diff --git a/R/addAlleles.R b/R/addAlleles.R index 33d0f38..6dd1c08 100644 --- a/R/addAlleles.R +++ b/R/addAlleles.R @@ -20,8 +20,8 @@ addAlleles <- function(data, ind, line, divider) { k <- 1 merkki <- substring(line, k, k) while (merkki != ',') { - k <- k + 1 - merkki <- substring(line, k, k) + k <- k + 1 + merkki <- substring(line, k, k) } line <- substring(line, k + 1) # clear k; clear merkki; diff --git a/R/laskeMuutokset12345.R b/R/laskeMuutokset12345.R index b642a98..bfb4d59 100644 --- a/R/laskeMuutokset12345.R +++ b/R/laskeMuutokset12345.R @@ -1,4 +1,4 @@ -#' @title Calculate changes? +#' @title Calculate changes (?) #' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on #' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran #' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään @@ -9,8 +9,9 @@ #' @param logml log maximum likelihood #' @param COUNTS COUNTS #' @export -laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, - COUNTS = matrix(0)) { +laskeMuutokset4 <- function ( + osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0) +) { npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3]) notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005) muutokset <- zeros(npops) @@ -38,17 +39,15 @@ laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, return (muutokset) } - +# Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik� olisi +# muutos logml:ss�, mik�li yksil� ind siirret��n koriin i. +# diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis�tt�v� +# COUNTS:in siivuun i2, mik�li muutos toteutetaan. +# +# Lis�ys 25.9.2007: +# Otettu k�ytt��n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset +# logml:ss� siirrett�ess� yksil�it� toisiin populaatioihin. laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) { - # Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik� olisi - # muutos logml:ss�, mik�li yksil� ind siirret��n koriin i. - # diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis�tt�v� - # COUNTS:in siivuun i2, mik�li muutos toteutetaan. - # - # Lis�ys 25.9.2007: - # Otettu k�ytt��n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset - # logml:ss� siirrett�ess� yksil�it� toisiin populaatioihin. - npops <- size(COUNTS, 3) muutokset <- LOGDIFF[ind, ] diff --git a/man/laskeMuutokset4.Rd b/man/laskeMuutokset4.Rd index 5c41852..e3382de 100644 --- a/man/laskeMuutokset4.Rd +++ b/man/laskeMuutokset4.Rd @@ -2,7 +2,7 @@ % Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R \name{laskeMuutokset4} \alias{laskeMuutokset4} -\title{Calculate changes?} +\title{Calculate changes (?)} \usage{ laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0)) }