108 lines
No EOL
3.5 KiB
Matlab
108 lines
No EOL
3.5 KiB
Matlab
function viewPartition4(osuudet, popnames, npops, admixnpops, ...
|
|
inliers, partition, filename)
|
|
% Kuin viewParition.m, mutta toimii itsenäisesti. Ei siis tarvitse
|
|
% globaalia COUNTS-muuttujaa.
|
|
|
|
nind = size(osuudet,1);
|
|
% inliers = unique(partition);
|
|
% inliers = find(any(osuudet));
|
|
if admixnpops>36
|
|
disp(' ');
|
|
disp('Figure can be drawn only if the number of populations');
|
|
disp('is less or equal to 36.');
|
|
disp(' ');
|
|
return;
|
|
end
|
|
|
|
varit = giveColors(npops);
|
|
korkeinviiva = 1.05;
|
|
pieninarvo = -korkeinviiva;
|
|
|
|
h0 = figure;
|
|
set(h0, 'NumberTitle', 'off'); %image_figure; %Muutettu
|
|
set(h0,'Tag','admixture_result');
|
|
set(h0,'Name',['Admixture Result - ' filename]);
|
|
tiedot.popnames = popnames;
|
|
tiedot.info = osuudet;
|
|
set(h0,'UserData',tiedot);
|
|
|
|
set(gca, 'Xlim', [-.5 ,nind+.5], 'YLim', [pieninarvo ,korkeinviiva], ...
|
|
'XTick', [], 'XTickLabel', [], 'YTick', [], 'YTickLabel', []);
|
|
|
|
for i=1:nind
|
|
|
|
if any(osuudet(i,:)>0)
|
|
cumOsuudet = cumsum(osuudet(i,:));
|
|
|
|
% Pylvään piirtäminen
|
|
for j = 1:admixnpops
|
|
if j == 1
|
|
if cumOsuudet(1)>0
|
|
h0 =patch([i-1, i, i, i-1], [0, 0, cumOsuudet(1), cumOsuudet(1)], varit(inliers(j),:));
|
|
set(h0,'EdgeColor','none'); % Midevaa varten kommentoitava!
|
|
end
|
|
else
|
|
if (cumOsuudet(j)>cumOsuudet(j-1))
|
|
h0 = patch([i-1, i, i, i-1], [cumOsuudet(j-1), cumOsuudet(j-1), ...
|
|
cumOsuudet(j), cumOsuudet(j)], varit(inliers(j),:));
|
|
set(h0,'EdgeColor','none'); % Midevaa varten kommentoitava!
|
|
end
|
|
end
|
|
end
|
|
end
|
|
end
|
|
|
|
|
|
|
|
if ~isempty(popnames)
|
|
npops = size(popnames,1); % NB! npops now stands for the number of individuals.
|
|
for i = 1:npops
|
|
firstInd = popnames{i,2};
|
|
if size(popnames,1)~=nind
|
|
line([firstInd-1, firstInd-1], [0,1], 'Color', 'k'); %Populaatioiden rajat
|
|
end
|
|
|
|
% The determination of x_paikka is changed, since popnames could be
|
|
% non-sequential. - Jing
|
|
if i<npops
|
|
% x_paikka = popnames{i,2}-1+(popnames{i+1,2}-popnames{i,2})/2;
|
|
x_paikka = i-1;
|
|
else
|
|
% x_paikka = popnames{i,2}-1+(nind+1-popnames{i,2})/2;
|
|
x_paikka = i-1+(nind+1-i)/2;
|
|
end
|
|
|
|
% korkeuskerroin = pieninarvo / -0.2;
|
|
suhdekerroin = npops/6;
|
|
max_length = length(popnames{i,1}{1});
|
|
for letter_num = 1: max_length
|
|
letter= popnames{i,1}{1}(letter_num); % alter .004|
|
|
% text(x_paikka+korjaus(letter)*suhdekerroin, ...
|
|
% 0.0005*korkeuskerroin-0.02*letter_num*korkeuskerroin, ...
|
|
% letter, 'Interpreter','none');
|
|
text(x_paikka+korjaus(letter)*suhdekerroin, ...
|
|
pieninarvo*letter_num/max_length, ...
|
|
letter, 'Interpreter','none');
|
|
end
|
|
end
|
|
line([nind,nind],[0,1],'Color','k');
|
|
end
|
|
|
|
%-------------------------------------------------------------------------------------
|
|
|
|
function extra = korjaus(letter)
|
|
if any(letter == 'ijlI')
|
|
extra = 0.022;
|
|
elseif any(letter == 'r')
|
|
extra = 0.016;
|
|
elseif any(letter == 'k')
|
|
extra = 0.009;
|
|
elseif any(letter == 'f')
|
|
extra = 0.013;
|
|
elseif any(letter == 't')
|
|
extra = 0.014;
|
|
elseif any(letter == 'w')
|
|
extra = -0.003;
|
|
else
|
|
extra = 0;
|
|
end; |