max/ourMELONS
1
0
Fork 0
Code Issues 1 Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Removed docs from matlab2r files (#21)

Browse source
This commit is contained in:
Waldir Leoncio 2022-02-03 10:10:36 +01:00
parent a381fde4bd
commit 69ca345f11
31 changed files with 39 additions and 661 deletions
Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

36
R/indMix.R
View file

@ -150,8 +150,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$diffInCounts
if (round == 1) {
maxMuutos <- max_MATLAB(muutokset)$max
i2 <- max_MATLAB(muutokset)$idx
maxMuutos <- matlab2r::max(muutokset)$max
i2 <- matlab2r::max(muutokset)$idx
}
if (i1 != i2 & maxMuutos > 1e-5) {
@ -174,7 +174,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
partitionSummary <- temp_addToSum$partitionSummary
added <- temp_addToSum$added
if (added == 1) {
temp_minMATLAB <- min_MATLAB(
temp_minMATLAB <- matlab2r::min(
partitionSummary[, 2]
)
worstLogml <- temp_minMATLAB$mins
@ -195,8 +195,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
)
muutokset <- muutokset_diffInCounts$muutokset
diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$diffInCounts
isoin <- max_MATLAB(muutokset)[[1]]
indeksi <- max_MATLAB(muutokset)[[2]]
isoin <- matlab2r::max(muutokset)[[1]]
indeksi <- matlab2r::max(muutokset)[[2]]
if (isoin > maxMuutos) {
maxMuutos <- isoin
i1 <- pop
@ -222,8 +222,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
partitionSummary <- temp_addToSum$partitionSummary
added <- temp_addToSum$added
if (added == 1) {
worstLogml <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[2]]
worstLogml <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[2]]
}
}
} else {
@ -247,8 +247,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
muutokset <- laskeMuutokset3(
T2, inds2, rows, data, adjprior, priorTerm, pop
)
isoin <- max_MATLAB(muutokset)[[1]]
indeksi <- max_MATLAB(muutokset)[[2]]
isoin <- matlab2r::max(muutokset)[[1]]
indeksi <- matlab2r::max(muutokset)[[2]]
if (isoin > maxMuutos) {
maxMuutos <- isoin
muuttuvaPop2 <- indeksi %% npops2
@ -289,8 +289,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
partitionSummary <- temp_addToSum$partitionSummary
added <- temp_addToSum$added
if (added == 1) {
worstLogml <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[2]]
worstLogml <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[2]]
}
}
} else {
@ -334,8 +334,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
diffInCounts <- muutokset_diffInCounts$diffInCounts
muutokset[pop] <- -1e50 # Varmasti ei suurin!!!
maxMuutos <- max_MATLAB(muutokset)[[1]]
i2 <- max_MATLAB(muutokset)[[2]]
maxMuutos <- matlab2r::max(muutokset)[[1]]
i2 <- matlab2r::max(muutokset)[[2]]
updateGlobalVariables(
ind, i2, diffInCounts, adjprior, priorTerm
)
@ -370,8 +370,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
partitionSummary <- temp_addToSum$partitionSummary
added <- temp_addToSum$added
if (added == 1) {
worstLogml <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[2]]
worstLogml <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[2]]
}
}
} else {
@ -441,7 +441,7 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
pop, emptyPop
)
maxMuutos <- indeksi <- max_MATLAB(muutokset)
maxMuutos <- indeksi <- matlab2r::max(muutokset)
muuttuva <- inds2(indeksi)
if (PARTITION(muuttuva) == pop) {
@ -474,8 +474,8 @@ indMix <- function(c, npops, dispText = TRUE) {
partitionSummary <- temp_addToSum$partitionSummary
added <- temp_addToSum$added
if (added == 1) {
worstLogml <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- min_MATLAB(partitionSummary[, 2])[[2]]
worstLogml <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[1]]
worstIndex <- matlab2r::min(partitionSummary[, 2])[[2]]
}
}
if (muutoksiaNyt == 0) {

4
R/linkage.R
View file

@ -31,8 +31,8 @@ linkage <- function(Y, method = "co") {
for (s in 1:(n - 1)) {
X <- as.matrix(as.vector(Y), ncol = 1)
v <- min_MATLAB(X)$mins
k <- min_MATLAB(X)$idx
v <- matlab2r::min(X)$mins
k <- matlab2r::min(X)$idx
i <- floor(m + 1 / 2 - sqrt(m^2 - m + 1 / 4 - 2 * (k - 1)))
j <- k - (i - 1) * (m - i / 2) + i