#' @title Calculate changes (?)
#' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
#' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
#' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
#' siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
#' @param osuus Percentages?
#' @param omaFreqs own Freqs?
#' @param osuusTaulu Percentage table?
#' @param logml log maximum likelihood
#' @export
laskeMuutokset4 <- function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
  if (isGlobalEmpty(COUNTS)) {
    npops <- 1
  } else {
    npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
  }
  notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005)
  muutokset <- zeros(npops)
  empties <- !notEmpty

  for (i1 in notEmpty) {
    osuusTaulu[i1] <- osuusTaulu[i1] - osuus
    for (i2 in c(colon(1, i1 - 1), colon(i1 + 1, npops))) {
      osuusTaulu[i2] <- osuusTaulu[i2] + osuus
      loggis <- computeIndLogml(omaFreqs, osuusTaulu)

      # Work around Matlab OOB bug
      if (i1 > nrow(muutokset)) {
        muutokset <- rbind(muutokset, muutokset * 0)
      }
      if (i2 > ncol(muutokset)) {
        muutokset <- cbind(muutokset, muutokset * 0)
      }

      muutokset[i1, i2] <- loggis - logml
      osuusTaulu[i2] <- osuusTaulu[i2] - osuus
    }
    osuusTaulu[i1] <- osuusTaulu[i1] + osuus
  }
  return(muutokset)
}

# Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik� olisi
# muutos logml:ss�, mik�li yksil� ind siirret��n koriin i.
# diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis�tt�v�
# COUNTS:in siivuun i2, mik�li muutos toteutetaan.
#
# Lis�ys 25.9.2007:
# Otettu k�ytt��n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset
# logml:ss� siirrett�ess� yksil�it� toisiin populaatioihin.
laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
  npops <- size(COUNTS, 3)
  muutokset <- LOGDIFF[ind, ]

  i1 <- PARTITION[ind]
  i1_logml <- POP_LOGML[i1]
  muutokset[i1] <- 0

  rows <- globalRows[ind, 1]:globalRows[ind, 2]
  diffInCounts <- computeDiffInCounts(
    rows, size(COUNTS, 1), size(COUNTS, 2), data
  )
  diffInSumCounts <- colSums(diffInCounts)

  COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] - diffInCounts
  SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] - diffInSumCounts
  new_i1_logml <- computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm)
  COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] + diffInCounts
  SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] + diffInSumCounts

  i2 <- matlab2r::find(muutokset == -Inf) # Etsit��n populaatiot jotka muuttuneet viime kerran j�lkeen. (Searching for populations that have changed since the last time)
  i2 <- setdiff(i2, i1)
  i2_logml <- POP_LOGML[i2]

  ni2 <- length(i2)

  COUNTS[, , i2] <- COUNTS[, , i2] + repmat(diffInCounts, c(1, 1, ni2))
  SUMCOUNTS[i2, ] <- SUMCOUNTS[i2, ] + repmat(diffInSumCounts, c(ni2, 1))
  new_i2_logml <- computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm)
  COUNTS[, , i2] <- COUNTS[, , i2] - repmat(diffInCounts, c(1, 1, ni2))
  SUMCOUNTS[i2, ] <- SUMCOUNTS[i2, ] - repmat(diffInSumCounts, c(ni2, 1))

  muutokset[i2] <- new_i1_logml - i1_logml + new_i2_logml - i2_logml
  LOGDIFF[ind, ] <- muutokset
  return(list(muutokset = muutokset, diffInCounts = diffInCounts))
}

laskeMuutokset2 <- function(i1, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
  # % Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik� olisi
  # % muutos logml:ss�, mik�li korin i1 kaikki yksil�t siirret��n
  # % koriin i.

  npops <- size(COUNTS, 3)
  muutokset <- zeros(npops, 1)

  i1_logml <- POP_LOGML[i1]

  inds <- matlab2r::find(PARTITION == i1)
  ninds <- length(inds)

  if (ninds == 0) {
    diffInCounts <- zeros(size(COUNTS, 1), size(COUNTS, 2))
    return()
  }

  rows <- list()
  for (i in 1:ninds) {
    ind <- inds(i)
    lisa <- globalRows(ind, 1):globalRows(ind, 2)
    rows <- c(rows, t(lisa))
  }

  diffInCounts <- computeDiffInCounts(
    t(rows), size(COUNTS, 1), size(COUNTS, 2), data
  )
  diffInSumCounts <- sum(diffInCounts)

  COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] - diffInCounts
  SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] - diffInSumCounts
  new_i1_logml <- computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm)
  COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] + diffInCounts
  SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] + diffInSumCounts

  i2 <- c(1:i1 - 1, i1 + 1:npops)
  i2_logml <- POP_LOGML[i2]

  COUNTS[, , i2] <- COUNTS[, , i2] + repmat(diffInCounts, c(1, 1, npops - 1))
  SUMCOUNTS[i2, ] <- SUMCOUNTS[i2, ] + repmat(diffInSumCounts, c(npops - 1, 1))
  new_i2_logml <- computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm)
  COUNTS[, , i2] <- COUNTS[, , i2] - repmat(diffInCounts, c(1, 1, npops - 1))
  SUMCOUNTS[i2, ] <- SUMCOUNTS[i2, ] - repmat(diffInSumCounts, c(npops - 1, 1))

  muutokset[i2] <- new_i1_logml - i1_logml + new_i2_logml - i2_logml
  return(list(muutokset = muutokset, diffInCounts = diffInCounts))
}


laskeMuutokset3 <- function(T2, inds2, globalRows, data, adjprior, priorTerm, i1
) {
  # Palauttaa length(unique(T2))*npops taulun, jossa (i,j):s alkio
  # kertoo, mik� olisi muutos logml:ss�, jos populaation i1 osapopulaatio
  # inds2(matlab2r::find(T2==i)) siirret��n koriin j.

  npops <- size(COUNTS, 3)
  npops2 <- length(unique(T2))
  muutokset <- zeros(npops2, npops)

  i1_logml <- POP_LOGML[i1]
  for (pop2 in 1:npops2) {
    inds <- inds2[matlab2r::find(T2 == pop2)]
    ninds <- length(inds)
    if (ninds > 0) {
      rows <- list()
      for (i in 1:ninds) {
        ind <- inds[i]
        lisa <- globalRows[ind, 1]:globalRows[ind, 2]
        rows <- c(rows, t(lisa))
      }
      diffInCounts <- computeDiffInCounts(
        t(rows), size(COUNTS, 1), size(COUNTS, 2), data
      )
      diffInSumCounts <- sum(diffInCounts)

      COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] - diffInCounts
      SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] - diffInSumCounts
      new_i1_logml <- computePopulationLogml(i1, adjprior, priorTerm)
      COUNTS[, , i1] <- COUNTS[, , i1] + diffInCounts
      SUMCOUNTS[i1, ] <- SUMCOUNTS[i1, ] + diffInSumCounts

      i2 <- c(1:i1 - 1, i1 + 1:npops)
      i2_logml <- t(POP_LOGML[i2])

      COUNTS[, , i2] <- COUNTS[, , i2] + repmat(diffInCounts, c(1, 1, npops - 1))
      SUMCOUNTS[i2, ] <- SUMCOUNTS[i2, ] + repmat(diffInSumCounts, c(npops - 1, 1))
      new_i2_logml <- t(computePopulationLogml(i2, adjprior, priorTerm))
      COUNTS[, , i2] <- COUNTS[, , i2] - repmat(diffInCounts, c(1, 1, npops - 1))
      SUMCOUNTS[i2, ] <- SUMCOUNTS[i2, ] - repmat(diffInSumCounts, c(npops - 1, 1))

      muutokset[pop2, i2] <- new_i1_logml - i1_logml + new_i2_logml - i2_logml
    }
  }
  return(muutokset)
}

laskeMuutokset5 <- function(inds, globalRows, data, adjprior, priorTerm, i1, i2) {
  # Palauttaa length(inds)*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik� olisi
  # muutos logml:ss�, mik�li yksil� i vaihtaisi koria i1:n ja i2:n v�lill�.

  ninds <- length(inds)
  muutokset <- zeros(ninds, 1)

  i1_logml <- POP_LOGML[i1]
  i2_logml <- POP_LOGML[i2]

  for (i in 1:ninds) {
    ind <- inds[i]
    if (PARTITION[ind] == i1) {
      pop1 <- i1 # mist�
      pop2 <- i2 # mihin
    } else {
      pop1 <- i2
      pop2 <- i1
    }
    rows <- globalRows[ind, 1]:globalRows[ind, 2]
    diffInCounts <- computeDiffInCounts(
      rows, size(COUNTS, 1), size(COUNTS, 2), data
    )
    diffInSumCounts <- sum(diffInCounts)



    COUNTS[, , pop1] <- COUNTS[, , pop1] - diffInCounts
    SUMCOUNTS[pop1, ] <- SUMCOUNTS[pop1, ] - diffInSumCounts
    COUNTS[, , pop2] <- COUNTS[, , pop2] + diffInCounts
    SUMCOUNTS[pop2, ] <- SUMCOUNTS[pop2, ] + diffInSumCounts

    new_logmls <- computePopulationLogml(c(i1, i2), adjprior, priorTerm)
    muutokset[i] <- sum(new_logmls)

    COUNTS[, , pop1] <- COUNTS[, , pop1] + diffInCounts
    SUMCOUNTS[pop1, ] <- SUMCOUNTS[pop1, ] + diffInSumCounts
    COUNTS[, , pop2] <- COUNTS[, , pop2] - diffInCounts
    SUMCOUNTS[pop2, ] <- SUMCOUNTS[pop2, ] - diffInSumCounts
  }

  muutokset <- muutokset - i1_logml - i2_logml
  return(muutokset)
}