From bee595c164c095579648c4e6579943d916464fff Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Waldir Leoncio Date: Wed, 6 May 2020 06:21:14 +0200 Subject: [PATCH] Added example data --- ...ence data in concatenated Excel format.xls | Bin 0 -> 20992 bytes ... GENEPOP format for Trained clustering.txt | 108 + ...he spatial clustering of DNA sequences.txt | 5 + ...coordinates for the spatial clustering.txt | 10 + ... for clustering of diploid individuals.txt | 10 + ... for clustering of haploid individuals.txt | 5 + ...r clustering of tetraploid individuals.txt | 20 + ...wise clustering of diploid individuals.txt | 10 + ...wise clustering of haploid individuals.txt | 5 + ...e clustering of tetraploid individuals.txt | 20 + ...or clustering of haploid individuals.fasta | 20 + ...e file for clustering with linked loci.txt | 8 + ...e file for clustering with linked loci.txt | 4 + ...e file for clustering with linked loci.txt | 16 + ... formatted sequence file for gene recA.txt | 8 + ...a concatenated sequence in BAPS format.txt | 3 + ...is based on user-specified populations.txt | 10 + ...le of an MLST profile file for 6 genes.txt | 5 + ...ample of hierBAPS input in FASTA format.fa | 22145 ++++++++++++++++ ...xample of hierBAPS input in XLS format.xls | Bin 0 -> 433152 bytes ...le to be used with BAPS formatted data.txt | 3 + ...le to be used with BAPS formatted data.txt | 3 + ... GENEPOP format for Trained clustering.txt | 25 + ... GENEPOP format for Trained clustering.txt | 31 + ...a in XLS format for Trained clustering.xls | Bin 0 -> 45056 bytes ...a in XLS format for Trained clustering.xls | Bin 0 -> 110592 bytes 26 files changed, 22474 insertions(+) create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example baseline data in GENEPOP format for Trained clustering.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering of DNA sequences.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example coordinates for the spatial clustering.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of diploid individuals.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of haploid individuals.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for clustering of tetraploid individuals.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of diploid individuals.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of haploid individuals.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in BAPS format for group-wise clustering of tetraploid individuals.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example data in FASTA format for clustering of haploid individuals.fasta create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted diploid sequence file for clustering with linked loci.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted haploid sequence file for clustering with linked loci.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of a partition file for admixture analysis based on user-specified populations.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of an MLST profile file for 6 genes.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in FASTA format.fa create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of hierBAPS input in XLS format.xls create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of sample population index file to be used with BAPS formatted data.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example of sample population names file to be used with BAPS formatted data.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example pre-grouped sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example sample data in GENEPOP format for Trained clustering.txt create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example test data in XLS format for Trained clustering.xls create mode 100644 data/ExamplesDataFormatting/Example training data in XLS format for Trained clustering.xls diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls b/data/ExamplesDataFormatting/Example MLST DNA sequence data in concatenated Excel format.xls new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2bed6342d8d7c4e470e978dc8b5df5622fb103a1 GIT binary patch literal 20992 zcmeHPdu&@*8UL>1Jlbw;)-_w#t-)lEZs{5&X-k9FHgz1QPDo-ec4%Rn%&mQscyaCx z*VkP-B*<7N?T;Z1CNzX5u}K4jKrl1`|4dWLA813Gn9wF3La3X7KM;ZqfyAV3;rBb& z*LLhU%@E_!-Q#@c@jcG@&Uena_q=jn{@GO*pZflu*QCZBmnM04b&IrA;WfnfdFgfm zeRY*dFT4eDpnUg#WPvShXvmgk`BTSBtuL-1+9dLt1mv0E1^6Pb1MZeZX%-nP&d=*+ z)(HJ4+>p{i*Qmn^I^HqFGA(P_1#+hY 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+CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1 +GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 2 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 3 +GTTATCTAC--GGTTGCTGCACTAACACCT-AGCTGAGATCGA-GGCGAAATGGGCGATAGCCACA 4 diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt new file mode 100644 index 0000000..185807b --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a BAPS formatted tetraploid sequence file for clustering with linked loci.txt @@ -0,0 +1,16 @@ +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCGCAGAAAGTAGGTAAAACGTGTGCATTCGTTGATGCGGAA 1 +GCACTTGACCCTATCTACGCTCAAAAGCTTGGTGTTGATATTGACGCTTTGCTTGTATCTCAACCT 1 +GATACGGGTGAACAAGCTCTAGAAATTTGTGATGCACTGGCTCGTTCAGGTGCTATCGATGTTCTT 1 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gene recA.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt new file mode 100644 index 0000000..8be8051 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a fasta formatted sequence file for gene recA.txt @@ -0,0 +1,8 @@ +>RecA-1 +CTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-2 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-3 +CTAACGC--GAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAACCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC +>RecA-4 +CTAACGCTTGAGCTTATTGCTGCAGCACAGA-AGTGGGCAAAACGTGTGCATTCGTCGATGCCTAACGCTTGAGCTTATT-CTGCAGCCAAATTCGTATGAAAATTGGTGTAATGTTCGGTAAC diff --git a/data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt new file mode 100644 index 0000000..8105033 --- /dev/null +++ b/data/ExamplesDataFormatting/Example of a file specifying gene boundaries for a concatenated sequence in BAPS format.txt @@ -0,0 +1,3 @@ +1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 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