diff --git a/inst/ext/sam_example.sam b/inst/ext/sam_example.sam new file mode 100644 index 0000000..42fa654 --- /dev/null +++ b/inst/ext/sam_example.sam @@ -0,0 +1,5 @@ +HWI-ST865:416:C6CG0ACXX:1:1313:9073:43827 0 I 2 1 99M * 0 0 CCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCT @C@DFDEFFHDFFIIJIGIIGIGGIIIIJGHGIJJEEIAHHGGIGFH@HGCFGGGJJIIGDAFG@DGIHHHHHFFBB@CACEC6;?CDD?CDCAD>>AA AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:99 YT:Z:UU +HWI-ST865:416:C6CG0ACXX:1:1215:16359:6484 16 I 9 1 85M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCC EEEEFFFFDAGHHHIJJIIJJJJJIJJJJIJIJJIGIIJJJJJJJIJJJJJJJIIJJJIIJGJJIJJJJJJJHFHHHFFFFFCCB AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:85 YT:Z:UU +HWI-ST865:416:C6CG0ACXX:1:1113:14118:89232 16 I 15 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA CAC@A>C@AADCAC@ACEEC@@BD?E;@CEHGCEIGIHAFHGGF;FCHBHFBHIGIIIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJJJJHHHHHFFFFFCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +HWI-ST865:412:C6CLLACXX:1:2315:12173:84819 16 I 49 1 70M * 0 0 GCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCT @7)3CC=)CA;EBC>DAEDBDCDDDCDD@B?EAECAA@D@;BDHA3A7(@5/IIHFIIGEIIIIHEIIIIIGGIGIIIIIFDCIIIIIIIIGGIIGIHFFEIHDDBHFFDDDB@@@ AS:i:-33 XS:i:-33 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:8 MD:Z:29T2G2T29T0A17A11A1G1 YT:Z:UU +HWI-ST865:412:C6CLLACXX:1:1215:19021:78287 16 I 93 1 66M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGC @=87=3GF=.:CFE;D@B3?3?BD9BC<>CJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJJIHHHHHFFEDAC@B AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:66 YT:Z:UU