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d71bd0567a
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@ -312,17 +312,6 @@ for j=1:nloci
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end
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end
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%----------------------------------------------------------------
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function clearGlobalVars
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global COUNTS; COUNTS = [];
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global SUMCOUNTS; SUMCOUNTS = [];
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global PARTITION; PARTITION = [];
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global POP_LOGML; POP_LOGML = [];
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%--------------------------------------------------------------------
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%--------------------------------------------------------------------
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function [Z,distances] = getPopDistancesByKL(adjprior)
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function [Z,distances] = getPopDistancesByKL(adjprior)
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@ -356,180 +345,6 @@ for pop1 = 1:npops-1
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end
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end
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Z=linkage(distances');
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Z=linkage(distances');
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%--------------------------------------------------------------------------
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function Z = linkage(Y, method)
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[k, n] = size(Y);
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m = (1+sqrt(1+8*n))/2;
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if k ~= 1 | m ~= fix(m)
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error('The first input has to match the output of the PDIST function in size.');
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end
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if nargin == 1 % set default switch to be 'co'
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method = 'co';
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end
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method = lower(method(1:2)); % simplify the switch string.
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monotonic = 1;
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Z = zeros(m-1,3); % allocate the output matrix.
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N = zeros(1,2*m-1);
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N(1:m) = 1;
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n = m; % since m is changing, we need to save m in n.
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R = 1:n;
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for s = 1:(n-1)
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X = Y;
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[v, k] = min(X);
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i = floor(m+1/2-sqrt(m^2-m+1/4-2*(k-1)));
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j = k - (i-1)*(m-i/2)+i;
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Z(s,:) = [R(i) R(j) v]; % update one more row to the output matrix A
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I1 = 1:(i-1); I2 = (i+1):(j-1); I3 = (j+1):m; % these are temp variables.
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U = [I1 I2 I3];
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I = [I1.*(m-(I1+1)/2)-m+i i*(m-(i+1)/2)-m+I2 i*(m-(i+1)/2)-m+I3];
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J = [I1.*(m-(I1+1)/2)-m+j I2.*(m-(I2+1)/2)-m+j j*(m-(j+1)/2)-m+I3];
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switch method
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case 'si' %single linkage
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Y(I) = min(Y(I),Y(J));
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case 'av' % average linkage
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Y(I) = Y(I) + Y(J);
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case 'co' %complete linkage
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Y(I) = max(Y(I),Y(J));
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case 'ce' % centroid linkage
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K = N(R(i))+N(R(j));
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Y(I) = (N(R(i)).*Y(I)+N(R(j)).*Y(J)-(N(R(i)).*N(R(j))*v^2)./K)./K;
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case 'wa'
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Y(I) = ((N(R(U))+N(R(i))).*Y(I) + (N(R(U))+N(R(j))).*Y(J) - ...
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N(R(U))*v)./(N(R(i))+N(R(j))+N(R(U)));
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end
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J = [J i*(m-(i+1)/2)-m+j];
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Y(J) = []; % no need for the cluster information about j.
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% update m, N, R
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m = m-1;
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N(n+s) = N(R(i)) + N(R(j));
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R(i) = n+s;
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R(j:(n-1))=R((j+1):n);
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end
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%-----------------------------------------------------------------------
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function [sumcounts, counts, logml] = ...
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initialPopCounts(data, npops, rows, noalle, adjprior)
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nloci=size(data,2);
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counts = zeros(max(noalle),nloci,npops);
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sumcounts = zeros(npops,nloci);
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for i=1:npops
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for j=1:nloci
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i_rivit = rows(i,1):rows(i,2);
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havainnotLokuksessa = find(data(i_rivit,j)>=0);
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sumcounts(i,j) = length(havainnotLokuksessa);
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for k=1:noalle(j)
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alleleCode = k;
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N_ijk = length(find(data(i_rivit,j)==alleleCode));
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counts(k,j,i) = N_ijk;
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end
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end
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end
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logml = laskeLoggis(counts, sumcounts, adjprior);
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%-----------------------------------------------------------------------
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function loggis = laskeLoggis(counts, sumcounts, adjprior)
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npops = size(counts,3);
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logml2 = sum(sum(sum(gammaln(counts+repmat(adjprior,[1 1 npops]))))) ...
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- npops*sum(sum(gammaln(adjprior))) - ...
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sum(sum(gammaln(1+sumcounts)));
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loggis = logml2;
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%--------------------------------------------------------------------
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function kunnossa = testaaGenePopData(tiedostonNimi)
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% kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
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% Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
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kunnossa = 0;
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fid = fopen(tiedostonNimi);
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line1 = fgetl(fid); %ensimmäinen rivi
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line2 = fgetl(fid); %toinen rivi
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line3 = fgetl(fid); %kolmas
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if (isequal(line1,-1) | isequal(line2,-1) | isequal(line3,-1))
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disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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||||||
if (testaaPop(line1)==1 | testaaPop(line2)==1)
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||||||
disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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if testaaPop(line3)==1
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%2 rivi tällöin lokusrivi
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nloci = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2);
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line4 = fgetl(fid);
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if isequal(line4,-1)
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||||||
disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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||||||
if ~any(line4==',')
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||||||
% Rivin nelj?täytyy sisältää pilkku.
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||||||
disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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pointer = 1;
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||||||
while ~isequal(line4(pointer),',') %Tiedetään, ett?pysähtyy
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pointer = pointer+1;
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||||||
end
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||||||
line4 = line4(pointer+1:end); %pilkun jälkeinen osa
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nloci2 = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4);
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if (nloci2~=nloci)
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disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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||||||
else
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line = fgetl(fid);
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lineNumb = 4;
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while (testaaPop(line)~=1 & ~isequal(line,-1))
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line = fgetl(fid);
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lineNumb = lineNumb+1;
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end
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||||||
if isequal(line,-1)
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||||||
disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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nloci = lineNumb-2;
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line4 = fgetl(fid); %Eka rivi pop sanan jälkeen
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if isequal(line4,-1)
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||||||
disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
|
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||||||
end
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||||||
if ~any(line4==',')
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||||||
% Rivin täytyy sisältää pilkku.
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||||||
disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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||||||
end
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pointer = 1;
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||||||
while ~isequal(line4(pointer),',') %Tiedetään, ett?pysähtyy.
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pointer = pointer+1;
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end
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||||||
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line4 = line4(pointer+1:end); %pilkun jälkeinen osa
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nloci2 = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4);
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if (nloci2~=nloci)
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disp('Incorrect file format'); fclose(fid);
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||||||
return
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end
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||||||
end
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kunnossa = 1;
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fclose(fid);
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%--------------------------------------------------------------------
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%--------------------------------------------------------------------
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@ -610,558 +425,6 @@ for pop = 1:npops
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end
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end
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end
|
end
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%-------------------------------------------------------
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function nimi = lueNimi(line)
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%Palauttaa line:n alusta sen osan, joka on ennen pilkkua.
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n = 1;
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merkki = line(n);
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nimi = '';
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while ~isequal(merkki,',')
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nimi = [nimi merkki];
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n = n+1;
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merkki = line(n);
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end
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%-------------------------------------------------------
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function df = selvitaDigitFormat(line)
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% line on ensimmäinen pop-sanan jälkeinen rivi
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% Genepop-formaatissa olevasta datasta. funktio selvittää
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% rivin muodon perusteella, ovatko datan alleelit annettu
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% 2 vai 3 numeron avulla.
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n = 1;
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merkki = line(n);
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||||||
while ~isequal(merkki,',')
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||||||
n = n+1;
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||||||
merkki = line(n);
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||||||
end
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||||||
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||||||
while ~any(merkki == '0123456789');
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||||||
n = n+1;
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||||||
merkki = line(n);
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||||||
end
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||||||
numeroja = 0;
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||||||
while any(merkki == '0123456789');
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||||||
numeroja = numeroja+1;
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||||||
n = n+1;
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||||||
merkki = line(n);
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||||||
end
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||||||
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||||||
df = numeroja/2;
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%------------------------------------------------------
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function count = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
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% Palauttaa line:n sisältämien mjonojen lukumäärän.
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% Mjonojen väliss?täytyy olla välilyönti.
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count = 0;
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pit = length(line);
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tila = 0; %0, jos odotetaan välilyöntej? 1 jos odotetaan muita merkkej?
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for i=1:pit
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merkki = line(i);
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||||||
if (isspace(merkki) & tila==0)
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||||||
%Ei tehd?mitään.
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||||||
elseif (isspace(merkki) & tila==1)
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||||||
tila = 0;
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||||||
elseif (~isspace(merkki) & tila==0)
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||||||
tila = 1;
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||||||
count = count+1;
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|
||||||
elseif (~isspace(merkki) & tila==1)
|
|
||||||
%Ei tehd?mitään
|
|
||||||
end
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|
||||||
end
|
|
||||||
|
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||||||
%-------------------------------------------------------
|
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||||||
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||||||
function pal = testaaPop(rivi)
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% pal=1, mikäli rivi alkaa jollain seuraavista
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% kirjainyhdistelmist? Pop, pop, POP. Kaikissa muissa
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% tapauksissa pal=0.
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||||||
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||||||
if length(rivi)<3
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||||||
pal = 0;
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||||||
return
|
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||||||
end
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||||||
if (all(rivi(1:3)=='Pop') | ...
|
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||||||
all(rivi(1:3)=='pop') | ...
|
|
||||||
all(rivi(1:3)=='POP'))
|
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||||||
pal = 1;
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||||||
return
|
|
||||||
else
|
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||||||
pal = 0;
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||||||
return
|
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||||||
end
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||||||
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||||||
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||||||
%--------------------------------------------------------
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||||||
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||||||
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||||||
function data = addAlleles(data, ind, line, divider)
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||||||
% Lisaa BAPS-formaatissa olevaan datataulukkoon
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||||||
% yksilöä ind vastaavat rivit. Yksilön alleelit
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||||||
% luetaan genepop-formaatissa olevasta rivist?
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||||||
% line. Jos data on 3 digit formaatissa on divider=1000.
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||||||
% Jos data on 2 digit formaatissa on divider=100.
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||||||
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||||||
nloci = size(data,2)-1;
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||||||
if size(data,1) < 2*ind
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||||||
data = [data; zeros(100,nloci+1)];
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||||||
end
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||||||
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||||||
k=1;
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||||||
merkki=line(k);
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||||||
while ~isequal(merkki,',')
|
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||||||
k=k+1;
|
|
||||||
merkki=line(k);
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|
||||||
end
|
|
||||||
line = line(k+1:end);
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||||||
clear k; clear merkki;
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||||||
|
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||||||
alleeliTaulu = sscanf(line,'%d');
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||||||
|
|
||||||
if length(alleeliTaulu)~=nloci
|
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||||||
disp('Incorrect data format.');
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
for j=1:nloci
|
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||||||
ekaAlleeli = floor(alleeliTaulu(j)/divider);
|
|
||||||
if ekaAlleeli==0 ekaAlleeli=-999; end;
|
|
||||||
tokaAlleeli = rem(alleeliTaulu(j),divider);
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|
||||||
if tokaAlleeli==0 tokaAlleeli=-999; end
|
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||||||
|
|
||||||
data(2*ind-1,j) = ekaAlleeli;
|
|
||||||
data(2*ind,j) = tokaAlleeli;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
data(2*ind-1,end) = ind;
|
|
||||||
data(2*ind,end) = ind;
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||||||
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||||||
%------------------------------------------------------------------------------------
|
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||||||
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||||||
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||||||
function popLogml = computePopulationLogml(pops, adjprior, priorTerm)
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||||||
% Palauttaa length(pops)*1 taulukon, jossa on laskettu korikohtaiset
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||||||
% logml:t koreille, jotka on määritelty pops-muuttujalla.
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||||||
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||||||
global COUNTS;
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||||||
global SUMCOUNTS;
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||||||
x = size(COUNTS,1);
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||||||
y = size(COUNTS,2);
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||||||
z = length(pops);
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||||||
|
|
||||||
popLogml = ...
|
|
||||||
squeeze(sum(sum(reshape(...
|
|
||||||
gammaln(repmat(adjprior,[1 1 length(pops)]) + COUNTS(:,:,pops)) ...
|
|
||||||
,[x y z]),1),2)) - sum(gammaln(1+SUMCOUNTS(pops,:)),2) - priorTerm;
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%--------------------------------------------------------------------------
|
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||||||
|
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||||||
|
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||||||
function [muutokset, diffInCounts] = ...
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||||||
laskeMuutokset(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm)
|
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||||||
% Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik?olisi
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|
||||||
% muutos logml:ss? mikäli yksil?ind siirretään koriin i.
|
|
||||||
% diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lisättäv?
|
|
||||||
% COUNTS:in siivuun i2, mikäli muutos toteutetaan.
|
|
||||||
|
|
||||||
global COUNTS; global SUMCOUNTS;
|
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||||||
global PARTITION; global POP_LOGML;
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||||||
npops = size(COUNTS,3);
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||||||
muutokset = zeros(npops,1);
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||||||
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||||||
i1 = PARTITION(ind);
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||||||
i1_logml = POP_LOGML(i1);
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||||||
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||||||
rows = globalRows(ind,1):globalRows(ind,2);
|
|
||||||
diffInCounts = computeDiffInCounts(rows, size(COUNTS,1), size(COUNTS,2), data);
|
|
||||||
diffInSumCounts = sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)-diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)-diffInSumCounts;
|
|
||||||
new_i1_logml = computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)+diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)+diffInSumCounts;
|
|
||||||
|
|
||||||
i2 = [1:i1-1 , i1+1:npops];
|
|
||||||
i2_logml = POP_LOGML(i2);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)+repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)+repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]);
|
|
||||||
new_i2_logml = computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)-repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)-repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]);
|
|
||||||
|
|
||||||
muutokset(i2) = new_i1_logml - i1_logml ...
|
|
||||||
+ new_i2_logml - i2_logml;
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%----------------------------------------------------------------------
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||||||
|
|
||||||
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||||||
function diffInCounts = computeDiffInCounts(rows, max_noalle, nloci, data)
|
|
||||||
% Muodostaa max_noalle*nloci taulukon, jossa on niiden alleelien
|
|
||||||
% lukumäärät (vastaavasti kuin COUNTS:issa), jotka ovat data:n
|
|
||||||
% riveill?rows. rows pitää olla vaakavektori.
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||||||
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||||||
diffInCounts = zeros(max_noalle, nloci);
|
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||||||
for i=rows
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||||||
row = data(i,:);
|
|
||||||
notEmpty = find(row>=0);
|
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||||||
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||||||
if length(notEmpty)>0
|
|
||||||
diffInCounts(row(notEmpty) + (notEmpty-1)*max_noalle) = ...
|
|
||||||
diffInCounts(row(notEmpty) + (notEmpty-1)*max_noalle) + 1;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
%------------------------------------------------------------------------
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%-------------------------------------------------------------------------------------
|
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||||||
|
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||||||
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||||||
function updateGlobalVariables(ind, i2, diffInCounts, ...
|
|
||||||
adjprior, priorTerm)
|
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||||||
% Suorittaa globaalien muuttujien muutokset, kun yksil?ind
|
|
||||||
% on siirretään koriin i2.
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||||||
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||||||
global PARTITION;
|
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||||||
global COUNTS;
|
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||||||
global SUMCOUNTS;
|
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||||||
global POP_LOGML;
|
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||||||
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||||||
i1 = PARTITION(ind);
|
|
||||||
PARTITION(ind)=i2;
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1) - diffInCounts;
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2) + diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:) - sum(diffInCounts);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:) + sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
POP_LOGML([i1 i2]) = computePopulationLogml([i1 i2], adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
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||||||
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||||||
%--------------------------------------------------------------------------
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||||||
%--
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||||||
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||||||
%------------------------------------------------------------------------------------
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||||||
|
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||||||
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||||||
function [muutokset, diffInCounts] = laskeMuutokset2( ...
|
|
||||||
i1, globalRows, data, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
% Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik?olisi
|
|
||||||
% muutos logml:ss? mikäli korin i1 kaikki yksilöt siirretään
|
|
||||||
% koriin i.
|
|
||||||
|
|
||||||
global COUNTS; global SUMCOUNTS;
|
|
||||||
global PARTITION; global POP_LOGML;
|
|
||||||
npops = size(COUNTS,3);
|
|
||||||
muutokset = zeros(npops,1);
|
|
||||||
|
|
||||||
i1_logml = POP_LOGML(i1);
|
|
||||||
|
|
||||||
inds = find(PARTITION==i1);
|
|
||||||
ninds = length(inds);
|
|
||||||
|
|
||||||
if ninds==0
|
|
||||||
diffInCounts = zeros(size(COUNTS,1), size(COUNTS,2));
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
rows = [];
|
|
||||||
for i = 1:ninds
|
|
||||||
ind = inds(i);
|
|
||||||
lisa = globalRows(ind,1):globalRows(ind,2);
|
|
||||||
rows = [rows; lisa'];
|
|
||||||
%rows = [rows; globalRows{ind}'];
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
diffInCounts = computeDiffInCounts(rows', size(COUNTS,1), size(COUNTS,2), data);
|
|
||||||
diffInSumCounts = sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)-diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)-diffInSumCounts;
|
|
||||||
new_i1_logml = computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)+diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)+diffInSumCounts;
|
|
||||||
|
|
||||||
i2 = [1:i1-1 , i1+1:npops];
|
|
||||||
i2_logml = POP_LOGML(i2);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)+repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)+repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]);
|
|
||||||
new_i2_logml = computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)-repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)-repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]);
|
|
||||||
|
|
||||||
muutokset(i2) = new_i1_logml - i1_logml ...
|
|
||||||
+ new_i2_logml - i2_logml;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%---------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function updateGlobalVariables2( ...
|
|
||||||
i1, i2, diffInCounts, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
% Suorittaa globaalien muuttujien muutokset, kun kaikki
|
|
||||||
% korissa i1 olevat yksilöt siirretään koriin i2.
|
|
||||||
|
|
||||||
global PARTITION;
|
|
||||||
global COUNTS;
|
|
||||||
global SUMCOUNTS;
|
|
||||||
global POP_LOGML;
|
|
||||||
|
|
||||||
inds = find(PARTITION==i1);
|
|
||||||
PARTITION(inds) = i2;
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1) - diffInCounts;
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2) + diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:) - sum(diffInCounts);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:) + sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
POP_LOGML(i1) = 0;
|
|
||||||
POP_LOGML(i2) = computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%--------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
%----
|
|
||||||
|
|
||||||
function muutokset = laskeMuutokset3(T2, inds2, globalRows, ...
|
|
||||||
data, adjprior, priorTerm, i1)
|
|
||||||
% Palauttaa length(unique(T2))*npops taulun, jossa (i,j):s alkio
|
|
||||||
% kertoo, mik?olisi muutos logml:ss? jos populaation i1 osapopulaatio
|
|
||||||
% inds2(find(T2==i)) siirretään koriin j.
|
|
||||||
|
|
||||||
global COUNTS; global SUMCOUNTS;
|
|
||||||
global PARTITION; global POP_LOGML;
|
|
||||||
npops = size(COUNTS,3);
|
|
||||||
npops2 = length(unique(T2));
|
|
||||||
muutokset = zeros(npops2, npops);
|
|
||||||
|
|
||||||
i1_logml = POP_LOGML(i1);
|
|
||||||
for pop2 = 1:npops2
|
|
||||||
inds = inds2(find(T2==pop2));
|
|
||||||
ninds = length(inds);
|
|
||||||
if ninds>0
|
|
||||||
rows = [];
|
|
||||||
for i = 1:ninds
|
|
||||||
ind = inds(i);
|
|
||||||
lisa = globalRows(ind,1):globalRows(ind,2);
|
|
||||||
rows = [rows; lisa'];
|
|
||||||
%rows = [rows; globalRows{ind}'];
|
|
||||||
end
|
|
||||||
diffInCounts = computeDiffInCounts(rows', size(COUNTS,1), size(COUNTS,2), data);
|
|
||||||
diffInSumCounts = sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)-diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)-diffInSumCounts;
|
|
||||||
new_i1_logml = computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1)+diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:)+diffInSumCounts;
|
|
||||||
|
|
||||||
i2 = [1:i1-1 , i1+1:npops];
|
|
||||||
i2_logml = POP_LOGML(i2)';
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)+repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)+repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]);
|
|
||||||
new_i2_logml = computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm)';
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2)-repmat(diffInCounts, [1 1 npops-1]);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:)-repmat(diffInSumCounts,[npops-1 1]);
|
|
||||||
|
|
||||||
muutokset(pop2,i2) = new_i1_logml - i1_logml ...
|
|
||||||
+ new_i2_logml - i2_logml;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
%------------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
function muutokset = laskeMuutokset5(inds, globalRows, data, adjprior, ...
|
|
||||||
priorTerm, i1, i2)
|
|
||||||
|
|
||||||
% Palauttaa length(inds)*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik?olisi
|
|
||||||
% muutos logml:ss? mikäli yksil?i vaihtaisi koria i1:n ja i2:n välill?
|
|
||||||
|
|
||||||
global COUNTS; global SUMCOUNTS;
|
|
||||||
global PARTITION; global POP_LOGML;
|
|
||||||
|
|
||||||
ninds = length(inds);
|
|
||||||
muutokset = zeros(ninds,1);
|
|
||||||
|
|
||||||
i1_logml = POP_LOGML(i1);
|
|
||||||
i2_logml = POP_LOGML(i2);
|
|
||||||
|
|
||||||
for i = 1:ninds
|
|
||||||
ind = inds(i);
|
|
||||||
if PARTITION(ind)==i1
|
|
||||||
pop1 = i1; %mist?
|
|
||||||
pop2 = i2; %mihin
|
|
||||||
else
|
|
||||||
pop1 = i2;
|
|
||||||
pop2 = i1;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
rows = globalRows(ind,1):globalRows(ind,2);
|
|
||||||
diffInCounts = computeDiffInCounts(rows, size(COUNTS,1), size(COUNTS,2), data);
|
|
||||||
diffInSumCounts = sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,pop1) = COUNTS(:,:,pop1)-diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(pop1,:) = SUMCOUNTS(pop1,:)-diffInSumCounts;
|
|
||||||
COUNTS(:,:,pop2) = COUNTS(:,:,pop2)+diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(pop2,:) = SUMCOUNTS(pop2,:)+diffInSumCounts;
|
|
||||||
|
|
||||||
new_logmls = computePopulationLogml([i1 i2], adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
muutokset(i) = sum(new_logmls);
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,pop1) = COUNTS(:,:,pop1)+diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(pop1,:) = SUMCOUNTS(pop1,:)+diffInSumCounts;
|
|
||||||
COUNTS(:,:,pop2) = COUNTS(:,:,pop2)-diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(pop2,:) = SUMCOUNTS(pop2,:)-diffInSumCounts;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
muutokset = muutokset - i1_logml - i2_logml;
|
|
||||||
|
|
||||||
%------------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function updateGlobalVariables3(muuttuvat, diffInCounts, ...
|
|
||||||
adjprior, priorTerm, i2);
|
|
||||||
% Suorittaa globaalien muuttujien päivitykset, kun yksilöt 'muuttuvat'
|
|
||||||
% siirretään koriin i2. Ennen siirtoa yksilöiden on kuuluttava samaan
|
|
||||||
% koriin.
|
|
||||||
|
|
||||||
global PARTITION;
|
|
||||||
global COUNTS;
|
|
||||||
global SUMCOUNTS;
|
|
||||||
global POP_LOGML;
|
|
||||||
|
|
||||||
i1 = PARTITION(muuttuvat(1));
|
|
||||||
PARTITION(muuttuvat) = i2;
|
|
||||||
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i1) = COUNTS(:,:,i1) - diffInCounts;
|
|
||||||
COUNTS(:,:,i2) = COUNTS(:,:,i2) + diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i1,:) = SUMCOUNTS(i1,:) - sum(diffInCounts);
|
|
||||||
SUMCOUNTS(i2,:) = SUMCOUNTS(i2,:) + sum(diffInCounts);
|
|
||||||
|
|
||||||
POP_LOGML([i1 i2]) = computePopulationLogml([i1 i2], adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%----------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function dist2 = laskeOsaDist(inds2, dist, ninds)
|
|
||||||
% Muodostaa dist vektorista osavektorin, joka sisältää yksilöiden inds2
|
|
||||||
% väliset etäisyydet. ninds=kaikkien yksilöiden lukumäär?
|
|
||||||
|
|
||||||
ninds2 = length(inds2);
|
|
||||||
apu = zeros(nchoosek(ninds2,2),2);
|
|
||||||
rivi = 1;
|
|
||||||
for i=1:ninds2-1
|
|
||||||
for j=i+1:ninds2
|
|
||||||
apu(rivi, 1) = inds2(i);
|
|
||||||
apu(rivi, 2) = inds2(j);
|
|
||||||
rivi = rivi+1;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
end
|
|
||||||
apu = (apu(:,1)-1).*ninds - apu(:,1) ./ 2 .* (apu(:,1)-1) + (apu(:,2)-apu(:,1));
|
|
||||||
dist2 = dist(apu);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%-----------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function npops = poistaTyhjatPopulaatiot(npops)
|
|
||||||
% Poistaa tyhjentyneet populaatiot COUNTS:ista ja
|
|
||||||
% SUMCOUNTS:ista. Päivittää npops:in ja PARTITION:in.
|
|
||||||
|
|
||||||
global COUNTS;
|
|
||||||
global SUMCOUNTS;
|
|
||||||
global PARTITION;
|
|
||||||
|
|
||||||
notEmpty = find(any(SUMCOUNTS,2));
|
|
||||||
COUNTS = COUNTS(:,:,notEmpty);
|
|
||||||
SUMCOUNTS = SUMCOUNTS(notEmpty,:);
|
|
||||||
|
|
||||||
for n=1:length(notEmpty)
|
|
||||||
apu = find(PARTITION==notEmpty(n));
|
|
||||||
PARTITION(apu)=n;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
npops = length(notEmpty);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%-----------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function popnames = initPopNames(nameFile)
|
|
||||||
|
|
||||||
fid = fopen(nameFile);
|
|
||||||
if fid == -1
|
|
||||||
%File didn't exist
|
|
||||||
msgbox('Loading of the population names was unsuccessful', ...
|
|
||||||
'Error', 'error');
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
end;
|
|
||||||
line = fgetl(fid);
|
|
||||||
counter = 1;
|
|
||||||
while (line ~= -1) & ~isempty(line)
|
|
||||||
names{counter} = line;
|
|
||||||
line = fgetl(fid);
|
|
||||||
counter = counter + 1;
|
|
||||||
end;
|
|
||||||
fclose(fid);
|
|
||||||
|
|
||||||
popnames = cell(length(names), 2);
|
|
||||||
for i = 1:length(names)
|
|
||||||
popnames{i,1} = names(i);
|
|
||||||
popnames{i,2} = 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%-------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function [popnames2, rowsFromInd] = findOutRowsFromInd(popnames, rows)
|
|
||||||
|
|
||||||
ploidisuus = questdlg('Specify the type of individuals in the data: ',...
|
|
||||||
'Individual type?', 'Haploid', 'Diploid', 'Tetraploid', ...
|
|
||||||
'Diploid');
|
|
||||||
|
|
||||||
switch ploidisuus
|
|
||||||
case 'Haploid'
|
|
||||||
rowsFromInd = 1;
|
|
||||||
case 'Diploid'
|
|
||||||
rowsFromInd = 2;
|
|
||||||
case 'Tetraploid'
|
|
||||||
rowsFromInd = 4;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
if ~isempty(popnames)
|
|
||||||
for i = 1:size(rows,1)
|
|
||||||
popnames2{i,1} = popnames{i,1};
|
|
||||||
rivi = rows(i,1):rows(i,2);
|
|
||||||
popnames2{i,2} = (rivi(rowsFromInd))/rowsFromInd;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
popnames2 = [];
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
%--------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function newline = takeLine(description,width)
|
|
||||||
%Returns one line from the description: line ends to the first
|
|
||||||
%space after width:th mark.
|
|
||||||
newLine = description(1:width);
|
|
||||||
n = width+1;
|
|
||||||
while ~isspace(description(n)) & n<length(description)
|
|
||||||
n = n+1;
|
|
||||||
end;
|
|
||||||
newline = description(1:n);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%-------------------------------------------------------------------
|
%-------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1423,238 +686,3 @@ if (fid ~= -1)
|
||||||
else
|
else
|
||||||
diary off
|
diary off
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function dispLine;
|
|
||||||
disp('---------------------------------------------------');
|
|
||||||
|
|
||||||
%--------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
function num2 = omaRound(num)
|
|
||||||
% Pyöristää luvun num 1 desimaalin tarkkuuteen
|
|
||||||
num = num*10;
|
|
||||||
num = round(num);
|
|
||||||
num2 = num/10;
|
|
||||||
|
|
||||||
%---------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
function digit = palautaYks(num,yks)
|
|
||||||
% palauttaa luvun num 10^yks termin kertoimen
|
|
||||||
% string:in?
|
|
||||||
% yks täytyy olla kokonaisluku, joka on
|
|
||||||
% vähintään -1:n suuruinen. Pienemmill?
|
|
||||||
% luvuilla tapahtuu jokin pyöristysvirhe.
|
|
||||||
|
|
||||||
if yks>=0
|
|
||||||
digit = rem(num, 10^(yks+1));
|
|
||||||
digit = floor(digit/(10^yks));
|
|
||||||
else
|
|
||||||
digit = num*10;
|
|
||||||
digit = floor(rem(digit,10));
|
|
||||||
end
|
|
||||||
digit = num2str(digit);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
function mjono = kldiv2str(div)
|
|
||||||
mjono = ' ';
|
|
||||||
if abs(div)<100
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||||||
%Ei tarvita e-muotoa
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||||||
mjono(6) = num2str(rem(floor(div*1000),10));
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||||||
mjono(5) = num2str(rem(floor(div*100),10));
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|
||||||
mjono(4) = num2str(rem(floor(div*10),10));
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||||||
mjono(3) = '.';
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||||||
mjono(2) = num2str(rem(floor(div),10));
|
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||||||
arvo = rem(floor(div/10),10);
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||||||
if arvo>0
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||||||
mjono(1) = num2str(arvo);
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||||||
end
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||||||
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||||||
else
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||||||
suurinYks = floor(log10(div));
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||||||
mjono(6) = num2str(suurinYks);
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||||||
mjono(5) = 'e';
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||||||
mjono(4) = palautaYks(abs(div),suurinYks-1);
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||||||
mjono(3) = '.';
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||||||
mjono(2) = palautaYks(abs(div),suurinYks);
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||||||
end
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||||||
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%-----------------------------------------------
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function ninds = testaaOnkoKunnollinenBapsData(data)
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%Tarkastaa onko viimeisess?sarakkeessa kaikki
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%luvut 1,2,...,n johonkin n:ään asti.
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||||||
%Tarkastaa lisäksi, ett?on vähintään 2 saraketta.
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if size(data,1)<2
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||||||
ninds = 0; return;
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||||||
end
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lastCol = data(:,end);
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||||||
ninds = max(lastCol);
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||||||
if ~isequal((1:ninds)',unique(lastCol))
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||||||
ninds = 0; return;
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||||||
end
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%--------------------------------------------------------------------------
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%Seuraavat kolme funktiota liittyvat alkupartition muodostamiseen.
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function initial_partition=admixture_initialization(data_matrix,nclusters, Z)
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size_data=size(data_matrix);
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||||||
nloci=size_data(2)-1;
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||||||
n=max(data_matrix(:,end));
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||||||
T=cluster_own(Z,nclusters);
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||||||
initial_partition=zeros(size_data(1),1);
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||||||
for i=1:n
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kori=T(i);
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||||||
here=find(data_matrix(:,end)==i);
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||||||
for j=1:length(here)
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||||||
initial_partition(here(j),1)=kori;
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||||||
end
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||||||
end
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||||||
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function T = cluster_own(Z,nclust)
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true=logical(1);
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false=logical(0);
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maxclust = nclust;
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% Start of algorithm
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m = size(Z,1)+1;
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T = zeros(m,1);
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% maximum number of clusters based on inconsistency
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if m <= maxclust
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T = (1:m)';
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elseif maxclust==1
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T = ones(m,1);
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||||||
else
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clsnum = 1;
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||||||
for k = (m-maxclust+1):(m-1)
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||||||
i = Z(k,1); % left tree
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||||||
if i <= m % original node, no leafs
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||||||
T(i) = clsnum;
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||||||
clsnum = clsnum + 1;
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||||||
elseif i < (2*m-maxclust+1) % created before cutoff, search down the tree
|
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||||||
T = clusternum(Z, T, i-m, clsnum);
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||||||
clsnum = clsnum + 1;
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||||||
end
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||||||
i = Z(k,2); % right tree
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||||||
if i <= m % original node, no leafs
|
|
||||||
T(i) = clsnum;
|
|
||||||
clsnum = clsnum + 1;
|
|
||||||
elseif i < (2*m-maxclust+1) % created before cutoff, search down the tree
|
|
||||||
T = clusternum(Z, T, i-m, clsnum);
|
|
||||||
clsnum = clsnum + 1;
|
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||||||
end
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|
||||||
end
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||||||
end
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||||||
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function T = clusternum(X, T, k, c)
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||||||
m = size(X,1)+1;
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while(~isempty(k))
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% Get the children of nodes at this level
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children = X(k,1:2);
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||||||
children = children(:);
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% Assign this node number to leaf children
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||||||
t = (children<=m);
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||||||
T(children(t)) = c;
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||||||
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||||||
% Move to next level
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||||||
k = children(~t) - m;
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||||||
end
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||||||
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%--------------------------------------------------------------------------
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function [logml] = ...
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initialCounts(partition, data, npops, rows, noalle, adjprior)
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nloci=size(data,2);
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||||||
ninds = size(rows, 1);
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||||||
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||||||
%koot = rows(:,1) - rows(:,2) + 1;
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||||||
%maxSize = max(koot);
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||||||
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||||||
counts = zeros(max(noalle),nloci,npops);
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||||||
sumcounts = zeros(npops,nloci);
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||||||
for i=1:npops
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||||||
for j=1:nloci
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||||||
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||||||
havainnotLokuksessa = find(partition==i & data(:,j)>=0);
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||||||
sumcounts(i,j) = length(havainnotLokuksessa);
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||||||
for k=1:noalle(j)
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||||||
alleleCode = k;
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||||||
N_ijk = length(find(data(havainnotLokuksessa,j)==alleleCode));
|
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||||||
counts(k,j,i) = N_ijk;
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||||||
end
|
|
||||||
end
|
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||||||
end
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||||||
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||||||
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||||||
%initializeGammaln(ninds, maxSize, max(noalle));
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||||||
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logml = laskeLoggis(counts, sumcounts, adjprior);
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%--------------------------------------------------------------------------
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||||||
function [partitionSummary, added] = addToSummary(logml, partitionSummary, worstIndex)
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% Tiedetään, ett?annettu logml on isompi kuin huonoin arvo
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||||||
% partitionSummary taulukossa. Jos partitionSummary:ss?ei viel?ole
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||||||
% annettua logml arvoa, niin lisätään worstIndex:in kohtaan uusi logml ja
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||||||
% nykyist?partitiota vastaava nclusters:in arvo. Muutoin ei tehd?mitään.
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||||||
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||||||
apu = find(abs(partitionSummary(:,2)-logml)<1e-5);
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||||||
if isempty(apu)
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||||||
% Nyt löydetty partitio ei ole viel?kirjattuna summaryyn.
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||||||
global PARTITION;
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||||||
npops = length(unique(PARTITION));
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||||||
partitionSummary(worstIndex,1) = npops;
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||||||
partitionSummary(worstIndex,2) = logml;
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||||||
added = 1;
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||||||
else
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||||||
added = 0;
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||||||
end
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||||||
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||||||
%--------------------------------------------------------------------------
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||||||
function inds = returnInOrder(inds, pop, globalRows, data, ...
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||||||
adjprior, priorTerm)
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||||||
% Palauttaa yksilöt järjestyksess?siten, ett?ensimmäisen?on
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||||||
% se, jonka poistaminen populaatiosta pop nostaisi logml:n
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||||||
% arvoa eniten.
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||||||
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global COUNTS; global SUMCOUNTS;
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ninds = length(inds);
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apuTaulu = [inds, zeros(ninds,1)];
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||||||
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for i=1:ninds
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ind =inds(i);
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||||||
rows = globalRows(i,1):globalRows(i,2);
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||||||
diffInCounts = computeDiffInCounts(rows, size(COUNTS,1), size(COUNTS,2), data);
|
|
||||||
diffInSumCounts = sum(diffInCounts);
|
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||||||
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|
||||||
COUNTS(:,:,pop) = COUNTS(:,:,pop)-diffInCounts;
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||||||
SUMCOUNTS(pop,:) = SUMCOUNTS(pop,:)-diffInSumCounts;
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|
||||||
apuTaulu(i, 2) = computePopulationLogml(pop, adjprior, priorTerm);
|
|
||||||
COUNTS(:,:,pop) = COUNTS(:,:,pop)+diffInCounts;
|
|
||||||
SUMCOUNTS(pop,:) = SUMCOUNTS(pop,:)+diffInSumCounts;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
apuTaulu = sortrows(apuTaulu,2);
|
|
||||||
inds = apuTaulu(ninds:-1:1,1);
|
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||||||
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||||||
%--------------------------------------------------------------------------
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||||||
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||||||
function [emptyPop, pops] = findEmptyPop(npops)
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||||||
% Palauttaa ensimmäisen tyhjän populaation indeksin. Jos tyhji?
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||||||
% populaatioita ei ole, palauttaa -1:n.
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||||||
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||||||
global PARTITION;
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||||||
pops = unique(PARTITION)';
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||||||
if (length(pops) ==npops)
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||||||
emptyPop = -1;
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||||||
else
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||||||
popDiff = diff([0 pops npops+1]);
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|
||||||
emptyPop = min(find(popDiff > 1));
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
|
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