% Generated by roxygen2: do not edit by hand
% Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
\name{greedyMix_muutokset}
\alias{greedyMix_muutokset}
\title{Calculate changes (greedyMix class)}
\description{
Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik� olisi
muutos logml:ss�, mik�li yksil� ind siirret��n koriin i.
diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis�tt�v�
COUNTS:in siivuun i2, mik�li muutos toteutetaan.

Lis�ys 25.9.2007:
Otettu k�ytt��n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset
logml:ss� siirrett�ess� yksil�it� toisiin populaatioihin.
}
\section{Methods}{
\subsection{Public methods}{
\itemize{
\item \href{#method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset}{\code{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset()}}
\item \href{#method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset2}{\code{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset2()}}
\item \href{#method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset3}{\code{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset3()}}
\item \href{#method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset5}{\code{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset5()}}
\item \href{#method-greedyMix_muutokset-clone}{\code{greedyMix_muutokset$clone()}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset}{}}}
\subsection{Method \code{laskeMuutokset()}}{
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm)}\if{html}{\out{</div>}}
}

\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{ind}}{ind}

\item{\code{globalRows}}{globalRows}

\item{\code{data}}{data}

\item{\code{adjprior}}{adjprior}

\item{\code{priorTerm}}{priorTerm}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset2"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset2}{}}}
\subsection{Method \code{laskeMuutokset2()}}{
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset2(i1, globalRows, data, adjprior, priorTerm)}\if{html}{\out{</div>}}
}

\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{i1}}{i1}

\item{\code{globalRows}}{globalRows}

\item{\code{data}}{data}

\item{\code{adjprior}}{adjprior}

\item{\code{priorTerm}}{priorTerm}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset3"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset3}{}}}
\subsection{Method \code{laskeMuutokset3()}}{
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset3(
  T2,
  inds2,
  globalRows,
  data,
  adjprior,
  priorTerm,
  i1
)}\if{html}{\out{</div>}}
}

\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{T2}}{T2}

\item{\code{inds2}}{inds2}

\item{\code{globalRows}}{globalRows}

\item{\code{data}}{data}

\item{\code{adjprior}}{adjprior}

\item{\code{priorTerm}}{priorTerm}

\item{\code{i1}}{i1}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset5"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-greedyMix_muutokset-laskeMuutokset5}{}}}
\subsection{Method \code{laskeMuutokset5()}}{
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$laskeMuutokset5(
  inds,
  globalRows,
  data,
  adjprior,
  priorTerm,
  i1,
  i2
)}\if{html}{\out{</div>}}
}

\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{inds}}{inds}

\item{\code{globalRows}}{globalRows}

\item{\code{data}}{data}

\item{\code{adjprior}}{adjprior}

\item{\code{priorTerm}}{priorTerm}

\item{\code{i1}}{i1}

\item{\code{i2}}{i2}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
\if{html}{\out{<hr>}}
\if{html}{\out{<a id="method-greedyMix_muutokset-clone"></a>}}
\if{latex}{\out{\hypertarget{method-greedyMix_muutokset-clone}{}}}
\subsection{Method \code{clone()}}{
The objects of this class are cloneable with this method.
\subsection{Usage}{
\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{greedyMix_muutokset$clone(deep = FALSE)}\if{html}{\out{</div>}}
}

\subsection{Arguments}{
\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
\describe{
\item{\code{deep}}{Whether to make a deep clone.}
}
\if{html}{\out{</div>}}
}
}
}