diff --git a/R/laskeMuutokset12345.R b/R/laskeMuutokset12345.R index 178e2d4..9e549e6 100644 --- a/R/laskeMuutokset12345.R +++ b/R/laskeMuutokset12345.R @@ -1,16 +1,37 @@ -#' @title Calculate changes (?) +#' @title Calculate changes (spatial mixture class) +#' @importFrom R6 R6Class +spatialMixture_muutokset <- R6Class( + classname = "spatialMixture_muutokset", + public = list( + #' @param ind ind + #' @param rowsFromInd rowsFromInd + #' @param data data + #' @param adjprior adjprior + #' @param priorTerm priorTerm + #' @param logml logml + #' @param cliques cliques + #' @param separators separators + laskeMuutokset = function( + ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators + ) { + stop("Not yet implemented") # TODO: implement + } + ) +) + +#' @title Calculate changes (admix1 class) #' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on #' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran #' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään #' siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia. #' @importFrom R6 R6Class -#' @param osuus Percentages? -#' @param osuusTaulu Percentage table? -#' @param omaFreqs own Freqs? -#' @param logml log maximum likelihood admix1_muutokset <- R6Class( classname = "admix1_muutokset", public = list( + #' @param osuus Percentages? + #' @param osuusTaulu Percentage table? + #' @param omaFreqs own Freqs? + #' @param logml log maximum likelihood laskeMuutokset4 = function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) { if (isGlobalEmpty(COUNTS)) { npops <- 1 diff --git a/R/laskeVarmuus.R b/R/laskeVarmuus.R index 954dc5c..cbc3a56 100644 --- a/R/laskeVarmuus.R +++ b/R/laskeVarmuus.R @@ -1,13 +1,13 @@ laskeVarmuus <- function( rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators, ninds ) { -varmuus <- zeros(ninds, 1) -for (ind in 1:ninds) { - # muutokset <- spatialMixture() - # muutokset <- muutokset$laskeMuutokset( - # ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators - # ) - # varmuus[ind] <- 1 / sum(exp(muutokset)) -} + varmuus <- zeros(ninds, 1) + for (ind in 1:ninds) { + muutokset <- spatialMixture_muutokset$new() + muutokset <- muutokset$laskeMuutokset( + ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators + ) + varmuus[ind] <- 1 / sum(exp(muutokset)) + } return(varmuus) } diff --git a/man/admix1_muutokset.Rd b/man/admix1_muutokset.Rd index fe61a98..8b5d119 100644 --- a/man/admix1_muutokset.Rd +++ b/man/admix1_muutokset.Rd @@ -2,7 +2,7 @@ % Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R \name{admix1_muutokset} \alias{admix1_muutokset} -\title{Calculate changes (?)} +\title{Calculate changes (admix1 class)} \description{ Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran diff --git a/man/spatialMixture_muutokset.Rd b/man/spatialMixture_muutokset.Rd new file mode 100644 index 0000000..ca75f0b --- /dev/null +++ b/man/spatialMixture_muutokset.Rd @@ -0,0 +1,74 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R +\name{spatialMixture_muutokset} +\alias{spatialMixture_muutokset} +\title{Calculate changes (spatial mixture class)} +\description{ +Calculate changes (spatial mixture class) + +Calculate changes (spatial mixture class) +} +\section{Methods}{ +\subsection{Public methods}{ +\itemize{ +\item \href{#method-spatialMixture_muutokset-laskeMuutokset}{\code{spatialMixture_muutokset$laskeMuutokset()}} +\item \href{#method-spatialMixture_muutokset-clone}{\code{spatialMixture_muutokset$clone()}} +} +} +\if{html}{\out{
}} +\if{html}{\out{}} +\if{latex}{\out{\hypertarget{method-spatialMixture_muutokset-laskeMuutokset}{}}} +\subsection{Method \code{laskeMuutokset()}}{ +\subsection{Usage}{ +\if{html}{\out{
}}\preformatted{spatialMixture_muutokset$laskeMuutokset( + ind, + rowsFromInd, + data, + adjprior, + priorTerm, + logml, + cliques, + separators +)}\if{html}{\out{
}} +} + +\subsection{Arguments}{ +\if{html}{\out{
}} +\describe{ +\item{\code{ind}}{ind} + +\item{\code{rowsFromInd}}{rowsFromInd} + +\item{\code{data}}{data} + +\item{\code{adjprior}}{adjprior} + +\item{\code{priorTerm}}{priorTerm} + +\item{\code{logml}}{logml} + +\item{\code{cliques}}{cliques} + +\item{\code{separators}}{separators} +} +\if{html}{\out{
}} +} +} +\if{html}{\out{
}} +\if{html}{\out{}} +\if{latex}{\out{\hypertarget{method-spatialMixture_muutokset-clone}{}}} +\subsection{Method \code{clone()}}{ +The objects of this class are cloneable with this method. +\subsection{Usage}{ +\if{html}{\out{
}}\preformatted{spatialMixture_muutokset$clone(deep = FALSE)}\if{html}{\out{
}} +} + +\subsection{Arguments}{ +\if{html}{\out{
}} +\describe{ +\item{\code{deep}}{Whether to make a deep clone.} +} +\if{html}{\out{
}} +} +} +}