From 862a91febcc382ece993ba036042aeeff761639d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Waldir Leoncio <waldir.leoncio@gmail.com>
Date: Wed, 24 Jun 2020 15:16:13 +0200
Subject: [PATCH] Added bare-bones lueGenePopData

---
 NAMESPACE             |  1 +
 R/greedyMix.R         | 64 -----------------------------------------
 R/lueGenePopData.R    | 66 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 man/lueGenePopData.Rd | 17 +++++++++++
 4 files changed, 84 insertions(+), 64 deletions(-)
 create mode 100644 R/lueGenePopData.R
 create mode 100644 man/lueGenePopData.Rd

diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE
index d478d16..f6edaf8 100644
--- a/NAMESPACE
+++ b/NAMESPACE
@@ -13,6 +13,7 @@ export(inputdlg)
 export(isfield)
 export(laskeMuutokset4)
 export(learn_simple_partition)
+export(lueGenePopData)
 export(noIndex)
 export(ownNum2Str)
 export(poistaLiianPienet)
diff --git a/R/greedyMix.R b/R/greedyMix.R
index 88c9004..ade1cb0 100644
--- a/R/greedyMix.R
+++ b/R/greedyMix.R
@@ -1580,70 +1580,6 @@ greedyMix <- function(
 
 # 	%------------------------------------------------------
 
-
-# 	function [data, popnames] = lueGenePopData(tiedostonNimi)
-
-# 	fid = fopen(tiedostonNimi);
-# 	line = fgetl(fid);  %ensimm�inen rivi
-# 	line = fgetl(fid);  %toinen rivi
-# 	count = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line);
-
-# 	line = fgetl(fid);
-# 	lokusRiveja = 1;
-# 	while (testaaPop(line)==0)
-# 		lokusRiveja = lokusRiveja+1;
-# 		line = fgetl(fid);
-# 	end
-
-# 	if lokusRiveja>1
-# 		nloci = lokusRiveja;
-# 	else
-# 		nloci = count;
-# 	end
-
-# 	popnames = cell(10,2);
-# 	data = zeros(100, nloci+1);
-# 	nimienLkm=0;
-# 	ninds=0;
-# 	poimiNimi=1;
-# 	digitFormat = -1;
-# 	while line ~= -1
-# 		line = fgetl(fid);
-
-# 		if poimiNimi==1
-# 			%Edellinen rivi oli 'pop'
-# 			nimienLkm = nimienLkm+1;
-# 			ninds = ninds+1;
-# 			if nimienLkm>size(popnames,1);
-# 				popnames = [popnames; cell(10,2)];
-# 			end
-# 			nimi = lueNimi(line);
-# 			if digitFormat == -1
-# 				digitFormat = selvitaDigitFormat(line);
-# 				divider = 10^digitFormat;
-# 			end
-# 			popnames{nimienLkm, 1} = {nimi};   %N�in se on greedyMix:iss�kin?!?
-# 			popnames{nimienLkm, 2} = ninds;
-# 			poimiNimi=0;
-
-# 			data = addAlleles(data, ninds, line, divider);
-
-# 		elseif testaaPop(line)
-# 			poimiNimi = 1;
-
-# 		elseif line ~= -1
-# 			ninds = ninds+1;
-# 			data = addAlleles(data, ninds, line, divider);
-# 		end
-# 	end
-
-# 	data = data(1:ninds*2,:);
-# 	popnames = popnames(1:nimienLkm,:);
-# 	fclose(fid);
-
-# 	%--------------------------------------------------------
-
-
 # 	function data = addAlleles(data, ind, line, divider)
 # 	% Lisaa BAPS-formaatissa olevaan datataulukkoon
 # 	% yksil�� ind vastaavat rivit. Yksil�n alleelit
diff --git a/R/lueGenePopData.R b/R/lueGenePopData.R
new file mode 100644
index 0000000..2c79d03
--- /dev/null
+++ b/R/lueGenePopData.R
@@ -0,0 +1,66 @@
+#' @title Read GenePop Data
+#' @description Reads GenePop-formatted data
+#' @param tiedostonNimi Name of the file
+#' @return list containing data and popnames
+#' @export
+lueGenePopData <- function (tiedostonNimi) {
+
+	fid   <- load(tiedostonNimi)
+	line1 <- readLines(fid)[1] # ensimmäinen rivi
+	line2 <- readLines(fid)[2] # toinen rivi
+	count <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
+
+	line <- readLines(fid)[3]
+	lokusRiveja <- 1
+	while (testaaPop(line) == 0) {
+		lokusRiveja <- lokusRiveja + 1 # locus row
+		line <- readLines(fid)[3 + lokusRiveja]
+	}
+
+	if (lokusRiveja > 1) {
+		nloci <- lokusRiveja
+	} else {
+		nloci <- count
+	}
+
+	popnames <- cell(10, 2)
+	data <- zeros(100, nloci + 1)
+	nimienLkm <- 0
+	ninds <- 0
+	poimiNimi <- 1
+	digitFormat <- -1
+	while (line != -1) {
+		line <- readLines(fid)[lokusRiveja + 1]
+		lokusRiveja <- lokusRiveja + 1
+
+		if (poimiNimi == 1) {
+			# Edellinen rivi oli 'pop'
+			nimienLkm <- nimienLkm + 1
+			ninds <- ninds + 1
+			if (nimienLkm > size(popnames, 1)) {
+				popnames <- c(popnames, cell(10, 2))
+			}
+			nimi <- lueNimi(line)
+			if (digitFormat == -1) {
+				digitFormat <- selvitaDigitFormat(line)
+				divider <- 10 ^ digitFormat
+			}
+			popnames[nimienLkm, 1] <- nimi   #N�in se on greedyMix:iss�kin?!?
+			popnames[nimienLkm, 2] <- ninds
+			poimiNimi <- 0
+
+			data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
+
+		 } else if (testaaPop(line)) {
+			poimiNimi <- 1
+
+		 } else if (line != -1) {
+			ninds <- ninds + 1
+			data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
+		}
+	}
+
+	data <- data[1:(ninds * 2),]
+	popnames <- popnames[seq_len(nimienLkm),]
+	return(list(data = data, popnames = popnames))
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/man/lueGenePopData.Rd b/man/lueGenePopData.Rd
new file mode 100644
index 0000000..02c0612
--- /dev/null
+++ b/man/lueGenePopData.Rd
@@ -0,0 +1,17 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/lueGenePopData.R
+\name{lueGenePopData}
+\alias{lueGenePopData}
+\title{Read GenePop Data}
+\usage{
+lueGenePopData(tiedostonNimi)
+}
+\arguments{
+\item{tiedostonNimi}{Name of the file}
+}
+\value{
+list containing data and popnames
+}
+\description{
+Reads GenePop-formatted data
+}