diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls b/data/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls new file mode 100644 index 0000000..2bed634 Binary files /dev/null and b/data/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls differ diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt new file mode 100644 index 0000000..13a426b --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt @@ -0,0 +1,108 @@ +Baseline data for trained clustering +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7 +8 +9 +10 +POP +Area1_1, 1717 1111 0000 0404 0505 0606 0707 1212 0707 1212 +Area1_2, 0909 1010 0505 0404 0505 1010 0707 1111 0707 1212 +Area1_3, 0000 1010 1414 0404 0505 0606 1111 1212 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--git a/data/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering.txt new file mode 100644 index 0000000..806b269 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering.txt @@ -0,0 +1,10 @@ + 3.1013610e+006 6.7104850e+006 + 3.1016310e+006 6.7101990e+006 + 3.1015790e+006 6.7101790e+006 + 3.1015910e+006 6.7100650e+006 + 3.1017660e+006 6.7104190e+006 + 3.1017500e+006 6.7106040e+006 + 3.1019250e+006 6.7092640e+006 + 3.1017430e+006 6.7094990e+006 + 3.1015240e+006 6.7097430e+006 + 0 0 diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of diploid individuals.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of diploid individuals.txt new file mode 100644 index 0000000..c4b064e --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of diploid individuals.txt @@ 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a/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt new file mode 100644 index 0000000..00f03f1 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt @@ -0,0 +1,20 @@ +88 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1 +80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1 +88 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1 +80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1 +88 -9 56 84 102 92 120 90 88 100 2 +86 -9 56 80 102 90 116 90 86 102 2 +88 -9 56 84 102 92 120 90 88 100 2 +86 -9 56 80 102 90 116 90 86 100 2 +88 102 54 82 102 90 116 92 86 102 3 +88 102 56 80 100 90 118 90 88 104 3 +88 102 54 80 102 90 116 92 86 102 3 +88 102 56 80 100 90 118 90 88 104 3 +80 102 54 82 102 92 116 -9 86 104 4 +88 104 56 84 102 92 120 -9 88 100 4 +80 102 54 82 102 92 116 -9 86 104 4 +88 104 56 84 102 92 120 -9 88 100 4 +86 102 56 80 102 90 116 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clustering of haploid individuals.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt new file mode 100644 index 0000000..afd5492 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt @@ -0,0 +1,5 @@ +88 102 56 80 100 90 118 -9 88 104 1 +80 102 54 82 102 92 116 90 86 104 1 +88 104 56 84 102 -9 120 90 88 100 2 +86 102 56 80 102 90 116 90 86 100 2 +88 102 -9 80 102 90 116 92 86 100 3 diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt new file mode 100644 index 0000000..3450819 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt @@ -0,0 +1,20 @@ +88 102 56 80 100 90 118 90 88 104 1 +80 102 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b/data/ExamplesDataFormatting/Example data in FASTA format for clustering of haploid individuals.fasta @@ -0,0 +1,20 @@ +>1 +AACGAAACGATCGCGTCACCGGAACGTTGTCCGTCTCGAATAGCACTGTGGGAACGTGTTTTACATTCGT +TAGTAACATGGTCAGCTGCTCATCCGTATT + +>2 +ATCAGCAAACGAGAAGTTGCAGAGGTCTTTGGTTTGAGCATTGCCCCCATACAATCGACTTCTGGCCTGG +AATGCACCACAAACATACCCCACAGGCTCG + +>3 +GCTTTTACTAAGGCCTATCGGATTCAACGTCACTAAGACTCGGCACTAACAGGCCGTTGTAAGCCGCTCT +GTCTGAGTATGGATGGTGGAGGCGGAGCCG + +>4 +ACCTGGACCTCTGTATTAACGGCTGTGATTCTGAGGGGGGTATCGCAGCGCACTTTCTAGCTATATCACG +CAAGGATAAAGTTCACCCATCACGTTGACC + +>5 +ACAATACGTCATCCACACCGCGCCTATGGAAGAATTTGCCCTTTCGGCGACAGCCCATGCTGTCAAGGAG +GTAACATAGCTACCAGGTCCCATTCCAGGA + diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt new file mode 100644 index 0000000..c68df31 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt @@ -0,0 +1,8 @@ +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1 +GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1 +GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 2 +GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 2 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3 +GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 3 +GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 4 +GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4 diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt new file mode 100644 index 0000000..352b02b --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt @@ -0,0 +1,4 @@ +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1 +GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 2 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3 +GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4 diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt new file mode 100644 index 0000000..185807b --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt @@ -0,0 +1,16 @@ +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1 +GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1 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a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt new file mode 100644 index 0000000..8be8051 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt @@ -0,0 +1,8 @@ +>RecA-1 +CTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-2 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-3 +CTAACGC--GAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-4 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt new file mode 100644 index 0000000..8105033 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt @@ -0,0 +1,3 @@ +1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 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