Refactoring

R/laskeMuutokset12345.R

@@ -1,4 +1,4 @@
-#' @title Calculate changes?
+#' @title Calculate changes (?)
 #' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
 #' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
 #' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
@@ -9,8 +9,9 @@
 #' @param logml log maximum likelihood
 #' @param COUNTS COUNTS
 #' @export
-laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml,
-							 COUNTS = matrix(0)) {
+laskeMuutokset4 <- function (
+	osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0)
+) {
 	npops <- ifelse(is.na(dim(COUNTS)[3]), 1, dim(COUNTS)[3])
 	notEmpty <- which(osuusTaulu > 0.005)
 	muutokset <- zeros(npops)
@@ -38,8 +39,6 @@ laskeMuutokset4 <- function (osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml,
 	return (muutokset)
 }
 
-
-laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
 # Palauttaa npops*1 taulun, jossa i:s alkio kertoo, mik<69> olisi
 # muutos logml:ss<73>, mik<69>li yksil<69> ind siirret<65><74>n koriin i.
 # diffInCounts on poistettava COUNTS:in siivusta i1 ja lis<69>tt<74>v<EFBFBD>
@@ -48,7 +47,7 @@ laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
 # Lis<69>ys 25.9.2007:
 # Otettu k<>ytt<74><74>n globaali muuttuja LOGDIFF, johon on tallennettu muutokset
 # logml:ss<73> siirrett<74>ess<73> yksil<69>it<69> toisiin populaatioihin.
-
+laskeMuutokset <- function(ind, globalRows, data, adjprior, priorTerm) {
 	npops <- size(COUNTS, 3)
 	muutokset <- LOGDIFF[ind, ]
 

man/laskeMuutokset4.Rd

@@ -2,7 +2,7 @@
 % Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
 \name{laskeMuutokset4}
 \alias{laskeMuutokset4}
-\title{Calculate changes?}
+\title{Calculate changes (?)}
 \usage{
 laskeMuutokset4(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml, COUNTS = matrix(0))
 }