From 8a4b2d8fc3ddb70a64a98a4be1d2e66b5845de33 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Waldir Leoncio <waldir.leoncio@gmail.com>
Date: Mon, 8 Jun 2020 15:41:52 +0200
Subject: [PATCH] Added testaaGenePopData function

---
 R/greedyMix.R            | 81 ----------------------------------------
 R/testaaGenePopData.R    | 63 +++++++++++++++++++++++++++++++
 man/testaaGenePopData.Rd | 11 ++++++
 3 files changed, 74 insertions(+), 81 deletions(-)
 create mode 100644 R/testaaGenePopData.R
 create mode 100644 man/testaaGenePopData.Rd

diff --git a/R/greedyMix.R b/R/greedyMix.R
index 5731d9d..201e045 100644
--- a/R/greedyMix.R
+++ b/R/greedyMix.R
@@ -1613,87 +1613,6 @@ greedyMix <- function(
 # 		emptyPop = min(find(popDiff > 1));
 # 	end
 
-# 	%--------------------------------------------------------------------
-
-
-# 	function kunnossa = testaaGenePopData(tiedostonNimi)
-# 	% kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
-# 	% Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
-
-# 	kunnossa = 0;
-# 	fid = fopen(tiedostonNimi);
-# 	line1 = fgetl(fid);  %ensimm�inen rivi
-# 	line2 = fgetl(fid);  %toinen rivi
-# 	line3 = fgetl(fid);  %kolmas
-
-# 	if (isequal(line1,-1) | isequal(line2,-1) | isequal(line3,-1))
-# 		disp('Incorrect file format 1168'); fclose(fid);
-# 		return
-# 	end
-# 	if (testaaPop(line1)==1 | testaaPop(line2)==1)
-# 		disp('Incorrect file format 1172'); fclose(fid);
-# 		return
-# 	end
-# 	if testaaPop(line3)==1
-# 		%2 rivi t�ll�in lokusrivi
-# 		nloci = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2);
-# 		line4 = fgetl(fid);
-# 		if isequal(line4,-1)
-# 			disp('Incorrect file format 1180'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 		if ~any(line4==',')
-# 			% Rivin nelj?t�ytyy sis�lt�� pilkku.
-# 			disp('Incorrect file format 1185'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 		pointer = 1;
-# 		while ~isequal(line4(pointer),',')  %Tiedet��n, ett?pys�htyy
-# 			pointer = pointer+1;
-# 		end
-# 		line4 = line4(pointer+1:end);  %pilkun j�lkeinen osa
-# 		nloci2 = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4);
-# 		if (nloci2~=nloci)
-# 			disp('Incorrect file format 1195'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 	else
-# 		line = fgetl(fid);
-# 		lineNumb = 4;
-# 		while (testaaPop(line)~=1 & ~isequal(line,-1))
-# 			line = fgetl(fid);
-# 			lineNumb = lineNumb+1;
-# 		end
-# 		if isequal(line,-1)
-# 			disp('Incorrect file format 1206'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 		nloci = lineNumb-2;
-# 		line4 = fgetl(fid);  %Eka rivi pop sanan j�lkeen
-# 		if isequal(line4,-1)
-# 			disp('Incorrect file format 1212'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 		if ~any(line4==',')
-# 			% Rivin t�ytyy sis�lt�� pilkku.
-# 			disp('Incorrect file format 1217'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 		pointer = 1;
-# 		while ~isequal(line4(pointer),',')  %Tiedet��n, ett?pys�htyy.
-# 			pointer = pointer+1;
-# 		end
-
-# 		line4 = line4(pointer+1:end);  %pilkun j�lkeinen osa
-# 		nloci2 = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4);
-# 		if (nloci2~=nloci)
-# 			disp('Incorrect file format 1228'); fclose(fid);
-# 			return
-# 		end
-# 	end
-# 	kunnossa = 1;
-# 	fclose(fid);
-
 # 	%------------------------------------------------------
 
 
diff --git a/R/testaaGenePopData.R b/R/testaaGenePopData.R
new file mode 100644
index 0000000..4540493
--- /dev/null
+++ b/R/testaaGenePopData.R
@@ -0,0 +1,63 @@
+#' @title Tests GenePop data
+testaaGenePopData <- function(tiedostonNimi) {
+	# kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
+	# Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
+
+	kunnossa <- 0
+	if (file.exists(paste0(tiedostonNimi, ".rda"))) {
+		fid   <- load(tiedostonNimi)
+		line1 <- readLines(fid)[1] # ensimmäinen rivi
+		line2 <- readLines(fid)[2] # toinen rivi
+		line3 <- readLines(fid)[3] # kolmas
+	} else {
+		fid <- line1 <- line2 <- line3 <- -1
+	}
+
+	if (line1 == -1 | line2 == -1 | line3 == -1) {
+		stop('Incorrect file format 1168')
+	}
+	if (testaaPop(line1) == 1 | testaaPop(line2) == 1) { # TODO: translate function
+		stop('Incorrect file format 1172')
+	}
+	if (testaaPop(line3) == 1) {
+		# 2 rivi t�ll�in lokusrivi
+		nloci <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2) # TODO: translate function
+		line4 <- readLines(fid)[4]
+		if (line4 == -1) stop('Incorrect file format 1180')
+		if (!grepl(',', line4)) {
+			# Rivin nelj?t�ytyy sis�lt�� pilkku.
+			stop('Incorrect file format 1185')
+		}
+		pointer <- 1
+		while (line4[pointer] != ',') { # Tiedet��n, ett?pys�htyy
+			pointer <- pointer + 1
+		}
+		line4 <- line4[(pointer + 1):nchar(line4)] # pilkun j�lkeinen osa
+		nloci2 <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4)
+		if (nloci2 != nloci) stop('Incorrect file format 1195')
+	} else {
+		line <- readLines(fid)[4]
+		lineNumb <- 4
+		while (testaaPop(line) != 1 & line != -1) {
+			line <- readLines(fid)[lineNumb]
+			lineNumb <- lineNumb + 1
+		}
+		if (line == -1) stop('Incorrect file format 1206')
+		nloci <- lineNumb - 2
+		line4 <- readLines(fid)[4] # Eka rivi pop sanan j�lkeen
+		if (line4 == -1) stop('Incorrect file format 1212')
+		if (!grepl(',', line4)) {
+			# Rivin t�ytyy sis�lt�� pilkku.
+			stop('Incorrect file format 1217')
+		}
+		pointer <- 1
+		while (line4[pointer] != ',') { # Tiedet��n, ett?pys�htyy
+			pointer <- pointer + 1
+		}
+		line4 <- line4[(pointer + 1):nchar(line4)] # pilkun j�lkeinen osa
+		nloci2 <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4)
+		if (nloci2 != nloci) stop('Incorrect file format 1228')
+	}
+	kunnossa <- 1
+	return(kunnossa)
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/man/testaaGenePopData.Rd b/man/testaaGenePopData.Rd
new file mode 100644
index 0000000..167b33c
--- /dev/null
+++ b/man/testaaGenePopData.Rd
@@ -0,0 +1,11 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/testaaGenePopData.R
+\name{testaaGenePopData}
+\alias{testaaGenePopData}
+\title{Tests GenePop data}
+\usage{
+testaaGenePopData(tiedostonNimi)
+}
+\description{
+Tests GenePop data
+}