Merge branch 'suoritaMuutos' into dev

NAMESPACE

@@ -9,4 +9,5 @@ export(ownNum2Str)
 export(proportion2str)
 export(randdir)
 export(repmat)
+export(suoritaMuutos)
 importFrom(stats,runif)

R/admix1.R

@@ -520,38 +520,4 @@ admix1 <- function(tietue) {
 #         end
 #         pointer = pointer+1;
 #     end
-# end
-
-# %--------------------------------------------------------------------------
-
-
-# function osuusTaulu = suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi)
-# % Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.
-
-# global COUNTS;
-# npops = size(COUNTS,3);
-
-# i1 = rem(indeksi,npops);
-# if i1==0, i1 = npops; end;
-# i2 = ceil(indeksi / npops);
-
-# osuusTaulu(i1) = osuusTaulu(i1)-osuus;
-# osuusTaulu(i2) = osuusTaulu(i2)+osuus;
-
-
-# %-------------------------------------------------------------------------
-
-
-# function [osuusTaulu, logml] = etsiParas(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
-
-# ready = 0;
-# while ready ~= 1
-#     muutokset = laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml);
-#     [maxMuutos, indeksi] = max(muutokset(1:end));
-#     if maxMuutos>0
-#         osuusTaulu = suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi);
-#         logml = logml + maxMuutos;
-#     else
-#         ready = 1;
-#     end
 # end

R/etsiParas.R

@@ -0,0 +1,14 @@
+etsiParas <- function = (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
+    ready <- 0;
+    while (ready != 1) {
+        muutokset <- laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml)
+        [maxMuutos, indeksi] = max(muutokset[1:end]) # TODO: how does this work on Matlab?
+        if (maxMuutos > 0) {
+            osuusTaulu <- suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi)
+            logml <- logml + maxMuutos
+        } else {
+            ready <- 1
+        }
+    }
+    return (c(osuusTaulu, logml))
+}

R/suoritaMuutos.R

@@ -0,0 +1,19 @@
+#' @title suoritaMuutos
+#' @description Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.
+#' @param osuusTaulu Percentage table?
+#' @param osuus percentage?
+#' @param indeksi index
+#' @param COUNTS counts
+#' @export
+suoritaMuutos <- function (osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0)) {
+    npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
+
+    i1 <- indeksi %% npops
+    if (is.na(i1) | i1 == 0) i1 <- npops
+    i2 <- ceiling(indeksi / npops)
+
+    osuusTaulu[i1] <- osuusTaulu[i1] - osuus
+    osuusTaulu[i2] <- osuusTaulu[i2] + osuus
+
+    return (osuusTaulu)
+}

man/suoritaMuutos.Rd

@@ -0,0 +1,20 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/suoritaMuutos.R
+\name{suoritaMuutos}
+\alias{suoritaMuutos}
+\title{suoritaMuutos}
+\usage{
+suoritaMuutos(osuusTaulu, osuus, indeksi, COUNTS = matrix(0))
+}
+\arguments{
+\item{osuusTaulu}{Percentage table?}
+
+\item{osuus}{percentage?}
+
+\item{indeksi}{index}
+
+\item{COUNTS}{counts}
+}
+\description{
+Päivittää osuusTaulun muutoksen jälkeen.
+}

tests/testthat/test-admix1.R

@@ -117,4 +117,18 @@ test_that("computeIndLogml works like on Matlab", {
     expect_equivalent(computeIndLogml(-pi, -8), 3.2242, tol = .0001)
     expect_equivalent(computeIndLogml(2:3, 2), 2.3026, tol = .0001)    
     expect_equivalent(computeIndLogml(matrix(8:5, 2), 100), 14.316, tol = .001)
+})
+
+test_that("suoritaMuutos works like on Matlab", {
+    mx1 <- c(10, 5, 8)
+    mx2 <- matrix(c(10, 9, 5, 8, 8, -7), 2)
+    expect_equal(suoritaMuutos(10, 3, 1), 10)
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 3, 1), c(10, 5, 8))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 3, 2), c(7, 8, 8))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 3, 3), c(7, 5, 11))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, 2, 3), c(8, 5, 10))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx1, -7, 3), c(17, 5, 1))
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx2, 0, 5), mx2)
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx2, 0, 5), mx2)
+    expect_equal(suoritaMuutos(mx2, -3, 6), matrix(c(13, 9, 5, 8, 8, -10), 2))
 })