Translated addAlleles

NAMESPACE

@@ -1,5 +1,6 @@
 # Generated by roxygen2: do not edit by hand
 
+export(addAlleles)
 export(admix1)
 export(calculatePopLogml)
 export(colon)

R/addAlleles.R

@@ -0,0 +1,49 @@
+#' @title Add Alleles
+#' @param data data
+#' @param ind ind
+#' @param line line
+#' @param divider divider
+#' @return data (after alleles were added)
+#' @export
+addAlleles <- function(data, ind, line, divider) {
+	# Lisaa BAPS-formaatissa olevaan datataulukkoon
+	# yksil<69><6C> ind vastaavat rivit. Yksil<69>n alleelit
+	# luetaan genepop-formaatissa olevasta rivist?
+	# line. Jos data on 3 digit formaatissa on divider=1000.
+	# Jos data on 2 digit formaatissa on divider=100.
+
+	nloci <- size(data, 2) - 1
+	if (size(data, 1) < (2 * ind)) {
+		data <- c(data, zeros(100, nloci + 1))
+	}
+
+	k <- 1
+	merkki <- line[k]
+	while (merkki != ',') {
+	   k <- k + 1
+	   merkki <- line[k]
+	}
+	line <- line[k + 1:length(line)]
+	# clear k; clear merkki;
+
+	alleeliTaulu <- as.numeric(strsplit(line, split = " ")[[1]])
+
+
+	if (length(alleeliTaulu) != nloci) {
+		stop('Incorrect data format.')
+	}
+
+	for (j in seq_len(nloci)) {
+		ekaAlleeli <- floor(alleeliTaulu[j] / divider)
+		if (ekaAlleeli == 0) ekaAlleeli <- -999
+		tokaAlleeli <- alleeliTaulu[j] %% divider
+		if (tokaAlleeli == 0) tokaAlleeli <- -999
+
+		data[2 * ind - 1, j] <- ekaAlleeli
+		data[2 * ind, j] <- tokaAlleeli
+	}
+
+	data[2 * ind - 1,end] <- ind
+	data[2 * ind, end] <- ind
+	return(data)
+}

R/greedyMix.R

@@ -1580,48 +1580,6 @@ greedyMix <- function(
 
 # 	%------------------------------------------------------
 
-# 	function data = addAlleles(data, ind, line, divider)
-# 	% Lisaa BAPS-formaatissa olevaan datataulukkoon
-# 	% yksil<69><6C> ind vastaavat rivit. Yksil<69>n alleelit
-# 	% luetaan genepop-formaatissa olevasta rivist?
-# 	% line. Jos data on 3 digit formaatissa on divider=1000.
-# 	% Jos data on 2 digit formaatissa on divider=100.
-
-# 	nloci = size(data,2)-1;
-# 	if size(data,1) < 2*ind
-# 		data = [data; zeros(100,nloci+1)];
-# 	end
-
-# 	k=1;
-# 	merkki=line(k);
-# 	while ~isequal(merkki,',')
-# 	   k=k+1;
-# 	   merkki=line(k);
-# 	end
-# 	line = line(k+1:end);
-# 	clear k; clear merkki;
-
-# 	alleeliTaulu = sscanf(line,'%d');
-
-# 	if length(alleeliTaulu)~=nloci
-# 		disp('Incorrect data format.');
-# 	end
-
-# 	for j=1:nloci
-# 		ekaAlleeli = floor(alleeliTaulu(j)/divider);
-# 		if ekaAlleeli==0 ekaAlleeli=-999; end;
-# 		tokaAlleeli = rem(alleeliTaulu(j),divider);
-# 		if tokaAlleeli==0 tokaAlleeli=-999; end
-
-# 		data(2*ind-1,j) = ekaAlleeli;
-# 		data(2*ind,j) = tokaAlleeli;
-# 	end
-
-# 	data(2*ind-1,end) = ind;
-# 	data(2*ind,end) = ind;
-
-# 	%------------------------------------------------------
-
 # 	function loggis = laskeLoggis(counts, sumcounts, adjprior)
 # 	npops = size(counts,3);
 

man/addAlleles.Rd

@@ -0,0 +1,23 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/addAlleles.R
+\name{addAlleles}
+\alias{addAlleles}
+\title{Add Alleles}
+\usage{
+addAlleles(data, ind, line, divider)
+}
+\arguments{
+\item{data}{data}
+
+\item{ind}{ind}
+
+\item{line}{line}
+
+\item{divider}{divider}
+}
+\value{
+data (after alleles were added)
+}
+\description{
+Add Alleles
+}