Translated lueGenePopDataPop() (#2)

R/lueGenePopDataPop.R

@@ -0,0 +1,77 @@
+lueGenePopDataPop <- function(tiedostonNimi) {
+  # Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän.
+  # popnames on kuten ennenkin.
+
+  fid <- fopen(tiedostonNimi)
+  line <- fgetl(fid)  # ensimmäinen rivi
+  line <- fgetl(fid)  # toinen rivi
+  count <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line)
+
+  line <- fgetl(fid)
+  lokusRiveja <- 1
+  while (testaaPop(line) == 0) {
+      lokusRiveja <- lokusRiveja + 1
+      line <- fgetl(fid)
+  }
+
+  if (lokusRiveja > 1) {
+      nloci <- lokusRiveja
+  } else {
+      nloci <- count
+  }
+
+  popnames <- cell(10, 2)
+  data <- zeros(100, nloci + 1)
+  nimienLkm <- 0
+  ninds <- 0
+  poimiNimi <- 1
+  digitFormat = -1
+  while (line != -1) {
+      line <- fgetl(fid)
+
+      if (poimiNimi == 1) {
+          # Edellinen rivi oli 'pop'
+          nimienLkm <- nimienLkm + 1
+          ninds <- ninds + 1
+          if (nimienLkm > size(popnames, 1)) {
+              popnames <- c(popnames, cell(10, 2))
+          }
+          nimi <- lueNimi(line)
+          if (digitFormat == -1) {
+              digitFormat <- selvitaDigitFormat(line)
+              divider <- 10 ^ digitFormat
+          }
+          popnames[nimienLkm, 1] = nimi   # Näin se on greedyMix:issäkin?!?
+          popnames[nimienLkm, 2] = ninds
+          poimiNimi <- 0
+
+          data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
+
+      } else if (testaaPop(line)) {
+          poimiNimi <- 1
+
+      } else if (line != -1) {
+          ninds <- ninds + 1
+          data <- addAlleles(data, ninds, line, divider)
+      }
+  }
+
+  data <- data[1:ninds * 2, ]
+  popnames <- popnames[1:nimienLkm, ]
+  npops <- size(popnames, 1)
+  ind <- 1
+  for (pop in 1:npops) {
+      if (pop < npops) {
+          while (ind < popnames[pop + 1, 2]) {
+              data[c(ind * 2 - 1, ind * 2), ncol(data)] <- pop
+              ind <- ind + 1
+          }
+      } else {
+          while (ind <= ninds) {
+              data[c(ind * 2 - 1, ind * 2), ncol(data)] <- pop
+              ind <- ind + 1
+          }
+      }
+  }
+	return(list(data = data, popnames = popnames))
+}

matlab/independent/greedyPopMix.m

@@ -251,86 +251,6 @@ else
     end
 end
 
-%--------------------------------------------------------------------
-
-
-function [data, popnames] = lueGenePopDataPop(tiedostonNimi)
-% Data annetaan muodossa, jossa viimeinen sarake kertoo ryhmän.
-% popnames on kuten ennenkin.
-
-fid = fopen(tiedostonNimi);
-line = fgetl(fid);  %ensimmäinen rivi
-line = fgetl(fid);  %toinen rivi
-count = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line);
-
-line = fgetl(fid);
-lokusRiveja = 1;
-while (testaaPop(line)==0)
-    lokusRiveja = lokusRiveja+1;
-    line = fgetl(fid);
-end
-
-if lokusRiveja>1
-    nloci = lokusRiveja;
-else
-    nloci = count;
-end
-
-popnames = cell(10,2);
-data = zeros(100, nloci+1);
-nimienLkm=0;
-ninds=0;
-poimiNimi=1;
-digitFormat = -1;
-while line ~= -1
-    line = fgetl(fid);
-
-    if poimiNimi==1
-        %Edellinen rivi oli 'pop'
-        nimienLkm = nimienLkm+1;
-        ninds = ninds+1;
-        if nimienLkm>size(popnames,1);
-            popnames = [popnames; cell(10,2)];
-        end
-        nimi = lueNimi(line);
-        if digitFormat == -1
-            digitFormat = selvitaDigitFormat(line);
-            divider = 10^digitFormat;
-        end
-        popnames{nimienLkm, 1} = {nimi};   %Näin se on greedyMix:issäkin?!?
-        popnames{nimienLkm, 2} = ninds;
-        poimiNimi=0;
-
-        data = addAlleles(data, ninds, line, divider);
-
-    elseif testaaPop(line)
-        poimiNimi = 1;
-
-    elseif line ~= -1
-        ninds = ninds+1;
-        data = addAlleles(data, ninds, line, divider);
-    end
-end
-
-fclose(fid);
-data = data(1:ninds*2,:);
-popnames = popnames(1:nimienLkm,:);
-npops = size(popnames,1);
-ind = 1;
-for pop = 1:npops
-    if pop<npops
-        while ind<popnames{pop+1,2}
-            data([ind*2-1 ind*2],end) = pop;
-            ind = ind+1;
-        end
-    else
-        while ind<=ninds
-            data([ind*2-1 ind*2],end) = pop;
-            ind = ind+1;
-        end
-    end
-end
-
 %-------------------------------------------------------------------