Improved docs, formatting and handling of globals

R/computeIndLogml.R

@@ -1,8 +1,8 @@
 #' @title computeIndLogml
 #' @description Palauttaa yksilön logml:n, kun oletetaan yksilön alkuperät
 #' määritellyiksi kuten osuusTaulu:ssa.
-#' @param omaFreqs omaFreqs
-#' @param osuusTaulu osuusTaulu
+#' @param omaFreqs own Freqs?
+#' @param osuusTaulu Percentage table?
 #' @export
 computeIndLogml <- function (omaFreqs, osuusTaulu) {
 
@@ -14,7 +14,7 @@ computeIndLogml <- function (omaFreqs, osuusTaulu) {
         apu <- sum(apu)
     }
 
-    apu = log(apu)
+    apu <- log(apu)
 
     loggis <- sum(apu)
     return (loggis)

R/laskeMuutokset4.R

@@ -3,15 +3,15 @@
 #' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
 #' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään 
 #' siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
-#' @param osuus osuus
-#' @param osuusTaulu osuusTaulu
-#' @param omaFreqs omaFreqs
-#' @param logml logml
+#' @param osuus Percentages?
+#' @param omaFreqs own Freqs?
+#' @param osuusTaulu Percentage table?
+#' @param logml log maximum likelihood
 #' @param COUNTS COUNTS
-#' 
+#' @export
 laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml,
                              COUNTS = matrix(0)) {
-    npops <- dim(COUNTS)[3]
+    npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
     notEmpty <- osuusTaulu > 0.005
     muutokset <- zeros(npops)
     empties <- !notEmpty