max/ourMELONS
1
0
Fork 0
Code Issues 1 Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Refactoring

Browse source
This commit is contained in:
Waldir Leoncio 2020-11-09 06:26:53 +01:00
parent c41aacae13
commit 9ae09f543f
3 changed files with 15 additions and 16 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

4
R/addAlleles.R
View file

@ -20,8 +20,8 @@ addAlleles <- function(data, ind, line, divider) {
k <- 1 k <- 1
merkki <- substring(line, k, k) merkki <- substring(line, k, k)
while (merkki != ',') { while (merkki != ',') {
k <- k + 1 k <- k + 1
merkki <- substring(line, k, k) merkki <- substring(line, k, k)
} }
line <- substring(line, k + 1) line <- substring(line, k + 1)
# clear k; clear merkki; # clear k; clear merkki;

25
R/laskeMuutokset12345.R
View file

@ -1,4 +1,4 @@
#' @title Calculate changes? #' @title Calculate changes (?)
#' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on #' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
#' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran #' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
#' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään #' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
@ -9,8 +9,9 @@
#' @param logml log maximum likelihood #' @param logml log maximum likelihood
#' @param COUNTS COUNTS #' @param COUNTS COUNTS
#' @export #' @export
laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, laskeMuutokset4 <- function (
COUNTS = matrix(0)) { osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0)
) {
npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3]) npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005) notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005)
muutokset <- zeros(npops) muutokset <- zeros(npops)
@ -38,17 +39,15 @@ laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml,
return (muutokset) return (muutokset)
} }
# Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik<69> olisi
# muutos logml:ss<73>, mik<69>li yksil<69> ind siirret<65><74>n koriin i.
# diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis<69>tt<74>v<EFBFBD>
# COUNTS:in siivuun i2, mik<69>li muutos toteutetaan.
#
# Lis<69>ys 25.9.2007:
# Otettu k<>ytt<74><74>n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset
# logml:ss<73> siirrett<74>ess<73> yksil<69>it<69> toisiin populaatioihin.
laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) { laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
# Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik<69> olisi
# muutos logml:ss<73>, mik<69>li yksil<69> ind siirret<65><74>n koriin i.
# diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis<69>tt<74>v<EFBFBD>
# COUNTS:in siivuun i2, mik<69>li muutos toteutetaan.
#
# Lis<69>ys 25.9.2007:
# Otettu k<>ytt<74><74>n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset
# logml:ss<73> siirrett<74>ess<73> yksil<69>it<69> toisiin populaatioihin.
npops <- size(COUNTS, 3) npops <- size(COUNTS, 3)
muutokset <- LOGDIFF[ind, ] muutokset <- LOGDIFF[ind, ]

2
man/laskeMuutokset4.Rd
View file

@ -2,7 +2,7 @@
% Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R % Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
\name{laskeMuutokset4} \name{laskeMuutokset4}
\alias{laskeMuutokset4} \alias{laskeMuutokset4}
\title{Calculate changes?} \title{Calculate changes (?)}
\usage{ \usage{
laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0)) laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0))
} }