Added testaaGenePopData function
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8a4b2d8fc3
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@ -1613,87 +1613,6 @@ greedyMix <- function(
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# emptyPop = min(find(popDiff > 1));
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# end
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# %--------------------------------------------------------------------
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# function kunnossa = testaaGenePopData(tiedostonNimi)
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# % kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
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# % Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
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# kunnossa = 0;
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# fid = fopen(tiedostonNimi);
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# line1 = fgetl(fid); %ensimm<6D>inen rivi
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# line2 = fgetl(fid); %toinen rivi
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# line3 = fgetl(fid); %kolmas
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# if (isequal(line1,-1) | isequal(line2,-1) | isequal(line3,-1))
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# disp('Incorrect file format 1168'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# if (testaaPop(line1)==1 | testaaPop(line2)==1)
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# disp('Incorrect file format 1172'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# if testaaPop(line3)==1
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# %2 rivi t<>ll<6C>in lokusrivi
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# nloci = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2);
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# line4 = fgetl(fid);
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# if isequal(line4,-1)
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# disp('Incorrect file format 1180'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# if ~any(line4==',')
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# % Rivin nelj?t<>ytyy sis<69>lt<6C><74> pilkku.
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# disp('Incorrect file format 1185'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# pointer = 1;
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# while ~isequal(line4(pointer),',') %Tiedet<65><74>n, ett?pys<79>htyy
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# pointer = pointer+1;
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# end
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# line4 = line4(pointer+1:end); %pilkun j<>lkeinen osa
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# nloci2 = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4);
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# if (nloci2~=nloci)
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# disp('Incorrect file format 1195'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# else
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# line = fgetl(fid);
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# lineNumb = 4;
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# while (testaaPop(line)~=1 & ~isequal(line,-1))
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# line = fgetl(fid);
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# lineNumb = lineNumb+1;
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# end
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# if isequal(line,-1)
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# disp('Incorrect file format 1206'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# nloci = lineNumb-2;
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# line4 = fgetl(fid); %Eka rivi pop sanan j<>lkeen
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# if isequal(line4,-1)
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# disp('Incorrect file format 1212'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# if ~any(line4==',')
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# % Rivin t<>ytyy sis<69>lt<6C><74> pilkku.
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# disp('Incorrect file format 1217'); fclose(fid);
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# return
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# end
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# pointer = 1;
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# while ~isequal(line4(pointer),',') %Tiedet<65><74>n, ett?pys<79>htyy.
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# pointer = pointer+1;
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# end
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# line4 = line4(pointer+1:end); %pilkun j<>lkeinen osa
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# nloci2 = rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4);
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# if (nloci2~=nloci)
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# disp('Incorrect file format 1228'); fclose(fid);
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# return
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# end
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||||
# end
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# kunnossa = 1;
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# fclose(fid);
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# %------------------------------------------------------
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63
R/testaaGenePopData.R
Normal file
63
R/testaaGenePopData.R
Normal file
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@ -0,0 +1,63 @@
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#' @title Tests GenePop data
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testaaGenePopData <- function(tiedostonNimi) {
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# kunnossa == 0, jos data ei ole kelvollinen genePop data.
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# Muussa tapauksessa kunnossa == 1.
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kunnossa <- 0
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if (file.exists(paste0(tiedostonNimi, ".rda"))) {
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fid <- load(tiedostonNimi)
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line1 <- readLines(fid)[1] # ensimmäinen rivi
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line2 <- readLines(fid)[2] # toinen rivi
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line3 <- readLines(fid)[3] # kolmas
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} else {
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fid <- line1 <- line2 <- line3 <- -1
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}
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if (line1 == -1 | line2 == -1 | line3 == -1) {
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stop('Incorrect file format 1168')
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}
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if (testaaPop(line1) == 1 | testaaPop(line2) == 1) { # TODO: translate function
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stop('Incorrect file format 1172')
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}
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if (testaaPop(line3) == 1) {
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# 2 rivi t<>ll<6C>in lokusrivi
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nloci <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line2) # TODO: translate function
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line4 <- readLines(fid)[4]
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if (line4 == -1) stop('Incorrect file format 1180')
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if (!grepl(',', line4)) {
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# Rivin nelj?t<>ytyy sis<69>lt<6C><74> pilkku.
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stop('Incorrect file format 1185')
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}
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pointer <- 1
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while (line4[pointer] != ',') { # Tiedet<65><74>n, ett?pys<79>htyy
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pointer <- pointer + 1
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}
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line4 <- line4[(pointer + 1):nchar(line4)] # pilkun j<>lkeinen osa
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nloci2 <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4)
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if (nloci2 != nloci) stop('Incorrect file format 1195')
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} else {
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line <- readLines(fid)[4]
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lineNumb <- 4
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while (testaaPop(line) != 1 & line != -1) {
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line <- readLines(fid)[lineNumb]
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lineNumb <- lineNumb + 1
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||||
}
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||||
if (line == -1) stop('Incorrect file format 1206')
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nloci <- lineNumb - 2
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||||
line4 <- readLines(fid)[4] # Eka rivi pop sanan j<>lkeen
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if (line4 == -1) stop('Incorrect file format 1212')
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||||
if (!grepl(',', line4)) {
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# Rivin t<>ytyy sis<69>lt<6C><74> pilkku.
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||||
stop('Incorrect file format 1217')
|
||||
}
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||||
pointer <- 1
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||||
while (line4[pointer] != ',') { # Tiedet<65><74>n, ett?pys<79>htyy
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||||
pointer <- pointer + 1
|
||||
}
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||||
line4 <- line4[(pointer + 1):nchar(line4)] # pilkun j<>lkeinen osa
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||||
nloci2 <- rivinSisaltamienMjonojenLkm(line4)
|
||||
if (nloci2 != nloci) stop('Incorrect file format 1228')
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||||
}
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kunnossa <- 1
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return(kunnossa)
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}
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11
man/testaaGenePopData.Rd
Normal file
11
man/testaaGenePopData.Rd
Normal file
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@ -0,0 +1,11 @@
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% Generated by roxygen2: do not edit by hand
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% Please edit documentation in R/testaaGenePopData.R
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\name{testaaGenePopData}
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\alias{testaaGenePopData}
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\title{Tests GenePop data}
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\usage{
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testaaGenePopData(tiedostonNimi)
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}
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\description{
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Tests GenePop data
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}
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