max/ourMELONS
1
0
Fork 0
Code Issues 1 Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Replaced some syntax

Browse source 
Replaced translated code with equivalent code from `lueGenePopData()`
This commit is contained in:
Waldir Leoncio 2022-05-13 12:41:19 +02:00
parent 1cc0fba114
commit a469240f81
1 changed files with 13 additions and 13 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

26
R/lueGenePopDataPop.R
View file

@ -8,16 +8,16 @@ lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) {
# Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän. # Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän.
# popnames on kuten ennenkin. # popnames on kuten ennenkin.
fid <- fopen(tiedostonNimi) fid <- readLines(tiedostonNimi)
line <- fgetl(fid) # ensimmäinen rivi line <- fid[1] # ensimmäinen rivi
line <- fgetl(fid) # toinen rivi line <- fid[2] # toinen rivi
count <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line) count <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
line <- fgetl(fid) line <- fid[3]
lokusRiveja <- 1 lokusRiveja <- 1
while (testaaPop(line) == 0) { while (testaaPop(line) == 0) {
lokusRiveja <- lokusRiveja + 1 lokusRiveja <- lokusRiveja + 1
line <- fgetl(fid) line <- fid[2 + lokusRiveja]
} }
if (lokusRiveja > 1) { if (lokusRiveja > 1) {
@ -32,9 +32,9 @@ lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) {
ninds <- 0 ninds <- 0
poimiNimi <- 1 poimiNimi <- 1
digitFormat = -1 digitFormat = -1
while (line != -1) { while (lokusRiveja < length(fid) - 2) {
line <- fgetl(fid) lokusRiveja <- lokusRiveja + 1 # Keeps the loop moving along
line <- fid[lokusRiveja + 2]
if (poimiNimi == 1) { if (poimiNimi == 1) {
# Edellinen rivi oli 'pop' # Edellinen rivi oli 'pop'
nimienLkm <- nimienLkm + 1 nimienLkm <- nimienLkm + 1
@ -47,8 +47,8 @@ lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) {
digitFormat <- selvitaDigitFormat(line) digitFormat <- selvitaDigitFormat(line)
divider <- 10 ^ digitFormat divider <- 10 ^ digitFormat
} }
popnames[nimienLkm, 1] = nimi # Näin se on greedyMix:issäkin?!? popnames[nimienLkm, 1] <- nimi # Näin se on greedyMix:issäkin?!?
popnames[nimienLkm, 2] = ninds popnames[nimienLkm, 2] <- ninds
poimiNimi <- 0 poimiNimi <- 0
data <- addAlleles(data, ninds, line, divider) data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
@ -56,14 +56,14 @@ lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) {
} else if (testaaPop(line)) { } else if (testaaPop(line)) {
poimiNimi <- 1 poimiNimi <- 1
} else if (line != -1) { } else if (!is.na(line)) {
ninds <- ninds + 1 ninds <- ninds + 1
data <- addAlleles(data, ninds, line, divider) data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
} }
} }
data <- data[1:ninds * 2, ] data <- data[1:(ninds * 2), ]
popnames <- popnames[1:nimienLkm, ] popnames <- popnames[seq_len(nimienLkm), ]
npops <- size(popnames, 1) npops <- size(popnames, 1)
ind <- 1 ind <- 1
for (pop in 1:npops) { for (pop in 1:npops) {