 3
\ No newline at end of file
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index c6bf197..4510614 100644
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-Sample data for trained clustering							
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index 8ecdc0d..d3c9d52 100644
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-Sample data for trained clustering							
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index d3f700c..14d2c59 100644
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@@ -1,108 +1,108 @@
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-Area4_14,	1513	0404	1111	0404	0505	0606	1515	1111	1207	1107
-Area4_15,	1311	1616	1212	0404	0505	0606	1313	1111	0707	1107
-Area4_16,	1109	0606	1212	0404	0000	0000	1515	0902	0807	0505
-Area4_17,	1107	1004	1506	0404	0505	0606	1515	1212	0707	1108
-Area4_18,	1107	0904	1512	0404	0505	0606	1913	1105	1107	1107
-Area4_19,	1109	1313	1212	0404	0505	0606	1915	1111	1007	1107
-Area4_20,	1711	1604	1212	0404	0505	0606	1915	1212	1107	1007
-Area4_21,	1111	0606	1515	0404	0505	0606	1707	1009	0807	0502
-Area4_22,	1311	0603	1512	0404	0505	0606	1714	0707	0807	0501
-POP
-Area5_1,	0711	1212	1513	0202	0707	0808	1408	0000	0909	1210
-Area5_2,	1118	0101	1212	0202	0803	0901	0808	0000	1101	1211
-Area5_3,	1518	0000	1512	0404	0707	0806	0909	0000	0909	1212
-Area5_4,	1309	0000	1512	0202	0606	0707	1508	0000	0808	1204
-Area5_5,	0718	0000	1512	0402	0707	0806	0707	0000	0909	1208
-Area5_6,	1818	1414	1212	0404	0707	0000	1916	0000	0909	1208
-Area5_7,	1318	1313	1212	0404	0606	0000	1908	0000	0808	1008
-Area5_8,	1818	0000	1212	0404	0000	0806	1616	0000	0808	1212
+Baseline data for trained clustering
+1
+2
+3
+4
+5
+6
+7
+8
+9
+10
+POP
+Area1_1,	1717	1111	0000	0404	0505	0606	0707	1212	0707	1212
+Area1_2,	0909	1010	0505	0404	0505	1010	0707	1111	0707	1212
+Area1_3,	0000	1010	1414	0404	0505	0606	1111	1212	0707	1212
+Area1_4,	1111	1010	1515	0404	0101	0606	1313	1111	0707	0808
+Area1_5,	0101	1010	1212	0404	0505	0606	0909	1212	0707	1212
+Area1_6,	1111	1010	1414	0404	0505	0606	1111	1212	0707	1010
+Area1_7,	1515	1010	0707	0404	0505	0606	0707	1212	0707	1212
+Area1_8,	1515	1212	0606	0404	0505	0606	1616	1212	0707	1010
+Area1_9,	0909	1010	1010	0404	0505	0606	1919	1212	0707	1010
+Area1_10,	0000	0000	0000	0404	0505	0606	1111	1010	0707	0000
+Area1_11,	0000	0000	0000	0404	0505	0505	1919	1212	0404	1111
+Area1_12,	1515	1010	0606	0404	0505	0606	1616	1212	0202	1212
+Area1_13,	1515	1010	1515	0404	0505	0606	0707	0606	0707	1212
+Area1_14,	0505	1010	1919	0404	0202	0606	1111	1010	0202	1212
+Area1_15,	1111	1010	1414	0404	0505	0606	1616	0606	0707	1212
+Area1_16,	1515	1212	0000	0404	0505	0606	1919	1212	0707	1212
+Area1_17,	1515	1010	1515	0404	0505	0606	1919	1212	0707	1212
+Area1_18,	1515	1010	1212	0404	0505	0606	0909	1212	0707	1010
+Area1_19,	1515	1212	0606	0404	0505	0606	1515	1212	0707	1212
+Area1_20,	1717	1414	1717	0404	0505	0606	0808	1212	0707	0808
+Area1_21,	1515	1212	1212	0404	0505	0606	0808	1818	0707	1212
+Area1_22,	1313	1111	1212	0404	0505	0606	1313	1212	0707	1212
+Area1_23,	1515	1212	1212	0404	0505	0606	1313	1010	0707	1212
+Area1_24,	0000	0000	0000	0404	0505	0606	1919	1212	0404	0000
+Area1_25,	0000	0000	0000	0404	0202	0101	1919	1919	0707	1212
+Area1_26,	1313	1010	0202	0404	0505	0606	1717	1212	0707	1212
+POP
+Area2_1,	1706	0505	1212	0404	0606	0808	1309	1111	0909	1413
+Area2_2,	1511	0707	1209	0404	0602	0808	1111	1004	0902	1310
+Area2_3,	1711	0000	1412	0402	0000	0000	1913	1002	0000	1313
+Area2_4,	1715	1515	1412	0404	0505	0604	1313	1010	1007	1309
+Area2_5,	1515	1515	1412	0404	0505	0606	1515	1111	0707	0908
+Area2_6,	1309	0000	1212	0404	0603	0802	1311	1204	0903	1309
+Area2_7,	1313	0505	1212	0404	0606	0808	1616	1414	0909	1206
+Area2_8,	1307	0707	1212	0404	0606	0808	1313	1004	0909	1313
+Area2_9,	0000	1212	1209	0404	0505	0606	0000	1106	0707	1208
+Area2_10,	1307	0000	1212	0404	0606	0806	1313	1005	0909	1111
+Area2_11,	0000	0707	1409	0505	0606	0808	1616	1110	0909	1309
+Area2_12,	1807	0000	1212	0505	0606	0000	0909	0401	0909	1309
+Area2_13,	1511	1212	1212	0404	0505	0604	1313	1110	0707	1210
+Area2_14,	1111	1515	1412	0505	0606	0808	1414	1004	0909	1313
+Area2_15,	1817	0707	1212	0505	0707	0909	1111	1004	0909	1313
+Area2_16,	1913	1511	1212	0404	0606	0000	0909	1212	0909	1313
+Area2_17,	1515	0000	0000	0000	0505	1006	1313	1005	0707	1212
+Area2_18,	0707	0606	1408	0404	0202	0101	1313	1615	0202	1307
+Area2_19,	0707	1309	0909	0502	0202	0101	2009	1510	0202	0704
+POP
+Area3_1,	1507	0706	1212	0202	0202	0000	0905	1409	0202	0707
+Area3_2,	1507	1313	1212	0202	0202	0101	1613	1510	0202	0807
+Area3_3,	1313	1414	1212	0404	0202	0101	1909	1510	0202	0704
+Area3_4,	1515	0909	1212	0502	0202	0101	1409	1210	0202	0807
+Area3_5,	1515	0808	1212	0502	0202	0101	1111	1510	0202	1007
+Area3_6,	1306	0909	1212	0202	0202	0101	0807	1512	0202	0707
+Area3_7,	0000	1009	1212	0404	0202	0101	1109	0702	0202	0808
+Area3_8,	1507	0606	1212	0404	0202	0101	1908	1409	0202	0707
+Area3_9,	1515	0606	1212	0202	0202	0101	0909	1510	0202	1207
+Area3_10,	1307	1010	1412	0202	0202	0101	1709	1615	0202	1207
+Area3_11,	1307	1005	1212	0404	0202	0101	1709	1510	0202	0703
+Area3_12,	1109	0902	1212	0404	0202	0101	0909	1002	0202	1207
+Area3_13,	1307	0606	1412	0404	0202	0101	0807	1515	0202	1207
+Area3_14,	1717	1407	1212	0404	0202	0101	1107	1409	0202	0805
+Area3_15,	1307	1007	1412	0404	0505	0101	0909	0000	0202	0807
+Area3_16,	1811	0000	1212	0404	0505	0000	1515	0707	0000	1212
+Area3_17,	1907	1414	1512	0402	0705	0000	0000	0000	0909	1212
+POP
+Area4_1,	1311	2019	1212	0404	0505	0000	1919	0707	0707	1109
+Area4_2,	1309	2018	1512	0404	0505	0000	1919	0808	0707	1111
+Area4_3,	1509	2118	1212	0404	0505	0000	1515	0707	0707	1107
+Area4_4,	1715	2221	1512	0404	0505	0000	1919	0707	0707	1111
+Area4_5,	1515	2121	1512	0404	0505	0000	1515	0707	0606	0707
+Area4_6,	1717	2222	1512	0404	0505	0000	1913	0707	0707	0907
+Area4_7,	1715	2221	1512	0404	0505	0000	1313	0707	0606	1111
+Area4_8,	1813	2320	1512	0404	0505	0000	1515	0707	0707	1107
+Area4_9,	1311	2019	1512	0404	0505	0000	1515	0707	0707	1111
+Area4_10,	1311	2019	1512	0000	0505	0000	1313	0707	0707	0909
+Area4_11,	1111	2625	0000	0000	0505	0606	0707	0903	0505	0505
+Area4_12,	0907	2724	0000	0404	0505	0605	1914	1105	0505	0707
+Area4_13,	1511	1610	1212	0404	0505	0605	1513	1105	1107	0704
+Area4_14,	1513	0404	1111	0404	0505	0606	1515	1111	1207	1107
+Area4_15,	1311	1616	1212	0404	0505	0606	1313	1111	0707	1107
+Area4_16,	1109	0606	1212	0404	0000	0000	1515	0902	0807	0505
+Area4_17,	1107	1004	1506	0404	0505	0606	1515	1212	0707	1108
+Area4_18,	1107	0904	1512	0404	0505	0606	1913	1105	1107	1107
+Area4_19,	1109	1313	1212	0404	0505	0606	1915	1111	1007	1107
+Area4_20,	1711	1604	1212	0404	0505	0606	1915	1212	1107	1007
+Area4_21,	1111	0606	1515	0404	0505	0606	1707	1009	0807	0502
+Area4_22,	1311	0603	1512	0404	0505	0606	1714	0707	0807	0501
+POP
+Area5_1,	0711	1212	1513	0202	0707	0808	1408	0000	0909	1210
+Area5_2,	1118	0101	1212	0202	0803	0901	0808	0000	1101	1211
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+Area5_4,	1309	0000	1512	0202	0606	0707	1508	0000	0808	1204
+Area5_5,	0718	0000	1512	0402	0707	0806	0707	0000	0909	1208
+Area5_6,	1818	1414	1212	0404	0707	0000	1916	0000	0909	1208
+Area5_7,	1318	1313	1212	0404	0606	0000	1908	0000	0808	1008
+Area5_8,	1818	0000	1212	0404	0000	0806	1616	0000	0808	1212
diff --git a/inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam b/inst/testdata/datasets-for-future-releases/example_drosophila.Aligned.out.sam
similarity index 100%
rename from inst/ext/example_drosophila.Aligned.out.sam
rename to inst/testdata/datasets-for-future-releases/example_drosophila.Aligned.out.sam
diff --git a/man/greedyMix.Rd b/man/greedyMix.Rd
index eb5eabf..8403005 100644
--- a/man/greedyMix.Rd
+++ b/man/greedyMix.Rd
@@ -16,6 +16,10 @@ greedyMix(data, format, verbose = TRUE)
 \description{
 Clustering of individuals
 }
+\examples{
+data <- system.file("extdata", "FASTA_clustering_haploid.fasta", package = "rBAPS")
+greedyMix(data)
+}
 \references{
 Samtools: a suite of programs for interacting
 with high-throughput sequencing data. <http://www.htslib.org/>
diff --git a/man/load_fasta.Rd b/man/load_fasta.Rd
index 3a0c455..4f47322 100644
--- a/man/load_fasta.Rd
+++ b/man/load_fasta.Rd
@@ -19,7 +19,7 @@ Loads a fasta file into matrix format ready for
 running the hierBAPS algorithm.
 }
 \examples{
-msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package = "rBAPS")
+msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rBAPS")
 snp.matrix <- load_fasta(msa)
 }
 \seealso{
diff --git a/tests/testthat/test-greedyMix.R b/tests/testthat/test-greedyMix.R
index 749dafb..c802479 100644
--- a/tests/testthat/test-greedyMix.R
+++ b/tests/testthat/test-greedyMix.R
@@ -1,11 +1,11 @@
 context("Auxiliary functions to greedyMix")
 
 # Defining the relative path to current inst -----------------------------------
-path_inst <- system.file("ext", "", package = "rBAPS")
+path_inst <- system.file("extdata", "", package = "rBAPS")
 
 # Reading datasets -------------------------------------------------------------
 baps_diploid <- read.delim(
-  file = paste(path_inst, "BAPS_format_clustering_diploid.txt", sep = "/"),
+  file = file.path(path_inst, "BAPS_format_clustering_diploid.txt"),
   sep = " ",
   header = FALSE
 )
diff --git a/tests/testthat/test-spatialMixture.R b/tests/testthat/test-spatialMixture.R
index d07881a..702099b 100644
--- a/tests/testthat/test-spatialMixture.R
+++ b/tests/testthat/test-spatialMixture.R
@@ -79,7 +79,7 @@ test_that("lakseKlitik() and subfunctions produce expected output", {
 })
 
 test_that("testFastaData() produces same output as on MATLAB", {
-  msa <- system.file("ext", "seqs.fa", package = "rBAPS")
+  msa <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "rBAPS")
   test_msa <- testFastaData(msa)
   expect_equal(test_msa$ninds, 515)
   expect_equal(dim(test_msa$data), c(515, 745))