From ba1573ad59e1fa4ec41d552bda29893bbee747af Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Waldir Leoncio <waldir.leoncio@gmail.com>
Date: Tue, 28 Jul 2020 11:45:28 +0200
Subject: [PATCH] Fixed behavior of testaaGenePopData

---
 R/greedyMix.R         |  4 ++--
 R/testaaGenePopData.R | 36 ++++++++++++++++++++----------------
 2 files changed, 22 insertions(+), 18 deletions(-)

diff --git a/R/greedyMix.R b/R/greedyMix.R
index 0991649..edac561 100644
--- a/R/greedyMix.R
+++ b/R/greedyMix.R
@@ -147,8 +147,8 @@ greedyMix <- function(
 			# 	fprintf(1,'Data: %s\n',[pathname filename]);
 			# end
 
-			kunnossa <- testaaGenePopData(pathname_filename)
-			# if (kunnossa == 0) stop("testaaGenePopData returned 0")
+			kunnossa <- testaaGenePopData(filename_pathname)
+			if (kunnossa == 0) stop("testaaGenePopData returned 0")
 			# [data,popnames]=lueGenePopData([pathname filename]); # TODO: trans
 
 # 			h0 = findobj('Tag','filename1_text');
diff --git a/R/testaaGenePopData.R b/R/testaaGenePopData.R
index 7b3810d..d62bff4 100644
--- a/R/testaaGenePopData.R
+++ b/R/testaaGenePopData.R
@@ -1,15 +1,17 @@
 #' @title Tests GenePop data
 #' @param tiedostonNimi Filename
+#' @return kunnossa (binary "ok" condition value) == 0 if the data is not valid genePop data. Otherwise, kunnossa == 1.
+#' @details GenePop data are textfiles that follow the GenePop format. This function checks if such file is properly formatted as GenePop.
 testaaGenePopData <- function(tiedostonNimi) {
 	# kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
 	# Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
 
 	kunnossa <- 0
-	if (file.exists(paste0(tiedostonNimi, ".rda"))) {
-		fid   <- load(tiedostonNimi)
-		line1 <- readLines(fid)[1] # ensimmäinen rivi
-		line2 <- readLines(fid)[2] # toinen rivi
-		line3 <- readLines(fid)[3] # kolmas
+	if (file.exists(tiedostonNimi)) {
+		fid   <- readLines(tiedostonNimi)
+		line1 <- fid[1] # ensimmäinen rivi
+		line2 <- fid[2] # toinen rivi
+		line3 <- fid[3] # kolmas
 	} else {
 		fid <- line1 <- line2 <- line3 <- -1
 	}
@@ -21,41 +23,43 @@ testaaGenePopData <- function(tiedostonNimi) {
 		stop('Incorrect file format 1172')
 	}
 	if (testaaPop(line3) == 1) {
-		# 2 rivi t�ll�in lokusrivi
-		nloci <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2) # TODO: translate function
-		line4 <- readLines(fid)[4]
+		# 2 rivi t�ll�in lokusrivi (2 rows then locus row)
+		nloci <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2)
+		line4 <- fid[4]
 		if (line4 == -1) stop('Incorrect file format 1180')
 		if (!grepl(',', line4)) {
 			# Rivin nelj?t�ytyy sis�lt�� pilkku.
 			stop('Incorrect file format 1185')
 		}
 		pointer <- 1
-		while (line4[pointer] != ',') { # Tiedet��n, ett?pys�htyy
+		while (substring(line4, pointer, pointer) != ',') {
+			# Tiedet��n, ett?pys�htyy
 			pointer <- pointer + 1
 		}
-		line4 <- line4[(pointer + 1):nchar(line4)] # pilkun j�lkeinen osa
+		line4 <- substring(line4, pointer + 1) # pilkun j�lkeinen osa (the part after the comma)
 		nloci2 <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4)
 		if (nloci2 != nloci) stop('Incorrect file format 1195')
 	} else {
-		line <- readLines(fid)[4]
+		line <- fid[4]
 		lineNumb <- 4
 		while (testaaPop(line) != 1 & line != -1) {
-			line <- readLines(fid)[lineNumb]
+			line <- fid[lineNumb + 1]
 			lineNumb <- lineNumb + 1
 		}
 		if (line == -1) stop('Incorrect file format 1206')
 		nloci <- lineNumb - 2
-		line4 <- readLines(fid)[4] # Eka rivi pop sanan j�lkeen
+		line4 <- fid[lineNumb + 1] # Eka rivi pop sanan j�lkeen
 		if (line4 == -1) stop('Incorrect file format 1212')
 		if (!grepl(',', line4)) {
-			# Rivin t�ytyy sis�lt�� pilkku.
+			# Rivin t�ytyy sis�lt�� pilkku. (The line must contain a comma)
 			stop('Incorrect file format 1217')
 		}
 		pointer <- 1
-		while (line4[pointer] != ',') { # Tiedet��n, ett?pys�htyy
+		while (substring(line4, pointer, pointer) != ',') {
+			# Tiedet��n, ett?pys�htyy
 			pointer <- pointer + 1
 		}
-		line4 <- line4[(pointer + 1):nchar(line4)] # pilkun j�lkeinen osa
+		line4 <- substring(line4, pointer + 1) # pilkun j�lkeinen osa (the part after the comma)
 		nloci2 <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4)
 		if (nloci2 != nloci) stop('Incorrect file format 1228')
 	}