Translated handleData

NAMESPACE

@@ -11,6 +11,7 @@ export(computePersonalAllFreqs)
 export(computeRows)
 export(etsiParas)
 export(greedyMix)
+export(handleData)
 export(inputdlg)
 export(isfield)
 export(laskeMuutokset4)

R/greedyMix.R

@@ -835,89 +835,6 @@ greedyMix <- function(
 
 # 	%---------------------------------------------------------------------------------------
 
-
-# 	function [newData, rowsFromInd, alleleCodes, noalle, adjprior, priorTerm] = ...
-# 		handleData(raw_data)
-# 	% Alkuper<65>isen datan viimeinen sarake kertoo, milt?yksil<69>lt?
-# 	% kyseinen rivi on per<65>isin. Funktio tutkii ensin, ett?montako
-# 	% rivi?maksimissaan on per<65>isin yhdelt?yksil<69>lt? jolloin saadaan
-# 	% tiet<65><74> onko kyseess?haploidi, diploidi jne... T<>m<EFBFBD>n j<>lkeen funktio
-# 	% lis<69><73> tyhji?rivej?niille yksil<69>ille, joilta on per<65>isin v<>hemm<6D>n
-# 	% rivej?kuin maksimim<69><6D>r?
-# 	%   Mik<69>li jonkin alleelin koodi on =0, funktio muuttaa t<>m<EFBFBD>n alleelin
-# 	% koodi pienimm<6D>ksi koodiksi, joka isompi kuin mik<69><6B>n k<>yt<79>ss?oleva koodi.
-# 	% T<>m<EFBFBD>n j<>lkeen funktio muuttaa alleelikoodit siten, ett?yhden lokuksen j
-# 	% koodit saavat arvoja v<>lill?1,...,noalle(j).
-# 	data = raw_data;
-# 	nloci=size(raw_data,2)-1;
-
-# 	dataApu = data(:,1:nloci);
-# 	nollat = find(dataApu==0);
-# 	if ~isempty(nollat)
-# 	   isoinAlleeli = max(max(dataApu));
-# 	   dataApu(nollat) = isoinAlleeli+1;
-# 	   data(:,1:nloci) = dataApu;
-# 	end
-# 	dataApu = []; nollat = []; isoinAlleeli = [];
-
-# 	noalle=zeros(1,nloci);
-# 	alleelitLokuksessa = cell(nloci,1);
-# 	for i=1:nloci
-# 		alleelitLokuksessaI = unique(data(:,i));
-# 		alleelitLokuksessa{i,1} = alleelitLokuksessaI(find(alleelitLokuksessaI>=0));
-# 		noalle(i) = length(alleelitLokuksessa{i,1});
-# 	end
-# 	alleleCodes = zeros(max(noalle),nloci);
-# 	for i=1:nloci
-# 		alleelitLokuksessaI = alleelitLokuksessa{i,1};
-# 		puuttuvia = max(noalle)-length(alleelitLokuksessaI);
-# 		alleleCodes(:,i) = [alleelitLokuksessaI; zeros(puuttuvia,1)];
-# 	end
-
-# 	for loc = 1:nloci
-# 		for all = 1:noalle(loc)
-# 			data(find(data(:,loc)==alleleCodes(all,loc)), loc)=all;
-# 		end;
-# 	end;
-
-# 	nind = max(data(:,end));
-# 	nrows = size(data,1);
-# 	ncols = size(data,2);
-# 	rowsFromInd = zeros(nind,1);
-# 	for i=1:nind
-# 		rowsFromInd(i) = length(find(data(:,end)==i));
-# 	end
-# 	maxRowsFromInd = max(rowsFromInd);
-# 	a = -999;
-# 	emptyRow = repmat(a, 1, ncols);
-# 	lessThanMax = find(rowsFromInd < maxRowsFromInd);
-# 	missingRows = maxRowsFromInd*nind - nrows;
-# 	data = [data; zeros(missingRows, ncols)];
-# 	pointer = 1;
-# 	for ind=lessThanMax'    %K<>y l<>pi ne yksil<69>t, joilta puuttuu rivej?
-# 		miss = maxRowsFromInd-rowsFromInd(ind);  % T<>lt?yksil<69>lt?puuttuvien lkm.
-# 		for j=1:miss
-# 			rowToBeAdded = emptyRow;
-# 			rowToBeAdded(end) = ind;
-# 			data(nrows+pointer, :) = rowToBeAdded;
-# 			pointer = pointer+1;
-# 		end
-# 	end
-# 	data = sortrows(data, ncols);   % Sorttaa yksil<69>iden mukaisesti
-# 	newData = data;
-# 	rowsFromInd = maxRowsFromInd;
-
-# 	adjprior = zeros(max(noalle),nloci);
-# 	priorTerm = 0;
-# 	for j=1:nloci
-# 		adjprior(:,j) = [repmat(1/noalle(j), [noalle(j),1]) ; ones(max(noalle)-noalle(j),1)];
-# 		priorTerm = priorTerm + noalle(j)*gammaln(1/noalle(j));
-# 	end
-
-
-# 	%----------------------------------------------------------------------------------------
-
-
 # 	function [Z, dist] = newGetDistances(data, rowsFromInd)
 
 # 	ninds = max(data(:,end));

R/handleData.R

@@ -0,0 +1,95 @@
+#' @title Handle Data
+#' @param raw_data Raw data
+#' @details The last column of the original data tells you from which
+#' individual that line is from. The function first examines how many line
+#' maximum is from one individual giving know if it is haploid, diploid, etc.
+#' After this function. Add blank lines for individuals with fewer rows as
+#' maximum. If the code of an allele is = 0, the function changes that allele
+#' code to the smallest code that is larger than any code in use. After this,
+#' the function changes the allele codes so that one locus j
+#' codes get values between? 1, ..., Noah (j).
+#' @export
+handleData <- function(raw_data) {
+	# Alkuper?isen datan viimeinen sarake kertoo, milt?yksil?lt?
+	# kyseinen rivi on per?isin. Funktio tutkii ensin, ett?montako
+	# rivi?maksimissaan on per?isin yhdelt?yksil?lt? jolloin saadaan
+	# tiet?? onko kyseess?haploidi, diploidi jne... T?m?n j?lkeen funktio
+	# lis?? tyhji?rivej?niille yksil?ille, joilta on per?isin v?hemm?n
+	# rivej?kuin maksimim??r?
+	#   Mik?li jonkin alleelin koodi on =0, funktio muuttaa t?m?n alleelin
+	# koodi pienimm?ksi koodiksi, joka isompi kuin mik??n k?yt?ss?oleva koodi.
+	# T?m?n j?lkeen funktio muuttaa alleelikoodit siten, ett?yhden lokuksen j
+	# koodit saavat arvoja v?lill?1,...,noalle(j).
+
+	data <- raw_data
+	nloci <- size(raw_data, 2) - 1
+
+	dataApu <- data[, 1:nloci]
+	nollat <- find(dataApu==0)
+	if (!isempty(nollat)) {
+	   isoinAlleeli <- max(max(dataApu))
+	   dataApu[nollat] <- isoinAlleeli + 1
+	   data[, 1:nloci] <- dataApu
+	}
+	# dataApu <- []
+	# nollat <- []
+	# isoinAlleeli <- []
+
+	noalle <- zeros(1, nloci)
+	alleelitLokuksessa <- cell(nloci, 1)
+	for (i in 1:nloci) {
+		alleelitLokuksessaI <- unique(data[, i])
+		alleelitLokuksessa[i, 1] <- alleelitLokuksessaI[
+			find(alleelitLokuksessaI >= 0)
+		]
+		noalle[i] <- length(alleelitLokuksessa[i, 1])
+	}
+	alleleCodes <- zeros(max(noalle), nloci)
+	for (i in 1:nloci) {
+		alleelitLokuksessaI <- alleelitLokuksessa[i, 1]
+		puuttuvia <- max(noalle) - length(alleelitLokuksessaI)
+		alleleCodes[, i] <- as.matrix(
+			c(alleelitLokuksessaI, zeros(puuttuvia, 1))
+		)
+	}
+
+	nind <- max(data[, end])
+	nrows <- size(data, 1)
+	ncols <- size(data, 2)
+	rowsFromInd <- zeros(nind, 1)
+	for (i in 1:nind) {
+		rowsFromInd[i] <- length(find(data[, end] == i))
+	}
+	maxRowsFromInd <- max(rowsFromInd)
+	a <- -999
+	emptyRow <- repmat(a, c(1, ncols))
+	lessThanMax <- find(rowsFromInd < maxRowsFromInd)
+	missingRows <- maxRowsFromInd * nind - nrows
+	data <- as.matrix(c(data, zeros(missingRows, ncols)))
+	pointer <- 1
+	for (ind in t(lessThanMax)) { #K?y l?pi ne yksil?t, joilta puuttuu rivej?
+		miss = maxRowsFromInd-rowsFromInd(ind); # T?lt?yksil?lt?puuttuvien lkm.
+	}
+	data <- sortrows(data, ncols) # Sorttaa yksil?iden mukaisesti
+	newData <- data
+	rowsFromInd <- maxRowsFromInd
+
+	adjprior <- zeros(max(noalle), nloci)
+	priorTerm <- 0
+	for (j in 1:nloci) {
+		adjprior[, j] <- as.matrix(c(
+			repmat(1 / noalle[j], c(noalle[j], 1)),
+			ones(max(noalle) - noalle[j], 1)
+		))
+		priorTerm <- priorTerm + noalle[j] * gammaln(1 / noalle[j])
+	}
+	out <- list(
+		newData = newData,
+		rowsFromInd = rowsFromInd,
+		alleleCodes = alleleCodes,
+		noalle = noalle,
+		adjprior = adjprior,
+		priorTerm = priorTerm
+	)
+	return(out)
+}

man/handleData.Rd

@@ -0,0 +1,24 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/handleData.R
+\name{handleData}
+\alias{handleData}
+\title{Handle Data}
+\usage{
+handleData(raw_data)
+}
+\arguments{
+\item{raw_data}{Raw data}
+}
+\description{
+Handle Data
+}
+\details{
+The last column of the original data tells you from which
+individual that line is from. The function first examines how many line
+maximum is from one individual giving know if it is haploid, diploid, etc.
+After this function. Add blank lines for individuals with fewer rows as
+maximum. If the code of an allele is = 0, the function changes that allele
+code to the smallest code that is larger than any code in use. After this,
+the function changes the allele codes so that one locus j
+codes get values between? 1, ..., Noah (j).
+}