Translated laskeVarmuus (#3)

R/laskeMuutokset12345.R

@@ -1,16 +1,37 @@
-#' @title Calculate changes (?)
+#' @title Calculate changes (spatial mixture class)
+#' @importFrom R6 R6Class
+spatialMixture_muutokset <- R6Class(
+  classname = "spatialMixture_muutokset",
+  public = list(
+    #' @param ind ind
+    #' @param rowsFromInd rowsFromInd
+    #' @param data data
+    #' @param adjprior adjprior
+    #' @param priorTerm priorTerm
+    #' @param logml logml
+    #' @param cliques cliques
+    #' @param separators separators
+    laskeMuutokset = function(
+      ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators
+    ) {
+      stop("Not yet implemented") # TODO: implement
+    }
+  )
+)
+
+#' @title Calculate changes (admix1 class)
 #' @description Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
 #' muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran
 #' todennäköisyysmassaa populaatioon j. Mikäli populaatiossa i ei ole mitään
 #' siirrettävää, on vastaavassa kohdassa rivi nollia.
 #' @importFrom R6 R6Class
-#' @param osuus Percentages?
-#' @param osuusTaulu Percentage table?
-#' @param omaFreqs own Freqs?
-#' @param logml log maximum likelihood
 admix1_muutokset <- R6Class(
   classname = "admix1_muutokset",
   public = list(
+    #' @param osuus Percentages?
+    #' @param osuusTaulu Percentage table?
+    #' @param omaFreqs own Freqs?
+    #' @param logml log maximum likelihood
     laskeMuutokset4 = function(osuus, osuusTaulu, omaFreqs, logml) {
       if (isGlobalEmpty(COUNTS)) {
         npops <- 1

R/laskeVarmuus.R

@@ -1,13 +1,13 @@
 laskeVarmuus <- function(
   rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators, ninds
 ) {
-varmuus <- zeros(ninds, 1)
+  varmuus <- zeros(ninds, 1)
-for (ind in 1:ninds) {
+  for (ind in 1:ninds) {
-  # muutokset <- spatialMixture()
+    muutokset <- spatialMixture_muutokset$new()
-  # muutokset <- muutokset$laskeMuutokset(
+    muutokset <- muutokset$laskeMuutokset(
-  #   ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators
+      ind, rowsFromInd, data, adjprior, priorTerm, logml, cliques, separators
-  # )
+    )
-  # varmuus[ind] <- 1 / sum(exp(muutokset))
+    varmuus[ind] <- 1 / sum(exp(muutokset))
-}
+  }
   return(varmuus)
 }

man/admix1_muutokset.Rd

@@ -2,7 +2,7 @@
 % Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
 \name{admix1_muutokset}
 \alias{admix1_muutokset}
-\title{Calculate changes (?)}
+\title{Calculate changes (admix1 class)}
 \description{
 Palauttaa npops*npops taulun, jonka alkio (i,j) kertoo, mik?on
 muutos logml:ss? mikäli populaatiosta i siirretään osuuden verran

man/spatialMixture_muutokset.Rd

@@ -0,0 +1,74 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/laskeMuutokset12345.R
+\name{spatialMixture_muutokset}
+\alias{spatialMixture_muutokset}
+\title{Calculate changes (spatial mixture class)}
+\description{
+Calculate changes (spatial mixture class)
+
+Calculate changes (spatial mixture class)
+}
+\section{Methods}{
+\subsection{Public methods}{
+\itemize{
+\item \href{#method-spatialMixture_muutokset-laskeMuutokset}{\code{spatialMixture_muutokset$laskeMuutokset()}}
+\item \href{#method-spatialMixture_muutokset-clone}{\code{spatialMixture_muutokset$clone()}}
+}
+}
+\if{html}{\out{<hr>}}
+\if{html}{\out{<a id="method-spatialMixture_muutokset-laskeMuutokset"></a>}}
+\if{latex}{\out{\hypertarget{method-spatialMixture_muutokset-laskeMuutokset}{}}}
+\subsection{Method \code{laskeMuutokset()}}{
+\subsection{Usage}{
+\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{spatialMixture_muutokset$laskeMuutokset(
+  ind,
+  rowsFromInd,
+  data,
+  adjprior,
+  priorTerm,
+  logml,
+  cliques,
+  separators
+)}\if{html}{\out{</div>}}
+}
+
+\subsection{Arguments}{
+\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
+\describe{
+\item{\code{ind}}{ind}
+
+\item{\code{rowsFromInd}}{rowsFromInd}
+
+\item{\code{data}}{data}
+
+\item{\code{adjprior}}{adjprior}
+
+\item{\code{priorTerm}}{priorTerm}
+
+\item{\code{logml}}{logml}
+
+\item{\code{cliques}}{cliques}
+
+\item{\code{separators}}{separators}
+}
+\if{html}{\out{</div>}}
+}
+}
+\if{html}{\out{<hr>}}
+\if{html}{\out{<a id="method-spatialMixture_muutokset-clone"></a>}}
+\if{latex}{\out{\hypertarget{method-spatialMixture_muutokset-clone}{}}}
+\subsection{Method \code{clone()}}{
+The objects of this class are cloneable with this method.
+\subsection{Usage}{
+\if{html}{\out{<div class="r">}}\preformatted{spatialMixture_muutokset$clone(deep = FALSE)}\if{html}{\out{</div>}}
+}
+
+\subsection{Arguments}{
+\if{html}{\out{<div class="arguments">}}
+\describe{
+\item{\code{deep}}{Whether to make a deep clone.}
+}
+\if{html}{\out{</div>}}
+}
+}
+}